D'après la Cour européenne des droits de l'homme (CEDH), la pratique suisse en matière de taxe militaire est discriminatoire. Déclaré inapte au service militaire mais apte au service de la protection civile, un Bernois a contesté la taxe militaire arguant qu'il ne pouvait accomplir ni le service militaire, ni le civil pour des raisons médicales. Jugé inapte pour handicap lourd alors que son handicap est léger, il s'estimait également discriminé par rapport aux objecteurs de conscience exemptés de la taxe grâce à la possibilité d'effectuer un service civil.
Déjà en 2009 lors de l'affaire Glor, la CEDH avait estimé que la Suisse – en astreignant un homme atteint d'une incapacité physique au paiement de la taxe, après lui avoir refusé la possibilité d'accomplir un service militaire ou civil – ne favorisait pas la lutte contre la discrimination envers les personnes handicapées et ne promouvait pas leur pleine participation et intégration dans la société. Le Conseil fédéral avait alors modifié l'OAMAS, permettant dès lors de déclarer apte au service militaire une personne – uniquement dans des fonctions particulières – sous réserve. Dans le présent cas, dont les circonstances sont jugées similaires à la précédente affaire, la CEDH souligne qu'en plus de la distinction discriminatoire opérée en raison d'un handicap jugé mineur, le requérant a été nettement désavantagé par rapport aux objecteurs de conscience.

Le Conseil fédéral souhaite restreindre le traitement de la justice militaire des infractions commises par des personnes civiles. Ainsi, seules les juridictions pénales ordinaires devraient être habilitées à statuer sur les violations des dispositions relatives à la protection du secret commises en temps de paix par des personnes civiles sans la complicité de militaires. Concernant les autres délits relevant de la compétence militaire, il entend pouvoir, au cas par cas, les attribuer aux autorités civiles lorsqu'aucune raison matérielle ne justifie le recours à la justice militaire. Les modifications légales – relatives au code pénal militaire, au code pénal et la loi fédérale concernant la protection des ouvrages militaires – ont été soumises en consultation. Deux variantes sont proposées: des nouvelles dispositions dans le droit pénal ou la possibilité de déférer devant la justice pénale ordinaire. La procédure de consultation prendra fin en avril 2021.

Le Tribunal fédéral a rendu un arrêt estimant que l’obligation générale de servir ne contrevient pas à l’interdiction de la discrimination inscrite dans la Convention européenne des droits de l’homme (CEDH). Des citoyens astreints au service avaient fait recours contre le paiement de la taxe d’exemption car ils considèrent que l’obligation, faite aux hommes seulement, est discriminante.

En mai, suite à la saisine d’un citoyen suisse déclaré inapte car diabétique et donc soumis à la taxe d’exemption de l’obligation de servir, la Cour européenne des droits de l’homme a estimé que les taxes d’exemption d’obligation de servir pour les personnes partiellement invalides et voulant faire du service étaient discriminantes. Elle a considéré que ces personnes devaient avoir la possibilité d’accéder à d’autres fonctions au sein de l’armée malgré leur situation. La Confédération a fait appel de cette décision devant la Grande chambre du Tribunal des droits de l’homme. En novembre, cette dernière a décidé de rejeter l’appel de la Confédération et a confirmé le premier verdict. Une motion Lumengo (ps, BE) (Mo. 09.4115) a été déposée en décembre 2009, elle demande la suppression de la taxe pour les personnes partiellement invalides. Le Conseil fédéral a mis en place un groupe de travail interdépartemental pour traiter de la situation dans le respect de la Convention européenne des droits de l’homme.

En juillet, la justice militaire a décidé de ne pas inculper le supérieur direct du commandant de la compagnie de transport aérien qui avait vu 4 de ses hommes tués et un disparu dans l’accident de bateau sur la Kander. En septembre, elle a par contre décidé de lancer des procédures à l’encontre du commandant de la compagnie qui avait organisé l’exercice sur la Kander de juin 2008 ainsi que des deux guides présents lors de l’accident de la Jungfrau en juillet 2007. Ils devaient tous répondre d’homicide par négligence. Le commandant a été reconnu coupable de lésions corporelles et d’homicides par négligences multiples en octobre. Il a été condamné à une peine conditionnelle privative de liberté de 18 mois et à l’exclusion de l’armée. Les deux guides de montagnes ont eux été acquittés en novembre de l’année sous revue. L’accusation a fait appel.

