En troisième lecture, le Conseil des Etats a décidé de maintenir les quatre divergences qu'il avait avec le Conseil national. Il suit ainsi les recommandations de la majorité de sa CEATE-CE. L'unique proposition de minorité – qui demandait de s'aligner sur le Conseil national – a été rejetée. Il s'agissait de la proposition Berberat (ps, NE) de ne pas inclure le loup dans la liste des animaux pouvant être exceptionnellement abattus dans les zones franches (écartée par 24 voix contre 16). La loi retourne donc au Conseil national pour une nouvelle lecture de ces quatre divergences.

Le sénateur Berberat (ps, NE) retire son postulat sur les acrylamides dans les aliments pour animaux, celui-ci ayant obtenu du Conseil fédéral la garantie qu'il agirait si nécessaire et qu'il resterait en contact avec la branche concernée. Se reposant sur les résultats d'une étude publiée par la Fédération romande des consommateurs, Johann Schneider-Ammann constate que les valeurs actuellement présentes d'acrylamides dans les croquettes pour chat ne présentent pas de danger pour la santé des félins, même en cas de consommation journalière – une conclusion, par ailleurs, non partagée par les auteurs de l'étude qui considère que les taux mesurés sont souvent bien trop élevés.

Tout comme la chambre du peuple, le Conseil des Etats, suivant l'avis de sa commission, adopte la motion Munz (ps, SH) demandant à ce que l'efficacité des contrôles ayant trait à la détention des animaux soit augmentée. Comme rappelé par le rapporteur de la CSEC-CE, le neuchâtelois Didier Berberat (ps, NE), la motion souhaite que le nombre de contrôle diminue pour les exploitations ne posant pas de problème en ce qui concerne la détention des animaux, tout en axant les contrôles sur celles où des problèmes ont été signalés. De plus, les contrôles devraient, à l'avenir, être effectués plus souvent en hiver qu'à d'autres périodes de l'année, les conditions de stabulation y étant plus précaires. Finalement, les compétences des contrôleurs doivent être augmentées, afin qu'ils puissent fixer eux-mêmes, au cas par cas, les prochains contrôles.