Le Conseil national s'empare, à son tour, de la modification de la loi sur la chasse. Lors de ce débat fleuve divisé en trois blocs en plus des discussions sur l'entrée en matière, le Conseil national adopte le projet du Conseil des Etats agrémenté de quelques modifications qui feront l'objet d'un règlement des divergences.
La CEATE-CN proposait à sa chambre d'accepter l'entrée en matière de la modification d'une loi datant de 1986 – à une époque où les enjeux étaient différents, comme argumenté par le rapporteur francophone de la commission, Pierre-André Page (udc, FR) durant les débats introductifs. Selon ce dernier, trois raisons expliquent la nécessité de modifier cette loi: premièrement, la présence de plus en plus importante du loup; deuxièmement, la réponse du Conseil fédéral au postulat Landolt (pbd, GL) 14.3818 qui souhaite une reconnaissance nationale des permis de chasse; et troisièmement, la volonté de changer la dénomination «districts francs» en «zones de protection de la faune sauvage». Une minorité s'est toutefois formée au sein de la commission, celle-ci souhaitant que le projet soit renvoyé au Conseil fédéral pour qu'il en élabore une meilleure mouture. Représentant la voix de la minorité, Silva Semadeni (ps, GR) est particulièrement critique envers l'allègement des possibilités d'abattage du loup prévu dans ces modifications. Reprenant les propos de gardes-forestiers, elle postule que le loup a fait sa place, les forêts sont plus saines. Le loup n'est donc pas à considérer uniquement comme un problème. La minorité combat également le principe de précaution permettant aux autorités d'abattre des animaux qui pourraient potentiellement être problématiques pour les activités humaines. Le parti socialiste, les Verts ainsi que le parti vert libéral soutiennent le renvoi au Conseil fédéral, le président des verts-libéraux, Martin Bäumle (pvl, ZH), précisant que sans amélioration du projet de loi, son parti soutiendrait le lancement d'un référendum. Les autres partis souhaitent, eux, débattre du présent projet. C'est à une large majorité que les députées et députés rejettent la proposition de la socialiste Silva Semadeni (126 voix contre 58).
Dans le premier bloc mis en discussion (principes, autorisation de chasser, protection des espèces), l'ensemble des propositions émanant des majorités de la commission sont acceptées par la chambre basse, à une exception près. Tant les propositions minoritaires provenant de parlementaires de droite que de gauche ne réussissent à convaincre une majorité des élu.e.s. Ainsi est accepté le changement de dénomination de «districts francs» par «sites de protection de la faune sauvage», les modifications de l'article 4 sur l'examen cantonal de chasse telles que proposées par le Conseil fédéral (ne suivant ainsi pas sa chambre sœur qui ne souhaitait pas de ces modifications), la suppression de l'assentiment jusqu'ici obligatoire de l'OFEV si un canton souhaite écourter temporairement les périodes de protection des espèces (l'office sera simplement écouté). Seule la proposition de la minorité Hess (pbd, BE) de biffer un alinéa émanant du Conseil des Etats concernant la non-possibilité de faire recours contre les décisions des autorités cantonales portant sur les espèces pouvant être chassées a été acceptée grâce à un soutien faisant fi des appartenances partisanes.
Dans le deuxième bloc (régulation des populations), la discussion tournait principalement autour du cas du loup, du lynx, du castor ainsi que des périodes durant lesquelles la chasse est autorisée selon les espèces. Ainsi a-t-il été décidé de refuser la proposition de la minorité Semadeni que les cantons obtiennent tout d'abord le feu vert de l'OFEV avant d'instaurer des périodes de chasse pour le bouquetin, le loup ainsi que le castor – pour ce dernier le vote était serré, 95 parlementaires le souhaitant sur la liste, contre 91 et 4 abstentions, suivant ainsi la proposition de la minorité. Les cantons devront ainsi simplement demander l'avis de l'office fédéral de l'environnement avant d'effectuer ces modifications. Le Conseil national refuse toutefois d'inclure dans cette liste le lynx, le héron cendré ainsi que le harle bièvre. Dans ce même bloc, il accepte de rajouter une lettre c à l'alinéa 2 de l'article 7a, selon la proposition du député tessinois Fabio Regazzi (pdc, TI) qui souhaitait autoriser les cantons à réguler les espèces protégées si celles-ci constituent un danger pour la faune sauvage locale. Toutes les autres propositions émanant de minorités sont rejetées. Une majorité du parlement refuse donc que le danger pour l'abattage d'espèces protégées soit «concret» pour l'homme ou que les dégâts soient «importants», comme formulé dans le projet du Conseil fédéral. Il suffira qu'un tel animal présente un comportement attirant l'attention, ce qui est, selon l'élue verte Adèle Thorens (verts, VD), représentatif du changement de paradigme intervenant dans cette révision. Les autorités pourront à l'avenir agir de manière préventive, alors qu'auparavant, des dégâts avérés du spécimen en question devaient avoir été commis.