Convoqué cette fois devant le Tribunal fédéral pour la partie civile de ses délits, le colonel à la retraite Friedrich Nyffenegger a été condamné à six mois de prison avec sursis. Trois autres inculpés ont été acquittés. L’ex-colonel était accusé pour l’essentiel d’avoir détourné des fonds à son profit et de s’être laissé corrompre. Le Tribunal n’a finalement retenu qu’un délit portant sur CHF 45'000 et rejeté la corruption. Le but de ce procès consistait à faire définitivement la lumière sur le financement de l’opération « Diamant », organisée en 1989 pour commémorer le cinquantenaire de la mobilisation générale. Concernant le volet militaire de l’affaire, l’auditeur de l’armée ainsi que les défenseurs de Friedrich Nyffenegger et de deux coaccusés ont fait appel contre la condamnation prononcée en décembre 1998 par le tribunal de division 10B.

Les écarts de langage que s’était autorisé un commandant de compagnie en 1998 ne sont pas punissables selon le droit pénal a décidé la justice militaire. Lors d’un exercice, celui-ci s’était fait appeler Milosevic et la mission fictive de la troupe consistait à empêcher des Albanais du Kosovo d’entrer sur territoire suisse. Par ailleurs, la presse a en général salué la publication du rapport sur l’extrémisme dans l’armée, mettant toutefois en garde contre une certaine xénophobie latente.

L’affaire Nyffenegger a connu un premier épilogue. L’ensemble de la procédure pénale, militaire et administrative qui avait commencé en janvier 1996 s’est achevée en juillet 1998. Le colonel à la retraite Friedrich Nyffenegger a été convoqué devant la justice dans le cadre de trois affaires différentes: l’exposition de matériel didactique Didacta en 1988, la commémoration de la mobilisation générale de 1939 (opération Diamant) en 1989 et la transposition d’un aide-mémoire pour officiers sur CD-Rom. Le procès militaire s’est déroulé en décembre à Aarau devant le tribunal de division 10B. Le colonel y était accusé de violation du secret militaire et des prescriptions sur la protection d’informations confidentielles. Il lui était reproché notamment de ne pas avoir effectué les contrôles nécessaires, ni pris les mesures de sécurité requises lors du développement, de la distribution et de la destruction de cédéroms secrets et confidentiels destinés aux officiers supérieurs. L’auditeur de l’armée a requis deux ans et demi de réclusion contre le colonel pour violation intentionnelle de secrets militaires et non-respect de prescriptions militaires. La défense, considérant l’engagement de l’accusé, a plaidé deux mois de prison avec sursis. Le tribunal a finalement condamné Friedrich Nyffenegger à 15 mois de prison avec sursis. Il a estimé que sa faute n’était pas particulièrement grave, mais que le colonel avait accepté le risque que des tiers puissent avoir accès aux données sensibles contenues dans le cédérom, en particulier les plans de la mobilisation et des fortifications. Deux des quatre autres coaccusés ont été acquittés et deux ont été condamnés à des peines de un et deux mois de prison avec sursis. La Cour pénale fédérale jugera à son tour le colonel et d’autres coaccusés en 1999 pour corruption et divers délits contre le patrimoine.

S'étant saisi des aspects pénaux des trois affaires, le juge d'instruction militaire a pour sa part clos son enquête et transmis le dossier à l'auditeur en chef de l'armée. Au sujet des deux principaux protagonistes de l'affaire des CD-Rom – à savoir Friedrich Nyffenegger et Gustav Furrer (mandataire du projet) – l'instruction a pu confirmer le soupçon de violations du secret militaire, l'enquête ayant révélé que des prescriptions élémentaires de sécurité n'avaient pas été respectées. La peine théorique maximale encourue par les deux hommes est de sept ans et demi de réclusion. En ce qui concerne les neuf autres personnes inculpées, le juge d'instruction a recommandé au procureur de dresser un acte d'accusation contre trois d'entre eux. Parmi les six autres, deux devraient pouvoir bénéficier d'un non-lieu, alors que pour les quatre derniers une ordonnance de condamnation (maximum 30 jours d'emprisonnement ou amende) devrait suffire. L'enquête civile n'est de son côté pas encore terminée. Portant également sur les affaires dites «Diamant» et «Didacta» et impliquant principalement, outre F. Nyffenegger et G. Furrer, l'entrepreneur Hans Kronenberg, l'instruction civile confirmera ou non les soupçons de corruption et de faux dans les titres pesant sur les trois hommes. Le juge civil devrait rendre ses conclusions l'année prochaine.

