En dernière lecture, le Conseil national s'est une nouvelle fois écharpé sur les quatre divergences restantes. Après avoir siégé, la CEATE-CN a proposé à sa chambre de suivre le Conseil des Etats sur deux aspects, tandis que deux propositions de minorités allaient dans le sens de la chambre haute. Au final, la chambre du peuple a décidé de s'aligner sur deux points avec sa chambre sœur.
Tout d'abord, et à une voix près (92 contre 91 et 2 abstentions), l'autorisation de chasser le loup dans les districts francs – appelés dans la nouvelle loi «zones de protection de la faune sauvage» – lorsque diverses conditions sont remplies a été entérinée. Franz Ruppen (udc, VS) a défendu cette proposition de minorité, argumentant que les loups risquaient de se réfugier et de se multiplier dans ces zones s'il était décidé d'en faire des lieux intouchables. Le loup doit pouvoir être régulé et ceci sur tout le territoire, a-t-il avancé. Sans quoi, on ne pourrait pas atteindre les objectifs de régulation. Silva Semadeni (ps, GR) a défendu une position radicalement différente, dénonçant les partisans d'une éradication des loups. Pour elle, la solution est à chercher dans une protection accrue des troupeaux; mesures qui ont fait leurs preuves selon l'élue socialiste. Une majorité de la commission s'était pourtant prononcée pour le maintien de la divergence, principalement pour des raisons politiques, celle-ci redoutant le lancement d'un référendum. Mais également pour une raison d'ordre scientifique: ces zones de protection étant explicitement prévues pour la reproduction des proies et des prédateurs, un équilibre naturel peut se créer, comme expliqué par le député Müller-Altermatt (pdc, SO).
Ensuite, par 91 voix contre 86 et 1 abstention, les député.e.s ont suivi l'avis de la majorité qui proposait de s'aligner sur la décision du Conseil des Etats qui ne souhaitait pas imposer au Conseil fédéral l'obligation de consulter les milieux concernés en cas de dégâts provoqués par des espèces protégées. Celui-ci ne devra que consulter les cantons touchés, comme inscrit dans le droit en vigueur.
Le Conseil national a, au contraire, décidé de maintenir deux divergences qui devront donc être résolues dans le cadre d'une conférence de conciliation.
Il s'agit, premièrement, de l'article 4 de la LChP qui traite des conditions d'obtention du permis de chasse. La chambre basse continue de souhaiter une relative harmonisation de celles-ci entre les cantons, ce que la chambre des cantons n'a cessé de refuser. De plus, une proposition émanant de Lorenz Hess (pbd, BE) souhaitait abroger l'alinéa 3 du droit en vigueur qui prévoit l'octroi d'une autorisation de chasse de quelques jours. Ces deux points ont été acceptés tacitement par les élu.e.s. Pour Simonetta Sommaruga, conseillère fédérale en charge du dossier, cette décision est à voir comme une tentative de compromis à l'égard du Conseil des Etats. Et deuxièmement, les député.e.s ont décidé de soutenir, par 99 voix contre 74, la proposition de la minorité Ruppen de conserver la lettre c de l'article 7a, alinéa 2 qui précise que des animaux protégés peuvent être régulés à des fins de «préservation de populations sauvages adaptées au niveau régional».
Durant ce débat, Silva Semadeni ainsi que Bastien Girod (verts, ZH) ont annoncé que leurs groupes respectifs – le PS et les Verts – rejetteraient la présente révision.

Le Conseil national s'empare, à son tour, de la modification de la loi sur la chasse. Lors de ce débat fleuve divisé en trois blocs en plus des discussions sur l'entrée en matière, le Conseil national adopte le projet du Conseil des Etats agrémenté de quelques modifications qui feront l'objet d'un règlement des divergences.
