Le Conseil fédéral a publié le rapport relatif au postulat von Siebenthal (udc, BE) concernant les effets de la correction des indemnisations. Ce dernier demandait à l'exécutif de répondre à trois points concernant les effets de la réorientation de la redistribution des paiements directs par exploitation. En effet, dans le cadre de la politique agricole 2014-2017, la réduction des paiements directs en cas de revenu ou de fortune trop élevé a été abolie. De plus, le parlement a également décidé de supprimer l'échelonnement des paiements directs en fonction du nombre d'animaux et a modifié celui concernant la surface, avantageant les grandes exploitations. Finalement, il a été décidé de soutenir plus amplement les régions d'estivage au détriment des autres régions. Le députés von Siebenthal voulait donc savoir quels en ont été les effets – après deux années de mise en œuvre – sur la répartition des moyens entre les exploitations et entre les régions. Deuxièmement, il demandait au Conseil fédéral d'analyser les mesures pour lesquelles les redistributions effectuées sur la base de ces adaptations ont été particulièrement importantes. Troisièmement, le député s'interrogeait sur la nécessité de corriger le tir au vu des objectifs de la politique agricole.
Pour répondre aux questions du député bernois, le Conseil fédéral commence par rappeler les quatre axes stratégiques de la politique agricole 2014-2017 que sont, premièrement, la garantie d'une production et d'un approvisionnement alimentaire sûr et compétitif, deuxièmement, l'utilisation efficiente des ressources naturelles et l'encouragement à une alimentation durable, troisièmement, le renforcement de la vitalité et de l'attrait de l'espace rural par le biais des contributions au paysage cultivé et à la qualité du paysage (par ailleurs remis en question par la motion Knecht) et quatrièmement, l'encouragement à l'innovation et à l'esprit d'entreprise dans l'agriculture et la filière alimentaire. Le Conseil fédéral remarque que ces objectifs ont été respectés et que les nouvelles répartitions ont eu les effets escomptés, même si un renforcement accru du soutien financier aux régions de montagne et plus particulièrement aux régions d'estivage est à constater (+70 millions de francs par an au détriment des autres régions, l'enveloppe totale n'ayant pas été touchée). Ceci s'explique notamment par la mise en place de nouvelles contributions (contributions à l'efficience des ressources, contributions à la qualité du paysage et contributions à la production de lait et de viande basée sur les herbages) profitant aux régions de montagne – expliquant par là-même l'augmentation de 70% entre 2013 et 2016 des contributions touchées dans les régions d'estivage. Le rapport montre également que toutes les régions ont vu des baisses ou des hausses des contributions, démontrant la multiplicité des facteurs influençant l'obtention de paiements directs, en plus de la région où est située l'exploitation.
Avec la disparition des paiements directs en lien avec le nombre d'animaux, il était prévu que les exploitations intensives avec un grand nombre d'animaux reçoivent moins de soutien, ce qui peut effectivement être vérifié. Les paiements directs étant lié, concernant les animaux, notamment au bien-être de ceux-ci, les exploitations extensives avec un petit nombre d'animaux ont bénéficié des modifications apportées dans le cadre de la PA 2014-2017.
L'abolition du plafonnement des paiements directs en cas de haut revenu ou de fortune importante a, quant à lui, eu pour effet qu'un nombre beaucoup plus élevé d'exploitations concernées a fait des demandes, à partir de 2014, pour toucher des paiements directs. Malgré tout, ceci a eu une incidence relativement limitée, les exploitations concernées ayant touché au total 7 millions de francs en plus.
Il est également à noter que le nombre d'exploitations diminue, d'année en année, pour des raisons structurelles (environ 1000 exploitations en moins par année), alors que l'enveloppe totale des paiements directs est restée, quant à elle, stable. Les exploitations ont donc touché, en moyenne, un montant plus élevé de paiements directs. Le rapport précise également que le nombre d'exploitations recevant plus de 150'000 francs de paiements directs par année a cru depuis la mise en place de la PA 2014-2017 ainsi que, dans une moindre mesure, les exploitations touchant moins de 25'000 francs. Le cas des exploitations percevant plus de 150'000 francs a déjà été discuté lors de l'interpellation (17.3024) du député vert Louis Schelbert (verts, LU) qui demandait au Conseil fédéral d'analyser la possibilité de plafonner les paiements directs par exploitation à 150'000 francs. Le Conseil fédéral a donc décidé d'analyser plus en profondeur le cas de ces exploitations. Celles-ci représentaient, en 2016, 3% de l'ensemble des exploitations et se retrouvent dans toutes les régions et dans tous les types d'exploitation. Quant à savoir pourquoi elles touchent autant, le rapport fait remarquer que beaucoup d'entre elles pratiquent l'agriculture biologique ou possèdent une grande surface de promotion de la biodiversité, deux manières qui permettent de toucher plus de paiements directs.
