Drei Wochen nach Abschluss der Ratsberatungen präsentierte das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) das zur neuen Agrarpolitik gehörende Verordnungspaket, welches 350 Seiten umfasste. Nach Ablauf der Vernehmlassungsfrist waren über 300 Stellungnahmen eingegangen. Generell gelobt wurden die Zusammenfassung verschiedener Verordnungen in einer totalrevidierten Direktzahlungsverordnung sowie die klare Zielausrichtung des neuen Direktzahlungssystems. Die Kritikpunkte unterschieden sich je nach politischer Gesinnung, respektive je nach Prioritätensetzung bei den verschiedenen Zielen der Landwirtschaftspolitik: Die SVP, der SBV und andere bäuerliche Gruppierungen bemängelten etwa die ihrer Ansicht nach zu schwache Gewichtung der Versorgungssicherheit und verlangten mehr Beiträge für Futter- und Brotgetreide. SP, Grüne und Umweltverbände hingegen wünschten mehr Leistungen für Umwelt- und Tierschutzziele. Von Seiten direktbetroffener Verbände und Branchenorganisationen sowie von SBV, SGV und den Kantonen wurde zudem der mit der neuen Regelung einhergehende administrative Aufwand kritisiert. Dem widersprach jedoch die Economiesuisse: Laut ihrer Einschätzung sei der Aufwand vertretbar angesichts der Zielgenauigkeit des neuen Direktzahlungssystems. Nachdem das BLW nochmals einige Änderungen vorgenommen hatte, verabschiedete der Bundesrat im Oktober die Verordnungen: Die neue Agrarpolitik wird damit ab dem 1. Januar 2014 in Kraft treten.

Ende Januar schickte der Bundesrat eine Vorlage zur Koexistenzregelung zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen in die Vernehmlassung. Durch Ergänzungen und Änderungen im Gentechnikgesetz und den dazu gehörenden Verordnungen sollten die legalen Grundlagen gelegt werden für den Anbau von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) nach Ende des bis 2017 geltenden Moratoriums. Konkret schlug der Bundesrat Sicherheitsabstände zwischen Feldern mit genetisch verändertem Saatgut und konventioneller Landwirtschaft vor: Für Kulturen wie Kartoffeln, Soja oder Weizen sollte dieser Abstand 12 Meter, für Mais gar 100 Meter betragen, da dessen Pollen weiter fliegen würden. Auch die Trennung der Warenflüsse sollte über die gesamte Produktionskette hinweg gewährleistet werden, damit man den Konsumentinnen und Konsumenten Wahlfreiheit garantieren könne. Das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) würde ausserdem ein zentralisiertes Anbauverzeichnis führen, welches von Direktbetroffenen wie etwa benachbarten Landwirten eingesehen werden könnte. Schliesslich sollte auch die Einrichtung gentechfreier Zonen ermöglicht werden, falls dies die Bauern einer Region so wünschten oder wenn es vom betroffenen Kanton aufgrund von Gebieten mit hohem Naturwert als erstrebenswert erscheinen würde. Die öffentlichen Reaktionen fielen gemischt aus: Der Bauernverband (SBV) kritisierte die vorgeschlagenen Sicherheitsabstände als zu klein, Greenpeace und die Grünen bekräftigten zudem, dass sie die Aufrechterhaltung des Verbots auch nach Ablauf des Moratoriums begrüssen würden. Von Seiten der Economiesuisse wurde der Entwurf hingegen begrüsst: Wenn man den Anbau von GVO weiterhin verhindere, werde damit der Forschungs- und Wirtschaftsstandort Schweiz geschwächt. Franz Bigler, Leiter der Gruppe „Biosicherheit“ bei Agroscope Reckenholz-Tänikon, kritisierte die geplanten Abstände zwischen genetisch veränderten und konventionellen Pflanzen als zu gross: Es handle sich dabei um Verdopplungen der Werte, welche von der Forschung empfohlen würden. Während der Herbstsession teilte Bundesrätin Doris Leuthard dem Ständerat im Rahmen einer Diskussion über eine schliesslich verworfene Motion Ritter (cvp, SG) mit, dass die Vernehmlassung „massiv negative Reaktionen“ ausgelöst habe (Mo. Ritter, 12.3028). Zwei Drittel aller Vernehmlasser hätten das vorgeschlagene Modell verworfen, man suche nun nach einer anderen Lösung.

