Une majorité du Conseil national s'est opposée à l'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» et n'a pas souhaité proposer de contre-projet. Les parlementaires se sont simultanément emparés de cette initiative ainsi que de l'initiative «Pour une eau potable propre et une alimentation saine», rallongeant considérablement les discussions.
L'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» souhaite interdire, dans un délai de dix ans, toute utilisation de ces substances non naturelles ainsi que l'importation de toute denrée alimentaire ayant nécessité leur utilisation. Le rapporteur francophone de la CER-CN, Olivier Feller (plr, VD), a présenté ces deux initiatives comme ayant «un caractère extrémiste (..) de nature à menacer l'équilibre des marchés et à bouleverser gravement le monde agricole.» La commission a, par 18 voix contre 5 et 2 abstentions, proposé aux parlementaires ainsi qu'au corps électoral de rejeter l'initiative «Pour une suisse libre de pesticide de synthèse». Pour justifier sa position, la commission a évoqué une indéniable baisse de la productivité ayant pour corollaire une augmentation des importations.
Les député.e.s de la chambre basse se sont vu proposer diverses alternatives à ces deux initiatives, toutes rejetées par une majorité de la CER-CN. Celle-ci considère, en effet, que les autorités sont suffisamment actives sur le sujet, Olivier Feller citant tant le Plan d'action Produits phytosanitaires que la prochaine politique agricole PA 22+.
La première proposition alternative soumise aux député.e.s (minorité I) émanait de la gauche et souhaitait renvoyer les deux initiatives en commission afin qu'elle prépare un contre-projet indirect ayant trois objectifs: réduire, d'ici à 2030, les risques liés aux pesticides de moitié et encourager leurs alternatives; améliorer la protection des eaux, des organismes non-cibles et des sols contre les atteintes nuisibles – ces deux objectifs faisant directement référence au Plan d'action Produits phytosanitaire; baisser de manière conséquente l'apport en substances étrangères (nitrates, pesticides, etc.) dans les nappes phréatiques. Pour une courte majorité de la CER-CN (13 voix contre 12), renvoyer les deux textes d'initiative en commission impliquerait de repousser la date de la votation populaire, ce qui n'est pas envisageable au vu de la PA 22+ en préparation. La majorité ne peut pas s'imaginer que les discussions autour de la prochaine politique agricole se fasse sans savoir si le corps électoral plébiscite ou non ces deux initiatives. Pour le député issu des Verts, Daniel Brélaz (VD), la position de la majorité de la commission peut s'expliquer par leur espoir d'un rejet net des deux textes afin de pouvoir justifier, par la suite, une annulation d'une partie des mesures liées aux pesticides proposées par le Conseil fédéral dans la PA 22+. Parlant au nom de la minorité, Beat Jans (ps, BS) a motivé cette proposition de renvoi en commission par la volonté d'inscrire de manière contraignante dans la loi les objectifs que le Conseil fédéral a présenté dans le Plan d'action Produits phytosanitaire.
La deuxième alternative soumise aux député.e.s (minorité II), également présentée par le socialiste bâlois, proposait de reprendre l'initiative «Pour une eau potable propre» et de la retravailler afin de changer la Constitution de telle sorte à ce qu'il ne soit plus question d'une production libre de pesticides, mais de, selon les mots du socialiste: «(ein) Pflanzenbau, welcher grundsätzlich auf synthetische Pflanzenschutzmittel verzichtet». Ainsi, cette proposition de minorité veut faire en sorte qu'il soit clair que la production biologique puisse continuer à utiliser des produits phytosanitaires non-synthétiques. De plus, la minorité souhaitait qu'en lieu et place d'une obligation de produire son propre fourrage, les exploitations aient la possibilité d'en acheter au niveau de la région sans être pénalisées.