A la suite de l'ouverture de ces procédures pénales, trois enquêtes portant sur des aspects administratifs et militaires furent ouvertes parallèlement. La première – menée par le chef de l'état-major général Arthur Liener sur demande du chef du DMF – devait déterminer si l'aide mémoire électronique avait pu, en raison de l'absence de mesures de sécurité, tomber dans les mains des services d'espionnage étrangers. Rendant ses conclusions, le chef de l'état-major général n'a pu écarter avec certitude une telle éventualité. A Liener a souligné que si tel était le cas, le préjudice pour la sécurité du pays serait non négligeable, les informations contenues dans le CD-Rom procurant alors à l'adversaire des avantages importants du point de vue du temps et des moyens à utiliser. Le plus haut gradé de l'armée suisse a tenu cependant à relativiser les conséquences d'une telle éventualité dans la mesure où les changements permanents que connaît l'organisation militaire – et notamment la très prochaine réorganisation totale de la mobilisation – rendent caduques de nombreuses informations contenues dans le CD-Rom.
Les deux autres enquêtes furent menées l'une par une délégation des commissions de gestion des deux chambres, l'autre par l'ancien préposé aux fiches René Bacher, ce dernier ayant été chargé par Adolf Ogi de mettre en lumière les dysfonctionnements au sein du DMF à l'origine de cette situation. Parvenant à des conclusions dans l'ensemble similaires, les deux rapports ont dénoncé l'absence de contrôle et de surveillance auxquels aurait dû être soumis le colonel Nyffenegger. En ce qui concerne plus particulièrement l'opération Diamant, tant R. Bacher que les parlementaires ont souligné que la totale liberté dont avait bénéficié l'officier avait sans doute été à l'origine d'un dépassement de budget s'élevant à près de 100%. Les principaux responsables de cet état de fait seraient, outre F. Nyffenegger, le chef de l'instruction de l'époque, Rolf Binder, ainsi que le secrétaire général du DMF, Hans-Ulrich Ernst, lesquels auraient failli à leur devoir de surveillance. Les deux enquêtes ont également critiqué la totale opacité des opérations financières réalisées lors de la commémoration de la mobilisation.
En ce qui concerne l'affaire portant sur l'aide mémoire électronique, l'enquête administrative commandée par A. Ogi ainsi que celle parlementaire ont relevé à nouveau que s'il était vraisemblable, sous réserve des conclusions de l'enquête pénale, que le colonel Nyffenegger avait eu des comportements répréhensibles, ces derniers seraient avant tout la conséquence d'un système de gestion et d'organisation inefficace. Dans cette affaire également, le colonel Nyffenegger n'aurait été soumis à aucune surveillance. Les mesures tant informatiques qu'organisationnelles pour garantir le caractère secret des informations contenues dans le CD-Rom auraient été en outre amplement insuffisantes, la délégation parlementaire relevant par exemple que le CD-Rom pouvait être facilement lu et copié à partir d'un logiciel standard. Les principaux responsables de cette situation seraient le supérieur hiérarchique direct de F. Nyffenegger, le brigadier P. Meyer, et, en premier lieu, le chef de l'état-major général, A. Liener. Selon les termes des deux rapports, ce dernier porte la responsabilité finale des différents dysfonctionnements, le chef de l'armée ayant gravement manqué à son devoir de surveillance.
Le CN a par ailleurs décidé de ne pas donner suite à une initiative parlementaire Chiffelle (ps, VD) (Iv.pa. 96.411) demandant qu'une commission d'enquête parlementaire (CEP) soit mise sur pied pour mettre en lumière les tenants et les aboutissants de ces différentes affaires. A l'exception des députés socialistes et écologistes, les CN n'ont pas partagé les préoccupations exprimées par l'initiant: ils ont estimé suffisants les moyens à la disposition des commissions de gestion.

