À une majorité assez nette, le Conseil national a suivi la proposition de compromis de sa commission sur la question des nouvelles techniques de sélection. La minorité, qui s'est vainement opposée à ce changement de cap, n'a pas réussi à introduire de critères plus poussés pour le système d'homologation.
Alors que le Conseil national refusait d'entrer en matière sur une possible autorisation de ces nouvelles techniques il y a quelques mois encore, c'est le changement de position de l'UDC et du Centre qui explique qu'une majorité a pu se dégager ; un changement de position qui coïncide avec celui de l'USP qui s'est dit ouverte à la discussion et un positionnement favorable de certains grands distributeurs (Migros, Coop et Fenaco en tête). Alois Huber (AG), pour l'UDC, a tenu à rappeler que les vieilles technologies génétiques ne sont pas concernées, faisant une distinction claire avec l'édition génomique, dont il est question ici. Il estime que cette dernière permettra de trouver des solutions à un certain nombre de problèmes, alors que les changements climatiques, la sécheresse, la réduction des pesticides et l'augmentation de la population globale font pression sur l'agriculture. De plus, il n'est, selon l'élu agrarien, pas possible de distinguer les plantes obtenues par l'intermédiaire de ces nouveaux procédés, des plantes ayant subi naturellement des mutations. Le groupe vert'libéral s'est également prononcé pour cette solution de compromis, Thomas Brunner (SG) la justifiant par la nécessité d'adopter des idées de régulation intelligentes, alors que ces technologies connaissent un essor fulgurant. Le groupe PLR s'est rallié, sans surprise, à la proposition de la majorité, Christian Wasserfallen (BE), s'appuyant sur les prises de position de différents organes scientifiques et entités concernées par le sujet. Une majorité du groupe du Centre a aussi décidé de suivre cette position, souhaitant une autorisation, à moyen terme, de ces nouvelles technologies. Seuls les partis de gauche n'ont pas voulu du projet tel que présenté par la commission, déposant trois propositions de minorité. L'une d'entre elle proposait de ne pas entrer en matière sur une ouverture aux nouvelles techniques de sélection, tandis que les deux autres visaient à renforcer les critères de contrôle (notamment s'agissant de la propagation des nouvelles variétés et de la protection des consommateurs et consommatrices). Le Conseil fédéral, quant à lui, s'est positionné en faveur du statu quo, et a demandé, par la voix de la ministre de l'environnement, Simonetta Sommaruga, de ne pas entrer en matière sur ce nouveau paragraphe et ainsi de soutenir la minorité allant en ce sens. Les sept sages auraient préféré attendre les études en réponse aux trois postulats traitant de ce sujet (Po. 20.4211, Po. 21.3980, Po. 21.4345) avant d'aller de l'avant.
Au final, les trois propositions de minorité ont été rejetées à proportion égale. Celle souhaitant en rester au projet d'origine – à savoir, pas d'entrée en matière sur ces nouveaux procédés – l'a été par 112 voix contre 74. La répartition des forces montre un bloc formé par le PLR et une large majorité des membres de l'UDC, du Centre et des Vert'libéraux contre la gauche et le PEV. Le moratoire sur les OGM dits classiques a, quant à lui, été tacitement prolongé jusqu'à fin 2025.

Le Conseil national a décidé de soutenir la modification de la loi sur le génie génétique telle que proposée par le Conseil fédéral. Deux propositions de minorités auraient voulu ouvrir la porte aux nouvelles techniques génomiques. D'un côté, la minorité Bäumle (pvl, ZH) proposait d'exclure du moratoire les plantes issues de nouvelles techniques génomiques qui ne font pas recours à l'ajout de matériel génétique étranger. De l'autre côté, la minorité défendue par Christian Wasserfallen (plr, BE) souhaitait inclure une exception à ces techniques dans une acceptation assez large. Les deux propositions ont, tout d'abord, été confrontées, débouchant sur un large soutien de la minorité Bäumle (160 voix contre 28 et 2 abstentions). Par la suite, c'est par 147 voix contre 42 et 2 abstentions que les député.e.s ont choisi de soutenir la proposition de la majorité de la CSEC-CN – à savoir, suivre le Conseil fédéral – au détriment de la minorité Bäumle. Les groupes PLR et vert'libéral ont fait front commun contre le reste du Parlement. Toutefois, les députés et députées ont décidé de soutenir le postulat 21.3980 de la CSEC-CN mandatant le Conseil fédéral d'analyser les risques posés par ces nouvelles technologies de génie génétique.

