Noch in der Herbstsession 2018 beugte sich der Ständerat erneut über die Armeebotschaft 2018 respektive das darin enthaltene Rüstungsprogramm 2018, bei dem es noch eine Differenz zum Nationalrat gab. Diese bestand, weil sich die Volkskammer hinter die Regierung gestellt hatte, während die Ständekammer in der Erstberatung Kürzungen bei den Schutzwesten angebracht hatte. Im Stöckli liess man sich von der nationalrätlichen Kurskorrektur jedoch nicht beirren und beharrte auf einer Einsparung bei ebendiesem Posten. Zwar kam die sicherheitspolitische Kommission des Ständerats dem Nationalrat etwas entgegen und beantragte dem Plenum nicht mehr die Halbierung des Kredits, doch sollte immerhin noch eine Einsparung von fast CHF 30 Mio. erzielt werden. Ständerat Dittli (fdp, UR) erklärte für die Kommission im Plenum, diese Redimensionierung um rund 15 Prozent liege durchaus drin. Auch Verteidigungsminister Parmelin führte aus, dass die Anzahl damit anzuschaffender Westen (85 000 Stück) ausreiche, um alle im Einsatz stehenden AdA auszurüsten. Mit 38 Stimmen wurde diese Variante einstimmig gutgeheissen.

Die Armeebotschaft 2018 und alle ihre Teilgeschäfte standen in der Herbstsession 2018 auf der Tagesordnung des Nationalrates, der sich als Zweitrat damit zu befassen hatte. Die sicherheitspolitische Kommission hatte die Vorlage nur kurz nach dem ständerätlichen Entscheid beraten und entschieden, sich gegen diesen zu stellen. Insbesondere bezüglich des sogenannten ballistischen Körperschutzes, also der Schutzwesten, fasste die SiK einen anderslautenden Antrag an ihren Rat. Mit 16 zu 9 Stimmen stand die Kommission für die vom Bundesrat beantragte Variante des Rüstungsprogramms ein. Bei den anderen Vorlagen der Armeebotschaft zeigte die Kommission keine Konfrontationsgelüste, sie segnete die Beschlüsse des Erstrates deutlich ab.
So drehte sich in der Plenardebatte alles um die Schutzwesten, was sich bereits in der Eintretensdebatte manifestierte. Seitens der SP-Fraktion wurde ein Minderheitsantrag angekündigt, der die vom Ständerat aufgenommene Halbierung der Anzahl anzuschaffender Westen bestätigen wollte. Ebenfalls gab SP-Sprecherin Seiler Graf (sp, ZH) bekannt, dass die Partei weitere Anträge unterstützen werde, die Kürzungen verlangen, zum Beispiel bei den Munitionskäufen. Die Eintretensdebatte nahm Züge einer Grundsatzdiskussion für und wider die Armee an, wobei sich die Ratslinke, diesmal vertreten durch die beiden Grünen Glättli (gp, ZH) und Mazzone (gp, GE), auf Oppositionskurs begab. Dagegen zeigten sich die bürgerlichen Parteien offen gegenüber der WEA-Armee und dem Rüstungsprogramm. SVP-Sprecher Hurter (svp, SH) liess es sich nicht nehmen, die Ablehnung und Kürzungen anzuprangern, und forderte von den anderen Parteien ein Bekenntnis zu einer vollausgerüsteten Armee.
Die Detailberatung startete mit dem Rüstungsprogramm und den angekündigten Kürzungsanträgen bei den Westen. Eine Minderheit I Sommaruga (sp, GE) beantragte einen Beschluss gemäss Ständerat, sprich die Halbierung der diesbezüglichen Gelder. Die Armee gebärde sich wie ein verzogenes Kind, das alles sofort wolle, wohingegen die gesamte Bundesverwaltung zum Sparen angehalten werde. Ferner verwies der Genfer Sozialdemokrat auf eine Aussage von SiK-SR-Präsident Dittli (fdp, UR), der die Befürchtung geäussert habe, dass nach der Beschaffung zahlreiche Schutzwesten ein ungenutztes Dasein in Zeughäusern fristen würden. Insofern müsse dieser Geldverschwendung entgegengetreten werden. Gänzliche Streichung dieser Anschaffung forderte eine Minderheit II Mazzone (gp, GE). Die Begründung war, dass eine Differenz zum Erstrat geschaffen werden solle, was wiederum erlauben würde, grundsätzlich über den Bedarf von Schutzwesten nachzudenken. Nach kurzer, jedoch intensiver Debatte kamen die Anträge zur Abstimmung. Nachdem zunächst die beiden Minderheitsanträge gegeneinander ausgemehrt worden waren, gelangte der obsiegende Antrag Sommaruga (sp, GE) gegen den Mehrheitsantrag zur Abstimmung. Letzterer, sprich die bundesrätliche «Vollvariante» ohne Kürzung bei den Westen und einem Kredit über CHF 848 Mio, wurde dann vom Plenum favorisiert. Die Forderung Mazzone (gp, GE) nach einer weiteren Differenzbereinigung durch den Ständerat wurde also auch so erfüllt.

