Die letzte Differenz, die Verwendung von Antibiotikaresistenzgenen in der Forschung betreffend, wurde im Ständerat behandelt. Die Mehrheit der Kommission schlug vor, bei der eigenen Fassung zu bleiben, welche die Freisetzung der umstrittenen Gene für Forschungszwecke erlauben will. Ein Minderheitsantrag aus der sozialdemokratischen Fraktion beantragte die letzte Differenz bei der Änderung des Gentechnikgesetzes aus dem Weg zu räumen, dem Nationalrat zuzustimmen und die Freisetzung der Gene nicht zu erlauben. Die Befürworter und Befürworterinnen des Antrags argumentierten, dass die Forschung im Labor von der Regelung nicht betroffen sei und dass sie glaubten, dass die Wissenschaft innovativ genug sei, um Lösungen zu finden, welche ohne Freisetzungen auskämen. Zusätzlich sei das Risiko, welches eine Freisetzung beinhalte, grösser als der daraus resultierende Nutzen.
Vor der Abstimmung nutzte Bundesrätin Leuthard nochmals die Gelegenheit, um ihren Unmut über die parlamentarischen Anpassungen des Gesetzesentwurfs kundzutun. Sie kritisierte den Entschluss der Räte, die Koexistenzregelung aus dem Gesetz zu streichen, wodurch diese einen sehr restriktiven Weg gewählt hätten. Der Ständerat beschloss trotzdem sehr knapp, der Minderheit zuzustimmen und die Freisetzung der umstrittenen Gene nicht zuzulassen, und bereinigte somit die letzte Differenz mit 21 zu 20 Stimmen (1 Enthaltung).

Ende Januar schickte der Bundesrat eine Vorlage zur Koexistenzregelung zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen in die Vernehmlassung. Durch Ergänzungen und Änderungen im Gentechnikgesetz und den dazu gehörenden Verordnungen sollten die legalen Grundlagen gelegt werden für den Anbau von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) nach Ende des bis 2017 geltenden Moratoriums. Konkret schlug der Bundesrat Sicherheitsabstände zwischen Feldern mit genetisch verändertem Saatgut und konventioneller Landwirtschaft vor: Für Kulturen wie Kartoffeln, Soja oder Weizen sollte dieser Abstand 12 Meter, für Mais gar 100 Meter betragen, da dessen Pollen weiter fliegen würden. Auch die Trennung der Warenflüsse sollte über die gesamte Produktionskette hinweg gewährleistet werden, damit man den Konsumentinnen und Konsumenten Wahlfreiheit garantieren könne. Das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) würde ausserdem ein zentralisiertes Anbauverzeichnis führen, welches von Direktbetroffenen wie etwa benachbarten Landwirten eingesehen werden könnte. Schliesslich sollte auch die Einrichtung gentechfreier Zonen ermöglicht werden, falls dies die Bauern einer Region so wünschten oder wenn es vom betroffenen Kanton aufgrund von Gebieten mit hohem Naturwert als erstrebenswert erscheinen würde. Die öffentlichen Reaktionen fielen gemischt aus: Der Bauernverband (SBV) kritisierte die vorgeschlagenen Sicherheitsabstände als zu klein, Greenpeace und die Grünen bekräftigten zudem, dass sie die Aufrechterhaltung des Verbots auch nach Ablauf des Moratoriums begrüssen würden. Von Seiten der Economiesuisse wurde der Entwurf hingegen begrüsst: Wenn man den Anbau von GVO weiterhin verhindere, werde damit der Forschungs- und Wirtschaftsstandort Schweiz geschwächt. Franz Bigler, Leiter der Gruppe „Biosicherheit“ bei Agroscope Reckenholz-Tänikon, kritisierte die geplanten Abstände zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen als zu gross: Es handle sich dabei um Verdopplungen der Werte, welche von der Forschung empfohlen würden. Während der Herbstsession teilte Bundesrätin Doris Leuthard dem Ständerat im Rahmen einer Diskussion über eine schliesslich verworfene Motion Ritter (cvp, SG) mit, dass die Vernehmlassung „massiv negative Reaktionen“ ausgelöst habe (Mo. Ritter, 12.3028). Zwei Drittel aller Vernehmlasser hätten das vorgeschlagene Modell verworfen, man suche nun nach einer anderen Lösung.