L'initiative pour des aliments équitables a échoué à trouver une majorité au sein du corps électoral. Lancé par les Verts en 2014, le texte demandait à ce que les produits alimentaires importés respectent les normes sociales et environnementales suisses, afin de proposer aux consommateurs et consommatrices un large choix de denrées alimentaires produites de manière équitable et écologique. Rejetée par le Conseil fédéral ainsi que par les deux chambres fédérales, l'initiative trouvait, au début de la campagne, un soutien important auprès de la population. Les premiers sondages d'opinion de l'institut gfs.bern montraient, en effet, une acceptation allant jusqu'à 78% un mois avant la votation et 53% dix jours avant celle-ci. L'analyse effectuée par Année Politique Suisse des annonces politiques publiées dans les journaux a montré un déséquilibre entre les deux camps, les annonces s'opposant à l'initiative ayant été beaucoup plus nombreuses que celles la soutenant.

Au fil de la campagne, plusieurs arguments ont été mobilisés par les opposants pour attaquer la proposition des Verts. Tout comme pour l'initiative pour la souveraineté alimentaire, la crainte d'une hausse généralisée des prix des denrées alimentaires, ainsi que la compatibilité avec les accords commerciaux signés par la Suisse ont été mis en avant. Les contrôles à l'étranger qu'impliquerait la mise en œuvre de cette initiative ont également été invoqués. Finalement, l'acceptation, une année auparavant, du contre-projet à l'initiative sur la sécurité alimentaire – inscrivant dans la Constitution fédérale le principe d'un commerce international durable – a quelque peu coupé l'herbe sous les pieds des initiant.e.s. Celles et ceux-ci ont, tout au long de la campagne, insisté sur le fait que la mise en application de l'initiative était assez libre dans la forme, le texte laissant une marge d'interprétation relativement grande. Ainsi, la mise en place d'un système privilégiant, au niveau des droits de douane, les denrées alimentaires équitables face à celles produites de manière conventionnelle a été évoquée. Les opposant.e.s ont eu une autre lecture du texte soumis par les Verts. Selon leur interprétation, l'ensemble des aliments importés doivent respecter les normes suisses. Ces divergences peuvent s'expliquer par l'utilisation dans la version allemande du terme «grundsätzlich», pouvant signifier «en règle générale» ou «fondamentalement», pour désigner le degré d'importations devant respecter les normes susmentionnées.

Parmi les soutiens à l'initiative, quelques surprises. En effet, le président ainsi que la vice-présidente de l'USP, respectivement Markus Ritter (pdc, SG) et Christine Bühler se sont ouvertement prononcés en faveur de l'initiative, alors même que le comité central de l'organisation paysanne a décidé de laisser la liberté de vote. La section cantonale vaudoise de l'UDC s'est également exprimée en faveur du texte des Verts, alors que la section nationale s'y opposait.
Par la voix d'Alain Berset, le Conseil fédéral a, quant à lui, mené campagne contre l'initiative, invoquant principalement la hausse des prix qu'impliquerait la mise en œuvre de l'initiative.

Avec une faible participation (37.5%) du corps électoral, l'initiative a été rejetée par 61.3 pour cent des votant.e.s. Malgré tout, et de manière similaire à l'initiative pour la souveraineté alimentaire, le texte a trouvé des majorités confortables dans 4 cantons romands (Genève avec 63.9%, Jura avec 58.9%, Neuchâtel avec 57.1% et Vaud avec 63.8%), un contraste saisissant avec les cantons alémaniques à l'image d'Obwald (20.4% de oui) ou de Zurich (35.3%) pour ne prendre que deux exemples.

