La CEP II fut, par ailleurs, confrontée à l'existance de nombreux fichiers au sein du DMF, dont l'un des plus «délicats» était celui de la Section services de sécurité militaires (SSM). Composé d'un élément principal de près de 8'000 fiches et de deux collections de dossiers annexes moins conséquentes, il était principalement constitué d'informations sur des membres de l'armée ou des employés du DMF ayant fait l'objet d'un contrôle de sécurité. Cependant, des particuliers, des femmes (de l'ex-Service complémentaire féminin (SCF), aujourd'hui Service féminin de l'armée (SFA)) ainsi que des personnes sans lien avec l'armée ou le DMF furent également fichés. Selon la commission d'enquête, cette banque de données ayant été mise sur pied sans base légale claire et sans directives satisfaisantes, son maintien ne se justifie pas.

Le rapport de la commission, rendu public le 23 novembre, dénonça l'existence, au sein du DMF, de deux zones d'ombre créées en dehors de toute base légale et de tout contrôle politique institutionnel: l'organisation d'encadrement de la résistance, ou P-26, et le service de renseignements extraordinaire, ou P-27. Tous deux furent financés par des ressources provenant des rubriques de crédit du DMF et dotés de conseils consultatifs composés de parlementaires en activité ou à la retraite ainsi que d'indépendants (Groupe 426 pour la P-26 et Konrat pour le P-27). Le problème soulevé par la double appartenance à une assemblée populaire et à un organe secret fut illustré par les difficultés rencontrées par le député Stappung (ps, ZH) lorsqu'il avoua être membre du groupe 426.

Les différents partis politiques ont également proposé certaines idées de réforme de l'armée. Si les démocrates du centre et les radicaux ont préféré attendre la publication du rapport 1990 sur la politique de sécurité helvétique avant de se prononcer, les démocrates-chrétiens ont déjà avancé un certain nombre de suggestions. S'ils souhaitent une réduction de la durée globale des obligations militaires (à 312 jours), ils prônent également un rythme différent des cours de répétition (tous les deux ans), une plus grande professionnalisation des instructeurs et la division de l'école de recrues en deux phases (une première formation générale de six semaines, une seconde, spécialisée, de neuf semaines). La principale idée directrice des socialistes en la matière réside dans la conversion de la production de matériel de guerre en celle de biens civils. Pour cela, ils préconisent l'abandon de toute production d'armes en Suisse, la réduction des activités et des effectifs de l'armée, la limitation des dépenses militaires ainsi que l'engagement plus actif de la Confédération en faveur du désarmement et de la paix.

En réponse à l'insatisfaction née de l'adoption de cette révision, plus de vingt organisations pacifistes et d'objecteurs de conscience ont lancé un référendum à son encontre, soutenus en cela par les socialistes, les écologistes, l'Alliance verte, Amnesty international et le cartel des associations de jeunesse notamment. Pour eux, le projet Barras n'est qu'un leurre, empêchant l'introduction d'un véritable service civil. Par ailleurs, le comité «contre un service civil déguisé», issu de l'organisation conservatrice «Ligue vaudoise», a également lancé un référendum contre cette modification législative, car elle serait inconstitutionnelle, inapplicable et irait à l'encontre de la volonté populaire.

Le programme des constructions 1990 se caractérise par une nouvelle orientation puisqu'il concerne en priorité des réalisations servant directement à la troupe. Ainsi, des CHF 370 millions attribués par les deux Conseils, 33% sont destinés aux ouvrages de combat, 20% à cinq projets de logistique et 41% aux constructions en faveur de l'instruction (Dans ce crédit sont également compris CHF 8 millions au titre de la protection de l'environnement et 9.73 millions de crédits additionnels).

