Sans discussion, la chambre du peuple rejette l'initiative cantonale thurgovienne «Pour une agriculture suisse sans génie génétique», suivant ainsi la position de la CSEC-CN et de la chambre haute. La commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil national estime, en effet, que les objectifs de l'initiative sont partiellement caducs, le parlement ayant prolongé, en 2017, le moratoire sur les OGM de quatre ans. De plus, elle estime que fermer complètement la porte à ces organismes serait une entrave à la recherche scientifique.

Le canton de Thurgovie a déposé une initiative cantonale intitulée "Pour une agriculture suisse sans génie génétique". Celle-ci exige que les autorités prolongent le moratoire sur les organismes génétiquement modifiés (OGM) – expirant fin 2017 – de dix ans ou interdisent complètement leur utilisation dans le domaine de la culture de plantes comme dans celui de l'élevage d'animaux, tout en conservant l'interdiction déjà en cours en ce qui concerne l'importation et la mise en circulation de plantes et de semences OGM ainsi que d'animaux génétiquement modifiés destinés à la production d'aliments. Les représentants du canton de Thurgovie s'appuient sur une étude menée par Univox en 2015 qui constatait que près de 2/3 des personnes interrogées considèrent les OGM dans l'alimentation comme un danger. Egalement publiée en 2015, une autre étude menée par la Haute école de Lucerne fait le constat qu'une grande majorité de la population est attachée à une agriculture proche de la nature ainsi qu'à une production biologique, des avis allant à l'encontre, selon les initiants, d'une agriculture travaillant avec des OGM.
La CSEC-CE a pris position contre cette initiative, le moratoire sur les OGM ayant été, entre temps, prolongé de 4 ans. Cette période de temps est jugée plus raisonnable par la commission compétente qui estime que d'interdire complètement ou avoir un moratoire de dix ans sur les OGM ne permettrait pas de prendre compte de possibles progrès ou évolutions dans le domaine.
Le Conseil des Etats décide de suivre sa commission et ne donne pas suite à cette initiative cantonale. Elle passe donc en mains de la CSEC-CN qui, à son tour, va prendre position.

In den Schlussabstimmungen zur Änderung des Gentechnikgesetzes wurde der Gesetzesentwurf von beiden Räten mit 157 zu 36 Stimmen (3 Enthaltungen) bzw. 30 zu 13 Stimmen (1 Enthaltung) angenommen. Gegen die Vorlage wurde kein Referendum ergriffen.

Die letzte Differenz, die Verwendung von Antibiotikaresistenzgenen in der Forschung betreffend, wurde im Ständerat behandelt. Die Mehrheit der Kommission schlug vor, bei der eigenen Fassung zu bleiben, welche die Freisetzung der umstrittenen Gene für Forschungszwecke erlauben will. Ein Minderheitsantrag aus der sozialdemokratischen Fraktion beantragte die letzte Differenz bei der Änderung des Gentechnikgesetzes aus dem Weg zu räumen, dem Nationalrat zuzustimmen und die Freisetzung der Gene nicht zu erlauben. Die Befürworter und Befürworterinnen des Antrags argumentierten, dass die Forschung im Labor von der Regelung nicht betroffen sei und dass sie glaubten, dass die Wissenschaft innovativ genug sei, um Lösungen zu finden, welche ohne Freisetzungen auskämen. Zusätzlich sei das Risiko, welches eine Freisetzung beinhalte, grösser als der daraus resultierende Nutzen.
Vor der Abstimmung nutzte Bundesrätin Leuthard nochmals die Gelegenheit, um ihren Unmut über die parlamentarischen Anpassungen des Gesetzesentwurfs kundzutun. Sie kritisierte den Entschluss der Räte, die Koexistenzregelung aus dem Gesetz zu streichen, wodurch diese einen sehr restriktiven Weg gewählt hätten. Der Ständerat beschloss trotzdem sehr knapp, der Minderheit zuzustimmen und die Freisetzung der umstrittenen Gene nicht zuzulassen, und bereinigte somit die letzte Differenz mit 21 zu 20 Stimmen (1 Enthaltung).