Votation du 23 septembre 2018
Participation: 37.52%
Oui: 774 821 (38.70%) / Cantons: 4
Non: 1 227 326 (61.30%) / Cantons: 16 6/2

Consignes de vote:
- Oui: Les Verts, PS (2)*, PEV (3)*
- Non: UDC (1)*, PLR, PDC (2)*, PBD (2)*
- Liberté de vote: Vert'libéraux (2)*
*entre parenthèses: nombre de sections cantonales divergentes

Le national traite de l'initiative pour des aliments équitables sur laquelle la population sera amenée à voter en septembre 2018. Tout comme le Conseil fédéral, une majorité de la commission de l'économie et des redevances du Conseil national (CER-CN) appelle à ne pas soutenir cette initiative provenant des rangs des Verts. Bien que sensible aux causes défendues par le texte d'initiative, le rapporteur francophone de la commission, le député vaudois Olivier Feller (plr, VD), justifie cette décision par la complexité de la mise en place d'un système de contrôle qui permettrait de certifier de la durabilité ainsi que de l'équité des aliments produits à l’étranger. De plus, la mise en œuvre de cette initiative exigerait certainement d'accorder de nouvelles subventions fédérales afin d'aider la production locale et saisonnière ainsi que pour répondre aux exigences du travail équitable. Olivier Feller précise également que les partenaires commerciaux de la Suisse pourraient déposer plainte auprès de l'OMC, pouvant ainsi entraîner diverses mesures de rétorsion. A cela s'ajoute le fait que les citoyens et citoyennes ont accepté d'inscrire dans la Constitution le principe de sécurité alimentaire; un principe qui veut promouvoir des échanges commerciaux transfrontaliers axés sur le développement durable. Une minorité de la commission est de l'avis qu'il est nécessaire d'accepter l'initiative, comme défendue par le député Louis Schelbert (verts, LU), qui précise que le comité d'initiative se serait également contenté d'un contre-projet indirect – une considération balayée en commission par 13 voix contre 11 et 1 abstention. La CER-CN recommande finalement de rejeter le contre-projet direct Jans (ps, BS); un contre-projet formulé de telle sorte que les produits issus d'un commerce durable et équitable soient privilégiés et non, comme suggéré par l'initiative, exigés. Sur ce point, les initiants et les adversaires ne sont pas d'accord, les premiers considérant que l'initiative vise à avantager une certaine gamme de produits. Le députés Jans précise que le contre-projet a l'avantage de ne pas renchérir le prix des aliments importés – comme redouté dans le cas d'une acceptation de l'initiative – mais au contraire de baisser les prix des produits durables, en abaissant les barrières douanières pour ces aliments pour autant qu'ils ne soient pas produits en même temps en Suisse. Le parlementaire bâlois estime, de plus, que cela ne va pas à l'encontre des accords commerciaux, comme argumenté par la majorité de la commission.
Lors des prises de position des différents groupes, Céline Amaudruz (udc, GE), pour l'UDC, déclare que son groupe ne soutiendra ni l'initiative ni le contre-projet, l'inscription du principe de sécurité alimentaire étant, d'une part, suffisant à leurs yeux et les acteurs économiques remplissant, d'autre part, déjà la tâche consistant à proposer aux consommateurs des aliments durables et équitables; une position également partagée par le PBD, le PLR et le PDC. Le représentant de ce dernier, le député Leo Müller (pdc, LU), ajoute qu'il serait dommageable pour la paysannerie suisse de ne plus pouvoir se distinguer, en matière de qualité des produits, des aliments importés si ceux-ci doivent respecter les mêmes normes. De plus, le PDC redoute une augmentation du tourisme d'achat ainsi que la question sous-jacente qui se pose: les importations de privés doivent-elles également respecter cette législation? Le groupe démocrate-chrétien insiste finalement sur le fait qu'il leur est important de laisser le consommateur et la consommatrice libre de décider d'eux-mêmes ce qu'ils veulent acheter. Les verts-libéraux soutiennent, quant à eux, le contre-projet Jans, ceux-ci préférant un système incitatif à un système protectionniste. Le PS donne la liberté de vote, le groupe étant divisé sur cette question, comme admis par la députée Prisca Birrer-Heimo (ps, LU). Celle-ci, représentante des voix critiques au sein de son groupe, redoute que les standards suisses de production des aliments ne baissent à cause de la pression provenant du respect des normes suisses pour l'import – des