La conseillère fédérale Doris Leuthard s’est rendue à Bruxelles au mois de novembre, afin de donner une première impulsion aux négociations. L’UDC, qui avait déjà menacé en cours d’année de lancer le référendum en cas de négociation d’un accord de libre-échange agricole avec l’UE, a réitéré sa position, appuyée par l’Union maraîchère suisse présidée par l’ex-président des démocrates du centre Ueli Maurer. L’UDC a déclaré redouter une baisse massive des revenus des paysans et la perte de milliers de places de travail dans l’agriculture. Elle a également revendiqué une politique agricole indépendante, qui assure au minimum le niveau d’approvisionnement actuel. Excepté l’UDC, les grands partis ont soutenu la perspective du libre-échange agricole, tout comme les mesures d’accompagnement. Le financement de ces dernières a toutefois soulevé de nombreuses questions.

A la mi-mars, le Conseil fédéral a approuvé un mandat de négociations commun concernant un accord de libre-échange avec l'UE dans le domaine agroalimentaire (ALEA) ainsi que dans le domaine de la santé publique. Le gouvernement a en effet estimé que ces deux thèmes, qui se recoupent sur un point, celui de la sécurité alimentaire, devaient être traités de manière coordonnée. Libéraliser les échanges dans le secteur agroalimentaire consisterait à supprimer les entraves au commerce existantes, tant tarifaires (droits de douane, contingents et subventions aux exportations) que non-tarifaires (prescriptions techniques, étiquetage et homologations). L’accord porterait non seulement sur les matières premières issues de l'agriculture (lait, animaux de boucherie), mais aussi sur les secteurs situés en amont (semences, engrais) et en aval de la filière (moyens de production et de transformation, industrie de produits alimentaires et commerce). Selon le Conseil fédéral, il en résulterait un abaissement des prix à la consommation et un renforcement de la croissance à hauteur de plusieurs milliards de francs. De plus, l'agriculture helvétique pourrait gagner en compétitivité grâce à une réduction des coûts de production et un accès facilité au marché international. Quant aux consommateurs, ils profiteraient d’un rapprochement des prix vers ceux de l’UE (jusqu’à une baisse de 25%). Si un tel accord devrait être introduit de manière progressive, afin de laisser aux structures de production le temps de s'adapter, il devrait cependant être complété par des mesures d'accompagnement. Celles-ci, estimées entre 3 et 6 milliards de francs, devraient compenser les pertes qui seraient occasionnées au revenu des agriculteurs suisses et rendre cet accord socialement supportable pour la paysannerie. A ce titre, un groupe de travail, composé d’organisations du secteur concerné et d’experts, a été chargé de définir ces mesures d’accompagnement. La conseillère fédérale Doris Leuthard, responsable du dossier, a fait référence au succès rencontré par la libéralisation du secteur du fromage avec l’Europe pour justifier la nécessité d’un tel accord, qui se situe d’ailleurs dans la droite ligne de sa volonté affichée de faire baisser le coût de la vie en Suisse. Quant au domaine de la santé, le Conseil fédéral a déclaré qu’il y avait lieu de renforcer la coopération, en particulier lors de situations de crise, dans la lutte contre les maladies transmissibles, dans les thèmes de santé publique, dans la sécurité alimentaire et dans la sécurité des produits en général. La Suisse pourrait ainsi participer de plein droit aux agences européennes compétentes dans ces domaines, aux systèmes d'alerte rapide et aux programmes d'action élaborés au niveau européen.