Le Conseil des Etats a débattu parallèlement de l'initiative pour une eau potable propre et de l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse. Il propose de rejeter tant l'une que l'autre initiative, suivant ainsi l'avis de la CER-CE, du Conseil fédéral ainsi que du Conseil national, comme préalablement rappelé par le rapporteur de commission, Christian Levrat (ps, FR). Ce dernier est brièvement revenu sur les raisons pour lesquelles une majorité de la commission de l'économie et des redevances estime qu'il faut rejeter l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse. Une interdiction totale d'ici à dix ans aurait des conséquences défavorables pour l'agriculture, l'industrie agroalimentaire et la sécurité alimentaire de la Suisse. Une interdiction d'importation des denrées alimentaires produites à l'aide de ces substances ne serait, de plus, pas compatible avec les accords commerciaux signés avec l'UE, et dans le cadre de l'OMC et du GATT. Cet avis a été partagé par une large majorité de la CER-CE (8 voix contre 2 et 1 abstention).
A cette position de refus de la commission, deux sénatrices écologistes, Céline Vara (verts, NE) et Adèle Thorens (verts, VD) ont chacune délivré un plaidoyer pour une agriculture en accord avec la nature. Adèle Thorens a proposé de soutenir un texte qui entre en rupture avec l'actuel système de gestion des pesticides; un système en échec, selon ses propos. Pour elle, tant l'homologation des produits – dont on se rend compte après coup qu'ils sont hautement problématiques – que le non-respect des normes établies ou encore la difficulté de retirer du marché certaines substances problématiques et celle d'assainir les eaux polluées par ces produits sont autant de preuves d'un système qui ne fonctionne pas. Elle a donc plaidé pour un changement de paradigme, parlant d'une transition de l'agrochimie à l'agroécologie. La sénatrice vaudoise y voit une nécessité pour répondre à l'urgence de l'effondrement de la biodiversité qui est à comparer au réchauffement climatique. En écho à son intervention, Céline Vara a dépeint le tableau clinique de la biodiversité en Suisse, rappelant notamment la baisse de 60 pour cent des effectifs d'oiseaux insectivores dans les milieux agricoles depuis 1990. Pour elle, l'initiative élaborée par la CER-CE n'est qu'un pas de fourmi, alors que l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse propose une solution cohérente et nécessaire afin de protéger le vivant pour les générations futures.
En réponse à ces interventions, Olivier Français (plr, VD) et Peter Hegglin (pdc, ZG) ont souhaité apporter une analyse plus nuancée, reconnaissant la nécessité d'agir, tout en rappelant que tout n'était pas aussi simple. L'élu zougois a notamment pris l'exemple de la désinfection des outils utilisé pour la production du lait. Celle-ci s'effectue avec des produits synthétiques afin de garantir une hygiène irréprochable. En cas d'interdiction de l'utilisation de ce genre de produits dans le futur, il sera alors compliqué, selon cet ancien producteur bio, d'assurer une bonne qualité du lait. Le ministre en charge de l'agriculture, Guy Parmelin, a finalement insisté sur les efforts entrepris par les agricultrices et agriculteurs afin de réduire l'utilisation des produits phytosanitaires. Il a également rappelé les mesures entreprises par la Confédération afin de renforcer la recherche de solutions alternatives, citant la restructuration d'Agroscope, le financement du Fibl ainsi que les synergies créées avec l'EPFZ.
28 sénatrices et sénateurs se sont rallié.e.s à la position de la majorité de la commission, du Conseil national et du Conseil fédéral, tandis que 9 élu.e.s ont soutenu le texte d'initiative (4 abstentions).

Lors du vote final, les deux chambres ont renouvelé leur opposition au texte – par 31 contre 9 et 4 abstentions à la chambre haute et par 111 voix contre 78 et 7 abstentions à la chambre du peuple. Il est intéressant de noter que l'initiative a récolté une vingtaine de voix de plus en sa faveur au Conseil national entre le premier vote d'ensemble et le vote final, le premier vote ayant eu lieu avant le renouvellement du Parlement en 2019.

Une majorité du Conseil national s'est opposée à l'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» et n'a pas souhaité proposer de contre-projet. Les parlementaires se sont simultanément emparés de cette initiative ainsi que de l'initiative «Pour une eau potable propre et une alimentation saine», rallongeant considérablement les discussions.