Le DETEC a mis en consultation une révision de l’ordonnance sur la chasse permettant de délivrer plus facilement un permis de tir afin de réguler l’ours, le lynx, le loup et le castor, notamment lors d’atteinte au rendement de la chasse, tout en maintenant la nécessité d’un accord de l’Office fédéral de l’environnement. Le texte prévoit encore de mettre sous protection totale la perdrix grise, interdit certaines méthodes de chasse, tout en autorisant la chasse au terrier à laquelle les associations de protection de l’environnement s’opposent, et impose aux cantons de créer des zones de tranquillité pour la faune sauvage. L’USP a estimé que le texte ne va pas assez loin dans le sens d’une régulation efficace des prédateurs et doute de la capacité de la Suisse d’héberger de grands carnassiers, la Fédération suisse de pêche a souhaité lutter plus efficacement contre les cormorans (voir ici), et les associations de protection de l’environnement ont estimé que l’ordonnance marque un retour à des pratiques du siècle passé.

Le Conseil fédéral a mis en consultation un projet de modification de l’ordonnance concernant l’importation, le transit et l’exportation d’animaux et de produits animaux (OITE) prévoyant de lever, sous la pression de l’UE (harmonisation des standards Suisse/UE) l’interdiction de transit routier à travers la Suisse pour les animaux de boucherie. Au vu des vives réactions que le projet a engendré lors de la procédure de consultation auprès des paysans, des défenseurs des animaux, mais également des radicaux, des socialistes et des démocrates du centre, le gouvernement a renoncé à lever cette interdiction, tout en menant en parallèle des discussions à ce sujet avec l’UE.

Suite à l’adoption par les chambres, fin 2005, de la nouvelle loi sur la protection des animaux, le DFE a ouvert, à la fin de l’année sous revue, une procédure de consultation concernant la révision totale de l’ordonnance sur la protection des animaux. Le projet du gouvernement visait une amélioration de la protection des animaux en renforçant l’application de la législation au moyen de la formation et de l’information d’une part, et au moyen de nouveaux instruments d’exécution, d’autre part. Le gouvernement a proposé diverses mesures pour atteindre ces objectifs. Parmi celles-ci, une formation pour les personnes qui détiennent, élèvent ou transportent des animaux à titre professionnel (ainsi que pour le personnel des abattoirs qui prend en charge des animaux vivants), ainsi que pour les détenteurs de chiens, le renforcement de l’information par l’Office vétérinaire fédéral, pour que les animaux soient traités conformément à leurs besoins, et l’institution de services spécialisés cantonaux, afin de rendre l’exécution de la législation plus efficace. Le Conseil fédéral a également proposé de réglementer désormais explicitement la détention des moutons, des chèvres, des chevaux, des dindes, des animaux sauvages dont la détention n’est pas soumise à autorisation, et celle des poissons. La détention à l’attache des moutons, des chèvres et des chevaux ne sera en outre plus admise.

Au mois de juillet, le Conseil fédéral a ouvert une procédure de consultation ayant pour objet une nouvelle ordonnance concernant l’importation, le transit et l’exportation d’animaux et de produits animaux en provenance de pays membres de l’UE, qui ne nécessitent désormais plus de contrôle vétérinaire à la frontière suisse (remplacé par un système d’annonces et de contrôles effectués aux lieux de départ et de destination). Les ordonnances sur les épizooties et concernant l’abattage d’animaux et le contrôle des viandes pourraient être modifiées à cette occasion, afin de compléter les dispositions sur les zoonoses (maladies transmissibles de l’animal à l’être humain).