Répondant à une question ordinaire urgente du député socialiste genevois Ziegler, le Conseil fédéral a reconnu que le procureur de la Confédération avait ouvert une enquête suite aux informations que lui avait fait parvenir l'ancien conseiller national Poncet (pl, GE) quant à une éventuelle affaire de corruption lors de l'achat des F/A 18. Ce dernier a en effet alerté le ministère public après avoir reçu de la part d'une source étrangère des informations faisant état de versements de dessous-de-table opérés par le fabricant Mc Donnel-Douglas à des fonctionnaires du DMF. L'enquête devra déterminer si ces accusations sont exactes ou si elles ne constituent qu'une tentative d'intoxication de la part des services secrets de pays dont l'avion de combat aurait été écarté au profit de l'appareil américain. Le gouvernement a pour sa part tenu à préciser que le DMF ne détenait aucun indice susceptible de motiver concrètement un soupçon quant à l'existence de telles commissions, ajoutant que le colonel Nyffenegger n'avait été associé à aucun moment à la procédure d'acquisition du nouvel avion de combat.

Au début de l'année, le procureur de la Confédération, Carla del Ponte, et l'auditeur en chef de l'armée, Jürg van Wijnkoop, ont révélé que des enquêtes pénales avaient été ouvertes contre trois personnes soupçonnées de dispersion d'informations confidentielles et secrètes de l'armée, de délits de corruption et d'abus de patrimoine. Ces trois personnes – un ancien haut gradé de l'armée, le colonel Friedrich Nyffenegger, un directeur d'une société de communication zurichoise, Gustav Furrer, et un chef d'entreprise lucernois, Hans Kronenberg – sont accusées d'avoir commis plusieurs actes délictueux lors des 8 dernières années.
La première affaire – dans laquelle sont impliqués le colonel à la retraite et le directeur zurichois – porte sur la mise sur pied entre 1993 et 1995 d'un CD-Rom destiné aux officiers de l'état-major et comprenant de nombreuses informations confidentielles et top secrètes sur l'armée (conduite de la mobilisation, emplacement des ouvrages minés, dépôts de munitions, plan de bataille). Lors de la réalisation de ce projet confiée par F. Nyffenegger à l'entreprise du dirigeant zurichois, les deux hommes n'auraient pas respecté les normes de sécurité en matière de protection de l'information. Notamment, l'élaboration du CD-Rom n'aurait pas eu lieu dans les locaux du DMF, mais au sein de l'entreprise zurichoise, à la merci de regards indiscrets. Le colonel Nyffenegger aurait pour sa part détenu sans autre mesure de sécurité des exemplaires du CD-Rom à son domicile. Les enquêteurs ont également constaté la disparition de trois de ces CD-Rom. Des soupçons de corruption pèsent par ailleurs sur les deux hommes, les investigations policières ayant révélé que G. Furrer avait versé quelque CHF 12'000 sur le compte du colonel à la retraite. Ce versement aurait été effectué par l'entrepreneur afin de décrocher le mandat concernant la réalisation du CD-Rom. Il est par ailleurs à noter que le juge d'instruction militaire a élargi à quatre autres personnes l'inculpation pour violation des prescriptions de sécurité en matière d'informations militaires. Les quatre nouveaux inculpés sont le brigadier Paul Meyer, supérieur hiérarchique direct de F. Nyffenegger, un fonctionnaire du Groupement de l'Armement, un employé de l'entreprise zurichoise de communication ainsi que l'ancien directeur de l'entreprise vaudoise chargé de l'impression du CD-Rom.
La deuxième et la troisième affaires portent respectivement sur les festivités mises sur pied par le DMF en 1989 pour célébrer les 50 ans de la mobilisation générale (opération Diamant) et sur une exposition de matériel didactique (Didacta) organisée à Bâle en 1988. Dans ces deux affaires, dans lesquelles l'homme d'affaires bâlois serait également impliqué, les enquêteurs ont découvert au domicile des trois accusés du matériel (télévisions, magnétoscopes, meubles de bureau) acheté par le DMF pour ces manifestations et que les trois hommes se seraient approprié illégalement. Les investigations ont en outre révélé que le colonel avait reçu, dans le cadre de l'organisation de ces deux manifestations également, de substantielles sommes d'argent (quelque CHF 120'000) de la part des deux hommes. Pour le ministère public, ces versements pourraient être liés – du moins en ce qui concerne le dirigeant de la société zurichoise – avec le fait que ce dernier ait organisé l'aspect communication de l'opération Diamant.

