Le Conseil fédéral souhaite restreindre le traitement de la justice militaire des infractions commises par des personnes civiles. Ainsi, seules les juridictions pénales ordinaires devraient être habilitées à statuer sur les violations des dispositions relatives à la protection du secret commises en temps de paix par des personnes civiles sans la complicité de militaires. Concernant les autres délits relevant de la compétence militaire, il entend pouvoir, au cas par cas, les attribuer aux autorités civiles lorsqu'aucune raison matérielle ne justifie le recours à la justice militaire. Les modifications légales – relatives au code pénal militaire, au code pénal et la loi fédérale concernant la protection des ouvrages militaires – ont été soumises en consultation. Deux variantes sont proposées: des nouvelles dispositions dans le droit pénal ou la possibilité de déférer devant la justice pénale ordinaire. La procédure de consultation prendra fin en avril 2021.

Im März 2016 wurde im Nationalrat die Motion "keine modernen Söldner" des 2015 nicht wiedergewählten Solothurner Nationalrats Urs Schläfli (cvp, SO) behandelt. Bereits 2014 hatte dieser eine Anpassung des Militärstrafgesetzes gefordert. Mit der neuen Motion sollte nicht nur unter Strafe stehen, wer in einen fremden Militärdienst eintritt, sondern auch, wer sich als moderner Söldner armeeähnlichen, ideologisch motivierten Gruppierungen anschliesst. Namentlich das Erstarken der IS-Miliz war zum Zeitpunkt der Einreichung ein relevantes Thema. Zudem sollte das mögliche Strafmass von gegenwärtig drei auf mindestens zehn Jahre erhöht werden. Dass diese Art von Söldnerwesen unterbunden werden soll, fand die Zustimmung einer Mehrheit des Nationalrates, welcher den Vorstoss mit 95 zu 89 Stimmen der Ständekammer überwies. Der Bundesrat hatte vergeblich die Ablehnung der Motion beantragt; er war der Ansicht, dass andere, bereits in Kraft getretene Bestimmungen der Sache bereits gerecht würden.

Im November 2014 unterbreitete der Bundesrat seine Botschaft für ein dringliches Bundesgesetz über das Verbot der Gruppierung Al-Qaïda und verwandter Organisationen sowie der Gruppierung „Islamischer Staat“ und verwandter Organisationen. Die Landesregierung empfand diese terroristisch agierenden Organisationen weiterhin als Bedrohung für die innere und äussere Sicherheit der Schweiz und der Staatengemeinschaft. Daher sei das Verbot der beiden Gruppierungen auch über das Jahr 2014 hinaus aufrecht zu erhalten. Die Gesetzesvorlage entspricht überwiegend den beiden befristeten Verordnungen, die beide Ende Jahr auslaufen. Verboten sind sämtliche Aktivitäten der Organisationen im In- und Ausland, sowie auch alle Aspekte, die deren materieller oder personeller Unterstützung dienen. Dies umfasst beispielsweise Propagandaaktionen oder die Geldakquirierung sowie das Anwerben neuer Mitglieder. Neu werden auch Widerhandlungen gegen das Verbot der Al-Qaïda der Bundesgerichtsbarkeit unterstellt und mit Freiheitsstrafen bis zu fünf Jahren oder mit Geldstrafen sanktioniert, sofern nicht noch strengere Strafbestimmungen zur Anwendung gelangen. Der Bundesrat sah als einzigen rechtlich einwandfreien Weg, das Verbot über Ende 2014 hinaus lückenlos aufrecht zu erhalten und diesen Erlass auf dem Dringlichkeitsweg zu erwirken. Mit der Dringlichkeitserklärung konnte das Gesetz bereits per 1. Januar 2015 mit einer Gültigkeitsdauer von vier Jahren bis Ende 2018 in Kraft gesetzt werden. Gleichwohl bleibt der Erlass dem fakultativen Referendum vorbehalten. Bereits knapp zwei Wochen nach der Publikation der Botschaft wurde die Vorlage im Ständerat behandelt. Einhellig diskutiert und letztlich auch einstimmig mit 42 Stimmen genehmigt, sorgte die Vorlage nicht für viel Aufsehen. Ständerat Minder (parteilos, SH) liess es sich jedoch nicht nehmen, die sicherheitspolitischen Einschätzungen des Bundesrates zu hinterfragen. Nachdem bereits seit 2001 Gesetze zum Verbot terroristischer Organisationen auf dem Verordnungsweg implementiert und mehrmals verlängert worden seien und der Bundesrat noch Mitte 2014 der letzten, Ende Jahr auslaufenden Verordnung gelassen entgegen gesehen habe, sei nun doch auf dem Dringlichkeitsweg eine neue Vorlage durchzubringen. Minder forderte für befristete Verordnungen und Gesetze eine bessere Überwachung und generell bessere Neubeurteilungen. Dass der vorliegende Gesetzesentwurf in Teilen die bevorstehenden Beratungen über das neue Nachrichtendienstgesetz präjudizieren könnte, wurde nicht als problematisch erachtet. Eintracht herrschte auch in der Volkskammer, die der Vorlage mit 184 Stimmen ebenfalls oppositionslos zustimmte. In weiteren Abstimmungen galt es, die Dringlichkeitsklausel anzunehmen und im Schlussvotum das Gesetz zu verabschieden. Sämtliche Entscheidungen wurden unanim gefällt.

