Im Vorfeld der Nationalratsdebatte zur Rahmenvereinbarung mit Frankreich über die Nutzung des Satellitensystems «Composante Spatiale Optique» (CSO) und zum dazugehörigen Verpflichtungskredit hatte sich die SIK-NR eingängig mit der Kritik der EFK auseinandergesetzt. Diese hatte die fehlende finanzielle Transparenz, die mangelhafte Einbindung in die allgemeine Raumfahrtstrategie des Bundesrats, das schlechte Kosten-Nutzen-Verhältnis und die fehlende Prüfung von Alternativen bemängelt. Im Mai 2021 hatte die Kommission daher noch entschieden, die Beratung der Vorlage zu sistieren, um weitere Abklärungen vornehmen zu können. Ende August kam eine Kommissionsmehrheit nun zum Schluss, dass der Zugang zu hochwertigen Satellitenbildern die Kosten rechtfertige, eine technische Alternative nicht existiere und das Projekt zudem die Kooperation zwischen der Schweiz und den europäischen Partnerstaaten stärke. Eine Kommissionsminderheit Fivaz (gp, NE) hingegen beantragte in der Herbstsession 2021, nicht auf das Geschäft einzutreten. Fivaz führte an, dass die Beteiligung an einem «ausländischen Militärprojekt» nicht mit der Neutralitätspolitik der Schweiz vereinbar sei. Er vermutete, dass das Satellitensystem vornehmlich für militärische Zwecke genutzt werden würde. Ausserdem kritisierte er, dass der Bundesrat über keine Weltraumstrategie verfüge und bei dem Projekt ein Missverhältnis zwischen Kosten und Nutzen festzustellen sei. Seine Parteikollegin Marionna Schlatter (gp, ZH) stellte die Frage, weshalb man bei Anbietern wie Airbus keine Offerte für die Bilder der Pléiades-Neo-Satelliten eingeholt habe, obwohl diese die gleiche Auflösung wie das CSO böten und ab November 2021 kommerziell verfügbar seien. Kommissionssprecher Hurter (svp, SH) verteidigte das Projekt gegen den Vorwurf der hohen Kosten und beteuerte, dass man durch eine Beteiligung nicht nur eine bessere Bildqualität erhalte, sondern sich auch die Datensicherheit und der Zugang zum Bildmaterial verbessere. Darüber hinaus gab er zu bedenken, dass man derartiges Bildmaterial auch bei Naturkatastrophen oder der humanitären Hilfe verwenden könne. François Pointet (glp, VD) merkte im Namen der GLP-Fraktion an, dass die Anhörung der EFK zwar nützlich und lehrreich gewesen sei, die Kritik der EFK aber technische Aspekte betreffe und daher weit über ihren eigentlichen Aufgabenbereich hinausgehe. Die anwesende Bundesrätin Viola Amherd hob hervor, dass Informationen aus Satellitenbeobachtungen für eine eigenständige sicherheitspolitische Beurteilung wichtig seien, vor allem weil die Schweiz weder Teil der NATO, noch der EU sei. In der Vergangenheit habe man Satellitenbilder beispielsweise für die diplomatische Tätigkeit der OSZE im Ukraine-Konflikt oder für die Schweizer Armee im Kosovo benötigt. Dabei würden die kommerziellen Produkte die Anforderungen hinsichtlich Vertraulichkeit und Verfügbarkeiten nicht erfüllen. Zudem habe das EDA konstatiert, dass die Kooperation mit der Neutralitätspolitik vereinbar sei und jederzeit unterbrochen und wiederaufgenommen werden könne.
Der Nationalrat trat mit 138 zu 40 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) auf das Geschäft ein und nahm den Bundesbeschluss mit 146 zu 36 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an. Nur die Fraktion der Grünen und einige Mitglieder der SP hielten an ihrer Kritik fest und stimmten dagegen.

Da der Nationalrat die Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS in der Herbstsession 2020 abgelehnt hatte und dies einem Nichteintreten gleichkam, musste er nach den Änderungen des Ständerats in der Wintersession 2020 eine erneute Eintretensdebatte führen. Thomas Rechsteiner (cvp, AI) hielt als Sprecher der SIK-NR fest, dass die Bedenken des Nationalrats hinsichtlich des Bundesbeschluss zum SIS vom Ständerat und von der Kommission aufgenommen worden seien. Einerseits werde der Datenschutz nun durch die verstärkte Koordination zwischen EDÖB, Kantonen und Europäischem Datenschutzbeauftragten gewahrt. Andererseits habe man die Formulierung des Beschlusses geändert, sodass die Rückführungsrichtlinie keine Anwendung auf den Vollzug der Landesverweisung habe. Die Kommission beantragte dem Nationalrat daher, auf die Vorlage einzutreten und damit einen Beitrag zur Sicherheit der Schweiz zu leisten. Für die FDP sei die Sicherheit eine prioritäre Staatsaufgabe, so Doris Fiala (fdp, ZH). Das SIS sei dabei ein unverzichtbares Instrument für Sach- und Personenfahndungen, die Schweiz tätige täglich über 300'000 Abfragen. Auch die GLP setzte sich für die Erweiterung des Schengen-Beistzstands ein, unter anderem weil die neue Gesetzgebung auch Opfer von Menschenhandel und Zwangsheirat schütze. Selbst die SVP, die in der Herbstsession noch eine unheillige Allianz mit den Grünen eingegangen war und das Geschäft abgelehnt hatte, war mit den Anpassungen des Ständerats zufrieden und beantragte die Annahme des neuen Entwurfs. Und auch die SP, deren geschlossene Stimmenthaltung in der Herbstsession die Ablehnung begünstigt hatte, empfahl die Annahme, da ihre Forderungen nach einem verbesserten Datenschutz erfüllt worden seien. Damit verblieben auf der Gegenseite nur die Grünen, die durch die Minderheit Fivaz (gp, NE) einen Antrag auf Nichteintreten stellten. Fivaz argumentierte, dass sich seit der Herbstsession bezüglich des Datenschutzes und des Ausländerrechts nichts Grundlegendes geändert habe. Die verdeckte Verschärfung des Ausländer- und Integrationsrechts sei nicht nötig, um die Vorlage umzusetzen, und verstosse gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Unterstützung erhielt er von seiner Parteikollegin Marionna Schlatter (gp, ZH), welche die repressive Politik Europas an den Aussengrenzen kritisierte. Schlatter forderte den Nationalrat auf, sich gegen Verschärfungen zu wehren, die in einer Vorlage enthalten seien, zu deren Annahme «man quasi gezwungen sei». Die anwesende Bundesrätin Keller-Sutter warnte davor, den Nichteintretensantrag anzunehmen, da dies den Austritt aus dem Schengen-Verbund zur Folge hätte. Der Nationalrat beschloss mit 149 zu 30 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) auf die Vorlage einzutreten und nahm diese mit 148 zu 32 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Der Widerstand der Grünen reichte nach dem Meinungsumschwung der SP und der SVP nicht aus, um das Geschäft zu versenken.
In der Schlussabstimmung wurde die Vorlage zur Änderung des BGIAA vom Nationalrat mit 157 zu 37 Stimmen (bei 1 Enthaltung) und vom Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen. Auch die Vorlage zum SIS fand im Nationalrat mit 157 zu 36 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) und im Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) deutlich Zuspruch.