Comme au printemps et à l'automne 2020, le Conseil fédéral autorise un nouveau service d'appui de l'armée au profit des autorités civiles, soit 2'500 militaires pour soutenir les hôpitaux dans les soins et le transport des patients ainsi que les cantons pour la vaccination jusqu'au 31 mars 2022. A l'instar du Valais et du Jura, les cantons doivent faire une demande pour bénéficier du renfort si leurs moyens civils sont insuffisants. L'engagement étant supérieur à trois semaines, la décision du Conseil fédéral doit être avalisée par l'Assemblée fédérale.
Quelques jours plus tard, le Conseil fédéral a décidé d'un troisième engagement de la protection civile pour la vaccination et le traçage des contacts, d'un maximum de 100'000 jours de services d'ici au 31 mars 2022. Le coût estimé de l'opération devrait s'élever à CHF 2.75 millions.

Si la Pharmacie de l'armée était en charge de la logistique des vaccinations, l'armée ne procédera pas à la vaccination. Son rôle s'arrête au stockage et au transport des vaccins. La Conférence latine des affaires sanitaires et sociales (CLASS) avait pourtant demandé au DDPS et au DFI de déployer des militaires pour participer aux injections. Cette requête a été refusée, puisqu'elle ne figurait pas dans les tâches autorisées de l'armée, d'autant plus que les critères pour un engagement subsidiaire de l'armée n'étaient pas remplis. Le conseiller national Philippe Nantermod (plr, VS) s'en est étonné et a alors appelé à inclure cette tâche aux prérogatives de l'armée. Plusieurs conseillers d'Etat romands ont également manifesté leur incompréhension.

Le Conseil fédéral demande au Parlement d'approuver l'arrêté fédéral relatif à l'engagement de l'armée en service d'appui en faveur des autorités civiles dans le cadre des mesures destinées à lutter contre le Covid-19. Dans son message, il détaille le déroulement de l'engagement fourni jusqu'à présent et qui se poursuit. Ce dernier a débuté le 6 mars 2020, lorsque le DDPS a été chargé de mobiliser 800 militaires jusqu'au 27 mars 2020, afin de renforcer le système de santé des cantons. Dix jours plus tard, le Conseil fédéral prolongeait l'engagement jusqu'au 30 juin 2020 et décidait la mise sur pied d'une troupe de maximum 8'000 militaires. Pour réunir les effectifs nécessaires, l'armée a alors mobilisé, prolongé des cours de répétition et même convoqué des militaires encore incorporés, ayant déjà accompli leur service long. Plus de 80% des militaires convoqués sont entrés en service à temps et à l'endroit prévu. Leurs jours de service exécutés seront imputés jusqu'à l'équivalent de deux cours de répétition. L'armée a également pu affecter dans les soins généraux et médicaux 120 anciens militaires et militaires incorporés, parmi les 3'500 qui se sont portés volontaires.
Actuellement, l'armée soutient une cinquantaine d'installations hospitalières en Suisse et au Liechtenstein. Elle remplace le personnel soignant pour les soins de base, transporte les malades contagieux, effectue des tests de dépistage, etc. Début avril, 2'400 militaires s'occupaient de soins de base. Un contingent assiste également l'Administration fédérale des douanes (AFD) dans l'application des restrictions appliquées à l'ALCP. Des représentations étrangères sises dans les cantons de Vaud et de Genève ont déjà pu bénéficier de la protection de l'armée, qui, renforce les corps de police cantonaux en cas de besoin.
En parallèle de l'engagement militaire, le Conseil fédéral a fait appel aux personnes astreintes à servir dans la protection civile. Leurs missions consistent à soutenir les services de la santé publique et les institutions de soins, à ravitailler les forces d'intervention et à gérer les centres d'appels téléphoniques. Un contingent maximal de 850'000 jours de service, limité au 30 juin 2020, est à disposition des cantons.
S'agissant des finances, le message indique que les militaires seront indemnisés pour toute la durée de leur service, même-ci elle excède la durée ordinaire du service d'instruction prévu pour l'année en cours. Les charges supplémentaires engendrées par l'appui subsidiaire de l'armée devraient être absorbées par le budget ordinaire du DDPS. A défaut, il sollicitera un crédit supplémentaire. Le surcroît de charges lié aux allocations de pertes de gain (APG) est couvert par les mesures éditées par le Département fédéral de l'intérieur (DFI). La Confédération prendra en charge la part du salaire ou du revenu d'indépendant qui n'est pas compensée par l'APG. Enfin, l'indemnisation des cantons prévue pour la protection civile - d'un montant forfaitaire de 27.5 francs par jour de service pour un montant maximal de 23.4 millions- sera prélevée sur le budget de l'OFPP.

Des travaux visant à définir l'avenir du Service sanitaire coordonné (SSC) ont été initiés par un groupe de projet. Le groupe – réunissant des représentants de la santé et de la sécurité de la Confédération et des cantons – s'est penché sur l'état de préparation de la Suisse, afin de pouvoir maîtriser les aspects sanitaires et améliorer la coordination lors de la gestion de situations de crise.
Le DDPS avait mandaté Thomas Zeltner pour déterminer si le SSC répondait aux défis et missions actuelles. Le rapport, examiné en novembre 2019, confirmait la nécessité d'adapter l'organisation et fournissait des recommandations relatives aux prestations des tâches et de l'orientation générale du service. Les propositions du groupe de projet sont attendues pour le premier semestre 2021.