La troisième proposition (minorité III) a été défendue en plénum par la verte libérale Kathrin Bertschy (BE). Celle-ci met le doigt sur les excédents de nitrates, d'ammoniac et d'azote provenant de l'élevage dont elle veut réduire la quantité de 30 pour cent d'ici à 2030. Si cet objectif n'est pas atteint, alors la minorité Betschy propose de réduire les importations de fourrage, principal responsable de ces excédents provoquant un déséquilibre de l'apport en intrants.
Les opposant.e.s aux deux initiatives ainsi qu'aux diverses minorités ont dénoncé des propositions trop extrêmes ne prenant pas en compte les efforts constants entrepris par le monde agricole sur les questions environnementales. A l'image de l'agriculteur et député Andreas Aebi (udc, BE) qui, tout en reconnaissant le potentiel d'amélioration de l'agriculture, considère que ces efforts doivent bien plus passer par la formation et la transmission d'une passion. De plus, il a rappelé tout ce qui a déjà été fait par le monde agricole en la matière, notant une réduction de moitié ces dix dernières années de la quantité d'antibiotiques achetés, une diminution de l'utilisation des herbicides et du glyphosate ainsi qu'une augmentation de l'utilisation de produits phytosanitaires biologiques. Le député agrarien a donc appelé, au nom de l'UDC, à voter contre tous les textes.
Le groupe libéral-radical s'est également montré opposés aux initiatives, faisant confiance à l'action du gouvernement en la matière. Une partie du groupe, à l'image de Kurt Fluri (plr, SO), s'est toutefois montrée ouverte à soutenir la minorité I, afin que la commission puisse élaborer un contre-projet indirect. Cette position rejoint donc l'appel lancé par les jeunes libéraux-radicaux suisses qui se sont déclarés en faveur d'un contre-projet. Cela fait également écho à l'enquête d'opinion lancée à l'interne et qui a montré que 90 pour cent des membres du PLR seraient en faveur d'une réduction des pesticides. 64 pour cent des membres du parti vont même plus loin, souhaitant une interdiction.
Le groupe du PDC s'est montré plus tranchant, appelant à tout refuser, ne suivant donc pas l'avis de sa jeunesse de parti qui a appelé son parti mère à soutenir un contre-projet. Cette position a fait débat dans les médias, le PDC étant donc sur cette question moins ouvert que le PLR, cela alors que l'écologie est un thème porteur en cette année électorale. Au nom de son groupe, Markus Ritter (pdc, SG), également président de l'USP, a dénoncé des initiatives qui risquent de rendre les aliments sensiblement plus chers et mettant en danger d'autres secteurs comme l'hôtellerie ou la restauration. Le groupe du PBD a lui aussi recommandé aux député.e.s de rejeter les différents textes soumis au Conseil national, estimant que l'action gouvernementale va dans la bonne direction.
Par les voix de Tiana Angelina Moser (pvl, ZH) et d'Isabelle Chevalley (pvl, VD), le groupe vert-libéral s'est positionné pour l'élaboration d'un contre-projet aux initiatives jugées mal ficelées. Les verts-libéraux ont déploré le manque cruel de volonté politique en la matière ces dernières années. Ils n'ont pas manqué de rappeler que le monde agricole n'a atteint aucun des objectifs environnementaux fixés par la Confédération. Ils jugent, de plus, particulièrement problématique de subventionner à coup de milliards un secteur détruisant l'environnement. Le groupe des Verts a, lui, dit toute la sympathie qu'il avait pour les objectifs visés par les deux textes d'initiatives, mais a souligné préférer agir par le biais d'un contre-projet qui aurait l'avantage de mettre plus rapidement et plus efficacement des mesures en place. Cette position est rejointe par le groupe socialiste pour qui les deux initiatives vont trop loin à certains égards.
