D'après la Cour européenne des droits de l'homme (CEDH), la pratique suisse en matière de taxe militaire est discriminatoire. Déclaré inapte au service militaire mais apte au service de la protection civile, un Bernois a contesté la taxe militaire arguant qu'il ne pouvait accomplir ni le service militaire, ni le civil pour des raisons médicales. Jugé inapte pour handicap lourd alors que son handicap est léger, il s'estimait également discriminé par rapport aux objecteurs de conscience exemptés de la taxe grâce à la possibilité d'effectuer un service civil.
Déjà en 2009 lors de l'affaire Glor, la CEDH avait estimé que la Suisse – en astreignant un homme atteint d'une incapacité physique au paiement de la taxe, après lui avoir refusé la possibilité d'accomplir un service militaire ou civil – ne favorisait pas la lutte contre la discrimination envers les personnes handicapées et ne promouvait pas leur pleine participation et intégration dans la société. Le Conseil fédéral avait alors modifié l'OAMAS, permettant dès lors de déclarer apte au service militaire une personne – uniquement dans des fonctions particulières – sous réserve. Dans le présent cas, dont les circonstances sont jugées similaires à la précédente affaire, la CEDH souligne qu'en plus de la distinction discriminatoire opérée en raison d'un handicap jugé mineur, le requérant a été nettement désavantagé par rapport aux objecteurs de conscience.

En mai, suite à la saisine d’un citoyen suisse déclaré inapte car diabétique et donc soumis à la taxe d’exemption de l’obligation de servir, la Cour européenne des droits de l’homme a estimé que les taxes d’exemption d’obligation de servir pour les personnes partiellement invalides et voulant faire du service étaient discriminantes. Elle a considéré que ces personnes devaient avoir la possibilité d’accéder à d’autres fonctions au sein de l’armée malgré leur situation. La Confédération a fait appel de cette décision devant la Grande chambre du Tribunal des droits de l’homme. En novembre, cette dernière a décidé de rejeter l’appel de la Confédération et a confirmé le premier verdict. Une motion Lumengo (ps, BE) (Mo. 09.4115) a été déposée en décembre 2009, elle demande la suppression de la taxe pour les personnes partiellement invalides. Le Conseil fédéral a mis en place un groupe de travail interdépartemental pour traiter de la situation dans le respect de la Convention européenne des droits de l’homme.