Le Conseil des Etats s'empare de la modification de la loi sur la chasse, d'après un projet du Conseil fédéral retravaillé en quelques points par la CEATE-CE, qui a mené les auditions avec divers acteurs impliqués dans ces questions. Ce projet répond notamment à divers objets parlementaires acceptés par les chambres, dont les motions Engler (pdc, GR) 14.3151, Fournier (pdc, VS) 10.3264, et Landolt (pbd, GL) 14.3830 ainsi que le postulat Landolt 14.3818 et l'initiative cantonale thurgovienne 15.300. De l'aveu même du rapporteur de la commission Roland Eberle (udc, TG), le point le plus important de cette révision est le nouvel article 7a qui concerne la régulation des espèces protégées dont fait partie le loup. Mais, cette modification contient toute une série d'autres points, dont le soutien financier de la Confédération en cas de dégâts engendrés par les castors, le changement du terme «district franc» en «sites de protection de la faune sauvage» ainsi que l'adaptation des périodes temporelles de chasse et des espèces protégées ou non. Le sénateur Eberle précise également qu'une minorité Cramer (verts, GE) souhaite le renvoi du projet au Conseil fédéral, celle-ci le trouvant trop peu équilibré et critiquant la délégation de compétences aux cantons en ce qui concerne la régulation du loup. A cela s'ajouterait une discussion émotionnelle quant à ce grand prédateur, les chiffres disponibles concernant le nombre de moutons tués par le loup étant dérisoires en comparaison au nombre de moutons mourant chaque année d'autres causes. Robert Cramer estime, de plus, que la révision proposée ne va pas dans le sens d'une augmentation de la protection des mammifères, contrairement à l'intitulé de la présente loi («loi fédérale sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages»).
Bien qu'admettant que les préoccupations autour du loup sont légèrement exagérées au vu des chiffres le concernant, la conseillère fédérale Doris Leuthard, considère que ce débat très émotionnel doit trouver une issue. Les loups s'approchent de plus en plus des zones habitées et il s'agit de garantir la sécurité de la population d'une part, tout en prenant des mesures pour limiter l'ampleur des dégâts engendrés d'autre part. De plus, elle estime que cette révision est équilibrée, bien qu'elle ne soit pas d'accord avec tous les points modifiés par la commission compétente. Elle précise que l'ajout de l'article 7a sur la régulation des espèces protégées respecte la Convention de Berne, les autorités ayant utilisé la marge de manœuvre à disposition. Pour cela, le Conseil fédéral va déposer auprès du Conseil de l'Europe une demande de rétrogradation du statut du loup, qui passerait de «strictement protégé» à «protégé».
Lors du vote, la proposition de la minorité – à savoir, renvoyer le projet au Conseil fédéral – est rejetée par 29 voix contre 14, permettant la discussion par article. Ainsi est accepté par une courte majorité – 22 voix contre 19 – le remplacement du terme «districts francs» par «sites de protection de la faune sauvage», la minorité redoutait que ce changement n'ouvre la porte à plus de restrictions dans ces zones. La proposition de la minorité concernant l'article 4 (biffer les propositions du Conseil fédéral et le conserver tel qu'existant) passe la rampe par 24 voix contre 19. Ainsi, contrairement à ce que souhaitait le Conseil fédéral, il ne sera pas demandé aux cantons une reconnaissance mutuelle du permis de chasse, leur laissant la liberté de le faire ou non.
Aux articles 5 et 7 alinéa 2 et 3, toute une série de modifications ont été apportées quant aux diverses listes des périodes de chasse et des animaux concernés. Les propositions de la commission ont toutes trouvé l'approbation des sénateurs et sénatrices à l'exception de l'alinéa 7 de l'article 5, pour lequel la proposition de la minorité Rieder (pdc, VS) introduisant la non-possibilité de recours en cas de décision de la part des autorités cantonales de tir d'un animal pouvant être chassé. Le nerf de la guerre se situait à l'article 7a. En effet, comme souligné par le rapporteur de la commission, une majorité de celle-ci souhaite rajouter au projet du Conseil fédéral d'autres espèces protégées que seul le loup. La chambre haute accepte donc l'ajout du castor et du lynx, en plus du loup (pour qui la période de chasse est rallongée) et du bouquetin initialement inclus dans le projet du Conseil fédéral dans la liste des animaux protégés pouvant être régulés.
