Le Conseil fédéral a publié un rapport en réponse au postulat de la CEATE-CN demandant un état des lieux de la situation des lacs et cours d'eau de Suisse en matière de pêche. La commission s'inquiétait de la situation des pêcheurs et pêcheuses qui voient leur revenu baisser d'année en année. En Suisse, 262 personnes pratiquent la pêche professionnelle en tant qu'activité principale, tandis qu'environ 150'000 personnes la pratiquent durant leurs loisirs. Pour ces premiers, le revenu annuel se monte, en moyenne, à CHF 60'000 par année et le rendement de la pêche s'élève à 1350 tonnes par an. Cela ne représente cependant que 2% de la consommation totale de poisson en Suisse. La demande en poisson régional et sauvage est, par ailleurs, largement supérieure à l'offre actuelle.
Quant à l'amélioration des conditions de ces professionnels, le Conseil fédéral estime que c'est à la branche d'assurer la pérennité de ses activités. Il ne peut agir qu'au niveau des habitats aquatiques, en poursuivant l'actuelle politique de protection et de valorisation des eaux.

Comme demandé par le Conseil des Etats par l'intermédiaire du postulat Seydoux, le Conseil fédéral a délivré un rapport relatif aux mesures à prendre afin de sauver la race de chevaux franches-montagnes. La sénatrice jurassienne Anne Seydoux-Christe (pdc, JU) demandait à ce que le contingent limitant à 3822 chevaux le nombre d'équidés importés par année profitant de taxe douanière fixée lors de l'Uruguay Round du GATT soit abaissé, pour revenir à son niveau de départ (3322 unités). Le Conseil fédéral estime dans son rapport que cette mesure serait contreproductive et ne profiterait à personne. Celui-ci considère que l'achat d'un cheval comporte des dimensions affectives et pratiques qui jouent un plus grand rôle que la dimension économique; l'augmentation des prix résultant de la baisse de ce contingent d'importation n'aurait comme seuls effets une baisse de l'offre et une augmentation de la rente dans le commerce de chevaux – aucune relation théorique entre une baisse du contingent et un accroissement des ventes de Franches-Montagnes n'a pu, de plus, être calculée.
Quant aux incitations financières appelées des vœux de la sénatrice chrétienne-démocrate, le Conseil fédéral attend la publication d'un rapport concernant la stratégie de sélection animale à l'horizon 2030 qui devrait paraître d'ici à la fin de l'année 2017. Cette stratégie permettra de déterminer sous quelle forme les contributions à la sauvegarde des Franches-Montagnes devront se faire.
Malgré tout, le Conseil fédéral propose que l'OFAG aide la Fédération suisse du franches-montagnes (FSFM) à étendre le périmètre d'activité des organisations d'élevage reconnues à d'autres pays que la Suisse et l'Allemagne ainsi qu'à créer des registres généalogiques affiliés à celui de la FSFM. Ceci permettrait d'inclure les chevaux nés à l'étranger au registre généalogique et de leur octroyer un certificat d'ascendance. Cela amènerait à une augmentation du nombre de naissances ainsi qu'à une plus grande variabilité génétique. La Suisse ayant ratifié la Convention sur la diversité biologique (CDB) émanant du Sommet de la Terre de 1992, elle se doit de conserver la diversité génétique des espèces présentes sur son territoire.
De plus, le Conseil fédéral fait remarquer que les employés et employées d'Agroscope — situés au Haras national suisse (HNS) à Avenches — sont à la disposition de la FSFM quant aux questions relatives à la sélection animale. Il souhaiterait, dans ce domaine, qu'une numérisation accrue des activités ait lieu.

Im Ständerat stiess die Motion Barazzone (cvp, GE) „Illegaler Handel mit bedrohten Arten. Schärfere strafrechtliche Sanktionen in der Schweiz“ in der Wintersession 2016 auf viel Zuspruch. Von der WBK-SR zur Annahme empfohlen und von niemandem in Frage gestellt, wurde die Motion nach drei befürwortenden Wortmeldungen auch von der kleinen Kammer angenommen.