Im Laufe des Jahres hat der Bundesrat drei Armeeverordnungen angepasst und eine neu erlassen. Zum Einen wurde aus der Verordnung über die territorialen Aufgaben der Armee (VTA) die Unterstützung im Flüchtlingswesen gestrichen. Bis anhin war vorgesehen, dass die Armee Unterstützungsleistungen erbringen kann, wenn die Mittel der zivilen Stellen nicht ausreichen. Zuständig war der ehemalige militärische Betreuungsdienst, dessen primäre Aufgabe es war, die Betreuung von Militärinternen und Kriegsgefangenen zu übernehmen. Durch den Wegfall solcher Truppen wurde auch die Unterstützung im Flüchtlingswesen nicht mehr umsetzbar. Die Änderung gilt ab 1. August 2014.
Eine weitere Anpassung erfuhr die Verordnung über die Militärdienstpflicht (MDV). Die lediglich kleinen Präzisierungen bedeuteten eine Annäherung an die Praxis. Einerseits sollen Stabsoffiziere, die in Stäben des Hauptquartiers eingeteilt sind, fortan nicht mehr als Spezialisten im Sinne der Verordnung gelten. Dadurch wird für die betroffenen Offiziere die Diensttagelimite von 300 Tagen in Fortbildungsdiensten der Truppe nicht mehr zur Anwendung gebracht. Als Zweites wurde einem Antrag der Armeeseelsorge stattgegeben, wonach die militärische Grundausbildung der Hauptmänner der Armeeseelsorge nur noch 19 Tage dauern soll.
Ebenfalls hat der Bundesrat die Verordnung über die Armeetiere verabschiedet und per 14. April 2014 in Kraft gesetzt. Die Verordnung regelt den Kauf, die Miete, die Haltung und den Verkauf von Tieren, die in der Armee zum Einsatz kommen. Mit der Armeetierverordnung wird die Verordnung über die Armeepferde sowie die Verordnung über die Mietpferde in Ausbildungsdiensten abgelöst. Zudem wird in der neuen Verordnung erstmals der Bereich der Armeehunde miteinbezogen. In der Verordnung wird festgelegt, für welche Aufgaben Pferde und Hunde in der Armee eingesetzt werden dürfen. Überdies wird bestimmt, wie Kauf und Miete von Armeetieren vonstatten gehen sollen, wie die Entschädigungen ausfallen und welche Vermieter von Armeetieren in Frage kommen. Wichtig wird auch eine Regelung zum Verkauf der Armeetiere an Angehörige der Armee, welche in ihrer Milizfunktion (Train, Diensthundeführer) ein solches Tier halten.
Neu ist eine Verordnung, die erstmals als spezialgesetzliche Regelung für betroffene Bundesangestellte im Assistenzdienst gilt. Bisher wurden die Arbeitsverhältnisse in konventionellen Arbeitsverträgen geregelt. Mit der Verordnung über das Personal für den Truppeneinsatz zum Schutz von Personen und Sachen im Ausland (PVSPA) werden entsprechend eingesetzte Angehörige der Armee den Dienstleistenden im Bereich der Friedensförderung gleichgestellt. Die Verordnung regelt die Vorbereitung solcher Truppeneinsätze, die Ausrichtung von Funktions- und Einsatzzulagen sowie Regelungen zu Versicherung, Arbeitszeit, Ferien, Urlaub, Reise- und Transportkosten. Einsätze im Sinne der PVSPA bedürfen grundsätzlich der Zustimmung der Mitarbeitenden. Ausnahmen gelten für das militärische Berufspersonal, dass jederzeit gemäss den dienstlichen Bedürfnissen im Ausland für einen Assistenzdienst aufgeboten werden kann. Die PVSPA trat am 1. August 2014 in Kraft.

Le Conseil national a rejeté par 77 voix contre 24 une motion du groupe libéral visant à engager l’armée pour s’occuper de camps de réfugiés à l’étranger. Reconnaissant une certaine pertinence à la motion, le chef du DDPS avait toutefois recommandé aux députés de la rejeter en raison de problèmes liés notamment à l’armement des Suisses à l’étranger, à la nécessité d’un mandat multilatéral et à la préférence accordée aux organisations civiles.