Après le Conseil national en 1989, le Conseil des Etats a adopté la modification du code pénal militaire décriminalisant le statut des objecteurs de conscience (projet Barras). Selon cette décision, l'objecteur ayant fait la preuve de son incapacité à concilier le service militaire avec ses valeurs éthiques fondamentales, sera reconnu coupable et astreint à un travail d'intérêt général d'une durée 1.5 fois plus longue que celle du service refusé.
Lors des débats dans la petite chambre, cette définition globale a néanmoins donné lieu à plusieurs objections visant, sans succès, à refuser le projet ou à en assouplir les différentes normes. Au niveau général, une proposition Reymond (pl, VD) de non-entrée en matière, basée sur les refus populaires, en 1977 et 1984, d'un véritable service civil, sur l'anticonstitutionnalité de la révision et sur le mécontentement qu'elle suscite, fut rejetée. L'extension de la notion d'objection authentique à tous les motifs de conscience, désirée par la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH), fut également repoussée, tout comme les suggestions en faveur d'une durée équivalente des deux services ou d'une astreinte civile 1.2 fois plus longue. Il en alla de même pour la proposition Masoni (prd, TI) demandant la suppression du verdict de culpabilité.

Dans le cadre du projet Barras, les deux Chambres se sont définitivement prononcées en faveur d'une révision de l'organisation militaire, ancrant le service sans arme dans la loi. Le Conseil national a transmis sous forme de postulat une motion du député Zwygart (pep, BE) (Mo. 89.819) qui souhaite qu'il soit en tout temps possible, durant la durée du service militaire, de demander un transfert dans le service sans arme.

La CEP II, ayant vu son mandat élargi par l'attribution, par les Bureaux des Conseils, de la pétition demandant une nouvelle évaluation de l'affaire Jeanmaire, décida, à ce propos, de rendre un rapport distinct dans le courant de 1991. Rappelons que le brigadier Jean-Louis Jeanmaire fut condamné à 18 ans de réclusion pour trahison en 1977. Après avoir purgé les deux tiers de sa peine, il fut libéré; deux demandes de révision de son procès, en 1984 et 1986, échouèrent.

Les réactions des différents partis politiques et organisations concernées traduisirent le clivage traditionnel en matière militaire et de sécurité. Les socialistes estimèrent que ce rapport manquait de courage et était dépourvu de nouvelles perspectives, contenant même des «tendances dangereuses» puisque chargeant l'armée de maintenir l'ordre intérieur et proposant son intervention aux frontières en cas d'afflux de demandeurs d'asile. Les écologistes et le Groupe pour une Suisse sans armée (GSsA) regrettèrent que le Conseil fédéral n'accorde pas une place plus significative à une politique active de paix alors que les partis bourgeois gouvernementaux l'accueillirent favorablement.

En décidant de donner suite à l'initiative parlementaire du député Pini (prd, TI) (Iv.pa. 89.234), le Conseil national s'est engagé sur la voie de la suppression de la peine de mort dans le code pénal militaire. Datant de 1927, ce dernier prévoit une telle sanction, en temps de guerre, pour une série de délits, dont l'espionnage et la trahison militaire. Les arguments avancés pour justifier l'abolition de cette condamnation du Code pénal civil ont été jugés également pertinents, par les députés, dans le cas de la législation militaire. Ils se sont notamment référés à ceux arguant de l'impossibilité de réparation en cas d'erreur judiciaire, de l'absence de démonstration de l'effet dissuasif de la peine de mort et de la contradiction dans laquelle plonge l'Etat s'il prend une vie humaine qu'il est, a priori, chargé de défendre.

Plusieurs textes parlementaires ont suggéré la suppression de l'assujettissement des invalides au payement de la taxe militaire. Ainsi en alla-t-il de la motion du député Schnider (pdc, LU) (Mo. 90.611), transmise sous forme de postulat, d'un texte de même nature, également transmis, du conseiller national Pini (prd, TI) (Po. 90.416) et d'une initiative, pendante, du canton du Jura (Iv.ct. 90.204).