En guise de conclusion, le Conseil fédéral estime non nécessaire d'adapter le système de paiements directs, considérant que ces derniers respectent les objectifs fixés par la politique agricole 2014-2017; objectifs par ailleurs prolongés par le parlement dans le cadre des enveloppes financières agricoles 2018-2021. Le Conseil fédéral n'exclut pas une réorientation de la stratégie agricole pour la période allant au-delà de 2021, mais attend pour cela encore les résultats d'évaluations supplémentaires de la présente politique agricole.

Au printemps de l’année sous revue, le Conseil national a traité de la modification de la loi sur l’agriculture modifiée par le Conseil des Etats l’année précédente. Cette dernière met en place une réserve au bilan destinée au financement des mesures d’accompagnements dans le cas d’un accord de libre-échange agricole. La commission de l’économie et des redevances (CER-CN) a estimé que le rapport sur les mesures d’accompagnement répond aux questions soulevées lors de la précédente discussion. Après son refus d’entrer en matière l’année précédente, la chambre du peuple a accepté de discuter du message par 110 voix contre 68. Seuls l’UDC et un tiers du groupe socialiste se sont opposés à l’entrée en matière. Au terme d’une discussion très animée, la chambre basse a adopté par 96 voix contre 79 une proposition Schelbert (pe, LU) de renvoyer le projet au Conseil fédéral avec le mandat de garantir le financement d’une stratégie de création de valeur ajoutée. La gauche et l’UDC ont soutenu cette proposition. Le Conseil des Etats a rejeté cette proposition de renvoi considérant que le Conseil fédéral est déjà en charge d’élaborer une stratégie de qualité. Il a également estimé que le financement de cette stratégie doit être discutée dans le cadre de la réforme agricole et non pas seulement dans le cas d’un accord de libre-échange.
Lors du retour au Conseil national, la CER-CN a souligné que le projet ne traite pas du principe même d’un accord de libre-échange agricole aux contours inconnus. Elle a estimé toutefois que les négociations en cours exigent de prévoir un financement dans le cas de leur aboutissement. Par ailleurs, elle a rappelé que cette réserve deviendrait caduque en cas d’absence d’accord de libre-échange. Une forte minorité de la commission a cependant souhaité maintenir la proposition de renvoi pour diverses raisons : opposition au libre-échange, préférence pour la concentration des moyens sur une stratégie de qualité et volonté de connaître les détails des mesures d’accompagnement avant la finalisation d’un accord. Au vu des controverses, la commission a recommandé par 13 voix contre 12 de rejeter le projet lors du vote d’ensemble afin de permettre au gouvernement d’entamer les négociations sur le plan international en position de force. Finalement, le Conseil national a rejeté par 153 voix contre 27 le renvoi au gouvernement. Ce dernier n’a été soutenu que par les écologistes et une partie des socialistes. Lors de la discussion par article, la chambre basse a adopté par 123 voix contre 51 une disposition visant à cibler prioritairement la réserve sur la mise en œuvre de ces mesures d’accompagnement. La gauche a proposé de permettre la libération de cette réserve dans un délai donné ou si les négociations n’aboutissent pas. Au vote d’ensemble, la chambre a adopté le projet modifié par 90 voix contre 87 et 8 abstentions. La grande majorité des écologistes et de l’UDC, ainsi qu’un tiers du groupe socialiste ont rejeté le texte sans succès. Par la suite, la chambre des cantons a adhéré à la proposition de celle du peuple. Au vote final, le Conseil national a adopté le projet modifié par 94 voix contre 73, et le Conseil des Etats par 39 voix contre 3.