In der Debatte um die Änderung des Gentechnikgesetzes verblieben drei Differenzen. Die erste drehte sich um die Frage, ob im Forschungsbereich Gene freigesetzt werden dürfen, welche Resistenzen gegen Antibiotika aus der Human- oder Veterinärmedizin aufweisen. Dies war die letzten 15 Jahre in der Schweiz verboten gewesen, soll aber nach der neuen Gesetzgebung erlaubt werden, wenn es nach dem Willen des Bundesrats und des Ständerats ginge. Die nationalrätliche Kommissionsmehrheit schätzte das Risiko indes als zu gross ein und beantragte, am eigenen Ratsbeschluss festzuhalten. Eine Minderheit aus CVP- und FDP-Mitgliedern, für welche sich Christian Wasserfallen (fdp, BE) aktiv einsetzte, erachtete die Vorteile für die Schweizer Forschung als gewichtiger und stellte den Antrag, dem Beschluss des Ständerates zuzustimmen. Die Kommissionsmehrheit vermochte aber mehr Nationalratsmitglieder zu überzeugen, die Differenz blieb mit 132 zu 56 Stimmen (1 Enthaltung) bestehen.
In den beiden anderen Punkten beantragte die Kommissionsmehrheit, der Fassung des Ständerates zuzustimmen. Auch hier gab es jeweils einen Minderheitsantrag von bürgerlicher Seite. Inhaltlich ging es um die Fragen, ob ein Monitoringsystem eingeführt werden soll, welches die Verbreitung von gentechnisch veränderten Organismen überwacht, und ob ein Artikel im Gesetz stehen soll, welcher Verwaltungsmassnahmen definiert, um Zuwiderhandlungen gegen das Gentechnikgesetz zu sanktionieren. In beiden Punkten entschieden sich die Mitglieder der grossen Kammer knapp für die Artikel und somit für die Fassung des Ständerates. Das Monitoringsystem wurde mit 98 Stimmen zu 88 Stimmen und 3 Enthaltungen angenommen, die Verwaltungsmassnahmen erhielten 95 Stimmen, 92 Stimmen gingen gegen die Massnahmen ein (1 Enthaltung). Das Gentechnikgesetz wurde mit der letzten Differenz zurück an den Ständerat gegeben.

Gentechnikgesetz. Änderung
Dossier: Gentechnisch veränderte Organismen (GVO) in der Schweiz