L'auditeur de l'armée ayant fait recours contre les jugements prononcés en 1995 à l'encontre du commandant de compagnie et du chef de section impliqués dans le décès d'une recrue, le procès en appel a eu lieu en début d'année à Lausanne. Si le lieutenant voyait son acquittement confirmé, il n'en est pas allé de même pour le capitaine qui a vu sa peine aggravée; au lieu des 20 jours d'emprisonnement avec sursis auxquels le tribunal de première instance l'avait condamné, le commandant de compagnie a écopé de deux mois d'emprisonnement avec sursis. Les juges ont en effet estimé que ce dernier aurait dû décider plus tôt d'interrompre le calvaire de la recrue devant les signes évidents d'épuisement de celle-ci, décision qui lui aurait assurément sauvé la vie.

La justice militaire a dû se prononcer sur la responsabilité de deux officiers impliqués dans la mort d'une recrue en 1993. Cette dernière était décédée lors d'une marche de 20 km après avoir été tractée sur près de 8 km, arrimée par des sangles au sac de deux de ses camarades. Des deux officiers contre lesquels la charge d'homicide par négligence avait été retenue, seul le commandant de compagnie a été reconnu coupable et condamné à vingt jours d'emprisonnement assortis d'un sursis de deux ans. Le lieutenant à la tête de la section de la défunte recrue a été acquitté en raison de son rapport de subordination. Ce jugement, perçu comme particulièrement clément, a suscité de vives réactions dans l'opinion publique et a soulevé à nouveau la question de l'abolition de la justice militaire. Le conseiller fédéral Villiger, chef du DMF, s'est insurgé contre la pratique consistant à attacher une recrue avec des sangles et s'est déclaré en faveur de la désobéissance dans le cas d'ordres mettant en danger sans nécessité la vie humaine.
Il est à relever que la CN Jeanprêtre (ps, VD) a déposé une initiative parlementaire (Iv.pa. 95.425) demandant la suppression des tribunaux militaires.

En cassant un jugement de la justice saint-galloise qui n'avait pas voulu condamner à la prison un réfractaire à la taxe militaire, le Tribunal fédéral a maintenu la ligne qu'il défendait jusque là; selon lui, le principe de l'égalité de traitement empêche d'atténuer la peine d'un objecteur, la taxe militaire ayant pour but d'exiger un sacrifice financier compensatoire pour ceux qui n'effectuent pas, pour une raison ou pour une autre, leur service militaire.

Amorcé en 1985, le recul du nombre des objecteurs de conscience s'est poursuivi. Ils n'ont ainsi été que 542 (1985: 686) à comparaître devant les tribunaux en 1986, alors qu'en 1984, année record, 788 refus de servir avaient été recensés. Parmi ceux-ci cependant, seuls 153 ont invoqué des raisons religieuses ou éthiques entraînant un grave conflit de conscience, les autres refusant leurs obligations militaires soit pour les mêmes motifs, mais sans crise de conscience, soit pour des raisons purement politiques ou encore par peur de l'effort et de la discipline. Deux hypothèses ont été avancées par le DMF pour expliquer ce reflux: le rejet, en 1984, del'initiative populaire pour un authentique service civil et la prise de conscience au sein de la jeunesse de l'importance de la défense de notre pays, une dernière explication qui entre toutefois en contradiction avec les propos émis par E. Lüthy sur le désintérêt constaté chez les jeunes de moins de 20 ans pour la chose militaire et qui ont été évoqués auparavant.