normes élevées en comparaison internationale, même si, selon la députée lucernoise, l'agriculture suisse utilise énormément de pesticides et d'intrants chimiques comparé à d'autres pays. Finalement, elle redoute une hausse des prix généralisée en cas d'acceptation de l'initiative, une situation qui serait difficilement tenable pour les populations les plus vulnérables. C'est pour cela qu'elle appelle à soutenir le contre-projet Jans, qui évite un certain nombre de problèmes. Matthias Aebischer représente, quant à lui, l'aile du PS soutenant l'initiative en plus du contre-projet. Etant membre du comité de soutien à l'initiative et auteur d'une motion voulant interdire l'importation de produits alimentaires issus d'animaux maltraités – motion finalement rejetée par le Conseil des Etats – il estime que l'initiative vise une amélioration de la situation actuelle et ne cherche pas une interdiction totale de l'importation de produits ne respectant le droit environnemental, international ou encore les droits de l'Homme. Pour le député bernois, le mot «grundsätzlich» (traduit dans la version française du texte d'initiative par: «de manière générale») – qui apparaît dans l'alinéa 2 du texte et qui peut être compris en allemand comme contraignant ou non – donne une marge de liberté dans l'interprétation de l'initiative et dans son application concrète: la Confédération doit, en règle générale, garantir que les produits importés respectent les standards suisses.
Le groupe des verts-libéraux critique, lui, les mesures protectionnistes qui sous-tendent l'initiative mais défend les préoccupations majeures du texte. Thomas Weibel (pvl, ZH) est, en outre, convaincu que celles-ci pourraient être abordées sans contrevenir aux règles de l'OMC, lui qui propose d'orienter les incitations sur des taxes sur le CO2 plutôt que sur des mesures protectionnistes. Il propose donc de soutenir le contre-projet Jans mais de rejeter l'initiative.
Lors de la présentation plus exhaustive de l'initiative, les verts insistent encore une fois sur la compatibilité du texte avec les accords de l'OMC, ainsi que sur le besoin de cohérence entre la législation nationale – qui reflète la volonté des citoyens et citoyennes (l'interdiction des usines d'élevage ou des poules en cage pour ne citer que deux exemples) – et la législation concernant les produits importés. Car, de l'avis de la verte Adèle Thorens Goumaz (verts, VD), la population ne peut, par principe, tolérer à l'étranger ce qu'elle ne tolère pas à l'interne. Sa collègue de parti, Maya Graf (verts, BL) précise que 80 pourcents des importations proviennent de pays industrialisés et non de pays dits du sud; des pays industrialisés où, comme souligné par la députée genevoise Lisa Mazzone (verts, GE), les conditions de travail sont parfois très précaires comme l'exemple des ouvriers et ouvrières agricoles travaillant en Espagne l'a prouvé. De plus, Adèle Thorens Goumaz fait remarquer que l'inscription du principe de sécurité alimentaire ne mènera pas à des échanges commerciaux plus durables, le Conseil fédéral ayant déclaré que le texte récemment accepté ne nécessitera aucun changement légal.
Lors du deuxième jour de débat, certains représentants de l'USP sont montés à la tribune pour exposer le point de vue de l'organisation agricole. Le président de cette dernière – Markus Ritter (pdc, SG) – salue l'initiative, mais aurait préféré un contre-projet indirect de la commission en charge et annonce qu'il s'abstiendra. Jacques Bourgeois (plr, FR), directeur de cette même organisation, estime que l'initiative va dans le bon sens, même si une partie des points abordés sont, depuis l'adoption du contre-projet à l'initiative sur la sécurité alimentaire, d'ores et déjà inscrit dans la constitution. Markus Hausammann (udc, TG) (qui préside le Club agricole de l'Assemblée fédérale, regroupant une centaine de parlementaires) considère qu'une acceptation du texte amènerait un excès de bureaucratie. A l'interpellation de la députée Graf quant à la motion déposée par son collègue de parti Albert Rösti (udc, BE) – une motion demandant à ce que les normes des produits alimentaires importés provenant d'animaux respectent les normes suisses, sous peine d'être labellisés «Produit par des méthodes interdites en Suisse», mais finalement rejetée par le Conseil national – Markus Hausammann répond que, tant l'initiative que la motion, sont de bons apports à la discussion quant aux normes de production.
