Afin de moderniser les processus de soutien de l'administration fédérale, le Conseil fédéral a sollicité deux crédits d'engagement d'une valeur de 320 et 240 millions de francs. Il souhaite acquérir le programme «SUPERB» destiné à l'administration civile et le programme «Systèmes ERP D/ar» pour l'armée. Actuellement, la Confédération utilise pour la planification des ressources de l'entreprise (ERP), un logiciel de la société SAP. Cette dernière cessera toute assistance y relative à partir de 2025. Le Conseil fédéral a donc décidé de migrer vers un autre programme (S/4HANA de SAP). Cette migration concernera les systèmes ERP de l'administration fédérale civile et ceux destinés à la gestion des engagements utilisés dans certains domaines du DDPS. Cette manipulation permettra également d'harmoniser et de standardiser les processus de soutien au sein de l'administration fédérale.
La CdF-CN s'est penchée sur l'arrêté fédéral, après avoir reçu l'avis du CDF. La question de la gestion des programmes a été au coeur des discussions. La commission, ainsi que la délégation des finances (DélFin), chargée de suivre le dossier, se sont montrées très critiques sur ce point. Par 23 voix et 2 abstentions, la commission est entrée en matière sur le projet. Elle a prié le Conseil fédéral, par écrit, de prendre des mesures dans le domaine de la gestion des programmes.

Le Conseil fédéral a décidé de dissoudre l’Office central de la défense (OCD). Cet organisme avait été créé dans les années 60 comme instrument de coordination de la politique de sécurité de la Suisse. Il servait notamment à fournir des études et des analyses de risques. Avec la fin de la guerre froide, l’importance du rôle de l’OCD a fortement diminué. Les ressources restantes ont été réparties au sein du DDPS.

Depuis le premier janvier, le DMF a cédé sa place à une nouvelle structure, le DDPS (Département de la défense, de la protection de la population et des sports) et possède un nouveau chef de l’Etat-Major général, le commandant de corps Hans-Ulrich Scherrer. Devant un millier de collaborateurs à Zurich, ce dernier a exprimé son attachement à l’armée de milice et s’est opposé à toute solution luxueuse en matière d’armement. Il s’est également prononcé pour une application souple du principe de neutralité. Par ailleurs, le chef du DDPS Adolf Ogi a dévoilé les grandes lignes du rapport sur la politique de sécurité qui ont été arrêtées par le Conseil fédéral. Ce rapport, qui s’inspire principalement du travail de la Commission Brunner et des réactions qu’il a suscité, devrait être rendu public en 1999. Les points forts seront un renforcement de la coopération internationale, l’armement des soldats suisses à l’étranger et une politique de neutralité souple et pragmatique. Le concept d’une armée de milice serait maintenu.

Examinant le projet lors de sa session d'été, le Conseil national a adopté assez facilement le texte proposé malgré l'opposition des représentants socialistes et l'abstention de quelques députés indépendants, évangéliques et démocrates-chrétiens. La majorité bourgeoise de la chambre a salué la réforme proposée, relevant que la privatisation permettra aux entreprises de se gérer de manière plus efficace et plus proche des marchés.
Lors de l'examen détaillé des articles, la seule modification apportée au projet gouvernemental eut trait à la disposition qui stipulait que le développement d'activités non strictement militaires ne devait pas contrevenir aux intérêts de la Confédération en matière de sécurité. Décidant de biffer cet article sur proposition de la commission pour la sécurité, la majorité de la chambre du peuple a en effet estimé qu'une telle disposition pourrait dissuader les investisseurs de participer au capital des futures sociétés anonymes. Certains parlementaires ont par ailleurs ajouté que la Confédération pourrait toujours faire entendre suffisamment sa voix au sein des conseils d'administration en tant qu'actionnaire majoritaire.
Les autres propositions de modification, qui visaient principalement à mieux prendre en compte certaines conséquences socio-économiques de la privatisation, furent en revanche rejetées. Il en est allé ainsi par exemple d'une proposition démocrate-chrétienne d'obliger les futures sociétés à tenir compte des intérêts des régions les plus défavorisées, les conseillers nationaux estimant une telle disposition contraire à la libéralisation par ailleurs souhaitée. La grande chambre a également rejeté les multiples propositions socialistes (appuyées par les verts et les indépendants) visant à offrir le maximum de protection au personnel. De l'avis que des dispositions transitoires permettront d'atténuer l'impact social négatif de la privatisation, les députés ont notamment refusé de garantir à long terme les salaires actuels, relevant que s'interdire de baisser des revenus en moyenne 15%, voire 30% plus élevés que ceux usuels dans la branche ne pourrait que nuire à la compétitivité des futures sociétés. Une proposition d'accorder au personnel une représentation équitable au sein du conseil d'administration fut elle aussi repoussée, la majorité bourgeoise du Conseil national arguant qu'il fallait laisser le maximum de marge de manoeuvre aux dirigeants. Enfin, la majorité de la grande chambre a accordé le même sort à une proposition Chiffelle (ps, VD) qui demandait de faire figurer dans la loi une disposition enjoignant les entreprises à accroître leurs activités civiles. Nombreux furent les conseillers nationaux bourgeois à souligner que derrière les intentions déclarées de cette proposition – favoriser la viabilité économique des entreprises concernées et maintenir de nombreux emplois – se cachait la volonté de priver l'armée suisse d'une industrie d'armement indigène.

