Die Sicherheitspolitische Kommission des Nationalrates (SiK-NR) wollte mit einer Motion veranlassen, dass die Vollzugsstelle für den Zivildienst ins VBS transferiert wird und nicht länger beim WBF verbleibt. Die Kommission sah darin einen Vorteil in der Koordination: So könnten die Armeebestände besser überwacht, sowie Wechsel in andere Dienstsysteme besser dokumentiert werden. Daraus erhoffte man sich auch eine positive Wirkung auf die Rekrutierungszentren, die ebenfalls dem VBS unterstehen. Eine Kommissionsminderheit stellte sich gegen die Motion.
Ebenso positionierte sich der Bundesrat, der sich auf die Anfänge des Zivildienstes besann: Gerade weil bei der Einführung dieses Ersatzdienstes noch ein Gewissenskonflikt als vordergründige Armeeablehnung angenommen wurde, hatte man die Vollzugsstelle bewusst nicht dem damaligen Militärdepartement unterstellt, sondern beim Bundesamt für Industrie und Arbeit (BIGA), dem heutigen SECO. Diese Trennung sei nach wie vor angezeigt, so die Einschätzung der Regierung. Der anvisierte Transfer bringe auch kaum einen erkennbaren Nutzen. Wichtige Tätigkeitsbereiche der Zivildienstleistenden seien zudem im Umfeld des WBF angesiedelt, so beispielsweise die Landwirtschaft und die Bildung.

Einer kurzen Debatte im Nationalrat folgte dann jedoch die Zustimmung des Ratsplenums. Kommissionssprecher Büchler (cvp, SG) zeigte die Beweggründe der Kommission für diesen Antrag auf. Das Anliegen entstand bei der Kenntnisnahme des Berichts der „Studiengruppe Dienstpflichtsysteme” und ist im wesentlichen auf die zunehmende Zahl von Übertritten von AdA in den Zivildienst zurückzuführen. So war das erklärte Kernziel der Motion die „Sicherung der Armeebestände”, wofür es „mindestens 18'500 ausgebildeter Rekruten” bedürfe, so Büchler. Der kommissionsinterne Widerstand fusste weitgehend auf den gleichen Argumenten, wie sie der Bundesrat vorgebracht hatte. Lisa Mazzone (gp, GE) verdeutlichte die Bedeutung der institutionellen Trennung von der Armee, indem die Vollzugsstelle des Zivildienstes nicht beim VBS angesiedelt ist. Der Nationalrat überwies die Motion nach den Ausführungen von Bundesrat Schneider-Ammann mit 94 zu 85 Stimmen. Vergeblich hatte auch der Volkswirtschaftsminister die Vorzüge der gegenwärtigen Organisation unterstrichen.

Kurz nach Bekanntwerden, dass Bundesrat Parmelin das BODLUV-Projekt sistiert hatte, wollte die SiK des Nationalrates proaktiv Einfluss auf das Armeebudget nehmen und mittels Motion sicherstellen, dass im Rüstungsprogramm 2017 sämtliche Armeefinanzen für die Rüstungsausgaben eingesetzt werden können und keine Restkredite entstehen. Weil BODLUV ursprünglich für das Rüstungsprogramm 2017 vorgesehen gewesen war und folglich mit dessen zwischenzeitlichem Wegfall Gelder frei geworden waren, wollte die Kommission erwirken, dass tatsächlich CHF 5 Mrd. für die Armee ausgegeben würden und nicht etwa weniger. Dieser Meinung war auch die Regierung, wie sie in ihrer Stellungnahme bekannt gab, jedoch empfahl sie die Motion gleichwohl zur Ablehnung. Sie stellte jedoch auch bloss in Aussicht, dass die Rüstungsplanung angepasst werde und für den im RP 2017 berücksichtigten Zeitraum andere Projekte anvisiert würden. Spezifische Projekte konnten damals vom Bundesrat noch nicht benannt werden.
Kommissionssprecher Büchler (svp, SG) appellierte im Nationalrat an seine Kolleginnen und Kollegen, dass die Armeeführung dringend Planungssicherheit brauche und dafür ein Rüstungsprogramm über CHF 700 Mio. nötig sei. Dies entsprach dem für BODLUV vorgesehenen Betrag. Minderheitssprecher Flach (glp, AG) hielt nichts von diesem Antrag und nannte ihn „sicherheitspolitisch und finanzpolitisch verantwortungslos”. Es gebe gar kein Beschaffungsprojekt mit diesem hohen Finanzbedarf, das bereits beantragt werden könne. Trotz Gegenwehr – auch des Verteidigungsministers – wurde die Motion mit 126 zu 63 Stimmen angenommen.