Suite aux événements tragiques survenus au mois de décembre 2005, la question de l’interdiction des chiens dangereux a occupé une grande place dans le débat public au cours de l’année sous revue. Au mois de janvier, le DFE a proposé, dans un projet d’ordonnance, de ne pas interdire de race de chiens (sauf le pitbull, à moyen terme), mais d’en soumettre 13 à autorisation. Ce projet, mis en consultation accélérée (5 jours), a été bien reçu par 21 gouvernements cantonaux, tandis que Vaud et Neuchâtel, notamment, se sont élevés contre celui-ci, à l’instar des vétérinaires cantonaux, des organisations canines et des détenteurs de chiens. Sur la base de ces résultats, et sans doute à cause de rapports de force internes au collège, le Conseil fédéral, après avoir tout d’abord repoussé sa décision, a finalement décidé de ne pas légiférer sur la question des chiens dangereux. Le parlement s’est toutefois saisi de cette question lors de la session parlementaire de printemps. Les chambres se sont clairement prononcées en faveur de mesures d’interdiction à l’égard des chiens dangereux, en adoptant toutes deux une motion identique (Mo.WBK-NR, 05.3812; Mo. WBK-SR, 05.3790) de leurs commissions de la science, de l’éducation et de la culture (CSEC), qui demandait au Conseil fédéral de mettre immédiatement en vigueur les articles 7a et 7c de la loi sur la protection des animaux, et d’inscrire les mesures nécessaires dans l’ordonnance correspondante, en interdisant par exemple les chiens susceptibles de représenter un danger considérable pour l’homme. Le Conseil fédéral s’était pourtant prononcé contre la motion en question, estimant que la responsabilité de parer aux dangers pour la population incombait principalement aux détenteurs de chiens. Il a ajouté qu’il appartenait aux cantons de prendre des mesures pour protéger la population contre les chiens dangereux, et que les articles 7a et 7c de la loi sur la protection des animaux ne constituaient pas une base légale suffisante pour prendre de telles mesures.
A la mi-avril, le Conseil fédéral a néanmoins présenté des mesures concrètes, refusant toutefois de céder à la pression que le parlement exerçait sur lui au travers des deux motions. Le gouvernement s’est en effet contenté de fixer un cadre très général, relativement minimaliste et le moins contraignant possible, laissant aux cantons la latitude d’agir selon leurs sensibilités respectives. La principale mesure prise par le gouvernement a consisté à prévoir l’obligation pour les vétérinaires, médecins, douaniers et autres éducateurs canins d’annoncer à l’autorité cantonale tous les cas où un chien a « gravement blessé des êtres humains ou d’autres animaux », ou paraît « anormalement agressif ». Les chambres, à ce moment de l’année, devaient toutefois encore se prononcer sur d’autres interventions parlementaires relatives à une interdiction des chiens dangereux. Les cantons ont demandé de leur côté au gouvernement de prendre des mesures à l’échelon fédéral contre les chiens dangereux.

Le projet d’ordonnance sur la coexistence de cultures sans organismes génétiquement modifiés (OGM) et avec OGM, a été majoritairement critiqué lors de la procédure de consultation qui s’est terminée en début d’année. Concrètement, cette ordonnance vise à assurer la protection de la production sans OGM en présence de cultures d’OGM. Les détenteurs d’une licence pour ces dernières devraient ainsi respecter une distance minimale entre les deux types de cultures, afin qu’il n’y ait pas de « contagion » supérieure à 0,5% possible dans un champ sans OGM. Si le PRD s’est prononcé de manière favorable à l’ordonnance, le PS, les Verts, le WWF, Greenpeace et les associations de protection des consommateurs ont jugé celle-ci trop vague et pas assez contraignante. Voir ici, pour l'initiative populaire sur les OGM de l'année 2005.

Les importantes modifications au droit de l’hygiène qui ont été faites en 2004 par l’UE ont nécessité des adaptations dans ce domaine en Suisse. Le Conseil fédéral a invité les milieux intéressés à prendre position jusqu’à la mi-juillet sur les adaptations qu’il a proposées, afin de garantir aux produits helvétiques – notamment laitiers – l’accès au marché européen et améliorer la sécurité du consommateur. En tout, 32 ordonnances concernant les denrées alimentaires, l’hygiène et les objets usuels ont dû être restructurées ou élaborées. Le traçage des denrées alimentaires en aval et en amont, afin de faciliter le retrait du marché des produits non conformes, de même que la mise en place d’une marque d’identification ou de salubrité sur les denrées alimentaires d’origine animale, sont parmi les mesures que la Suisse a dû prendre pour s’adapter au droit communautaire. Les milieux concernés ont salué cette harmonisation mise en consultation, même s’ils ont émis des réserves en ce qui concerne les instances de contrôle. Le Conseil fédéral a tenu à ce que les choses aillent vite, afin que les ordonnances en question puissent entrer en vigueur le plus rapidement possible, le droit européen révisé en la matière entrant en vigueur au 1er janvier 2006. Il a ainsi modifié les ordonnances concernées à la fin novembre.