Die Zahl der Verurteilungen wegen Dienstverweigerung nahm 1985 erstmals seit 1980 wieder ab und fiel mit 686 (1984: 788) unter den Stand von 1982. Es wurde freilich darauf hingewiesen, dass eine zunehmende Ausmusterung aus psychischen Gründen die Möglichkeit einer versteckten Dienstverweigerung biete, die in der Statistik nicht sichtbar werde. Diese wies 268 Begründungen mit ethischer oder religiöser Gewissensnot aus, von denen 143 anerkannt wurden (1984: 347 bzw. 234).

Die Zahl der Verurteilungen wegen Dienstverweigerung erreichte mit 788 (1983: 745) wiederum einen neuen absoluten Höchststand. Damit setzte sich die seit 1980 ständig steigende Tendenz fort. Nach offiziellen Kategorien gegliedert, ergaben sich 337 (1983: 356) Verweigerungen aus ethischen oder religiösen Gründen; politische Motive waren in 55 (1983: 74) Fällen massgebend. Die verbleibenden 386 (1983: 315) Verweigerer fielen in die Kategorie «andere Gründe». Aus diesen Verschiebungen wurde geschlossen, dass es gegenwärtig eher private Motive sind, welche für den Anstieg der Dienstverweigerungen verantwortlich gemacht werden können. Von den weiterhin rückläufigen Gesuchen um Einteilung in den waffenlosen Dienst wurden im Berichtsjahr 201 (1983: 108) bewilligt. Mit der weiblichen Dienstverweigerung standen die Militärgerichte vor einem neuen Phänomen. 8 Tage Haft erhielt eine Frau vor Divisionsgericht, weil sie wegen enttäuschten Erwartungen aus dem FHD austrat.

Die Zahl der Verurteilungen wegen Dienstverweigerung erreichte 1983 mit 745 einen absoluten Höchststand und setzte die seit 1980 steigende Tendenz (1982: 729; 1981: 593; 1980: 354) fort. Nach den offiziellen Kategorien nahm die Verweigerung aus privaten Motiven wie Trotz und Unlust, aber auch aus Angst vor Gefahren und Unterordnung zu, während die Fälle aus ideellen Gründen religiöser, ethischer oder politischer Art stagnierten. Auch die Verweigerung von Kaderschulen wurde etwas häufiger. Von den rückläufigen Gesuchen für einen waffenlosen Dienst wurden 108 (1982: 223) bewilligt. Besondere Aufmerksamkeit erregten einige Urteile des Divisionsgerichts 8, in denen exemplarisch hohe Strafen verhängt wurden, die jedoch vor Appellationsgericht nicht alle eine Bestätigung fanden. Versuche für eine umfassende Erklärung der Dienstverweigerung wiesen auf die im europäischen Vergleich kleine Zahl hin und brachten die langfristige Zunahme mit tiefgreifenden Veränderungen der Wertstrukturen und Verhaltensweisen in den westlichen Gesellschaften seit Mitte der 60er Jahre in Zusammenhang. Bei den heutigen Jugendgenerationen seien der Wunsch nach individueller Autonomie gegenüber Ansprüchen gesellschaftlicher Institutionen sowie die verstärkte Bereitschaft zu ihrer Durchsetzung kennzeichnend.

Die Zahl der Dienstverweigerer erreichte mit 729 eine neue Rekordhöhe, nachdem sie schon im Vorjahr von 354 (1980) auf 593 (1981) angestiegen war. Dabei vermochte kaum jemand einleuchtende Erklärungen für diese Zunahme um mehr als 20% zu nennen. Gesuche um waffenlosen Dienst gab es 898 (1981: 717), doch wurden bloss 201 davon bewilligt (1981: 254). Anscheinend lassen sich auch durch dieses Mittel die Probleme von Wehrpflichtigen mit Gewissenskonflikten nicht befriedigend lösen.

En 1971, 227 objecteurs de conscience ont été condamnés, contre 175 l'année précédente. Comme en 1970, le nombre des prévenus invoquant des motifs religieux a diminué au profit de ceux qui ont fait valoir des raisons d'ordre politique et éthique. En forte augmentation ont été les objecteurs avançant des motifs ne rentrant dans aucune de ces catégories: peur de la subordination, aversion pour le service, esprit d'opposition, vantardise. La majorité des condamnés sont Romands et Tessinois (121 sur 227). Deux officiers et six sous-officiers figurent au nombre des 227 objecteurs.