L'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» souhaite interdire, dans un délai de dix ans, toute utilisation de ces substances non naturelles ainsi que l'importation de toute denrée alimentaire ayant nécessité leur utilisation. Le rapporteur francophone de la CER-CN, Olivier Feller (plr, VD), a présenté ces deux initiatives comme ayant «un caractère extrémiste (..) de nature à menacer l'équilibre des marchés et à bouleverser gravement le monde agricole.» La commission a, par 18 voix contre 5 et 2 abstentions, proposé aux parlementaires ainsi qu'au corps électoral de rejeter l'initiative «Pour une suisse libre de pesticide de synthèse». Pour justifier sa position, la commission a évoqué une indéniable baisse de la productivité ayant pour corollaire une augmentation des importations.
Les député.e.s de la chambre basse se sont vu proposer diverses alternatives à ces deux initiatives, toutes rejetées par une majorité de la CER-CN. Celle-ci considère, en effet, que les autorités sont suffisamment actives sur le sujet, Olivier Feller citant tant le Plan d'action Produits phytosanitaires que la prochaine politique agricole PA 22+.
La première proposition alternative soumise aux député.e.s (minorité I) émanait de la gauche et souhaitait renvoyer les deux initiatives en commission afin qu'elle prépare un contre-projet indirect ayant trois objectifs: réduire, d'ici à 2030, les risques liés aux pesticides de moitié et encourager leurs alternatives; améliorer la protection des eaux, des organismes non-cibles et des sols contre les atteintes nuisibles – ces deux objectifs faisant directement référence au Plan d'action Produits phytosanitaire; baisser de manière conséquente l'apport en substances étrangères (nitrates, pesticides, etc.) dans les nappes phréatiques. Pour une courte majorité de la CER-CN (13 voix contre 12), renvoyer les deux textes d'initiative en commission impliquerait de repousser la date de la votation populaire, ce qui n'est pas envisageable au vu de la PA 22+ en préparation. La majorité ne peut pas s'imaginer que les discussions autour de la prochaine politique agricole se fasse sans savoir si le corps électoral plébiscite ou non ces deux initiatives. Pour le député issu des Verts, Daniel Brélaz (VD), la position de la majorité de la commission peut s'expliquer par leur espoir d'un rejet net des deux textes afin de pouvoir justifier, par la suite, une annulation d'une partie des mesures liées aux pesticides proposées par le Conseil fédéral dans la PA 22+. Parlant au nom de la minorité, Beat Jans (ps, BS) a motivé cette proposition de renvoi en commission par la volonté d'inscrire de manière contraignante dans la loi les objectifs que le Conseil fédéral a présenté dans le Plan d'action Produits phytosanitaire.
La deuxième alternative soumise aux député.e.s (minorité II), également présentée par le socialiste bâlois, proposait de reprendre l'initiative «Pour une eau potable propre» et de la retravailler afin de changer la Constitution de telle sorte à ce qu'il ne soit plus question d'une production libre de pesticides, mais de, selon les mots du socialiste: «(ein) Pflanzenbau, welcher grundsätzlich auf synthetische Pflanzenschutzmittel verzichtet». Ainsi, cette proposition de minorité veut faire en sorte qu'il soit clair que la production biologique puisse continuer à utiliser des produits phytosanitaires non-synthétiques. De plus, la minorité souhaitait qu'en lieu et place d'une obligation de produire son propre fourrage, les exploitations aient la possibilité d'en acheter au niveau de la région sans être pénalisées.
La troisième proposition (minorité III) a été défendue en plénum par la verte libérale Kathrin Bertschy (BE). Celle-ci met le doigt sur les excédents de nitrates, d'ammoniac et d'azote provenant de l'élevage dont elle veut réduire la quantité de 30 pour cent d'ici à 2030. Si cet objectif n'est pas atteint, alors la minorité Betschy propose de réduire les importations de fourrage, principal responsable de ces excédents provoquant un déséquilibre de l'apport en intrants.
Les opposant.e.s aux deux initiatives ainsi qu'aux diverses minorités ont dénoncé des propositions trop extrêmes ne prenant pas en compte les efforts constants entrepris par le monde agricole sur les questions environnementales. A l'image de l'agriculteur et député Andreas Aebi (udc, BE) qui, tout en reconnaissant le potentiel d'amélioration de l'agriculture, considère que ces efforts doivent bien plus passer par la formation et la transmission d'une passion. De plus, il a rappelé tout ce qui a déjà été fait par le monde agricole en la matière, notant une réduction de moitié ces dix dernières années de la quantité d'antibiotiques achetés, une diminution de l'utilisation des herbicides et du glyphosate ainsi qu'une augmentation de l'utilisation de produits phytosanitaires biologiques. Le député agrarien a donc appelé, au nom de l'UDC, à voter contre tous les textes.