In der Debatte um die Änderung des Gentechnikgesetzes verblieben drei Differenzen. Die erste drehte sich um die Frage, ob im Forschungsbereich Gene freigesetzt werden dürfen, welche Resistenzen gegen Antibiotika aus der Human- oder Veterinärmedizin aufweisen. Dies war die letzten 15 Jahre in der Schweiz verboten gewesen, soll aber nach der neuen Gesetzgebung erlaubt werden, wenn es nach dem Willen des Bundesrats und des Ständerats ginge. Die nationalrätliche Kommissionsmehrheit schätzte das Risiko indes als zu gross ein und beantragte, am eigenen Ratsbeschluss festzuhalten. Eine Minderheit aus CVP- und FDP-Mitgliedern, für welche sich Christian Wasserfallen (fdp, BE) aktiv einsetzte, erachtete die Vorteile für die Schweizer Forschung als gewichtiger und stellte den Antrag, dem Beschluss des Ständerates zuzustimmen. Die Kommissionsmehrheit vermochte aber mehr Nationalratsmitglieder zu überzeugen, die Differenz blieb mit 132 zu 56 Stimmen (1 Enthaltung) bestehen.
In den beiden anderen Punkten beantragte die Kommissionsmehrheit, der Fassung des Ständerates zuzustimmen. Auch hier gab es jeweils einen Minderheitsantrag von bürgerlicher Seite. Inhaltlich ging es um die Fragen, ob ein Monitoringsystem eingeführt werden soll, welches die Verbreitung von gentechnisch veränderten Organismen überwacht, und ob ein Artikel im Gesetz stehen soll, welcher Verwaltungsmassnahmen definiert, um Zuwiderhandlungen gegen das Gentechnikgesetz zu sanktionieren. In beiden Punkten entschieden sich die Mitglieder der grossen Kammer knapp für die Artikel und somit für die Fassung des Ständerates. Das Monitoringsystem wurde mit 98 Stimmen zu 88 Stimmen und 3 Enthaltungen angenommen, die Verwaltungsmassnahmen erhielten 95 Stimmen, 92 Stimmen gingen gegen die Massnahmen ein (1 Enthaltung). Das Gentechnikgesetz wurde mit der letzten Differenz zurück an den Ständerat gegeben.

In der Frühjahrssession 2017 beantragte die WBK-SR dem Ständerat die Annahme der Motion Bourgeois (fdp, FR), welche sinnvolle Vorschriften für eine Kennzeichnung „ohne GVO/ohne Gentechnik hergestellt“ forderte. Der Motionär wollte erwirken, dass die rechtlichen Bestimmungen derart angepasst würden, dass die Kennzeichnung von GVO-freien Lebensmitteln in der Schweiz mit derjenigen der Nachbarländer harmonisiert werde. In der Schweiz seien die Anforderungen für eine „ohne GVO“-Bezeichnung im Vergleich zum Ausland sehr streng. Die Kommission des Ständerats anerkannte, dass diese Ungleichheiten zwischen schweizerischen und ausländischen Produkten zu Wettbewerbsnachteilen für die inländische Landwirtschaft sowie zu mangelnder Transparenz für Konsumentinnen und Konsumenten führen könne. Wie zuvor schon im Nationalrat und entsprechend der Empfehlung des Bundesrates wurde die Motion Bourgeois auch in der kleinen Kammer ohne längere Diskussion angenommen.

In der Frühjahrssession 2017 setzte sich auch der Ständerat mit der Änderung des Gentechnikgesetzes auseinander. In der Vorberatung hatte die WBK-SR mit 5 zu 5 Stimmen und Stichentscheid der Präsidentin Häberli-Koller (cvp, TG) beantragt, der Verlängerung des Moratoriums um vier Jahre zuzustimmen. Weiter sprach sie sich mit 7 zu 3 Stimmen gegen die vorgeschlagene Koexistenzregelung des Bundesrates aus.