Lors du vote final au Conseil national, le groupe socialiste réaffirma son opposition à cette réforme, stipulant qu'elle ne résolvait pas le problème posé par le statut des objecteurs de conscience. Elle pouvait, de surcroît, être considérée comme caduque en raison de la constitution d'une nouvelle commission d'experts sur ce problème, des initiatives populaires et parlementaire en cours ainsi que des propositions du groupe Schoch. La fraction écologiste exprima également son dépit de voir cette révision aboutir à une aggravation du statut des objecteurs (Le CN adopta la proposition de révision en votation finale par 93 voix contre 43).

Faisant suite au postulat du groupe radical de 1984 (Po. 84.486) et exigé, par le parlement, préalablement à toute décision concernant le nouvel avion de combat, le rapport «Politique de sécurité de la Suisse dans un monde en mutation» a été rendu public en octobre. Il répond indirectement à plusieurs autres interventions parlementaires, dont la motion transmise du sénateur Uhlmann (udc, TG) (Mo. 90.528) et celle, pendante, de la fraction UDC (Mo. 90.510), demandant toutes deux une nouvelle conception de la défense militaire suisse. Elaboré par le DMF en collaboration avec les autres départements, il présente globalement la politique menée en la matière ces dernières années. Constatant que la menace n'est plus exclusivement militaire, mais aussi démographique, écologique et économique, le gouvernement fixe cinq objectifs à la politique de sécurité: le maintien de la paix et de la liberté d'action de la Suisse, la protection de sa population et de ses bases d'existence, la défense du territoire national et la contribution à la stabilité internationale, plus spécifiquement en Europe. Pour ce faire, le Conseil fédéral conserve l'organisation militaire actuelle mais en la rendant plus souple et renforce l'action helvétique au niveau international en matière de maintien de la paix. Evoquant l'éventuelle adhésion de la Suisse à un système collectif de sécurité européen, préoccupation partagée par le Conseil national puisque celui-ci a transmis un postulat Burckhardt (pl, BS) (Po. 90.738) en la matière, l'exécutif s'interroge, mais sans répondre, sur l'avenir de la neutralité suisse. De même reste en suspens le problème du refus de servir, le gouvernement reconnaissant que le projet Barras sur la décriminalisation de l'objection de conscience ne constitue qu'une demi-mesure. Par contre, il se prononce tout à fait clairement contre une armée professionnelle à cause de son coût et du risque de la création d'une caste militaire mais aussi en raison de l'adéquation du système de milice avec la structure fédéraliste et l'évolution de la politique de sécurité.

Dans le dernier poste du programme des constructions 1990 figure notamment le crédit pour la deuxième étape de l'édification de la place d'armes de Neuchlen-Anschwilen (commune de Gossau, SG). Devant remplacer la caserne de Saint-Gall détruite en 1980 en raison des travaux de la N1, cette élévation, dont le montant de la première étape fut adopté par les Chambres en 1989, reste très controversée, notamment par les partis socialiste, écologiste, indépendant et évangélique ainsi que par I'ARNA (Aktionsgruppe zur Rettung von Neuchlen-Anschwilen). S'ils invoquent la protection de l'environnement, les adversaires du projet demandent plus concrètement une pause de réflexion afin de pouvoir tenir compte de la nouvelle architecture européenne ainsi que du futur concept «Armée 95». Les partisans de la place d'armes, parmi lesquels on trouve un comité ad hoc (ISGA (sigle allemand), communauté d'intérêts en faveur de lieux de formation militaire sensés et crédibles), les partis bourgeois gouvernementaux et les libéraux, plaident quant à eux pour une amélioration et un assainissement des infrastructures.
Au Conseil national, ces derniers l'emportèrent puisque les propositions de rejet du crédit, de redimensionnement du projet, de déplacement de la caserne dans un autre lieu ainsi que celle d'un vote consultatif des populations concernées furent toutes repoussées. De surcroît, la majorité de la grande chambre intégra au programme des constructions 1990 l'engagement financier nécessaire à la troisième phase de la construction de cette place d'armes (CHF 12.97 millions), afin d'éviter la répétition d'un tel débat en 1991. Le Conseil des Etats entérina cette extension, malgré une proposition s'y opposant de la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).