Pour l'article 11, il a été décidé de suivre la minorité qui proposait de rendre l'abattage des loups, en plus de celui des bouquetins, possible dans les districts francs, l'argument invoqué par Beat Rieder faisant mouche. Le sénateur fait remarquer que les loups s'adapteraient à la situation et resteraient dans ces zones intouchables, bien que, comme rappelé par Doris Leuthard, le plus grand district franc qui existe actuellement en Suisse est plus petit que le territoire utilisé par un loup. Parmi les autres modifications votées par le Conseil des Etats, se trouve l'article 11a, qui donne à la Confédération la tâche, d'entente avec les cantons, de désigner des corridors faunistiques suprarégionaux permettant de relier la faune sauvage sur un vaste périmètre. Finalement, plusieurs mesures ont été rajoutées dans la loi en ce qui concerne la gestion des dégâts engendrés par les animaux sauvages (en particulier les grands prédateurs et le castor).
Au vote sur l'ensemble, les différentes modifications de la loi sur la chasse ont été approuvées par 28 voix contre 14 et 2 abstentions.
A la suite de l'acceptation de ces modifications, les milieux écologistes ainsi que les Verts ont fait savoir qu'ils allaient s'emparer du référendum afin de combattre ce qu'ils considèrent être une politique de «suppression des nuisibles». Les médias, quant à eux, présentent ce débat comme une confrontation entre deux visions: celle des urbains souhaitant protéger les grands prédateurs et la biodiversité contre celle des montagnards voulant contrôler les espèces présentes sur leur territoire.

L'initiative pour la souveraineté alimentaire des syndicats Uniterre et L'autre syndicat passe aux mains de la chambre haute. Isidor Baumann (pdc, UR) expose les raisons pour lesquelles aucun membre de la commission compétente (CER-CE) – après avoir auditionné deux membres du comité d'initiative et tenu compte des prises de position du SECO, de l'OFAG ainsi que de l'OSAV – ne soutient le présent texte: cette initiative va, à leurs yeux, trop loin et ne pourrait pas être appliquée sur certains points. De plus, elle risque de provoquer la mise en place de nouvelles mesures étatiques et d'augmenter les coûts tant pour la Confédération que pour les consommatrices et consommateurs. Il ajoute que les mesures préconisées concernant la protection douanière pourraient entrer en conflit avec les accords de l'OMC. Finalement, la commission estime que le texte sur la sécurité alimentaire remplit déjà une grande partie des volontés de la présente initiative, la rendant superflue. La CER-CE propose donc, par 11 voix contre 0 et 2 absentions, aux membres du Conseil des Etats de la rejeter.
En comparaison avec les discussions ayant eu lieu au Conseil national, celles menées dans la chambre haute ont été concises. Trois sénateurs – Konrad Graber (pdc, LU), Peter Föhn (udc, SZ) et Peter Hegglin (odc, ZG) – exposent les raisons de leur opposition au texte, invoquant des arguments similaires à ceux délivrés par la commission compétente, à savoir, que le texte est superflu et qu'une implication plus grande de l'Etat dans ce domaine ne profiterait à personne. Seul le sénateur genevois Robert Cramer (verts, GE) se fait le défenseur de l'initiative, sans pour autant avoir déposé de proposition visant à l'acceptation du texte. Pour lui, l'initiative est une possibilité offerte de changer de cap concernant la politique agricole actuellement en place et ainsi que celle réfléchie par le Conseil fédéral. L'initiative veut, en effet, mettre en place une politique alimentaire orientée sur «la santé, la régionalité, le climat, la biodiversité et la responsabilité sociale» selon les mots du sénateur vert.