Dans le troisième bloc (protection de la faune sauvage, prévention), seule la minorité Vogler (pcs, OW) passe la rampe, celle-ci proposant que la Confédération soutienne par des subventions la conservation des espèces et des milieux naturels dans les réserves d'oiseaux et les districts francs.
Lors du vote sur l'ensemble, la chambre basse accepte le texte par 115 voix contre 67 et 3 absentions. Malgré le rejet de ce projet par 6 parlementaires PLR ainsi qu'un élu UDC – rejoignant la gauche sur ce vote –, une opposition gauche-droite est clairement visible. Le texte retourne aux mains de la chambre haute afin de régler les divergences.

Le Conseil national s'empare de l'initiative populaire «Pour la souveraineté alimentaire. L'agriculture nous concerne toutes et tous», dans un contexte marqué par la publication, quelques semaines plus tôt, de la vue d'ensemble du développement à moyen terme de la politique agricole. Une partie des parlementaires a donc profité de l'occasion fournie par les discussions sur l'initiative déposée par le syndicat Uniterre pour exposer leur point de vue sur ce rapport et sur la politique agricole de manière générale, ce qui a eu pour effet de rallonger considérablement les débats.
Le rapporteur francophone de la CER-CN, le vaudois Olivier Feller (plr, VD), précise que leur commission a siégé lors de trois jours répartis sur l'ensemble de l'année pour débattre de l'initiative en question. Il rappelle brièvement les différents aspects de l'initiative: celle-ci veut augmenter le nombre d'actifs dans l'agriculture, favoriser la détermination de prix équitables, soutenir les échanges directs entre consommateurs et producteurs, harmoniser au niveau fédéral les conditions salariales pour les employés et employées agricoles, prélever des droits de douanes sur les produits importés ne respectant pas les normes sociales et environnementales suisses et finalement interdire définitivement l'utilisation d'OGM dans l'agriculture (pour rappel, un moratoire limité dans le temps mais renouvelé depuis l'initiative populaire "pour des aliments produits sans manipulations génétiques" en 2005 régule actuellement cette question en Suisse). Olivier Feller présente ensuite les réflexions de la commission en charge. Celle-ci se pose la question du respect de l'unité de la matière, une condition pour toute initiative populaire, qui ne semble pas vraiment être respectée dans ce cas-ci, un citoyen pouvant peut-être vouloir une interdiction des OGM mais ne souhaitant pas forcément une harmonisation des conditions de travail au niveau fédéral. De plus, le contre-projet direct sur la sécurité alimentaire approuvé quelques mois plus tôt par la population répond déjà à un certain nombre de points soulevés par la présente initiative. La commission considère donc que pour influer sur la politique agricole, il s'agit plutôt de s'appuyer sur les textes constitutionnels déjà existant concernant l'agriculture et agir au parlement, par exemple, par le biais d'arrêtés fédéraux simples. Ces différents points concernent également le contre-projet direct Jans (ps, CN) qui cible certains des aspects de l'initiative (échanges directs entre consommateurs et paysans, conditions de travail des salariés, échange et commercialisation des semences). La commission recommande donc à la chambre du peuple de rejeter ce contre-projet (par 13 voix contre 4 et 5 abstentions). Quant à l'initiative sur la souveraineté alimentaire, le député Feller précise que 12 membres de la commission se sont abstenus lors du vote (7 recommandent le rejet de l'initiative, tandis qu'aucun des membres de la commission ne propose son acceptation), ce qui est plutôt rare. La raison en est la sortie du rapport sur la vue d'ensemble déjà évoqué ci-dessus. En effet, ce dernier préconise une libéralisation du secteur alors même que la population semble avoir accepté le contre-projet relatif à l'initiative sur la sécurité alimentaire pour des raisons de soutien à une agriculture multifonctionnelle et durable. Olivier Feller précise malgré tout qu'un refus du soutien à l'initiative du syndicat Uniterre ne doit pas être interprété comme une acceptation de la stratégie agricole exposée par le Conseil fédéral.