In der parlamentarischen Debatte wurde gleich zu Beginn eine Differenz zum Nationalrat geschaffen. Entsprechend der Empfehlung des Bundesrates entschied die kleine Kammer, für die Forschung eine Ausnahme zu schaffen, welche es ermöglichen sollte, in der Forschung Organismen freizusetzen, die gentechnisch eingebrachte Resistenzgene gegen Antibiotika enthalten (24 zu 16 Stimmen bei einer Enthaltung). Dies sollte es der Schweiz erleichtern, bei internationalen Forschungsprogrammen mitzuwirken.
Bei der Frage nach der Koexistenzregelung von gentechnisch veränderten und herkömmlichen Organismen folgte der Ständerat dem Nationalrat und lehnte die vorgeschlagene Regelung des Bundesrates mit 25 zu 18 Stimmen und keiner Enthaltung ab. In der Diskussion wurde erläutert, dass man der Auffassung sei, dass die Nachfrage nach Gentech-Produkten nicht gegeben sei und deshalb der Anbau auch nicht unter den vorgeschlagenen Bedingungen erlaubt werden solle. Zudem eigne sich eine Koexistenz nicht für Schweizer Verhältnisse, da die einheimische Landwirtschaft vergleichsweise kleine Betriebe aufweise und eher kleinräumig organisiert sei.
Allerdings entschied der Ständerat eine Bestimmung anzunehmen, welcher von der grossen Kammer zuvor im Rahmen der Diskussion um die Koexistenzregelung gestrichen worden war. Diese hält fest, dass der Bund dafür sorgen soll, dass ein Monitoringsystem aufgebaut wird, welches die unerwünschte Verbreitung von gentechnisch veränderten Organismen überwacht. Gerade wenn die Schweiz offiziell GVO-frei bleibe, mache es Sinn, allfällige Verunreinigungen frühzeitig zu erkennen, so die Argumentation.
Bei der Frage nach der Verlängerung des Moratoriums stimmte die kleine Kammer dem Vorschlag des Nationalrates wiederum zu. Die Mehrheit der Ständeratsmitglieder stimmte ohne Enthaltungen mit 24 zu 18 Stimmen dafür, das GVO-Moratorium um vier Jahre bis Ende 2021 zu verlängern und lehnte somit einen Minderheitsantrag ab, welcher eine Verlängerung um acht Jahre vorsah.
Nach der Gesamtabstimmung, in welcher der Gesetzesentwurf 39 befürwortende und 2 ablehnende Stimmen erhielt (2 Enthaltungen), ging die Vorlage zur Differenzbereinigung zurück in den Nationalrat.

Ob das 2005 vom Volk angenommene und mittlerweile bereits zwei Mal verlängerte Anbau-Moratorium für gentechnisch veränderte Organismen (GVO) noch einmal für weitere vier Jahre verlängert werden soll, stand 2016 bei der Änderung des Gentechnikgesetzes erneut im Zentrum parlamentarischer Diskussionen.
Der Bundesrat schlug vor, aufgrund der weiterhin bestehenden Zweifel bezüglich der Sicherheit der Technologie sowie der fehlenden Nachfrage das bestehende Moratorium für gentechnisch veränderte Organismen für vier Jahre fortzuführen. Falls sich die Meinungen gegenüber der Thematik aber zu einem späteren Zeitpunkt ändern sollten, wolle man darauf eingestellt sein. Zu diesem Zweck befürwortete der Bundesrat eine Koexistenzregelung für GVO- und Nicht-GVO-Anbau nach Ablauf des Moratoriums. GVO-Anbau solle dann bei Bedarf in speziell abgeschirmten Anbaugebieten und innerhalb einer komplett abgetrennten Produktionskette möglich sein.

Die WBK-NR schlug nach ausgiebiger Auseinandersetzung mit dem Thema im Wesentlichen drei Änderungen des Bundesratsvorschlages vor: Die Mehrheit folgte der Meinung der SP, der Grünen und Teilen der CVP sowie der SVP, welche sich für ein unbefristetes Moratorium stark machten. Da die Forschung nicht genügend schnell bahnbrechende Ergebnisse liefere, sei es besser, im Fall von neuen Erkenntnissen den umgekehrten Weg einzuschlagen. Als zweite Verschärfung des Bundesratsvorschlages sprach sich eine überwiegende Mehrheit der Kommission gegen die Koexistenzregelung aus (18 zu 5 Stimmen bei 2 Enthaltungen). Kritisiert wurde einerseits die massive zusätzliche Bürokratie, welche für eine entsprechende Regelung notwendig wäre, andererseits, dass eine Vermischung von gentechnisch veränderten Pflanzen und herkömmlichen Pflanzen trotz aller Sicherheitsmassnahmen nicht ausgeschlossen werden könne. Drittens betonte die Kommissionsvertretung im Rat, dass es sich keineswegs um ein Technologieverbot handle. So sei die WBK-NR der Forschung stark entgegengekommen, indem bei Annahme des Kommissionsvorschlages Rahmenbewilligungen für Reihenversuche innerhalb eines besonders geschützten Areals möglich werden würden (13 zu 12 Stimmen).

