Le Conseil National a soutenu, à l'unanimité, une adaptation de Suisse-Bilanz aux réalités actuelles. Pour autant, la CER-CN a fait une proposition d'amendement au texte initial de sa commission sœur, qui consiste à biffer le maintien actuel de la marge de tolérance de dix pour cent approuvé par le Conseil des Etats. La chambre haute devra donc se prononcer sur cette modification.

Le Conseil national s'est exprimé en faveur de la création d'un centre national de compétence pour l'amélioration des terres arables comme le proposait l'UDC bernois Werner Salzmann. Ce dernier ayant été, entre temps, élu à la chambre haute, la motion a été défendue par Martin Haab (udc, ZH) qui a souligné la nécessité de protéger les terres arables, menacées par l'augmentation de la population et la construction de nouvelles infrastructures. C'est en 1992 que la Suisse a revu son plan des terres arables, fixant à 438'000 hectares la surface à préserver pour une production alimentaire de qualité. Beaucoup de ces terres ont été drainées et ces systèmes de drainage doivent être restaurés ces prochaines années, d'où l'importance, selon l'élu agrarien, d'investir dans la recherche de solutions. Représentant le Conseil fédéral, Guy Parmelin a rappelé les efforts entrepris par la Confédération en la matière, que ce soit dans le lancement de programmes de recherche ou le soutien à la mise en place de systèmes hydrauliques en collaboration avec les cantons. Les autorités ont, par ailleurs, décidé en 2020 de créer un centre de compétence sur les sols ayant pour mission de soutenir la recherche sur la préservation des sols arables fertiles.
Une majorité des socialistes, des membres du groupe du Centre ainsi que de l'UDC ont soutenu le texte, tandis que les Verts, le PLR et les verts'libéraux ont tenté, sans succès, d'y faire barrage (111 voix contre 76 et 7 abstentions).

La CER-CE a déposé une motion pour que le système Suisse-Bilanz, qui permet de calculer les bilans de fumure des exploitations, soit adapté à la réalité actuelle. En cela, la commission souhaite que la Confédération prenne en compte les diverses avancées et amélioration en la matière (que ce soit la consommation de fourrage, le potentiel de rendement des cultures, les pratiques des exploitations, etc.). Cela doit se faire en parallèle à la mise en œuvre des objectifs fixés par l'initiative parlementaire sur la réduction des pesticides et des intrants fertilisants (Iv.pa. 19.475). La commission estime également que la marge de tolérance actuelle de dix pour cent d'écart du bilan de fumure doit être maintenue, alors que les autorités ont prévu de la supprimer dans le cadre de la Politique agricole 22+.
Le Conseil fédéral s'est opposé à cette motion estimant, d'une part, que le système allait être adapté plus régulièrement, celui-ci étant entièrement numérisé depuis 2017, et d'autre part, que cette tolérance de dix pour cent n'est, aujourd'hui, plus défendable. En effet, Guy Parmelin a précisé, lors des débats en chambre, qu'elle avait été introduite au tout début de Suisse-Bilanz – il y a de cela 20 ans – pour parer aux imprécisions du système; des imprécisions qui sont aujourd'hui négligeables. Le ministre de l'agriculture a toutefois tenu à préciser que l'OFAG analysait actuellement la possibilité de faire une moyenne du bilan de fumure sur trois ans, ce qui permettrait de mieux prendre en compte les fluctuations annuelles. Pour Guy Parmelin, maintenir ce taux de dix pour cent rendrait toute réduction des intrants fertilisants très compliquée. Malgré cela, la chambre haute a décidé de suivre sa commission, en soutenant, par 26 voix contre 15 et deux abstentions cette motion.

Le centre de recherche Agroscope est parti sur les traces des pesticides dans les sols agricoles suisses afin de déterminer quel impact ils avaient sur la vie microbienne souterraine. Les premières surprises sont intervenues lors de l'analyse de sols cultivés de différentes manières : les chercheuses et chercheurs ont constaté que même sur les parcelles biologiques – des sols cultivés parfois depuis plus de 20 ans sans produits de synthèse – des résidus de substances actives étaient détectés. Les chercheurs.euses émettent l'hypothèse que ces substances proviennent de l'époque où elles étaient encore appliquées sur ces parcelles. Autre possibilité, elles auraient été transportées par le vent ou l'eau. Il a été constaté, avec une certaine surprise, que des résidus de substances interdites en Suisse, telle que l'atrazine – plus utilisée en Suisse depuis 2012 – se trouvent encore dans les sols. Dans un deuxième temps, l'équipe de recherche a analysé l'effet de ces substances sur la vie microbienne. Cela les a amené à constater que plus le nombre de pesticides différents était élevé dans les échantillons, moins l'activité de champignons mycorhiziens utiles était importante. Ainsi, il est à redouter que l'utilisation de pesticides ait un impact à long terme sur la vie des sols. Malgré cela, les chercheuses et chercheurs notent que les concentrations de pesticides sont relativement faibles et n'ont pu être détectées que par l'usage de méthodes de mesure sensibles. Un projet de recherche est prévu afin d'analyser l'impact de ces produits phytosanitaires sur la vie des organismes, la santé ou encore la fertilité des sols. En parallèle, Agroscope a mis en place un monitoring des sols afin de pouvoir suivre les effets des mesures prises dans le cadre du Plan d'actions produits phytosanitaires.