La CEATE-CN proposait à sa chambre d'accepter l'entrée en matière de la modification d'une loi datant de 1986 – à une époque où les enjeux étaient différents, comme argumenté par le rapporteur francophone de la commission, Pierre-André Page (udc, FR) durant les débats introductifs. Selon ce dernier, trois raisons expliquent la nécessité de modifier cette loi: premièrement, la présence de plus en plus importante du loup; deuxièmement, la réponse du Conseil fédéral au postulat Landolt (pbd, GL) 14.3818 qui souhaite une reconnaissance nationale des permis de chasse; et troisièmement, la volonté de changer la dénomination «districts francs» en «zones de protection de la faune sauvage». Une minorité s'est toutefois formée au sein de la commission, celle-ci souhaitant que le projet soit renvoyé au Conseil fédéral pour qu'il en élabore une meilleure mouture. Représentant la voix de la minorité, Silva Semadeni (ps, GR) est particulièrement critique envers l'allègement des possibilités d'abattage du loup prévu dans ces modifications. Reprenant les propos de gardes-forestiers, elle postule que le loup a fait sa place, les forêts sont plus saines. Le loup n'est donc pas à considérer uniquement comme un problème. La minorité combat également le principe de précaution permettant aux autorités d'abattre des animaux qui pourraient potentiellement être problématiques pour les activités humaines. Le parti socialiste, les Verts ainsi que le parti vert libéral soutiennent le renvoi au Conseil fédéral, le président des verts-libéraux, Martin Bäumle (pvl, ZH), précisant que sans amélioration du projet de loi, son parti soutiendrait le lancement d'un référendum. Les autres partis souhaitent, eux, débattre du présent projet. C'est à une large majorité que les députées et députés rejettent la proposition de la socialiste Silva Semadeni (126 voix contre 58).
Dans le premier bloc mis en discussion (principes, autorisation de chasser, protection des espèces), l'ensemble des propositions émanant des majorités de la commission sont acceptées par la chambre basse, à une exception près. Tant les propositions minoritaires provenant de parlementaires de droite que de gauche ne réussissent à convaincre une majorité des élu.e.s. Ainsi est accepté le changement de dénomination de «districts francs» par «sites de protection de la faune sauvage», les modifications de l'article 4 sur l'examen cantonal de chasse telles que proposées par le Conseil fédéral (ne suivant ainsi pas sa chambre sœur qui ne souhaitait pas de ces modifications), la suppression de l'assentiment jusqu'ici obligatoire de l'OFEV si un canton souhaite écourter temporairement les périodes de protection des espèces (l'office sera simplement écouté). Seule la proposition de la minorité Hess (pbd, BE) de biffer un alinéa émanant du Conseil des Etats concernant la non-possibilité de faire recours contre les décisions des autorités cantonales portant sur les espèces pouvant être chassées a été acceptée grâce à un soutien faisant fi des appartenances partisanes.
Dans le deuxième bloc (régulation des populations), la discussion tournait principalement autour du cas du loup, du lynx, du castor ainsi que des périodes durant lesquelles la chasse est autorisée selon les espèces. Ainsi a-t-il été décidé de refuser la proposition de la minorité Semadeni que les cantons obtiennent tout d'abord le feu vert de l'OFEV avant d'instaurer des périodes de chasse pour le bouquetin, le loup ainsi que le castor – pour ce dernier le vote était serré, 95 parlementaires le souhaitant sur la liste, contre 91 et 4 abstentions, suivant ainsi la proposition de la minorité. Les cantons devront ainsi simplement demander l'avis de l'office fédéral de l'environnement avant d'effectuer ces modifications. Le Conseil national refuse toutefois d'inclure dans cette liste le lynx, le héron cendré ainsi que le harle bièvre. Dans ce même bloc, il accepte de rajouter une lettre c à l'alinéa 2 de l'article 7a, selon la proposition du député tessinois Fabio Regazzi (pdc, TI) qui souhaitait autoriser les cantons à réguler les espèces protégées si celles-ci constituent un danger pour la faune sauvage locale. Toutes les autres propositions émanant de minorités sont rejetées. Une majorité du parlement refuse donc que le danger pour l'abattage d'espèces protégées soit «concret» pour l'homme ou que les dégâts soient «importants», comme formulé dans le projet du Conseil fédéral. Il suffira qu'un tel animal présente un comportement attirant l'attention, ce qui est, selon l'élue verte Adèle Thorens (verts, VD), représentatif du changement de paradigme intervenant dans cette révision. Les autorités pourront à l'avenir agir de manière préventive, alors qu'auparavant, des dégâts avérés du spécimen en question devaient avoir été commis.
Dans le troisième bloc (protection de la faune sauvage, prévention), seule la minorité Vogler (pcs, OW) passe la rampe, celle-ci proposant que la Confédération soutienne par des subventions la conservation des espèces et des milieux naturels dans les réserves d'oiseaux et les districts francs.
Lors du vote sur l'ensemble, la chambre basse accepte le texte par 115 voix contre 67 et 3 absentions. Malgré le rejet de ce projet par 6 parlementaires PLR ainsi qu'un élu UDC – rejoignant la gauche sur ce vote –, une opposition gauche-droite est clairement visible. Le texte retourne aux mains de la chambre haute afin de régler les divergences.