Le député socialiste Beat Jans expose à son tour son point de vue et les raisons du lancement d'un contre-projet direct à l'initiative pour la souveraineté alimentaire. Celui-ci considère que certains des points posés par l'initiative ne sont pas réalisables (tel que l'obligation faite à la Confédération de veiller à ce que le nombre d'emplois augmente dans ce secteur) ou ne vont pas dans la bonne direction. Selon lui, un soutien à l'agriculture ne devrait pas passer par une augmentation des droits de douane sur certains produits, car cela serait soutenir une politique agricole non-sociale. En effet, Beat Jans rappelle que chaque ménage paie en moyenne CHF 1000 par année à cause de ces mesures protectionnistes. Pour lui, au contraire, une politique agricole sociale doit passer par les paiements directs, car ceux-ci sont payés via l'impôt – qui est, lui, couplé au revenu. Pour le socialiste, un contre-projet est malgré tout nécessaire afin de protéger les agriculteurs de la libéralisation du secteur et qu'ils profitent de bonnes conditions en Suisse. Dans celui-ci est contenu la garantie d'un droit des paysans sur les semences qu'ils produisent, un renforcement de la place des producteurs vis-à-vis des intermédiaires ainsi qu'un soutien à la vente directe. Les conditions de travail doivent également être chapeautées par la Confédération, afin d'éviter des situations inacceptables qui surgissent ici et là. Finalement, le contre-projet reprend l'interdiction des OGM contenue dans l'initiative, permettant ainsi de garantir la stratégie de qualité, qui, comme argumenté par Beat Jans, permettrait aux produits agricoles suisses de se distinguer sur le marché européen de par leur qualité écologique.
Lors de la présentation de la position des différents groupes parlementaires, l'UDC, représentée par Pierre-André Page (udc, FR) estime que cette initiative est superflue depuis l'acceptation du texte sur la sécurité alimentaire, même si une minorité s'abstiendra et une autre la soutiendra, cette-dernière ayant de la peine à croire en la bonne volonté du Conseil fédéral. C'est notamment le cas du député vaudois Jean-Pierre Grin (udc, VD) qui considère que l'initiative contrecarre les projets du Conseil fédéral et permettrait de mettre l'agriculture suisse sur de bons rails, en plus d'avoir un impact positif sur la production des produits importés. Quant au contre-projet Jans, le groupe agrarien le rejette également.
Le groupe socialiste estime, de son côté, que l'article 104 de la Constitution (l'article sur l'agriculture) est déjà suffisamment étoffé. L'initiative est donc, sur certains points, redondante alors que d'autres points sont très discutables. Prisca Birrer-Heimo (ps, LU) prend pour exemple le possible retour à une politique agricole du passé, une politique agricole régie par un contrôle des quantités et des prix. De plus, l'initiative veut utiliser l'outil de la protection douanière qui, aujourd'hui déjà, coûte CHF 3.5 milliards aux consommateurs et consommatrices suisses, alors que cela ne profite que très peu aux paysans, comme exposé par le député vaudois Samuel Bendahan (ps, VD) qui souligne que ce sont surtout les grands groupes de distribution qui ressortent gagnants. Une augmentation de cette protection douanière signifierait un coût plus élevé pour les ménages et, en conséquence, un tourisme d'achat plus important. Malgré tout, le groupe socialiste propose de soutenir le contre-projet qu'il a formulé, car il reprend les aspects intéressants de l'initiative, sans être redondant avec l'actuelle Constitution.
Le groupe vert-libéral propose de rejeter l'initiative et le contre-projet, car il estime que les questions qui y sont abordées sont de l'ordre de la responsabilité individuelle. De plus, le groupe ne veut pas d'une agriculture étatique.
Les démocrates-chrétiens rejettent eux aussi tant l'initiative que le contre-projet, estimant que la votation de septembre 2017 répond à la plupart des préoccupations des initiants, même si, comme présenté par Markus Ritter (pdc, SG), la plupart des abstentions au sein de la commission compétente ainsi qu'au sein du PDC sont un signe de protestation à l'encontre de la vue d'ensemble sur la politique agricole publiée par le Conseil fédéral.