Le groupe libéral-radical s'est également montré opposés aux initiatives, faisant confiance à l'action du gouvernement en la matière. Une partie du groupe, à l'image de Kurt Fluri (plr, SO), s'est toutefois montrée ouverte à soutenir la minorité I, afin que la commission puisse élaborer un contre-projet indirect. Cette position rejoint donc l'appel lancé par les jeunes libéraux-radicaux suisses qui se sont déclarés en faveur d'un contre-projet. Cela fait également écho à l'enquête d'opinion lancée à l'interne et qui a montré que 90 pour cent des membres du PLR seraient en faveur d'une réduction des pesticides. 64 pour cent des membres du parti vont même plus loin, souhaitant une interdiction.
Le groupe du PDC s'est montré plus tranchant, appelant à tout refuser, ne suivant donc pas l'avis de sa jeunesse de parti qui a appelé son parti mère à soutenir un contre-projet. Cette position a fait débat dans les médias, le PDC étant donc sur cette question moins ouvert que le PLR, cela alors que l'écologie est un thème porteur en cette année électorale. Au nom de son groupe, Markus Ritter (pdc, SG), également président de l'USP, a dénoncé des initiatives qui risquent de rendre les aliments sensiblement plus chers et mettant en danger d'autres secteurs comme l'hôtellerie ou la restauration. Le groupe du PBD a lui aussi recommandé aux député.e.s de rejeter les différents textes soumis au Conseil national, estimant que l'action gouvernementale va dans la bonne direction.
Par les voix de Tiana Angelina Moser (pvl, ZH) et d'Isabelle Chevalley (pvl, VD), le groupe vert-libéral s'est positionné pour l'élaboration d'un contre-projet aux initiatives jugées mal ficelées. Les verts-libéraux ont déploré le manque cruel de volonté politique en la matière ces dernières années. Ils n'ont pas manqué de rappeler que le monde agricole n'a atteint aucun des objectifs environnementaux fixés par la Confédération. Ils jugent, de plus, particulièrement problématique de subventionner à coup de milliards un secteur détruisant l'environnement. Le groupe des Verts a, lui, dit toute la sympathie qu'il avait pour les objectifs visés par les deux textes d'initiatives, mais a souligné préférer agir par le biais d'un contre-projet qui aurait l'avantage de mettre plus rapidement et plus efficacement des mesures en place. Cette position est rejointe par le groupe socialiste pour qui les deux initiatives vont trop loin à certains égards.
De plus, de nombreuses associations et organisations se sont montrées en faveur de l'élaboration d'un contre-projet, à l'image de la Fédération suisse de pêche, de l'Association des petits paysans, de diverses jeunesses de parti du centre et de droite (PLR, PBD, PEV, PDC, Vert'libéraux), de la Migros et de la Société Suisse de l'Industrie du Gaz et des Eaux.
Après un débat étalé sur deux jours et qui durera neuf heures, le Conseil national aura finalement décidé de rejeter l'ensemble des minorités, malgré le soutien de quelques élu.e.s du centre et du PLR: la minorité I Jans par 111 voix contre 78 et 4 abstentions; la minorité II Jans par 116 contre 73 et 4 abstentions; la minorité III Bertschy par 120 voix contre 71 et 2 abstentions. La proposition Molina (ps, ZH) d'accepter l'initiative n'a convaincu, elle, que 54 parlementaires, alors que 131 député.e.s s'y sont opposé.e.s (7 abstentions).

Le Conseil fédéral s'oppose à l'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» et ne souhaite pas proposer de contre-projet. Tout en partageant les préoccupations des initiants, il estime que le plan d'action produits phytosanitaires lancé en 2017 ainsi que la politique agricole 22+ permettront de faire face aux problèmes causés par ces substances. Pour exemple, le Conseil fédéral précise qu'à partir de 2022, seuls les agriculteurs et agricultrices renonçant aux pesticides présentant un risque accru pour l'environnement pourront toucher des paiements directs. L'exécutif fédéral voit, de plus, plusieurs problèmes à cette initiative, dont sa non-compatibilité avec les accords de l'OMC (interdiction d'importation de tout produit traité avec des pesticides de synthèse), une baisse probable des récoltes et une difficulté à respecter certaines normes d'hygiène.