Le Conseil fédéral a décidé de créer une commission de sécurité regroupant les chefs du DFAE, du DFJP et du DMF qui serait assistée d'un groupe de coordination interdépartemental. L'objectif de ces instances est de gérer de manière souple et continue la prévention des menaces politico-militaires. L'accent devrait être mis sur l'amélioration des mécanismes d'avertissement préalable et d'analyse de la situation par le biais d'une optimalisation des structures de conduite et de communication interdépartementales.

Après l'émoi créé par la découverte de masques à gaz dans le lac d'Alpnach (OW), Kaspar Villiger a ordonné une enquête sur les déchets militaires déposés dans les eaux ou le sol suisses. Selon le DMF, bien qu'aujourd'hui le recyclage soit la règle en matière d'armement et de munitions, l'armée s'est néanmoins débarrassée pendant des décennies – de la fin de la seconde guerre mondiale jusqu'en 1965 – de son matériel sans grandes considérations pour l'environnement. L'enquête a révélé que le lac de Thoune était le plus touché; 3000 tonnes de munitions y ont été immergées. Il est apparu que, d'un point de vue écologique, il valait mieux laisser là ces objets plutôt que remuer les fonds des lacs. D'autre part, les risques d'accidents ou de pollution grave semblent très minimes (Outre des munitions, certains lacs recèlent notamment des carcasses d'avion (Neuchâtel), des parties de missiles (Brienz) ou des plaques photographiques (Greifensee)). Concernant les déchets de surface, le DMF entend recenser tous les endroits susceptibles d'avoir servi de décharges pour les inscrire au cadastre; une partie d'entre eux devront être assainis.
Pour répondre de façon mieux adaptée aux exigences de la protection de l'environnement, le DMF a été le premier département à édicter une ordonnance interne concernant l'exécution dans l'administration militaire et dans l'armée de la législation sur la protection de l'environnement et le traitement des marchandises dangereuses. Ce texte, entré en vigueur le 1er juillet, s'applique à tous les agents du DMF et tous les militaires. Son but majeur est de régler le problème de la gestion des déchets militaires et des produits dangereux. Une des principales mesures prescrites consiste en l'introduction d'une feuille de données pour l'utilisation des produits dangereux qui doit contenir les informations propres à garantir une manipulation respectueuse de l'environnement. L'application de cette ordonnance doit être assurée par une organisation spéciale au sein du DMF et des experts présents dans chaque unité de ce département. Le plan directeur Armée 95 accorde également une grande importance à la protection de l'environnement. Non seulement cette réforme prévoit une plus grande attention de l'armée pour les nuisances qu'elle occasionne, mais il est prévu qu'elle puisse intervenir en cas de catastrophe. Dans le cadre de ses activité, l'armée devrait atteindre un meilleur respect des prescriptions environnementales par le biais d'une utilisation accrue de simulateurs, une réduction de sa consommation d'énergie et de ses émissions de bruit, ainsi que par une gestion rationnelle des places d'armes et de tir.

Le groupe radical (Mo. 90.447) et le député Blocher (udc, ZH) (Mo. 90.428) déposèrent des textes demandant la création d'un département fédéral de la défense, regroupant l'armée, la protection civile, les engagements en faveur de la paix et le Corps suisse d'aide en cas de catastrophe. A cette dernière insertion s'opposa catégoriquement son directeur, Charles Raedersdorf.