Pour le PLR, le texte d'initiative a le défaut de ne pas respecter l'unité de la matière, abordant trop de thématiques différentes. Mais la raison principale pour laquelle le groupe libéral-radical propose de rejeter tant l'initiative que le contre-projet est le fait qu'ils sont superflus au vu de l'article 104 de la Constitution. De plus, Regine Sauter (plr, ZH) considère que l'acceptation de cette initiative pourrait mener à l'abandon de futurs accords de libre-échange, les pays partenaires ne souhaitant certainement pas devoir se restreindre aux impératifs posés par le présent texte.
Le groupe des verts est le seul à soutenir, au sein du Parlement, l'initiative du syndicat Uniterre, estimant que la plupart des points abordés par le texte sont en accord avec la vision du parti. Adèle Thorens Goumaz (verts, VD) souligne que, malgré une réorientation écologique de la politique agricole, cette dernière ne respecte pas les objectifs environnementaux fixés en 2008 par le Conseil fédéral, comme dévoilé dans un rapport publié en 2016. L'initiative serait donc l'occasion de réclamer de nouvelles mesures, tout comme elle permettrait de clarifier une fois pour toute la question des OGM. Le groupe des verts propose, de plus, de soutenir le contre-projet Jans qui se concentre sur les points les moins contestés de l'initiative.
Finalement, après de longs débats, le conseiller fédéral en charge des questions agricoles, Johann Schneider-Ammann, prend la parole. Il commence, avant tout, par revenir sur les nombreux griefs que les parlementaires ont formulés à l'encontre de la vue d'ensemble sur la politique agricole. Il estime non-justifié de déclarer que le Conseil fédéral souhaite la mort des paysans et des paysannes du pays et considère qu'il faut, non pas s'attaquer les uns les autres, mais discuter sereinement de ces questions, invitant à manger une soupe au lait de Kappel, faisant référence au symbole de neutralité et de discussion émanant de la résolution de la guerre de Kappel am Albis entre catholiques et protestants en 1529. Il tient également à rappeler qu'en tant que ministre de l'économie, il se doit de considérer l'économie dans sa globalité, ce que fait la vue d'ensemble publiée au mois de novembre. Quant à l'initiative pour la souveraineté alimentaire, le Conseil fédéral considère que ses revendications sont, soit déjà remplies aujourd'hui, ou alors contraires à la politique agricole actuelle ainsi qu'au droit international sur le commerce. C'est pour cela qu'il appelle à voter contre l'initiative ainsi que contre le contre-projet Jans.
Le député vert Balthasar Glättli (verts, ZH) a décidé de retirer sa proposition d'accepter l'initiative avant le débat en chambre. Ceci pour des raisons stratégiques, car il considère que cela permet ainsi aux membres du Conseil national de cacher leur jeu – ceux-ci étant amené à s'exprimer sur ce texte que lors du vote final durant la prochaine session; le Conseil des Etats, ne sachant pas le taux de refus de l'initiative, peut donc pleinement exposer son point de vue sur la présente initiative ainsi que sur la politique agricole prévue par le Conseil fédéral. Le Conseil national ne vote donc que sur l'entrée en matière du contre-projet Jans. Celle-ci est rejetée par 126 voix contre 49 et 6 abstentions.

Die Bauerngewerkschaft Uniterre lancierte mit ihrer Volksinitiative „Für Ernährungssouveränität“ im Berichtsjahr ein Begehren, welches sich mit der Lebensmittelversorgung der Schweizer Bevölkerung auseinandersetzt. Nebst der Förderung inländischer und ökologischer Produktion vereint der vorgeschlagene Verfassungsartikel verschiedenste landwirtschaftliche Themen auf sich, so z.B. die Gewährleistung „gerechter Preise“ durch den Bund, das Recht der Bäuerinnen und Bauern auf freie Samennutzung und -vermehrung oder das Verbot genetisch veränderter Organismen in der Landwirtschaft. Ein regionaler Vertreter erklärte, im Unterschied zum Bauernverband nehme Uniterre eine globale Perspektive ein. Es gehe nicht nur um den Schutz der nationalen Landwirtschaft, sondern um das Recht jedes Volkes, sich selbst zu versorgen. Insbesondere Entwicklungsländer sollten nicht durch Marktkräfte dazu gezwungen werden, statt Nahrung für die eigene Bevölkerung Futtermittel für die Tiere reicher Industriestaaten zu produzieren. Mit dem grünen Nationalrat Balthasar Glättli, Juso-Präsident Fabian Molina und Jean Ziegler im Initiativkomitee konnte Uniterre auf prominente Unterstützung von links zählen.