En dernière lecture, le Conseil national s'est une nouvelle fois écharpé sur les quatre divergences restantes. Après avoir siégé, la CEATE-CN a proposé à sa chambre de suivre le Conseil des Etats sur deux aspects, tandis que deux propositions de minorités allaient dans le sens de la chambre haute. Au final, la chambre du peuple a décidé de s'aligner sur deux points avec sa chambre sœur.
Tout d'abord, et à une voix près (92 contre 91 et 2 abstentions), l'autorisation de chasser le loup dans les districts francs – appelés dans la nouvelle loi «zones de protection de la faune sauvage» – lorsque diverses conditions sont remplies a été entérinée. Franz Ruppen (udc, VS) a défendu cette proposition de minorité, argumentant que les loups risquaient de se réfugier et de se multiplier dans ces zones s'il était décidé d'en faire des lieux intouchables. Le loup doit pouvoir être régulé et ceci sur tout le territoire, a-t-il avancé. Sans quoi, on ne pourrait pas atteindre les objectifs de régulation. Silva Semadeni (ps, GR) a défendu une position radicalement différente, dénonçant les partisans d'une éradication des loups. Pour elle, la solution est à chercher dans une protection accrue des troupeaux; mesures qui ont fait leurs preuves selon l'élue socialiste. Une majorité de la commission s'était pourtant prononcée pour le maintien de la divergence, principalement pour des raisons politiques, celle-ci redoutant le lancement d'un référendum. Mais également pour une raison d'ordre scientifique: ces zones de protection étant explicitement prévues pour la reproduction des proies et des prédateurs, un équilibre naturel peut se créer, comme expliqué par le député Müller-Altermatt (pdc, SO).
Ensuite, par 91 voix contre 86 et 1 abstention, les député.e.s ont suivi l'avis de la majorité qui proposait de s'aligner sur la décision du Conseil des Etats qui ne souhaitait pas imposer au Conseil fédéral l'obligation de consulter les milieux concernés en cas de dégâts provoqués par des espèces protégées. Celui-ci ne devra que consulter les cantons touchés, comme inscrit dans le droit en vigueur.
Le Conseil national a, au contraire, décidé de maintenir deux divergences qui devront donc être résolues dans le cadre d'une conférence de conciliation.
Il s'agit, premièrement, de l'article 4 de la LChP qui traite des conditions d'obtention du permis de chasse. La chambre basse continue de souhaiter une relative harmonisation de celles-ci entre les cantons, ce que la chambre des cantons n'a cessé de refuser. De plus, une proposition émanant de Lorenz Hess (pbd, BE) souhaitait abroger l'alinéa 3 du droit en vigueur qui prévoit l'octroi d'une autorisation de chasse de quelques jours. Ces deux points ont été acceptés tacitement par les élu.e.s. Pour Simonetta Sommaruga, conseillère fédérale en charge du dossier, cette décision est à voir comme une tentative de compromis à l'égard du Conseil des Etats. Et deuxièmement, les député.e.s ont décidé de soutenir, par 99 voix contre 74, la proposition de la minorité Ruppen de conserver la lettre c de l'article 7a, alinéa 2 qui précise que des animaux protégés peuvent être régulés à des fins de «préservation de populations sauvages adaptées au niveau régional».
Durant ce débat, Silva Semadeni ainsi que Bastien Girod (verts, ZH) ont annoncé que leurs groupes respectifs – le PS et les Verts – rejetteraient la présente révision.