In der nationalrätlichen Diskussion wurde Eintreten ohne Gegenantrag beschlossen. Auch bei der Diskussion um die Koexistenzregelung war das Urteil der grossen Kammer deutlich: Mit 142 zu 47 Stimmen und 2 Enthaltungen stimmten die Parlamentsmitglieder aus allen Fraktionen dafür, die Koexistenzregelung aus dem Gesetzesentwurf zu streichen. Die Opposition bestand aus der Mehrheit der Fraktion der FDP und Minderheiten der SVP-, CVP- und BDP-Fraktionen.
Auch bei der Debatte um die Verlängerung des Moratoriums stellten sich insbesondere die FDP und Teile der SVP gegen den verschärfenden Kommissionsvorschlag. Sie prangerten den mangelnden Einbezug der Erkenntnisse des NFP 59 an, einem vom Nationalfonds finanzierten nationalen Forschungsprogramm. Dieses hatte zum Ziel, Risiken einer Produktion von GVO in der Schweiz zu klären. Die Forscherinnen und Forscher kamen unter anderem zur Erkenntnis, dass Langzeitbeobachtungen und wissenschaftliche Studien bisher keine negativen Effekte einer kommerziellen Nutzung von gentechnisch veränderten Pflanzen auf die Gesundheit von Tieren und Menschen nachgewiesen haben. Aus diesem Grund gab es einen Minderheitsantrag von Seiten der FDP-Fraktion, welcher eine sofortige Aufhebung des GVO-Moratoriums forderte.
Bei der Abstimmung standen sich also das unbefristete Moratorium (Kommissionsmehrheit), eine Verlängerung des Moratoriums um weitere vier Jahre (Minderheit I) und eine sofortige Aufhebung des Moratoriums (Minderheit II) gegenüber. Während die sofortige Aufhebung des Moratoriums nur eine Minderheit des Rates – bestehend aus Mitgliedern der SVP-, FDP- und BDP-Fraktionen – überzeugen konnte (42 zu 144 Stimmen bei 2 Enthaltungen), wurde es bei der zweiten Abstimmung knapp. Die grosse Kammer entschied sich mit 98 zu 89 Stimmen (1 Enthaltung) dafür, das Moratorium um weitere vier Jahre, bis zum 31. Dezember 2021, zu verlängern. Somit ging der Gesetzesentwurf weiter in den Ständerat.

Mit der im Dezember 2015 eingereichten Motion „sinnvolle Vorschriften für eine Kennzeichnung ‚ohne GVO/ohne Gentechnik hergestellt‘“ beauftragte Jacques Bourgeois (fdp, FR) den Bundesrat, die gesetzlichen Rahmenbedingungen zu lockern und eine Bezeichnungsreglementierung zu ermöglichen, wie sie in den umliegenden Ländern praktiziert werde. Die Schweiz zeichne sich gemäss dem Motionär im Vergleich zu ihren Nachbarländern durch einen systematischen Verzicht auf Gentechnik in der Landwirtschaft aus. Die gesetzlichen Rahmenbedingungen erlaubten es jedoch bisweilen nicht, Lebensmittel mit einem entsprechenden Label zu versehen, solange nicht die gesamte Herstellungskette ohne GVO auskommt. Dies verunmögliche vor allem die Bezeichnung von vielen tierischen Lebensmitteln, da Futtermittelzusätze wie Vitamine oder Enzyme praktisch nur mit GVO hergestellt würden. Eine derart strenge gesetzliche Regelung würden die benachbarten Länder hingegen nicht kennen. Wettbewerbsnachteile für Schweizer Produkte und eine mangelnde Transparenz für Konsumentinnen und Konsumenten seien die Folgen solch ungleicher Bestimmungen, so die Argumentation des Motionärs. Dies gelte speziell für Lebensmittel tierischen Ursprungs: So erhielten Produkte, die ohne GVO hergestellt worden seien, hierzulande keine entsprechende Bezeichnung, während ausländische Produkte nicht deklarieren müssten, dass Futtermittel aus gentechnisch veränderten Pflanzen verwendet worden waren.
Bereits Ende 2014 sei in einem Projekt zur Änderung der Verordnung über gentechnisch veränderte Lebensmittel versucht worden, diese Regelung anzupassen, erklärte der Bundesrat. Der Änderungsvorschlag sei jedoch bei der Vernehmlassung auf eine ablehnende Mehrheit getroffen, die unter anderem aufgrund fehlender Transparenz und Schwierigkeiten bei der Umsetzung gegen den Vorschlag argumentiert habe. Auch habe die Erwartung einer europäischen Verordnung dazu beigetragen, dass das Projekt nicht weiterverfolgt worden sei. In der EU seien diese Arbeiten mittlerweile gestoppt worden, sodass es der Bundesrat als sinnvoll erachtete, diese Thematik erneut in Angriff zu nehmen und eine zufriedenstellende Lösung zu finden. Der Nationalrat folgte dem entsprechenden Antrag des Bundesrats und reichte die Motion an die kleine Kammer weiter.