Le Groupe pour une Suisse sans armée (GSsA) a lancé un appel général à l'objection de conscience pour 1991. Dans un premier temps, l'adhésion au principe d'environ 700 personnalités devra être recueillie; dans un second temps, il faudra recruter au moins 3000 personnes qui feront acte de désobéissance civile.

Si, dans son rapport «Sécurité et paix», la Société suisse des officiers (SSO) propose une redéfinition de la neutralité helvétique, elle souhaite également transformer le service armé masculin en un service à la communauté obligatoire pour tous (donc y compris les femmes). Au moment où le DMF envisage une réduction des effectifs de l'armée, la SSO formule un projet ne tenant aucun compte des coûts financiers et sociaux qu'il suppose. Cette suggestion occulte certaines autres propositions intéressantes de ce compte rendu, telles que le renforcement de la mission de paix de la Suisse auprès des Nations Unies (casques bleus), l'amélioration de la formation et de l'instruction ainsi que l'intensification de l'information et de la communication au sein de l'armée et du DMF.
Le CE se préoccupe aussi du renforcement de la politique suisse de paix puisqu'il a transmis le postulat Jagmetti (prd, ZH) (Po. 89.711) allant dans ce sens.

Deux initiatives demandant la création d'un véritable service civil sont actuellement en suspens. Ainsi celle parlementaire du député Hubacher (ps, BS) (Iv.pa 89.245), déposée en 1989 et rejetée par la commission du Conseil national, veut trouver une solution plus rapide que celle abordable par le biais d'un texte populaire. Elle est soutenue par les socialistes, les écologistes et les indépendants. Lancée en septembre 1990, celle populaire «pour un service civil en faveur de la communauté», initiée par le parti démocrate-chrétien, est appuyée par les évangéliques. Maintenant l'obligation générale de servir, elle continue également à exiger une preuve par l'acte puisque le service civil devrait être plus long que celui militaire. Enfin, le groupe Napf a annoncé son intention de présenter, au printemps 1991, une initiative populaire sur ce thème, demandant un service communautaire basé sur les contingents cantonaux.

Dans ce contexte, la reprise en considération, dans l'évaluation, de l'avion de combat français Mirage 2000 prend une autre signification. Il avait été éliminé de la procédure en 1987, notamment en raison de performances insuffisantes par rapport au cahier des charges. Selon Kaspar Villiger, trois raisons ont plaidé en faveur d'une réévaluation de l'appareil français dans sa version 2000-5 (spécialement étudiée pour la Suisse): ses hautes performances, son nouveau radar et son prix plus avantageux. Certains émettent néanmoins une autre hypothèse quant à ce soudain regain d'intérêt, déplaçant le débat jusqu'alors très technique sur un plan plus politisé. Dans le cadre des difficiles négociations européennes menées actuellement par la Suisse, il ne peut qu'être intéressant d'envisager l'achat d'un avion provenant de cette zone géographique, permettant de surcroît de rallonger d'autant la phase d'évaluation. Celle-ci pourrait être encore modifiée par l'offre faite à la Suisse par l'Union soviétique, désirant soumettre à cette même appréciation son avion de combat Mig29. Néanmoins, en raison de son manque de compatibilité avec les technologies occidentales, ce dernier ne semble pas avoir de réelles chances de succès.

La défense nationale helvétique est aujourd'hui confrontée à l'énigme posée par l'évolution des systèmes collectifs de sécurité. Cette interrogation se répercute dans les incertitudes liées à la pertinence de certaines décisions (statut des objecteurs, budget, réforme de l'armée) ou absences de décision (nouvel avion de combat), dans les questions se posant à propos de la conception de la sécurité ou du développement de la politique de paix menée par le DMF. De surcroît, la forte minorité issue de la votation de novembre 1989 semble menaçante à plus d'un, puisque les opposants aux projets de l'armée n'hésitent pas à s'en prévaloir.