Le Conseil national règle à son tour les divergences subsistantes quant à la modification de la loi sur la chasse. Sur les 5 points de désaccord entre les deux chambres, les députées et députés ne sont tombés qu'une seule fois d'accord avec les sénateurs et sénatrices. Ils suivent en effet la minorité Girod (verts, ZH) et Müller-Altermatt (pdc, CN) qui demandait la suppression du castor de la liste des animaux protégés pouvant être chassés durant une période déterminée. La chambre basse maintient toutes les autres divergences, que ce soit sa volonté d'en rester à la proposition du Conseil fédéral d'établir une reconnaissance mutuelle des permis de chasse entre cantons (93 voix contre 88 et 2 abstentions), la mention de la préservation de populations sauvages justifiant l'autorisation de régulation d'espèces protégées (loups, bouquetins, etc.), le refus – par 94 voix contre 89 et 2 abstentions – d'autoriser exceptionnellement la chasse du loup dans les districts francs si celui-ci est nuisible à ces lieux (biotopes, conservation de la diversité des espèces, etc.) ainsi que sa volonté que le Conseil fédéral consulte les milieux concernés, en plus des cantons, afin de déterminer la liste des espèces protégées qui, si elles provoquent des dégâts aux forêts, aux cultures, etc. donnent droit à des indemnités. Ces quatre divergences seront donc reprises pour une troisième lecture au Conseil des Etats.

Prenant acte de l'acceptation de deux motions identiques lancées par Sylvia Flückiger-Bäni (udc, AG) pour la chambre basse (17.3843) et Peter Föhn (udc, SZ) pour la chambre haute (17.3855), le Conseil fédéral propose de modifier la loi sur l'environnement afin d'interdire la mise sur le marché de bois récolté illégalement. Comme expliqué au plénum par le rapporteur francophone de la CEATE-CN, Jacques Bourgeois (plr, FR), les deux motions avaient pour visée de rendre le droit suisse en la matière compatible avec le droit européen. En effet, actuellement, les exportateurs de bois suisse sont pénalisés par des entraves au commerce. Une reprise de la législation européenne permettrait ainsi d'éviter de contrôler 96 pourcents des importations concernées. L'autre intérêt est d'ordre écologique, comme expliqué par le rapporteur germanophone de la commission, Bastien Girod (verts, ZH). Il énumère les problèmes liés à une déforestation non contrôlée des forêts tropicales, notamment la perte de biodiversité, le réchauffement climatique et la désertification des zones défrichées. L'écologiste précise que la commission a ajouté deux aspects au projet du Conseil fédéral. Premièrement, elle souhaite conserver l'actuelle obligation faite aux commerçant.e.s d'informer les consommateurs et consommatrices de l'origine et du type du bois utilisé. Et deuxièmement, elle propose d'habiliter le Conseil fédéral à définir des exigences pour la mise sur le marché d'autres produits et matières premières pouvant avoir un impact négatif sur l'environnement – l'huile de palme étant pris comme exemple. L'exécutif se verrait même le droit d'interdire l'importation de certains produits. Ceci fait écho aux nombreux débats sur l'huile de palme et les accords de libre-échange facilitant son importation.
Alors que le projet du Conseil fédéral ne trouve pas d'opposition au sein de la chambre du peuple, la deuxième proposition formulée par la majorité de la commission ne fait pas l'unanimité, le groupe de l'UDC estimant que cet ajout est de trop, comme expliqué par Hansjörg Knecht (udc, AG). Les deux motions, dont débouchait le projet initial de l'exécutif, ne mentionnent à aucun moment d'autres produits que le bois. Adèle Thorens (verts, VD), prenant la parole au nom du groupe des Verts, considère que cette disposition est cohérente avec le reste du projet, le bois n'étant pas la seule matière première importée pouvant avoir un impact environnemental néfaste à l'étranger. L'acceptation de cette disposition permettrait de plus au Conseil fédéral d'agir rapidement afin d'interdire ou de limiter l'importation d'autres produits qui se révéleraient problématiques.
L'exécutif se montre favorable à cet ajout. La conseillère fédérale en charge des questions environnementales, Simonetta Sommaruga, explique, en effet, que cette disposition est similaire aux propositions que le Conseil fédéral avait formulées dans le contre-projet à l'initiative «Pour une économie verte»; qui avait été finalement refusé par le parlement. Elle tient à souligner qu'avant d'interdire tout produit, l'exécutif va toujours chercher, en premier lieu, à résoudre les situations problématiques avec les acteurs économiques concernés par le biais de mesures volontaires et incitatives.