Ce deuxième jour de débat a également été marqué par le discours de Jonas Fricker (verts, AG) qui le poussera à démissionner de son poste de parlementaire. En effet, celui-ci fait remarquer que les images d'élevages de masse lui rappellent, malgré lui, des séquences du film «La Liste de Schindler»; à la différence près que les cochons, eux, n'ont aucune chance d'en ressortir vivant contrairement aux personnes envoyées dans les camps de concentration.
Finalement, le Conseil fédéral, par la voix d'Alain Berset, recommande à l'assemblée de rejeter tant l'initiative que le contre-projet Jans. Il estime, en effet, que la Confédération remplit déjà les objectifs fixés par l'initiative, tant dans sa dimension de la protection des animaux – l'article 18 de la loi sur l'agriculture édicte de possibles interdictions d'importations dans certains cas – que dans sa dimension environnementale – le Plan d'action Economie verte ainsi que l'Agenda 2030 de l'ONU en sont deux exemples. Alain Berset critique simplement le manque de volonté politique pour aller dans le sens demandé par les deux objets, les bases légales existant déjà pour agir. Finalement, le Conseil fédéral considère que les contrôles à l'étranger qu'impliquerait l'acceptation de l'initiative seraient trop compliqués à mettre en place, en plus du problème de la conformité avec les différents accords commerciaux que la Suisse a signé.
Lors du vote, le Conseil national décide, par 119 voix contre 60 et 2 abstentions, de ne pas entrer en matière concernant le contre-projet Jans. Quant à l'initiative, une majorité des députés – 125 voix contre 37 et 23 abstentions – suit l'avis du Conseil fédéral et propose à la population de la rejeter.

Im Jahr 2015 kam es zu Diskussionen über die Verwendung von gleich drei Pflanzenschutzmitteln. Neben sogenannten Neonikotinoiden, also Pflanzenspritzmitteln, welche auf Nikotin ähnlichen Wirkstoffen beruhen, und dem Insektengift Dimethoat wurde vor allem die Verwendung des Unkrautbekämpfungsmittels Glyphosat kritisch diskutiert.
Eine neue Publikation der Internationalen Agentur für Krebsforschung (IARC) der WHO kam zum Schluss, dass Glyphosat als „wahrscheinlich krebserregend für Menschen“ einzustufen sei. Das Mittel ist mit jährlich rund 300 Tonnen das in der Schweiz am häufigsten verwendete Herbizid. Indirekt wird die Verwendung von Glyphosat vom Bund subventioniert. Wenn zur schonenden Bodenbearbeitung aufs Pflügen verzichtet wird, dürfen Bauern und Bäuerinnen eine gewisse Menge Glyphosat zur Unkrautbekämpfung einsetzen und erhalten vom Bund dafür jährlich bis zu CHF 250 pro Hektar. Unter anderen kritisierten Vertreterinnen und Vertreter von Pro Natura und den Grünen dieses Vorgehen und forderten den Bund dazu auf, vorsorglich alle Glyphosat enthaltenden Pestizide zu verbieten. Auch die Detailhandelsunternehmen Migros und Coop reagierten auf den Bericht und nahmen nach Bekanntwerden der IARC-Ergebnisse alle glyphosathaltigen Produkte aus ihren Sortimenten.