Créé en 1940, le Service complémentaire féminin, devenu depuis 1984 le Service féminin de l'armée (SFA), a fété ses cinquante ans. Diverses modifications sont envisagées par ses cadres afin de le rendre plus attractif et de combler le déficit en recrues (effectif optimal: 3814 femmes; effectif réel: 3132). Ainsi, le devoir de service pourrait être réparti sur moins d'années (7 ou 8 ans, au lieu des 15 actuels), des cours pour officiers de protection atomique-chimique (SPAC), des fonctions d'aumôniers, de conductrices de chiens de catastrophe ainsi que de pilotes d'hélicoptères pourraient également être créés. Par ailleurs, la commission pour la défense nationale a approuvé une proposition qui autoriserait, si elle était acceptée par le gouvernement, le port d'arme facultatif au sein du SFA. Le brigadier Eugénie Pollak s'est déclaré favorable à une telle idée, à condition qu'il s'agisse d'une arme purement défensive et qu'une formation adéquate l'accompagne.

Adoptée par les deux Chambres, la révision partielle de la loi sur l'organisation militaire (OM) introduira toute une série de mesures dont la plus importante réside dans la suppression du service complémentaire. Subséquemment, l'incorporation différenciée sera mise en oeuvre ainsi qu'une nouvelle réglementation des inspections (passant de neuf à trois) et l'inscription dans la loi du droit de plainte du militaire. Si les Conseils refusèrent tous deux la mention, dans la norme, d'un contrôle de sécurité dans le domaine militaire, une divergence apparut néanmoins quant à la dénomination de la fonction d'officier confiée à un soldat ou à un sous-officer ayant des connaissances particulières. Après avoir initialement proposé l'intitulé «fonction d'officier», le Conseil des Etats se rallia à la version choisie par la grande chambre, à savoir celle d'«officier spécialiste».
Les débats au Conseil national ne furent néanmoins pas dépourvus de critiques, le groupe socialiste ayant proposé, sans succès, le renvoi du projet au Conseil fédéral. L'estimant insuffisant, il demanda au gouvernement une révision fondamentale de l'OM, comprenant, par exemple, la suppression de la justice militaire en temps de paix, l'abandon de l'obligation de grader, l'interdiction d'utiliser l'armée afin de contrôler l'ordre intérieur, la création d'un véritable service civil et un accès facilité au service sans arme. Cependant, comme elle estima que le projet contenait aussi des points positifs, la fraction socialiste, par la suite, ne le combattit pas. Les deux propositions de la députée Leutenegger-Oberholzer (pe, BL) visant à supprimer les tirs obligatoires hors service et l'encouragement fédéral à l'instruction militaire préparatoire des jeunes furent rejetées.
La révision complète de l'arrêté concernant la formation des officiers fut également adoptée par le parlement.

A ces décisions s'opposèrent le lancement et l'aboutissement de l'initiative populaire «40 places d'armes, ça suffit! L'armée doit aussi se soumettre à la législation sur la protection de l'environnement». Initiée par l'ARNA en juin, soutenue par les socialistes, les écologistes, les indépendants et les évangéliques, elle fut déposée en décembre, munie de 120'983 signatures. Elle demande principalement l'interdiction de toute nouvelle construction de places d'armes en Suisse, avec un effet rétroactif au 1er avril 1990, ce qui entraînerait l'interdiction de l'édification de la seconde étape de la caserne de Gossau. Ce problème refera donc à plusieurs titres surface devant les Chambres car, bien qu'une première motion du député Rechsteiner (ps, SG) (Mo. 89.829) demandant la renonciation à la première phase de l'élévation de la place d'armes eût été rejetée par le Conseil national, une seconde motion du même homme, plus radicale puisqu'exigeant un moratoire total d'au moins cinq ans pour les achats, les constructions et les acquisitions de terrains à des fins militaires, est toujours pendante.