Lors du vote, une majorité du parlement (101 voix contre 76 et 2 abstentions) soutient l'ajout de cette disposition octroyant plus de compétences au Conseil fédéral, l'ensemble de la gauche et des partis du centre y étant favorable. Des voix éparses de soutien sont également à trouver dans les rangs de l'UDC et du PLR. Lors du vote sur l'ensemble, seuls trois députés (2 UDC et 1 PLR) s'opposent au projet, qui passe donc aux mains du Conseil des Etats.

Nach dem 1991 in Kraft getreten Bundesgesetz über den Schutz der Gewässer ist es Bauernbetrieben, die eine erhebliche Anzahl an Schweinen oder Rindvieh halten, erlaubt, das häusliche Abwasser des Bauernbetriebes nicht in die öffentliche Kanalisation zu leiten, sondern es stattdessen der Gülle beizumischen und für den landwirtschaftlichen Betrieb zu nutzen.
Dass diese Möglichkeit Schweine- und Rindviehhaltern vorbehalten war, wollte Andreas Aebi (svp, BE) mit Hilfe der Motion „Anpassung des Gewässerschutzgesetzes an die heutige Nutztierhaltung“ ändern. In der modernen Landwirtschaft gäbe es immer mehr Betriebe, welche Schafe, Ziegen oder Pferde in grosser Anzahl halten und auch davon profitieren würden, wenn sie ihr Abwasser der Gülle beigeben könnten und somit keine Abwasserkosten bezahlen müssten. Auch müsste das Wasser ansonsten in vielen Fällen zugekauft werden, was bedeute, dass Trinkwasser der Gülle beigeführt würde. Der Bundesrat empfahl das Anliegen aus drei Gründen zur Ablehnung: Da menschliche Fäkalien ein bekannter Verbreiter von Krankheiten seien, steige das Risiko einer Verschmutzung mit Erregern mit der Häufigkeit der landwirtschaftlichen Verwendung von menschlichen Fäkalien. Weiter seien die Ausscheidungen von den genannten Tierarten viel trockener als der Mist von Kühen und Schweinen, was die Herstellung von Gülle mit ihrem Kot erschwere. Und letztlich sei ein grösserer Kontrollaufwand notwendig, wenn mehr Bauernbetriebe das eigene Abwasser für die landwirtschaftliche Produktion verwenden dürfen.
In der eher kurzen Diskussion im Rat wurde auch kritisiert, dass der Motionstext einen konkreten Textvorschlag mache, welcher keine Ausnahmen mehr möglich gemacht hätte. Nach einem Votum von Bastien Girod (gp, ZH), welcher vorschlug, dass der Ständerat den Motionstext später so anpassen könne, dass zwar die Forderung unverändert bliebe, die Formulierung des Anliegens aber praktikabler würde, entschied der Nationalrat die Motion mit 144 zu 32 Stimmen anzunehmen (17 Enthaltungen).

Le Conseil national a adopté, par 118 voix contre 53, une motion de sa CEATE-CN, combattue par Bastien Girod (pe, ZH), qui demandait au gouvernement de veiller, par une révision des textes de loi idoines, à ce que les dommages causés aux engins de pêche des pêcheurs professionnels par des cormorans issus de colonies situées dans des zones protégées, fassent l'objet d'une indemnisation par la Confédération et les cantons. La motion demandait également une régulation de la population de ces oiseaux piscivores dans certaines zones protégées, ainsi que le raccourcissement de la période de protection du 1er mars au 31 août. Au sujet de la déclaration de l' OFEV de l' année 2008 qui encourageait le tir des comorans, voir ici.