Afin d'éliminer les divergences entre les chambres, la modernisation du droit de la société anonyme (SA) est retournée au Conseil national. Après de longs débats, la chambre du peuple s'est légèrement rapprochée des propositions du Conseil des Etats, mais a maintenu certaines divergences.
D'un côté, la chambre du peuple a souhaité renforcer le droit des actionnaires en abaissant le seuil de 3 pour cent du capital-actions pour déposer un objet à l'ordre du jour d'une assemblée générale. Le nouveau pourcentage de 0,5 ou 1,0 pour cent doit encore être voté en chambre. Ensuite, par 105 voix contre 73, la représentation d'un actionnaire par un membre d'un organe de la société ne sera pas interdite pour toutes les sociétés, mais uniquement pour les sociétés cotées en bourse. Finalement, le Conseil national a confirmé, par 107 voix contre 78, la volonté d'intégrer le secteur des matières premières à la réforme afin de lutter contre la corruption.
D'un autre côté, le Conseil national a maintenu les actions dite «de loyauté». Selon le parlementaire Bregy (pdc, VS), elles permettent une relation de confiance durable. Au final, l'initiative contre les rémunérations abusives (initiative Minder) n'a été que partiellement implémentée, au grand dam de la gauche.
La modernisation du droit de la société anonyme retourne donc à la chambre des cantons.

Alors que le projet 2 de la révision du droit de la société anonyme (SA) s'était logiquement imposée comme un contre-projet indirect à l’initiative populaire fédérale 17.060 «Entreprises responsables – pour protéger l’être humain et l’environnement», les nouvelles propositions du Conseil fédéral ont modifié la donne. La chambre des cantons s'est donc prononcée, à nouveau, sur le contre-projet indirect. Au final, la nouvelle version, influencée par les recommandations du Conseil fédéral, a été adoptée par 25 voix contre 13. Cette nouvelle version restreint, encore plus, le champ d'application de l'initiative populaire. Par exemple, le devoir de diligence serait réduit uniquement aux «minerais de conflit» et au «travail des enfants». De plus, la nécessité de rendre un rapport ne serait imposée qu'aux «sociétés d'intérêt public». Ou encore, la nouvelle législation ne concernait que les entreprises de plus de 500 employés et qui détiennent un chiffre d'affaire supérieur à 80 millions de francs suisse. La majorité bourgeoise, et particulièrement le PLR par la voix de Ruedi Noser (plr, ZH), a jugé qu'il était injuste de culpabiliser les entreprises alors que 99 pour cent sont exemplaires. A l'opposé, la gauche, et notamment le PS par la voix de Christian Levrat (ps, FR), a souligné la nouvelle dynamique qui anime notre société et demande plus d'équité. De son côté, le Conseil fédéral a précisé que le problème existait à l'échelle internationale et qu'une solution nationale aurait donc une portée limitée. Au final, le Conseil des Etats a adopté le nouveau contre-projet indirect, inspiré des propositions du Conseil fédéral.

Le projet 2 de la révision du droit de la société anonyme s’est profilé comme un contre-projet indirect à l’initiative populaire fédérale 17.060 «Entreprises responsables – pour protéger l’être humain et l’environnement». Après de longs débats, la Commission des affaires juridiques du Conseil des États (CAJ-CE) a proposé à sa chambre, par 7 voix contre 4 et 1 abstention, d’entrer en matière sur le projet.
Néanmoins, lors de la session d’automne 2019, les parlementaires ont adopté une motion d’ordre Noser (plr, ZH) qui renvoie l’objet en commission pour une nouvelle analyse. Par 24 voix contre 20 et 1 abstention, les sénateurs et sénatrices souhaitent donc que la recommandation de la CAJ-CE prenne en compte les dernières propositions du Conseil fédéral. En effet, le gouvernement est intervenu en amont du débat parlementaire pour critiquer une initiative et un contre-projet qui nuiraient à la place économique suisse selon lui. Le contre-projet indirect ne sera donc pas examiné avant la fin de la 50ème législature.
Le camp rose-vert, par l’intermédiaire de Christian Levrat (ps, FR) et Robert Cramer (verts, GE) ont fustigé cette décision, en mettant en avant la crainte des partis bourgeois à l’aube des élections fédérales. A l’opposé, Andrea Caroni (plr, AG) et Stefan Engler (pdc, GR) ont rappelé que la volonté de repousser le débat n’était pas nouvelle, et qu’il était impératif de prendre toutes les variables en compte, et de ne pas agir dans la précipitation. Le contre-projet indirect devra donc attendre la 51ème législature pour connaître son rôle dans le débat sur l’initiative populaire.

La modernisation du droit de la société anonyme (SA) a continué de faire couler beaucoup d'encre sous la coupole fédérale. Tout d'abord, le Conseil national a maintenu par 109 voix contre 69 son contre-projet indirect à l'initiative populaire «Entreprises responsables – pour protéger l’être humain et l’environnement». Le contre-projet retourne donc à la chambre des cantons. Il s'inscrit comme un projet 2 dans la révision du droit de la société anonyme. Ensuite, le Conseil des Etats s'est penché sur le projet 1. Trois aspects ont été au cœur des débats. Premièrement, la chambre des cantons a accepté par 27 voix contre 13 d'imposer des quotas de femmes dans les directions et conseils d'administrations. Les quelques 250 entreprises concernées ont désormais cinq années pour atteindre au moins 30% de femmes dans les conseils d'administrations, et 10 années pour atteindre au moins 20% de femmes dans les directions. Néanmoins, ces quotas s'accompagnent d'aucune sanction. Les défenseurs de ces quotas ont mis en avant l'échec de l'autoréglementation et la pression populaire imposée par la grève féministe et des femmes* du 14 juin 2019. L'UDC et le PLR ont brandi en vain l'argument de l'entrave à la liberté économique. Deuxièmement, le Conseil des Etats a introduit une marge de fluctuation du capital avec un traitement fiscal privilégié. Même s'il a critiqué une révision qui ne serait plus neutre fiscalement, le Parti socialiste n'a pas réussi à faire entendre sa voix. Troisièmement, les sénateurs ne sont pas allés plus loin que les exigences de l'initiative contre les rémunérations abusives déjà introduites par ordonnance.