Première chambre à se pencher sur le sujet, le Conseil national a rendu une copie quasi identique au débat ayant eu lieu en 1998 sur le même sujet, seuls le PS et les Verts étant opposés à l’intervention de l’armée en matière de politique d’asile. Dès le débat d’entrée en matière (acceptée par 104 voix contre 55) est apparu un classique clivage gauche-droite qui n’a plus évolué jusqu’au vote sur l’ensemble (oui au projet d’arrêté par 101 voix contre 54). Dans la chambre des cantons, les conseillers aux Etats ont pour leur part accepté à l’unanimité le projet du Conseil fédéral. A deux reprises, il a toutefois été relevé la dispersion nuisible de l’armée dans des tâches toujours plus nombreuses.

Le taux d’occupation des centres d’accueil de réfugiés tenus par l’armée ayant considérablement baissé en raison de l’évolution du conflit au Kosovo, plusieurs d’entre eux ont été fermés pendant l’année en accord avec l’ODR (Office des réfugiés). Parmi les 4'500 militaires qui devaient effectuer un cours de répétition spécial à cet effet, 1'000 ne sont finalement pas entrés en service.

Le Conseil fédéral a soumis au parlement un projet d’arrêté autorisant la poursuite de l’engagement de l’armée pour encadrer les requérants d’asile. Dans son message, il a exposé que le nouvel exode des populations du Kosovo depuis le mois de mars impliquait un renouvellement de la participation des troupes militaires pour venir en aide aux autorités civiles. Par ailleurs, il a également relevé que les expériences effectuées au cours des premiers six mois d’engagement de la troupe ont été considérées comme positives par les deux départements concernés. Si les chambres fédérales n’avaient en 1998 autorisé l’engagement de l’armée que pour une durée de six mois, le Conseil fédéral a proposé cette fois une participation jusqu’au 30 avril 2000 au plus tard.

La Commission de la politique de sécurité (CPS) du Conseil national s’est déclarée publiquement favorable en début d’année à ce que l’armée soit prête à être engagée dans le service de police frontière. Elle en a adopté le principe à 13 voix contre 8 (PS et Verts). Ces deux partis se sont à nouveau prononcés contre une militarisation de l’asile et l’OSAR (Organisation suisse d’aide aux réfugiés) a dénoncé un « faux-pas » et demandé au Conseil fédéral d’écarter cette hypothèse.

En relation avec le problème de l’afflux des requérants d’asile en Suisse, il a été à plusieurs reprises question de l’emploi de l’armée en vue de renforcer le corps des gardes-frontières et d’encadrer les réfugiés. Au parlement, une motion Freund (udc, AR) (Mo. 98.3106) a notamment été déposée devant le Conseil national, demandant au gouvernement de soumettre aux chambres, dans les plus brefs délais, un arrêté fédéral urgent qui permette de renforcer le Corps des gardes-frontière en engageant la troupe dans le cadre du service d’instruction normal. Combattue par la gauche, la décision sur la motion Freund a été renvoyée.
Une autre motion du groupe parlementaire démocrate-chrétien du Conseil national proposait de confier à des militaires en service d’appui la gestion des structures d’hébergement destinées à l’accueil d’urgence des requérants d’asile. Le groupe libéral des chambres fédérales a quant à lui déposé deux motions devant le Conseil national afin que la Suisse crée et gère des camps de réfugiés à proximité des zones de crise à l’étranger. Selon ce dernier, l’armée pourrait s’acquitter de cette mission. Le but recherché est d’éviter des déplacements de population et de soulager les centres d’accueil en Suisse.

Le Conseil fédéral a pris la décision en mars d’envoyer quelques 80 gardes-forts renforcer les gardes-frontière. Des sous-officiers instructeurs de carrière les ont partiellement relayé dès le mois de juillet, mais la milice n’a pas été concernée par cette tâche. En octobre, c’est la troupe qui a été mobilisée pour s’occuper de requérants d’asile provisoirement logés dans des infrastructures militaires, les centres habituels d’enregistrement étant surchargés. Conformément à la législation militaire, un tel engagement doit être approuvé par le parlement s’il dépasse trois semaines. Le gouvernement a donc proposé aux chambres lors de la session d’hiver d’accepter un arrêté fédéral qui autorise rétroactivement la mobilisation de 2'000 hommes jusqu’à la fin 1999. Combattu au Conseil national par la gauche et les Verts, l’arrêté a été approuvé par 101 voix contre 53. Le plafond des appelés simultanés a néanmoins été fixé à 1'000 hommes. La chambre haute a par contre refusé de valider l’arrêté pour plus d’une année par 33 voix contre 5, se référant à la proposition initiale du Conseil fédéral qui était de six mois. Cette divergence des sénateurs a été ratifiée par le Conseil national qui a accepté l’arrêté sous cette forme modifiée. A la fin de l’année, cinq centres d’hébergement étaient gérés par l’armée.