De plus, de nombreuses associations et organisations se sont montrées en faveur de l'élaboration d'un contre-projet, à l'image de la Fédération suisse de pêche, de l'Association des petits paysans, de diverses jeunesses de parti du centre et de droite (PLR, PBD, PEV, PDC, Vert'libéraux), de la Migros et de la Société Suisse de l'Industrie du Gaz et des Eaux.
Après un débat étalé sur deux jours et qui durera neuf heures, le Conseil national aura finalement décidé de rejeter l'ensemble des minorités, malgré le soutien de quelques élu.e.s du centre et du PLR: la minorité I Jans par 111 voix contre 78 et 4 abstentions; la minorité II Jans par 116 contre 73 et 4 abstentions; la minorité III Bertschy par 120 voix contre 71 et 2 abstentions. La proposition Molina (ps, ZH) d'accepter l'initiative n'a convaincu, elle, que 54 parlementaires, alors que 131 député.e.s s'y sont opposé.e.s (7 abstentions).

Im Jahr 2015 kam es zu Diskussionen über die Verwendung von gleich drei Pflanzenschutzmitteln. Neben sogenannten Neonikotinoiden, also Pflanzenspritzmitteln, welche auf Nikotin ähnlichen Wirkstoffen beruhen, und dem Insektengift Dimethoat wurde vor allem die Verwendung des Unkrautbekämpfungsmittels Glyphosat kritisch diskutiert.
Eine neue Publikation der Internationalen Agentur für Krebsforschung (IARC) der WHO kam zum Schluss, dass Glyphosat als „wahrscheinlich krebserregend für Menschen“ einzustufen sei. Das Mittel ist mit jährlich rund 300 Tonnen das in der Schweiz am häufigsten verwendete Herbizid. Indirekt wird die Verwendung von Glyphosat vom Bund subventioniert. Wenn zur schonenden Bodenbearbeitung aufs Pflügen verzichtet wird, dürfen Bauern und Bäuerinnen eine gewisse Menge Glyphosat zur Unkrautbekämpfung einsetzen und erhalten vom Bund dafür jährlich bis zu CHF 250 pro Hektar. Unter anderen kritisierten Vertreterinnen und Vertreter von Pro Natura und den Grünen dieses Vorgehen und forderten den Bund dazu auf, vorsorglich alle Glyphosat enthaltenden Pestizide zu verbieten. Auch die Detailhandelsunternehmen Migros und Coop reagierten auf den Bericht und nahmen nach Bekanntwerden der IARC-Ergebnisse alle glyphosathaltigen Produkte aus ihren Sortimenten.
Das in der Schweiz für die Einschätzung dieser Wirkstoffe zuständige BLV reagierte auf die Neueinstufung des IARC mit einem Positionspapier, in welchem es festhielt, dass es Glyphosat weiterhin für unbedenklich halte, da die Neueinstufung der IARC nicht auf neuen Daten beruhe, sondern lediglich eine Neuinterpretation der bisher schon bekannten Informationen sei. Allerdings sei der vollständige Bericht der IARC noch nicht veröffentlicht worden. Sobald die Monographie verfügbar sei, würden die ausführlichere Argumentation geprüft und wenn nötig geeignete Massnahmen eingeleitet werden. Auch der Präsident des Schweizer Bauernverbands, Markus Ritter (cvp, SG), äusserte sich gegenüber den Medien zum Thema. Bisher sei bezüglich der Schädlichkeit noch nichts erwiesen, trotzdem sei es wichtig, die Thematik ernst zu nehmen, so Ritter. Dass er auch argumentierte, dass in der Schweiz ohnehin wenig Pestizide verwendet würden, wurde von der Presse kritisch hinterfragt. Viele Zeitungsartikel verwiesen auf eine Studie vom Bundesamt für Landwirtschaft, welche 2013 zum Ergebnis gekommen war, dass die gekaufte Menge von Pestiziden pro Hektare landwirtschaftlicher Nutzfläche in der Schweiz höher liege als in Nachbarländern wie Deutschland, Frankreich oder Österreich.