Zurück im Nationalrat wurde die abgeänderte Motion Aebi (svp, BE) „Anpassung des Gewässerschutzgesetzes an die heutige Nutztierhaltung“ ohne weitere Diskussion angenommen.

Nachdem die Motion Barazzone (cvp, GE) beim ersten Verhandlungstermin in der Wintersession 2015 von Felix Müri (svp, LU) bekämpft worden war, beriet der Nationalrat im Frühjahr 2016 über den Vorstoss „Illegaler Handel mit bedrohten Arten. Schärfere strafrechtliche Sanktionen in der Schweiz“. Gefordert wurde vom Bundesrat, dass er die Gesetzgebung über den Verkehr mit Tieren und Pflanzen geschützter Arten so anpasse, dass der Handel mit ihnen härter bestraft werde. Dies auch aus der Überlegung heraus, dass sich die Wege der Schmugglerware sehr schnell an die Gesetzgebung anpassen und Routen gewählt würden, bei welchen nur geringe Sanktionen zu erwarten seien. Da die Schweiz bisher eine deutlich weniger strikte Gesetzgebung habe als viele ihrer Nachbarländer, gerate sie in Gefahr, vermehrt Transitland für den illegalen Handel zu werden. Im Nationalrat wurde die Forderung vom Bundesrat unterstützt und mit 122 zu 57 Stimmen bei 10 Enthaltungen angenommen.

Der Ständerat diskutierte im Frühjahr 2016 darüber, ob es notwendig sei, das Jagdgesetz so anzupassen, dass der Bund und die Kantone dazu verpflichtet werden, Schäden an Infrastruktur, welche vom Biber verursacht werden, finanziell zu übernehmen. Der Biber steht laut der Gesetzgebung der Schweiz unter Schutz und darf weder gefangen oder getötet werden, noch darf sein Lebensraum beschädigt werden. Diese Regelung wurde getroffen, um dem in der Schweiz früher fast komplett ausgerotteten Biber die Wiederansiedlung zu erleichtern. Die Strategie hat Früchte getragen und so leben zurzeit wieder über 2500 Biber in der Schweiz, wovon rund ein Fünftel im Kanton Thurgau lebt.
Da Biber an Bäumen nagen, Dämme bauen und Höhlen graben, gibt es immer wieder Schäden an Strassen und anderen Bauten, welche in der Nähe von Gewässern gebaut sind. Um die Akzeptanz des Bibers bei der Bevölkerung nicht zu gefährden und die Grundbesitzer mit Biberschäden finanziell zu entlasten, lancierte der Kanton Thurgau diese Standesinitiative, mit der die Kantone und der Bund dazu verpflichtet werden sollen, diese Schäden zu übernehmen.
Im Ständerat ergriffen vorwiegend die Thurgauer Ständeratsmitglieder für das Anliegen ihres Kantons das Wort. Dagegen stellte sich die Mehrheit der UREK-SR mit der Begründung, dass die Umsetzung der Änderung des Gewässerschutzgesetzes, welche im Jahr 2011 in Kraft getreten ist, dazu führen könnte, dass die Schäden von alleine zurückgingen. Kommissionssprecher Luginbühl (bdp, BE) erläuterte, dass mit den Anpassungen vermehrt Gewässer revitalisiert werden und seither nicht mehr so nahe an die Gewässer gebaut werden dürfe. Dies werde dazu führen, dass weniger Gebäude nahe am Wasser liegen und sich das Risiko einer Beschädigung dadurch reduziere. Weiter würde eine Umsetzung der Standesinitiative den Staatshaushalt zusätzlich belasten, was zurzeit nicht gewünscht sei. Mit knappen 20 zu 17 Stimmen ohne Enthaltung folgte die kleine Kammer ihrer Kommission und stimmte gegen Folge geben.