Étant donné que la seconde partie du projet de modernisation du droit de la société anonyme s’est profilée comme un contre-projet indirect à l’initiative populaire «Entreprises responsables – pour protéger l’être humain et l’environnement», elle a été débattue dans le cadre de la discussion sur l’objet 17.060. Les sénateurs ont refusé le contre-projet indirect, partie 2 de la révision du droit de la société anonyme, par 22 voix contre 20. La droite a imposé sa volonté, alors qu'elle craignait que le contre-projet contraigne l'économie avec des normes superflues. Karin Keller-Sutter, pour le Conseil fédéral, a proposé la même argumentation pour justifier la proposition de refus du contre-projet. Le dossier retourne au Conseil national.

Le Conseil des États a décidé de renvoyer en commission le projet de révision du droit de la société anonyme. Dans un premier temps, Ruedi Noser (plr, ZH) a estimé que l’objectif initial de modernisation du droit de la société anonyme n’était plus respecté par le projet soumis à la chambre. Il a notamment souligné le scepticisme des groupes d’intérêts des milieux économiques comme EconomieSuisse, Swissmem, Swissholdings ou encore Sciencesindustries. Sa proposition de non-entrée en matière a été adoptée par 23 voix contre 20. Puis, dans un deuxième temps, la chambre des cantons a validé la proposition d’Andrea Caroni (plr, AR) de renvoyer le projet à la commission des affaires juridiques du Conseil des États (CAJ-CE). Le sénateur Caroni souhaite qu'une révision par la commission permette d’alléger le fardeau administratif initialement prévu par le projet, et prenne en compte l’ordonnance sur les rémunérations abusives (ORAb) sans obliger les sociétés à modifier leurs statuts. L’objet retourne donc à la CAJ-CE par 29 voix contre 15.

Alors que la révision du droit de la société anonyme (SA) se divisait en 4 volets distincts, c’est véritablement le volet sur les quotas pour renforcer l’égalité entre homme et femme qui a animé les débats sous la coupole. Le projet du Conseil fédéral imposait des seuils d’au minimum 30 pour cent de femmes dans les conseils d’administration et de 20 pour cent de femmes dans les directions. En cas de non-respect des seuils, aucune sanction n’était prévue. De plus, des délais de transition de 5 années pour les conseils d’administration et de 10 années pour les directions étaient prévus.
Lors du débat, une cristallisation gauche-droite s’est nettement dessinée, et chaque parti politique a argumenté pour un durcissement ou un assouplissement. Lisa Mazzone (verts, GE) voulait augmenter les quotas, mais a finalement retiré sa demande. A gauche, les parlementaires ont parlé de «pas de fourmi». Au centre, Andrea Gmür (pdc, LU) a mentionné de nombreuses études qui attestent de la meilleure efficacité des équipes mixtes. De l’autre côté de l’échiquier politique, Natalie Rickli (udc, ZH) a critiqué une mesure interventionniste. Le PLR a déclaré que des quotas se posaient comme une «offense aux femmes». Les seuils de représentations ont finalement été adoptés, in extremis, par 95 voix contre 94 et 3 abstentions. La gauche et le centre ont fait bloc pour imposer cette révision. Ensuite, les dispositions liées à l’initiative populaire «Entreprises responsables – pour protéger l’être humain et l’environnement» ont été séparées du projet de révision. Ainsi, l’art.55 du projet de révision s’est transformé en contre-projet indirect à l’initiative populaire.
Lors du vote final, la révision du droit de la société anonyme a été adopté par 101 voix contre 94. L’UDC et la majorité du PLR se sont opposés en vain au projet. La raison du refus est liée aux quotas de représentations pour les femmes.

Dans son message, transmis au Parlement, sur la modernisation du droit de la société anonyme (SA), le Conseil fédéral a repris les éléments d’un mandat initié en 2007 mais a aussi introduit des dispositions relatives à l’application de l’initiative populaire contre les rémunérations abusives dite «Initiative Minder». Dès lors, dans un premier volet, ce projet renforce le droit des actionnaires. Par exemple, les primes d’embauche qui ne corrigent pas un désavantage financier établi ainsi que les indemnités qui découlent d’une interdiction de concurrence non justifiée par des motifs commerciaux seront interdites. En outre, ce message vise une simplification des procédures dans le cas d’action en restitution de rémunérations injustifiées. Un deuxième volet se focalise sur la représentation des sexes au sein des conseils d’administration et des organes de direction. Des seuils respectifs de 30% et 20% minimums sont donc proposés. Le principe «appliquer ou expliquer» accompagne ces mesures qui s’inscrivent dans le cadre de l’obligation constitutionnelle de garantir l’égalité homme-femme. Des délais de transition sont prévus. Ensuite, un troisième volet se penche sur le débat de la transparence dans le secteur des matières premières. Les sociétés devront publier électroniquement tous les paiements à un gouvernement, si le seuil de CHF 100'000 par année est dépassé. Finalement, un quatrième volet concerne des simplifications et assouplissements pour les sociétés anonymes. Notamment, le capital-actions pourrait être fixé en monnaie étrangère.