Le Conseil national a traité du message relatif à la loi sur le génie génétique (LGG) adopté par le Conseil des Etats l’année précédente. Il vise, d’une part, à prolonger le moratoire sur l’utilisation d’OGM dans l’agriculture et, d’autre part, à réglementer le droit d’opposition et de recours prévu dans le cadre de la procédure d’autorisation de mise en circulation d’OGM. La commission de la Science de l’éducation et de la culture (CSEC-CN) a recommandé d’approuver le projet modifié par le Conseil des Etats en affirmant qu’il ne s’agit pas de prendre position sur les OGM mais de prolonger le moratoire en attendant les conclusions du programme national de recherche qui étudie les impacts et les risques d’une dissémination (PNR 59). Toutefois, une minorité Malama (plr, BS) a proposé de ne pas entrer en matière estimant qu’il s’agit d’une question politique à laquelle le programme ne pourrait pas répondre et que cette attente défavorise le pôle de recherche suisse. L’entrée en matière a tout de même été approuvée par 108 voix contre 71. Les groupes PLR et UDC ont rejeté le projet de loi. Malgré de fortes divisions, la majorité du groupe PDC s’est prononcée en faveur de la prolongation du moratoire. Les groupes socialiste et écologiste l’ont soutenu à l’unanimité estimant que la LGG crée les conditions adéquates permettant le bon déroulement du PNR 59 et garantit une production agricole favorable à l’économie et l’agriculture suisses. Une proposition Noser (plr, ZH) de renvoi au Conseil fédéral avec la tâche de compléter la LGG afin d’assurer les conditions de coexistence entre l’agriculture traditionnelle et celle utilisant des OGM a été rejetée par 109 voix contre 71. La majorité de la commission a estimé que le temps nécessaire à cette modification est insuffisant, au vu de la fin du moratoire en 2010, et que les connaissances ne sont pas disponibles. Les majorités des groupes PLR et UDC ainsi que la minorité du groupe PDC ont soutenu la proposition. Le Conseil national a modifié la proposition du Conseil des Etats sur un point mineur relatif à la terminologie utilisée pour finalement l’adopter par 106 voix contre 68. Lors de la procédure d’élimination des divergences, la chambre haute a rallié la position de la chambre basse. Au vote final, la chambre des cantons a adopté le projet par 33 voix contre 10 et la chambre du peuple par 114 voix contre 74.

Au mois de juillet, le Conseil fédéral a présenté son message relatif à la modification de la loi sur le génie génétique (Prolongation du moratoire sur l’utilisation d’OGM dans l’agriculture). Deux nouvelles dispositions sont introduites dans la loi sur le génie génétique (LGG) du 21 mars 2003. La première, qui constitue l’essentiel de la révision, consiste à intégrer dans cette loi une disposition transitoire qui prolonge de trois ans, soit jusqu’au 27 novembre 2013, le moratoire sur l’utilisation d’OGM dans l’agriculture. En proposant cette prolongation, le gouvernement entend s’assurer que le Programme national de recherche 59 « Utilité et risques de la dissémination expérimentale des plantes génétiquement modifiées » pourra se poursuivre et s’achever sans pression politique excessive, et que la nécessité de légiférer, s’il y a lieu, sur la mise en circulation dans l’agriculture de plantes, de semences et d’animaux génétiquement modifiés se fondera sur les bases de décision scientifiques nécessaires. La deuxième disposition introduite dans la LGG a pour but de régler au niveau de la loi le droit d’opposition et le droit de recours, prévus dans le cadre de la procédure d’autorisation concernant la dissémination ou la mise en circulation d’OGM destinés à être utilisés dans l’environnement (ce qui nécessite en parallèle une modification de la loi sur la protection de l’environnement du 7 octobre 1983).
En fin d’année, le Conseil des Etats a examiné cet objet. Au nom de la majorité de la commission, Hermann Bürgi (udc, TG) a incité les députés à soutenir cette prolongation. Helen Leumann (plr, LU) s’est opposée, au nom de la minorité de la commission, à la prolongation en question, avant tout au regard de ses inconvénients pour le pôle de recherche suisse. Malgré cela, le plénum s’est rallié à la majorité de la commission par 23 voix contre 14. Il a en outre modifié le projet gouvernemental en chargeant le Conseil fédéral d’édicter les dispositions d’exécution nécessaires pour la mise en circulation d'organismes génétiquement modifiés d’ici au 27 novembre 2013, date de l’expiration du moratoire. Au vote sur l’ensemble, les députés ont adopté le projet amendé par 22 voix contre 13.