Le Conseil fédéral a modifié l'Ordonnance sur la taxe d'exemption de l'obligation de servir (OTEO). Tous les jours de service accomplis dans la protection civile seront considérés pour la réduction de la taxe d'exemption de l'obligation de servir. Si plus de 25 jours de service dans la protection civile sont effectués au cours d'une même année, alors les jours supplémentaires seront comptabilisés l'année suivante. Les taxes seront remboursées si les officiers et les sous-officiers supérieurs de la protection civile accomplissent des jours de service après l'expiration de la onzième année d'assujettissement ordinaire à la taxe. Les personnes dont la durée du service a été prolongée conformément à l'art. 99 al.3 de la loi révisée sur la protection de la population et sur la protection civile (LPPCi) pourront aussi bénéficier de cette mesure – instaurée pour les inciter à s'engager dans une carrière de cadre. Le Conseil fédéral a, en outre, abrogé des dispositions devenues obsolètes. Enfin, il a supprimé les dispositions d'exécution relatives à la retenue du passeport ou des papiers par les autorités – contraires au Pacte II de l'ONU. Toutes ces modifications – qui répondent notamment à la motion Müller (14.3590) entreront en vigueur le 1er janvier 2021.

Im Laufe des Jahres hat der Bundesrat drei Armeeverordnungen angepasst und eine neu erlassen. Zum Einen wurde aus der Verordnung über die territorialen Aufgaben der Armee (VTA) die Unterstützung im Flüchtlingswesen gestrichen. Bis anhin war vorgesehen, dass die Armee Unterstützungsleistungen erbringen kann, wenn die Mittel der zivilen Stellen nicht ausreichen. Zuständig war der ehemalige militärische Betreuungsdienst, dessen primäre Aufgabe es war, die Betreuung von Militärinternen und Kriegsgefangenen zu übernehmen. Durch den Wegfall solcher Truppen wurde auch die Unterstützung im Flüchtlingswesen nicht mehr umsetzbar. Die Änderung gilt ab 1. August 2014.
Eine weitere Anpassung erfuhr die Verordnung über die Militärdienstpflicht (MDV). Die lediglich kleinen Präzisierungen bedeuteten eine Annäherung an die Praxis. Einerseits sollen Stabsoffiziere, die in Stäben des Hauptquartiers eingeteilt sind, fortan nicht mehr als Spezialisten im Sinne der Verordnung gelten. Dadurch wird für die betroffenen Offiziere die Diensttagelimite von 300 Tagen in Fortbildungsdiensten der Truppe nicht mehr zur Anwendung gebracht. Als Zweites wurde einem Antrag der Armeeseelsorge stattgegeben, wonach die militärische Grundausbildung der Hauptmänner der Armeeseelsorge nur noch 19 Tage dauern soll.
Ebenfalls hat der Bundesrat die Verordnung über die Armeetiere verabschiedet und per 14. April 2014 in Kraft gesetzt. Die Verordnung regelt den Kauf, die Miete, die Haltung und den Verkauf von Tieren, die in der Armee zum Einsatz kommen. Mit der Armeetierverordnung wird die Verordnung über die Armeepferde sowie die Verordnung über die Mietpferde in Ausbildungsdiensten abgelöst. Zudem wird in der neuen Verordnung erstmals der Bereich der Armeehunde miteinbezogen. In der Verordnung wird festgelegt, für welche Aufgaben Pferde und Hunde in der Armee eingesetzt werden dürfen. Überdies wird bestimmt, wie Kauf und Miete von Armeetieren vonstatten gehen sollen, wie die Entschädigungen ausfallen und welche Vermieter von Armeetieren in Frage kommen. Wichtig wird auch eine Regelung zum Verkauf der Armeetiere an Angehörige der Armee, welche in ihrer Milizfunktion (Train, Diensthundeführer) ein solches Tier halten.
Neu ist eine Verordnung, die erstmals als spezialgesetzliche Regelung für betroffene Bundesangestellte im Assistenzdienst gilt. Bisher wurden die Arbeitsverhältnisse in konventionellen Arbeitsverträgen geregelt. Mit der Verordnung über das Personal für den Truppeneinsatz zum Schutz von Personen und Sachen im Ausland (PVSPA) werden entsprechend eingesetzte Angehörige der Armee den Dienstleistenden im Bereich der Friedensförderung gleichgestellt. Die Verordnung regelt die Vorbereitung solcher Truppeneinsätze, die Ausrichtung von Funktions- und Einsatzzulagen sowie Regelungen zu Versicherung, Arbeitszeit, Ferien, Urlaub, Reise- und Transportkosten. Einsätze im Sinne der PVSPA bedürfen grundsätzlich der Zustimmung der Mitarbeitenden. Ausnahmen gelten für das militärische Berufspersonal, dass jederzeit gemäss den dienstlichen Bedürfnissen im Ausland für einen Assistenzdienst aufgeboten werden kann. Die PVSPA trat am 1. August 2014 in Kraft.

Der Bundesrat gab kleinere Anpassungen hinsichtlich der Personalstruktur innerhalb der Armee bekannt. Mit einer Änderung der Verordnung über die Militärdienstpflicht (MDV) sollen die Bedürfnisse der Praxis besser erfüllt werden. Um von der Truppen- und Stabsarbeitserfahrung der Berufsunteroffiziere, die in einer Milizfunktion eingeteilt sind, besser profitieren zu können, soll die Alterslimite für Berufsunteroffiziere in der Milizfunktion erhöht werden. Diese sollen fortan durchschnittlich rund fünf Jahre länger in einer Milizfunktion bleiben. Auch die Ausbildungsgrundsätze sollen neu geregelt werden. Mit der Bologna-Reform in der Hochschulpolitik war es beispielsweise bei Militärärzten zu Abweichungen gegenüber der universitären Ausbildung gekommen.

