Comme demandé par le Conseil des Etats par l'intermédiaire du postulat Seydoux, le Conseil fédéral a délivré un rapport relatif aux mesures à prendre afin de sauver la race de chevaux franches-montagnes. La sénatrice jurassienne Anne Seydoux-Christe (pdc, JU) demandait à ce que le contingent limitant à 3822 chevaux le nombre d'équidés importés par année profitant de taxe douanière fixée lors de l'Uruguay Round du GATT soit abaissé, pour revenir à son niveau de départ (3322 unités). Le Conseil fédéral estime dans son rapport que cette mesure serait contreproductive et ne profiterait à personne. Celui-ci considère que l'achat d'un cheval comporte des dimensions affectives et pratiques qui jouent un plus grand rôle que la dimension économique; l'augmentation des prix résultant de la baisse de ce contingent d'importation n'aurait comme seuls effets une baisse de l'offre et une augmentation de la rente dans le commerce de chevaux – aucune relation théorique entre une baisse du contingent et un accroissement des ventes de Franches-Montagnes n'a pu, de plus, être calculée.
Quant aux incitations financières appelées des vœux de la sénatrice chrétienne-démocrate, le Conseil fédéral attend la publication d'un rapport concernant la stratégie de sélection animale à l'horizon 2030 qui devrait paraître d'ici à la fin de l'année 2017. Cette stratégie permettra de déterminer sous quelle forme les contributions à la sauvegarde des Franches-Montagnes devront se faire.
Malgré tout, le Conseil fédéral propose que l'OFAG aide la Fédération suisse du franches-montagnes (FSFM) à étendre le périmètre d'activité des organisations d'élevage reconnues à d'autres pays que la Suisse et l'Allemagne ainsi qu'à créer des registres généalogiques affiliés à celui de la FSFM. Ceci permettrait d'inclure les chevaux nés à l'étranger au registre généalogique et de leur octroyer un certificat d'ascendance. Cela amènerait à une augmentation du nombre de naissances ainsi qu'à une plus grande variabilité génétique. La Suisse ayant ratifié la Convention sur la diversité biologique (CDB) émanant du Sommet de la Terre de 1992, elle se doit de conserver la diversité génétique des espèces présentes sur son territoire.
De plus, le Conseil fédéral fait remarquer que les employés et employées d'Agroscope — situés au Haras national suisse (HNS) à Avenches — sont à la disposition de la FSFM quant aux questions relatives à la sélection animale. Il souhaiterait, dans ce domaine, qu'une numérisation accrue des activités ait lieu.

Par son postulat, la sénatrice jurassienne Anne Seydoux-Christe (pdc, JU) demande au Conseil fédéral d'examiner les mesures qu'il faudrait prendre afin de sauver la race de chevaux franches-montagnes et le savoir-faire des éleveurs. La sénatrice chrétienne-démocrate voit plus particulièrement deux mesures que le Conseil fédéral pourrait appliquer. Premièrement, une meilleure protection à la frontière et deuxièmement un plus grand soutien financier afin de promouvoir la vente de l'unique race de chevaux provenant de Suisse. Elle propose donc que le contingent d'importation de chevaux fixé lors de l'Uruguay Round du GATT en 1994 soit à nouveau en vigueur, celui-ci ayant été par la suite (en 2010) volontairement augmenté de 500 unités – passant à 3822 équidés.
Dans sa réponse, le Conseil fédéral – s'appuyant sur une étude menée par Agroscope – estimait qu'un abaissement de ce contingent n'amènerait pas à une amélioration de la situation pour les franches-montagnes, tout en péjorant par contre le marché d'autres races.
A cela, la sénatrice jurassienne répond que cette race suisse saurait parfaitement entrer en concurrence avec d'autres races, étant dans la même catégorie de prix que 65% des chevaux importés et pouvant être utilisée comme cheval de loisir, comme la plupart des chevaux existants en Suisse. Elle estime, de plus, que les importations de chevaux pérorent l'élevage du cheval des Franches-Montagnes, les importations ayant augmenté de 26% depuis 1995, le nombre de franches-montagnes ayant lui diminué de 44.5% durant la même période. De plus, comme rappelé par le sénateur jurassien Claude Hêche (ps, JU), le coût pour exporter un franches-montagnes à l'étranger revient à 40% du prix du cheval, alors qu'il n'est que d'une centaine de francs pour l'import de chevaux étrangers. Quant au soutien financier que la dépositaire du postulat estime trop bas, le conseiller fédéral Schneider-Ammann précise que celui-ci s'élève à 2,4 millions par années, sans compter les frais divers engendrés par la mise à disposition d'infrastructures et de conseils.
Au final, la chambre des cantons décide, par 33 voix contre 7 et 0 abstention, de soutenir la requête de la sénatrice jurassienne. Le Conseil fédéral ainsi que l'Administration sont donc chargés de se pencher plus amplement sur les mesures pouvant permettre de freiner la baisse de naissances du cheval des Franches-Montagnes.