Ebenso umstritten präsentierte sich die Ausgangslage zum Bundesbeschluss über die Rahmenkredite für Armeematerial. Der Ständerat hatte sich uneingeschränkt hinter die Fassung des Bundesrates gestellt. Im Nationalrat gab es hingegen vier Gegenanträge: Einen Minderheitsantrag Meyer (sp, ZH) aus der FK-NR, wonach rund CHF 73 Mio. eingespart werden sollten und auf Munitionskäufe verzichtet werden sollte – zu genehmigen wäre demnach ein Gesamtkredit von CHF 669.5 Mio. gegenüber den von der Regierung beantragten CHF 742 Mio. Drei weitere Minderheitsanträge stammten von SiK-NR-Mitgliedern. Eine Minderheit I Seiler Graf (sp, ZH) wollte eine kleine Einsparung von CHF 5.5 Mio. erzielen, indem auf die Panzerkanonen-Mehrzweckpatronen verzichtet wird: «Eine Panzerschlacht ist [...] nun wirklich kein wahrscheinliches Szenario», argumentierte die Zürcherin. Die Minderheiten II und III wurden beide von Lisa Mazzone (gp, GE) angeführt. Zunächst wollte sie diverse Einsparungen im Bereich «Projektierung, Erprobung und Beschaffungsvorbereitung» vornehmen und so circa CHF 50 Mio. zurücklegen. Der letzte Antrag lautete auf einen fast vollständigen Verzicht der Ausgaben für Munition, wobei sich der betreffende Kredit auf CHF 25 Mio. reduzieren würde und der Gesamtkredit mit knapp CHF 596 Mio. um fast CHF 150 Mio geringer ausfiele, als die vom Ständerat genehmigte Version. Die Mehrheit beider Kommissionen stellte sich hinter den Entwurf des Bundesrates, der auch von der Ständekammer genehmigt worden war. Sämtliche Minderheitsanträge blieben in den jeweiligen Abstimmungen ohne Chance, wobei die geschlossen stimmenden Fraktionen der Grünen und der SP nichts ausrichten konnten. Letztlich wurde der Bundesbeschluss mit 140 zu 39 Stimmen bei 11 Enthaltungen angenommen.

Während in der Folge das Immobilienprogramm einstimmig und ohne Gegenanträge genehmigt wurde, gab es bezüglich der Ausserdienststellung von Waffensystemen eine Stimme der Opposition. Franz Grüter wollte verhindern, dass die 12-cm-Minenwerfer dem Alteisen zugeführt werden; ein Antrag, den seine Fraktion unterstützte. Diese Festungsminenwerfer seien eine nachhaltige Unterstützung der beweglichen Truppen, die an neuralgischen Punkten installiert worden waren. Eine Erhaltung dieser Systeme erachtete der Antragsteller als finanziell tragbare Lösung. Mit 67 Stimmen, vorwiegend aus der SVP-Fraktion, unterlag der Antrag im Plenum jedoch deutlich gegen 114 Stimmen (bei drei Enthaltungen). Der Bundesbeschluss über die Ausserdienststellung von Waffensystemen wurde sodann mit 182 zu 2 Stimmen bei einer Enthaltung genehmigt.