Le Conseil fédéral a modifié l’ordonnance sur la circulation routière militaire et introduit notamment la tolérance zéro concernant l’alcool au volant pour les chauffeurs de l’armée.

La carrière supérieure pour les militaires de métier sera désormais conditionnée à l'accomplissement d'un engagement de 180 jours en service de promotion de la paix ou en service d'appui à l'étranger. Le Conseil fédéral a révisé l'ordonnance du 19 novembre 2003 concernant les obligations militaires en ce sens.

Le Conseil fédéral a approuvé la révision totale de l’ordonnance sur le Service de la Croix-Rouge (SCR). Celle-ci règle notamment les tâches spécifiques des membres du Service de la Croix-Rouge, la coordination entre les autorités compétentes de l’armée et ce dernier, ainsi que les aspects essentiels de son financement par la Confédération.

Le Conseil fédéral a arrêté en fin d’année les lignes directrices concernant des aspects fondamentaux de la sécurité intérieure. En matière militaire, c’est principalement la volonté d’institutionnaliser les missions d’appui subsidiaire qui ont été soulignées.

Dans l’esprit de RAPOLSEC 2000, le Conseil fédéral a édicté plusieurs directives sur l’organisation de la conduite de la politique de sécurité. A partir du 1er janvier 2000, cette dernière sera confiée à la Délégation du Conseil fédéral pour la sécurité (constituée des chefs du DFAE, du DDPS et du DFJP), à l’Organe de direction pour la sécurité (ODS), à l’Organe de coordination du renseignement de la Confédération et au Bureau d’appréciation de la situation et de détection précoce. Ces directives précisent notamment les rapports entre ces entités ainsi que leurs tâches respectives.

Suite à différentes promotions d'officiers sous le coup d'une enquête pénale ainsi que suite aux recommandations faites par R. Bacher lors de l'enquête administrative sur l'affaire Nyffenegger, le Conseil fédéral a revu les règles d'avancement et de mutation dans l'armée. La nouvelle ordonnance précise désormais explicitement qu'il n'y a pas stricto sensu de droit à l'avancement, plusieurs conditions devant être remplies pour qu'une promotion puisse intervenir. Le candidat à un commandement ou à une fonction doit en particulier disposer des compétences nécessaires et jouir d'une bonne réputation. Toute promotion d'un officier sous le coup d'une enquête pénale est par ailleurs exclue.

Dans le cadre de la législation d'exécution de la LAAM, le Conseil fédéral a adopté une nouvelle ordonnance sur les tâches et l'organisation du service de sécurité militaire. La principale innovation porte sur la création d'un bataillon de police militaire qui pourra être engagé non seulement lors du service actif, mais également dans le cadre d'un service d'appui aux autorités civiles. En effet, s'il advient, par exemple, que les forces de police ordinaires ne sont plus à même de garantir la sécurité de conférences internationales ou celle de centrales nucléaires, les autorités civiles cantonales pourront faire appel à ce bataillon. Le DMF a tenu à souligner que ce dernier n'était ni une police fédérale de sécurité ni une troupe antiémeute, mais uniquement une force d'intervention d'appoint réservée à des situations extraordinaires.

Le Conseil fédéral a modifié l'ordonnance sur le service féminin de l'armée, afin que, dès le 1er janvier, les membres du SFA aient la possibilité de porter une arme. Cela répond à diverses demandes faites dans ce sens. L'arme, purement défensive, est un pistolet et son port est facultatif. Les 900 femmes intéressées à son obtention doivent suivre un cours de formation adéquat. Par ailleurs, pour rapprocher les performances des femmes de celles des hommes, il est également prévu de prolonger la formation des cadres du SFA. Les sous-officiers verront ainsi leur période d'instruction passer de trois à quatre semaines et les officiers de quatre à six semaines. En outre, il sera possible de suivre une formation de pilote de milice, sans toutefois pouvoir se charger de missions de combat.

Le 12 mars 1990, la CEP II fut instituée à la suite de la découverte, par la CEP I, de fichiers au DMF et de certaines informations, parues dans la presse alémanique, ayant trait aux fichiers susmentionnés ainsi qu'à l'éventuelle existence d'une armée secrète de résistance. Les débats du Conseil national concernant la création de cet organe firent apparaître une scission entre, d'une part, les groupes socialiste, écologiste, indépendant-évangélique et le parti du travail et, d'autre part, les partis bourgeois. Les premiers voulurent non seulement que l'on crée une CEP II mais aussi qu'on lui attribue un mandat très étendu, portant sur l'ensemble de la gestion du DMF. Les seconds, plus réticents à l'idée de la mise sur pied d'une seconde commission d'enquête (à l'exception du PDC), obtinrent une nette limitation de la procuration: celle-ci, à l'issue des débats parlementaires des deux Chambres, fut limitée dans le temps (pas de rétroactivité) et dans l'espace (pas d'examen de la gestion du DMF mais des seules activités liées aux renseignements, à la sécurité et aux fichiers). Dans les deux Conseils, la question d'un mandat octroyé aux commissions de gestion plutôt qu'à un organe extraordinaire se posa, mais le souci de rétablir la confiance populaire ainsi que la plus vaste latitude d'action du second mentionné firent renoncer à cette possibilité. Composée de 10 membres (cinq députés de chaque chambre), la CEP II fut présidée par le sénateur Schmid (pdc, AI) et compta dans ses rangs un membre de la CEP I, la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).