Wie in einem Votum von Seiten der Grünen im Nationalrat vorgeschlagen, wurde der Text der Motion Aebi (svp, BE) „Anpassung des Gewässerschutzgesetzes an die heutige Nutztierhaltung“ von der UREK-SR in seiner Formulierung angepasst. Mit dem abgeänderten Text war dann auch Bundesrätin Leuthard zufrieden und empfahl das Anliegen zur Annahme. Diesem Vorschlag folgte der Ständerat und nahm die im Kern des Anliegens unveränderte Motion an.

Ein von der UREK-NR eingereichtes Postulat forderte vom Bundesrat eine Standortbestimmung zur Fischerei in Schweizer Seen und Fliessgewässern. Der Bericht sollte eine Übersicht darüber geben, wie sich die Fischerei in der Schweiz entwickelt habe. Zu diesem Zweck sollte er ökologische Themen wie die Gewässerqualität, Nährstoffvorkommen und Gewässerbiologie abdecken, aber auch Auskünfte über sozioökonomische Aspekte wie etwa die Berufsausbildung der Fischerinnen und Fischer oder die Einkünfte aus der Fischerei liefern. Schliesslich sollten Informationen über die Einfuhr und die Herkunftsdeklaration von Fischereiprodukten, die Konsumentwicklung sowie Empfehlungen zur nachhaltigen Nutzung der einheimischen Fischbestände enthalten sein. Der Bundesrat beantragte das Postulat mit Verweis auf das hydrologische Jahrbuch und die Eidgenössische Fischereistatistik abzulehnen, da die genannten Publikationen bereits umfangreiche Informationen über die ökologische Situation der Schweizer Seen und Fliessgewässer liefern. Im Nationalrat fand der Vorstoss aber Anklang und wurde mit 125 zu 47 Stimmen (2 Enthaltungen) angenommen.

Nach dem 1991 in Kraft getreten Bundesgesetz über den Schutz der Gewässer ist es Bauernbetrieben, die eine erhebliche Anzahl an Schweinen oder Rindvieh halten, erlaubt, das häusliche Abwasser des Bauernbetriebes nicht in die öffentliche Kanalisation zu leiten, sondern es stattdessen der Gülle beizumischen und für den landwirtschaftlichen Betrieb zu nutzen.
Dass diese Möglichkeit Schweine- und Rindviehhaltern vorbehalten war, wollte Andreas Aebi (svp, BE) mit Hilfe der Motion „Anpassung des Gewässerschutzgesetzes an die heutige Nutztierhaltung“ ändern. In der modernen Landwirtschaft gäbe es immer mehr Betriebe, welche Schafe, Ziegen oder Pferde in grosser Anzahl halten und auch davon profitieren würden, wenn sie ihr Abwasser der Gülle beigeben könnten und somit keine Abwasserkosten bezahlen müssten. Auch müsste das Wasser ansonsten in vielen Fällen zugekauft werden, was bedeute, dass Trinkwasser der Gülle beigeführt würde. Der Bundesrat empfahl das Anliegen aus drei Gründen zur Ablehnung: Da menschliche Fäkalien ein bekannter Verbreiter von Krankheiten seien, steige das Risiko einer Verschmutzung mit Erregern mit der Häufigkeit der landwirtschaftlichen Verwendung von menschlichen Fäkalien. Weiter seien die Ausscheidungen von den genannten Tierarten viel trockener als der Mist von Kühen und Schweinen, was die Herstellung von Gülle mit ihrem Kot erschwere. Und letztlich sei ein grösserer Kontrollaufwand notwendig, wenn mehr Bauernbetriebe das eigene Abwasser für die landwirtschaftliche Produktion verwenden dürfen.
In der eher kurzen Diskussion im Rat wurde auch kritisiert, dass der Motionstext einen konkreten Textvorschlag mache, welcher keine Ausnahmen mehr möglich gemacht hätte. Nach einem Votum von Bastien Girod (gp, ZH), welcher vorschlug, dass der Ständerat den Motionstext später so anpassen könne, dass zwar die Forderung unverändert bliebe, die Formulierung des Anliegens aber praktikabler würde, entschied der Nationalrat die Motion mit 144 zu 32 Stimmen anzunehmen (17 Enthaltungen).