Mit weitestgehend positiven Vorzeichen gelangte die Armeebotschaft 2018 im Frühjahr 2018 ins Stöckli. Die SiK-SR unterstützte in grossen Teilen die Vorlage der Regierung. Eine substanzielle Abweichung betraf jedoch das Rüstungsprogramm, genauer die Beschaffung der Schutzwesten. Die beantragten knapp CHF 200 Mio. waren der Kommission zu viel. Es ging jedoch nicht ums Finanzielle, wie Kommissionssprecher Dittli (fdp, UR) ausführte, sondern um den tatsächlichen Bedarf. Die sicherheitspolitische Kommission hatte in ihren Vorberatungen auch die Haltung der FK-SR angehört. Die Finanzkommission äusserte keine Bedenken bezüglich der aufzuwendenden Mittel, sie erwartete jedoch von der SiK, dass sie sich über die Notwendigkeit der Ausgaben Gedanken mache. Daraus ergab sich der Kürzungsantrag bei den Schutzwesten.
Kritisch äusserte sich der inzwischen regelmässig als Armeekritiker in Erscheinung getretene Thomas Minder (parteilos, SH). Besonders eine Position störte ihn: Die Sanierung der Kaserne Wangen an der Aare. Die Kommission habe sich vor Ort ein Bild machen können und die gezeigten Mängel rechtfertigten einen Abbruch der Gebäude (wie im Immobilienprogramm aufgezeigt) keineswegs, dies sei gar ein «No-go». Es handle sich um übliche Abnützungserscheinungen, die mit einer Sanierung bestens behoben werden könnten, zumal sich der wichtigste Teil der Kaserne, der Schlaftrakt, in einwandfreiem Zustand befinde. Ferner echauffierte sich Minder grundsätzlich über das VBS, da es sich häufig Kritik zu den Rüstungbeschaffungen anhören müsse. Viele geplante Beschaffungen seien nicht notwendig, sondern nur «nice to have». Er unterliess es jedoch, Gegenanträge zu formulieren und kündigte stattdessen an, seinen Unmut durch Stimmenthaltung kundzutun. Im Anschluss an das nachfolgende Votum des Verteidigungsministers – Bundesrat Parmelin verzichtete auf eine Erwiderung zu Minders Äusserungen – wurde die Detailberatung in Angriff genommen, Eintreten war unbestritten.
Wie Dittli sodann erklärte, stand ein Kommissionsantrag auf Halbierung der Ausgaben für die Schutzwesten im Raum. In der Kommission herrschte die Meinung vor, dass es nicht nötig sei, alle Armeeangehörige mit zwei Schutzwesten auszurüsten. Vorgesehen war nämlich, eine bestehende Weste weiterhin zu verwenden und zusätzlich die zur Disposition stehenden Westen mit grösserer Schutzfläche zu beschaffen. Wenn 100'000 solcher Westen angeschafft würden, so die Befürchtung der Kommissionsmehrheit, würden viele davon jahrelang in den Zeughäusern eingelagert und ungenutzt bleiben. Mit 8 zu 3 Stimmen und einer Enthaltung empfahl die Kommission dem Plenum, diesen Posten zu reduzieren und nur CHF 99.6 Mio. zu genehmigen. Der Gesamtkredit entspräche mit dieser Variante CHF 748.4 Mio. anstelle der beantragten CHF 848 Mio. Daniel Jositsch (sp, ZH) führte einen von Dittli ebenfalls angesprochenen Aspekt weiter aus, wonach nämlich in der Kommission einige Fragen ungeklärt geblieben seien. Die vorgeschlagene Halbierung, liess er dabei durchblicken, sei eine Verlegenheitslösung. Vielmehr sehe man darin ein Signal an den Zweitrat, der sich mit dieser Beschaffung noch genauer auseinandersetzen solle. Mit 30 zu 10 Stimmen stellte sich der Ständerat hinter seine Kommission (1 Enthaltung), löste einstimmig die Ausgabenbremse und hiess das RP einstimmig mit einer Enthaltung insgesamt gut.
Die Bundesbeschlüsse über die Rahmenkredite für Armeematerial und über die Ausserdienststellung von Waffensystemen wurden beide einstimmig angenommen. Diskussionsbedarf gab es noch beim Immobilienprogramm. Dort wurden auf Antrag der Kommission immerhin CHF 2.5 Mio. gespart, indem die wegen Kostenungenauigkeiten eingeplante Reserve beim Umbau von Drognens um die Hälfte reduziert wurde. Auch dies wurde vom Plenum einstimmig beschlossen.