D'après la Cour européenne des droits de l'homme (CEDH), la pratique suisse en matière de taxe militaire est discriminatoire. Déclaré inapte au service militaire mais apte au service de la protection civile, un Bernois a contesté la taxe militaire arguant qu'il ne pouvait accomplir ni le service militaire, ni le civil pour des raisons médicales. Jugé inapte pour handicap lourd alors que son handicap est léger, il s'estimait également discriminé par rapport aux objecteurs de conscience exemptés de la taxe grâce à la possibilité d'effectuer un service civil.
Déjà en 2009 lors de l'affaire Glor, la CEDH avait estimé que la Suisse – en astreignant un homme atteint d'une incapacité physique au paiement de la taxe, après lui avoir refusé la possibilité d'accomplir un service militaire ou civil – ne favorisait pas la lutte contre la discrimination envers les personnes handicapées et ne promouvait pas leur pleine participation et intégration dans la société. Le Conseil fédéral avait alors modifié l'OAMAS, permettant dès lors de déclarer apte au service militaire une personne – uniquement dans des fonctions particulières – sous réserve. Dans le présent cas, dont les circonstances sont jugées similaires à la précédente affaire, la CEDH souligne qu'en plus de la distinction discriminatoire opérée en raison d'un handicap jugé mineur, le requérant a été nettement désavantagé par rapport aux objecteurs de conscience.

Le Conseil fédéral a autorisé en début d’année, et contre la volonté de la conseillère fédérale Micheline Calmy-Rey, l’exportation de 100 mitrailleuses avec leur munition à destination de l’Arabie Saoudite, et cela malgré une situation des droits de l’homme jugée «pas idéale».

En décidant de donner suite à l'initiative parlementaire du député Pini (prd, TI) (Iv.pa. 89.234), le Conseil national s'est engagé sur la voie de la suppression de la peine de mort dans le code pénal militaire. Datant de 1927, ce dernier prévoit une telle sanction, en temps de guerre, pour une série de délits, dont l'espionnage et la trahison militaire. Les arguments avancés pour justifier l'abolition de cette condamnation du Code pénal civil ont été jugés également pertinents, par les députés, dans le cas de la législation militaire. Ils se sont notamment référés à ceux arguant de l'impossibilité de réparation en cas d'erreur judiciaire, de l'absence de démonstration de l'effet dissuasif de la peine de mort et de la contradiction dans laquelle plonge l'Etat s'il prend une vie humaine qu'il est, a priori, chargé de défendre.

Certains parlementaires aimeraient réformer le droit pénal militaire. Si le conseiller national Spielmann (pdt, GE) a déposé une initiative parlementaire demandant la suppression de la justice militaire en temps de paix, les députés Pini (prd, TI) — par le biais d'une initiative parlementaire — et Rechsteiner (ps, SG) — par celui d'une motion — ont exigé l'abolition de la peine capitale telle qu'elle est prévue par certains articles du code pénal militaire et ce en vertu d'une conformité avec le droit civil. Signalons cependant que la réforme du code pénal militaire est liée à celle du code pénal suisse, actuellement en cours.