Le postulat Aebi (udc, BE), intitulé «Etablir l'utilité des produits phytosanitaires pour la Suisse», est refusé de manière tacite par le Conseil national, qui suit ainsi l'avis du Conseil fédéral. Le postulat voulait qu'un rapport soit rédigé sur les conséquences du plan d'action de la Confédération visant à réduire les risques inhérents aux produits phytosanitaires, aussi bien sur les aspects économiques (rendements, approvisionnement du pays, etc.) et environnementaux (émissions de gaz à effet de serre, consommation énergétique, etc.) que sur les aspects de la santé et de la qualité des denrées alimentaires.
Le Conseil fédéral rappelle, dans sa réponse, que le plan d'action ne prévoit pas de renoncer par principe à l'utilisation des produits phytosanitaires, mais vise bel et bien à réduire les risques quant à leur utilisation. Il estime donc qu'il est plus utile d'utiliser les ressources financières disponibles dans le développement des moyens permettant une protection durable des végétaux, plutôt que dans la rédaction d'un rapport.

Um der von stickstoffhaltigen Luftschadstoffen ausgelösten Versauerung des Bodens entgegenzuwirken, sollte mit einem Postulat von Siebenthal (svp, BE) geklärt werden, welche Massnahmen sich dafür eignen würden, die Qualität des Bodens zu verbessern.
Im Bericht kam der Bundesrat zum Schluss, dass die wichtigste Massnahme überhaupt die Reduktion der Stickstoffemissionen sei, welche die Versauerung auslösen. Um dies zu erreichen, müssten vor allem Veränderungen in der Landwirtschaftspolitik vorgenommen werden, da die landwirtschaftlichen Betriebe mit 66 Prozent Hauptverursacher der Luftschadstoffeinträge in den Wäldern seien. Der Verkehr habe mit 22 Prozent die zweitgrösste Menge an Einträgen zu verantworten. Da die Reduktion der Verursachung nur auf längere Frist ihre Wirkung zeigt, wurden im Bericht Massnahmen diskutiert, welche den kurzfristigen Konsequenzen der Versauerung entgegenwirken sollen.
Für Gebieten, in welchen der Oberboden zwar versauert sei, die tieferen Schichten aber noch viele Nährstoffe aufwiesen, schlug der Bericht waldbauliche Massnahmen vor. So könnten beispielsweise an diesen Orten tiefwurzelnde Baumarten gepflanzt werden, welche mit der versauerten Oberschicht gut zurechtkämen. Die Kalkung von Böden könne dann hilfreich sein, wenn eine rasche Wirkung notwendig sei. In diesem Bereich könne man von den bereits in Deutschland gemachten Erfahrungen profitieren. Der Bericht schlug vor, Pilotprojekte durchzuführen, um die Eignung der Massnahmen für die Schweizer Gegebenheiten zu überprüfen.
Schliesslich behandelte der Bericht noch den im Postulat vorgebrachten Vorschlag der Wiederverwendung von Asche aus Holzfeuerungen für die Düngung des betroffenen Waldbodens. Da es sich bei Asche aus rechtlicher Perspektive um ein Abfallprodukt handle, welches entsprechend der geltenden Gesetzgebung entsorgt werden müsse, eigne sich diese Massnahme nur bedingt. Weiter sei nicht auszuschliessen, dass das Holz mit Fremdstoffen oder Schwermetallen belastet sei, welche sich im Waldboden ansammeln könnten. Um dies zu verhindern, wäre ein grosser administrativer Aufwand nötig, welcher in Anbetracht des Nutzens nicht gerechtfertigt sei. Somit wird im Bericht von der Ausstreuung von Asche als Massnahme gegen versauerten Boden abgeraten.

Politischer und ökonomischer Druck sowie teilweise das eigene Interesse am Erhalt der Produktionsgrundlagen führen immer mehr Bauern dazu, ihre Produktionsmethoden umzustellen. Die einen stützen sich dabei auf das wachsende Interesse der Konsumentinnen und Konsumenten an gesunder Nahrung – für die diese gemäss Umfragen auch bereit sind, höhere Preise zu bezahlen – und stellen auf eine naturnahe Produktion um. Sie fordern eine vermehrte öffentliche Unterstützung mit dem Hinweis, dass die Auslagen, die für die Behebung von Phosphat- und Nitratschäden aufgebracht werden, mit mehr Nutzen für die Vermeidung solcher Schäden, also im biologischen Landbau, investiert würden. Ihre politischen Anstrengungen gehen vorläufig jedoch vor allem in Richtung auf eine amtliche Anerkennung von Herkunftszeichen, welche nach dem Willen des Bundesrates im Konsumenteninformationsgesetz geregelt werden soll.

Andere, vor allem Westschweizer Landwirte, verlegen sich mehr und mehr auf eine eher naturferne Produktion, nämlich die bodenunabhängige oder Hors-sol-Produktion, bei der die Wurzeln der Nutzpflanzen – meist Gurken und Tomaten – in einer Nährlösung schwimmen. Auf entschiedenen Protest, auch seitens der Bauernorganisationen, stiessen jene Landwirte, die ihre Milch- und Fleischproduktion mit Hilfe von gentechnisch produzierten Wachstumshormonen zu steigern suchen. Der SBV und die VKMB deponierten beim Bund eine Petition mit 15'000 Unterschriften, die ein Verbot des Wachstumshormons Somatotropin fordert.