Le Conseil national a voté en faveur d'une prolongation du moratoire sur les OGM de quatre ans à compter du 1er janvier 2022. Esther Friedli (udc, SG) a défendu ce texte déposé par l'actuel président de la chambre du peuple, Andreas Aebi (udc, BE), en faisant l'éloge d'une production suisse pouvant se targuer de se déclarer «sans OGM», ce qui représente une plus-value sur les marchés. Elle a toutefois fait remarquer que la recherche et l'innovation ne sont pas concernées par ce moratoire; des recherches qui pourraient bientôt permettre une coexistence des deux modes de cultures (classique et avec OGM).
Cette motion était combattue par le libéral-radical bernois Christian Wasserfallen (plr, BE), pour qui il serait enfin temps d'écouter la science à ce sujet. Il a notamment fait référence au projet 59 du Fonds national suisse (FNS) qui, il y a quelques années, arrivait à la conclusion que les OGM ne représentent pas de danger, tant pour la santé qu'en terme de dissémination. Il a également fait mention des nouvelles techniques génétiques prometteuses à de nombreux égards, mais frappées du tampon OGM en Suisse et en Europe. Son argumentaire n'aura convaincu que 35 de ses collègues (contre 144 et 11 abstentions), venant pratiquement toutes et tous de ses propres rangs. Le groupe vert'libéral s'est, quant à lui, majoritairement abstenu.

Da der Ständerat der Initiative für Ernährungssicherheit einen Gegenentwurf gegenübergestellt hatte und die Behandlungsfrist im Januar 2017 abgelaufen wäre, wurde von beiden Räten eine Fristverlängerung um ein Jahr gutgeheissen.
Im Frühjahr 2017 behandelte der Nationalrat im Differenzbereinigungsverfahren den vom Ständerat vorgeschlagenen Gegenentwurf zur Volksinitiative des Bauernverbandes. Die Mehrheit der WAK-NR (20 zu 1 Stimmen, 3 Enthaltungen) zeigte sich mit dem Vorschlag des Ständerats einverstanden und plädierte dafür, diesen dem originalen Initiativtext vorzuziehen. Zwar wurde von allen Seiten bestätigt, dass auch der neue Verfassungstext keine Gesetzesänderung und keinen neuen Subventionstatbestand mit sich bringen würde, aber man begrüsste, dass bei einer Annahme des Gegenentwurfs der Begriff der „Ernährungssicherheit” in der Verfassung festgehalten und umschrieben würde und dass der Begriff, im Vergleich zum ursprünglichen Initiativtext, in einem globaleren Kontext verstanden würde. Zudem habe der Entwurf des Ständerats einige formale Mängel des ursprünglichen Initiativtextes aus dem Weg geräumt.
Auch wurde von Kommissionssprecher Beat Jans (sp, BS) darauf hingewiesen, dass in der Formulierung des Gegenentwurfs zwei Begehren der Fair-Food-Initiative aufgegriffen wurden. So steht in einem Abschnitt, dass grenzüberschreitende Handelsbeziehungen, die zur nachhaltigen Land- und Ernährungswirtschaft beitragen, gefördert werden sollen. Ein anderer hält einen ressourcenschonenden Umgang mit Lebensmitteln fest, was als Einbezug der Food-Waste-Thematik verstanden wurde.
In der nationalrätlichen Debatte gab es zwei Minderheitsanträge von Seiten der SVP und einen aus der FDP-Fraktion. Thomas Aeschi (svp, ZG) forderte im neuen Artikel zur Ernährungssicherheit die „wortgetreue Umsetzung von Artikel 121a der Bundesverfassung” festzuhalten; Marcel Dettling (svp, SZ) schlug in einem Einzelantrag vor, den Text mehr auf die inländische Produktion auszurichten. Der dritte Anpassungsvorschlag, eingereicht von Christian Wasserfallen (fdp, BE), beinhaltete die Forderung den „ressourcenschonenden Umgang mit Lebensmitteln” aus der Vorlage zu streichen. Alle Anliegen blieben im Nationalrat chancenlos.
Die grosse Kammer entschied mit 173 zu 7 Stimmen (11 Enthaltungen), dem direkten Gegenentwurf zur Volksinitiative „Für Ernährungssicherheit” zuzustimmen. Die Vorlage wurde von allen Fraktionen unterstützt, die 7 Gegenstimmen stammten aus den Fraktionen der FDP und der SVP.