Ayant surmonté une proposition de renvoi du député Bodenmann (ps, VS), arguant de la nouvelle situation en Europe pour réduire les dépenses de l'armée, le programme des constructions 1990 donna par ailleurs lieu à une délibération à huis clos du Conseil national. Cette dernière, ayant trait au poste des ouvrages pour l'infrastructure de commandement, portait sur un crédit de CHF 56.5 millions relatif à l'abri du Conseil fédéral en cas de crise. Le groupe socialiste, bien que ne s'opposant pas véritablement au projet, souhaita, sans succès, qu'une délégation parlementaire puisse visiter cette installation dont la localisation et les coûts totaux sont strictement secrets.

La P-26 fut dirigée par un juriste de 58 ans, Efrem Cattelan, alias Rico, alors que le P-27 le fut par Ferdinand Knecht, colonel de milice, alias James. Ces deux «projets (P)» étaient issus de l'organisation conçue dans les années septante par le colonel Bachmann. Cependant, l'histoire de la P-26 – par ailleurs «explicitement» fondée dans sa mission actuelle en 1981 par le chef de l'Etat-major général Jörg Zumstein – est antérieure puisqu'elle remonte au postulat Jaeckle de 1956. Dotée en hommes (400 personnes mais effectif théorique de 800) et en armes (quelques centaines de pistolets-mitrailleurs, de pistolets et de fusils spéciaux ainsi que des grenades et des explosifs), la P-26 constituait, aux yeux de la CEP II, un danger potentiel pour l'ordre constitutionnel du pays car les autorités politiques n'en avaient pas le contrôle effectif. Le P-27, mis sur pied à partir de 1980, procédait notamment à la récolte de renseignements à l'étranger, théoriquement par le biais de méthodes nonconventionnelles, au traitement de ces informations ainsi qu'à des écoutes radio (Dans les faits, de telles méthodes non-conventionnelles semblent ne pas avoir été utilisées).
La CEP II conseilla, dans ses conclusions, une légalisation de ces domaines, voire le démantèlement de la P-26, souhait que le Conséil fédéral réalisa en proclamant la dissolution, le 14 novembre, de la P-26 et, le 12 décembre, du P-27, cette dernière résultant de la divulgation du nom de son chef.

Avant la votation du 26 novembre 1989 sur l'initiative demandant la suppression de l'armée, le chef du DMF avait créé une commission chargée d'analyser les différents mécontentements populaires suscités par l'armée et de proposer, sur cette base, des réformes. Composée de 22 membres provenant de différents milieux (politiciens, sociologues, militaires, journalistes), elle fut présidée par le conseiller aux Etats Schoch (prd, AR) et compta dans ses rangs les députés David (pdc, SG) et Jeanprêtre (ps, VD). Dans son rapport final, la commission Schoch ne remet pas en question les principes de défense, d'armée de milice et d'obligation de servir. Mais, parmi plus de cinquante propositions, elle suggère de remplacer le service militaire obligatoire par une obligation générale de servir. Celle-ci serait caractérisée par une liberté de choix la plus grande possible entre services armé et civil de même durée, les femmes disposant d'une possibilité identique sur la base du volontariat. Par ailleurs, le groupe Schoch propose également une réorganisation de la conduite et de l'instruction de l'armée (style coopératif et communicatif; davantage de moyens pour la formation), une nouvelle conception de l'information (médiateur), la professionnalisation des instructeurs et le remplacement des tribunaux militaires par des tribunaux cantonaux. En matière de politique de sécurité, il souhaite la création d'un institut de recherche sur la paix et d'un Conseil ayant une fonction analytique et dynamique. Parmi les dispositions transitoires envisagées figure notamment celle d'un service civil de remplacement pour les objecteurs de conscience, fondé sur la preuve par l'acte.