L'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» a abouti. Le comité d'initiative a récolté 121'307 signatures valables dont pas moins de 35'000 dans le seul canton de Vaud, soit près de trois fois plus que dans le deuxième canton (Berne avec 13'000 paraphes). Aucun parti établi n'a aidé officiellement à la récolte, le comité s'étant reposé sur les réseaux sociaux, la récolte en ligne et des groupes d'étudiant.e.s. Quelques heures avant le dépôt de l'initiative, l'USP a fait savoir qu'elle s'opposait à un texte vu comme «déconnecté de la réalité du marché». D'autres organisations de producteurs et productrices telles que Prométerre, l'UMS ou encore Agora se sont également exprimés contre cette initiative. C'est un tout autre sort qui lui est réservé au sein de la population, le texte profitant à l'heure actuelle d'un large soutien, comme révélé dans un sondage réalisé par Tamedia. En effet, 72% des sondé.e.s y seraient favorables; une tendance qui se fait également ressentir dans les rangs des personnes s'identifiant à l'UDC (66%) et au PDC (65%). 22% des sondé.e.s s'y opposent.

L'agriculture suscite le débat. C'est du moins le constat qui peut être tiré au vu du nombre d'initiatives populaires lancées dans un court laps de temps et qui visent toutes d'une manière ou d'une autre notre rapport à la production alimentaire. Alors que la population a décidé en 2017 d'inscrire dans la Constitution le principe de sécurité alimentaire, le corps électoral aura la possibilité d'influencer le futur de la politique agricole et alimentaire suisse au moins à 6 reprises ces prochaines années. Seule une des initiatives a été lancée par un parti politique, le reste étant du fait d'associations ou de comités citoyens.
L'initiative pour des aliments équitables provient des rangs des Vert-e-s. Le parti souhaite mettre un terme à la concurrence entre production suisse et produits importés profitant généralement de normes plus laxistes. L'objectif serait donc de n'autoriser à l'import que les denrées alimentaires respectant les normes suisses. L'initiative pour la souveraineté alimentaire – lancée en parallèle – se focalise elle sur la production suisse et veut revenir à une agriculture plus locale, durable et familiale. Elle veut, de plus, inscrire une interdiction des OGM au niveau de la Constitution, alors que seul un moratoire prolongé tous les 4 ans fait foi aujourd'hui. Cette initiative a été lancée par le syndicat paysan Uniterre et l'Autre syndicat. La puissante Union suisse des paysans (USP) a décidé de laisser la liberté de vote sur ces deux textes.L'initiative pour des vaches à cornes, dont le paysan grison Armin Capaul est l'initiant, demande à ce que les fermières et fermiers qui décident de laisser leurs cornes aux vaches soient rémunérés pour cela. Les raisons invoquées par Armin Capaul sont de l'ordre du bien-être animal, les cornes étant, par exemple, importantes pour les rapports sociaux et hiérarchiques au sein des troupeaux. Sur le même thème du bien-être animal, Sentience politics veut en finir avec l'élevage intensif. L'organisation anti-spéciste a rédigé, pour cela, une initiative ayant pour but d'ériger les normes bio en normes à respecter pour tous les élevages. Les produits importés seraient également concernés afin de ne pas créer de distorsion de concurrence entre produits animaux suisses et étrangers. Finalement, deux textes se penchent sur l'impact des méthodes agricoles conventionnelles sur l'environnement. L'initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse veut en finir avec ces produits qui nuisent tant aux écosystèmes qu'aux êtres humains, selon le comité d'initiative citoyen. Les paysans et paysannes devraient, dans un délai de dix ans, réduire à zéro la pulvérisation des produits de synthèse mais seraient toutefois autorisées à utiliser les produits de lutte biologiques. La deuxième initiative – pour une eau potable propre – ne prévoit pas d'interdiction, mais un certain nombre de conditions à l'octroi des paiements directs : ne plus utiliser de pesticides, ne pas administrer d'antibiotiques de manière prophylactique et produire sur place les fourrages destinés aux animaux.

Un comité apolitique constitué de sept neuchâtelois provenant de tous milieux (du garagiste au vigneron, en passant par le biologiste) souhaite interdire, dans un délai de dix ans, l'utilisation de pesticides de synthèse en Suisse ainsi que l'importation de produits ayant nécessité de telles substances. Selon Edward Mitchell, directeur de l'observatoire de biodiversité du sol de l'Université de Neuchâtel et membre du comité d'initiative, un changement radical de paradigme est impératif afin de maintenir la fertilité du sol et la biodiversité. De plus, il insiste sur le fait que les premières victimes sont les paysannes et paysans eux-mêmes, eux qui pulvérisent ces produits dont on se rend souvent compte de la réelle nocivité bien des années après leur mise sur le marché. Les opposants au texte rétorquent que le plan national de réduction des pesticides prévu par la Confédération est une voie plus raisonnable qu'une interdiction totale de ces substances.
La récolte de signatures de l'initiative intitulée «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» débute le 29 novembre 2016. Les initiants ont donc jusqu'au 29 mai 2018 pour récolter les 100'000 paraphes de citoyens et citoyennes suisses nécessaires à l'aboutissement de l'initiative.