Das in der Schweiz für die Einschätzung dieser Wirkstoffe zuständige BLV reagierte auf die Neueinstufung des IARC mit einem Positionspapier, in welchem es festhielt, dass es Glyphosat weiterhin für unbedenklich halte, da die Neueinstufung der IARC nicht auf neuen Daten beruhe, sondern lediglich eine Neuinterpretation der bisher schon bekannten Informationen sei. Allerdings sei der vollständige Bericht der IARC noch nicht veröffentlicht worden. Sobald die Monographie verfügbar sei, würden die ausführlichere Argumentation geprüft und wenn nötig geeignete Massnahmen eingeleitet werden. Auch der Präsident des Schweizer Bauernverbands, Markus Ritter (cvp, SG), äusserte sich gegenüber den Medien zum Thema. Bisher sei bezüglich der Schädlichkeit noch nichts erwiesen, trotzdem sei es wichtig, die Thematik ernst zu nehmen, so Ritter. Dass er auch argumentierte, dass in der Schweiz ohnehin wenig Pestizide verwendet würden, wurde von der Presse kritisch hinterfragt. Viele Zeitungsartikel verwiesen auf eine Studie vom Bundesamt für Landwirtschaft, welche 2013 zum Ergebnis gekommen war, dass die gekaufte Menge von Pestiziden pro Hektare landwirtschaftlicher Nutzfläche in der Schweiz höher liege als in Nachbarländern wie Deutschland, Frankreich oder Österreich.

Ende Januar schickte der Bundesrat eine Vorlage zur Koexistenzregelung zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen in die Vernehmlassung. Durch Ergänzungen und Änderungen im Gentechnikgesetz und den dazu gehörenden Verordnungen sollten die legalen Grundlagen gelegt werden für den Anbau von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) nach Ende des bis 2017 geltenden Moratoriums. Konkret schlug der Bundesrat Sicherheitsabstände zwischen Feldern mit genetisch verändertem Saatgut und konventioneller Landwirtschaft vor: Für Kulturen wie Kartoffeln, Soja oder Weizen sollte dieser Abstand 12 Meter, für Mais gar 100 Meter betragen, da dessen Pollen weiter fliegen würden. Auch die Trennung der Warenflüsse sollte über die gesamte Produktionskette hinweg gewährleistet werden, damit man den Konsumentinnen und Konsumenten Wahlfreiheit garantieren könne. Das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) würde ausserdem ein zentralisiertes Anbauverzeichnis führen, welches von Direktbetroffenen wie etwa benachbarten Landwirten eingesehen werden könnte. Schliesslich sollte auch die Einrichtung gentechfreier Zonen ermöglicht werden, falls dies die Bauern einer Region so wünschten oder wenn es vom betroffenen Kanton aufgrund von Gebieten mit hohem Naturwert als erstrebenswert erscheinen würde. Die öffentlichen Reaktionen fielen gemischt aus: Der Bauernverband (SBV) kritisierte die vorgeschlagenen Sicherheitsabstände als zu klein, Greenpeace und die Grünen bekräftigten zudem, dass sie die Aufrechterhaltung des Verbots auch nach Ablauf des Moratoriums begrüssen würden. Von Seiten der Economiesuisse wurde der Entwurf hingegen begrüsst: Wenn man den Anbau von GVO weiterhin verhindere, werde damit der Forschungs- und Wirtschaftsstandort Schweiz geschwächt. Franz Bigler, Leiter der Gruppe „Biosicherheit“ bei Agroscope Reckenholz-Tänikon, kritisierte die geplanten Abstände zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen als zu gross: Es handle sich dabei um Verdopplungen der Werte, welche von der Forschung empfohlen würden. Während der Herbstsession teilte Bundesrätin Doris Leuthard dem Ständerat im Rahmen einer Diskussion über eine schliesslich verworfene Motion Ritter (cvp, SG) mit, dass die Vernehmlassung „massiv negative Reaktionen“ ausgelöst habe (Mo. Ritter, 12.3028). Zwei Drittel aller Vernehmlasser hätten das vorgeschlagene Modell verworfen, man suche nun nach einer anderen Lösung.