Le conseiller fédéral Johann Schneider-Ammann revient, à son tour, sur les raisons invoquées par l'exécutif de ne pas soutenir cette initiative. Il explique tout d'abord que celle-ci est débattue dans un contexte bien particulier, à savoir au milieu de discussions sur la vue d'ensemble sur le développement à moyen terme de la politique agricole, sur la Politique agricole 22+, ainsi que sur les accords entre les pays du MERCOSUR et les pays de l'AELE. Il considère que cela amène une certaine confusion quant aux volontés du Conseil fédéral dans ce domaine. L'acceptation en septembre 2017 du contre-projet à l'initiative sur la sécurité alimentaire a permis d'inscrire dans la Constitution un certain nombre de points donnant une base pour l'orientation future de l'agriculture suisse, rendant l'initiative discutée superflue selon l'exécutif. De plus, et comme déjà exposé à la chambre basse, certaines des demandes de l'initiative vont à l'encontre de la politique agricole suisse, comme par exemple l'augmentation du nombre d'actifs dans l'agriculture.
Aucune proposition d'acceptation du texte n'ayant été déposée, le Conseil des Etats adhère, de facto, à la décision du Conseil national, à savoir proposer de rejeter l'initiative.

Le Conseil des Etats traite de l'Initiative pour des aliments équitables. Après le rejet par la chambre basse du texte déposé par les Verts, les sénateurs et sénatrices débattent à leur tour sur cette initiative populaire qui veut promouvoir les produits alimentaires issus d'une agriculture socialement et écologiquement durable. Isidor Baumann (pdc, UR), rapporteur de la commission en charge (CER-CE), explique qu'ils ont auditionné les initiants ainsi que le SECO afin de pouvoir se faire un avis. Ainsi, la députée Maya Graf (verts, BL) et le sénateur Robert Cramer (verts, GE) ont plaidé pour l'initiative, rappelant qu'il est nécessaire d'aller plus loin que le seul contre-projet sur la sécurité alimentaire accepté par la population en septembre 2017. Bien que celui-ci contienne des articles relatifs à une utilisation plus durable des ressources ainsi qu'à des échanges commerciaux contribuant au développement durable, les deux défenseurs de l'initiative estiment qu'elle s'intéresse, de plus, aux produits alimentaires et non seulement à l'agriculture. Ils ont également soutenu le fait que cette initiative peut être appliquée en respectant les règles édictées dans le cadre des accords commerciaux. Ce point est contesté par une prise de position commune du SECO, de l'OSAV et de l'OFAG, qui déclarent en outre que cette initiative ne profitera que peu aux pays en voie de développement, les petits producteurs ne pouvant se permettre de payer pour un label certifiant leur production.
La commission de l'économie et des redevances demande donc à la chambre haute de rejeter d'une part l'initiative des Verts, et d'autre part, le contre-projet proposé par le sénateur Roberto Zanetti (ps, SO) – qui se trouve être le même contre-projet que celui formulé par le député Jans (ps, BS) au Conseil national. La commission justifie sa décision pour les raisons suivantes: l'initiative va trop loin, n'est pas applicable, a des tendances protectionnistes, amène des coûts supplémentaires, pourrait mettre les consommateurs sous tutelle, pèse sur l'industrie de transformation et n'est plus utile au vu de l'inscription récente du principe de sécurité alimentaire dans la Constitution. La commission estime que le contre-projet, bien que plus facile à mettre en œuvre, ne résout pas les problèmes évoqués et c'est pourquoi elle demande également à le rejeter.
Lors des discussions au sein de la chambre haute, le sénateur Germann (udc, SH) dit redouter une hausse des prix ainsi qu'une hausse du tourisme d'achat en cas d'acceptation de l'initiative. Un problème également soulevé par le député lucernois Damian Müller (plr, LU) qui considère que c'est une mauvaise réponse appliquée à une vraie question, à savoir l'offre en denrées alimentaires saines. Fervent défenseur de l'initiative, Robert Cramer rappelle qu'elle a été lancée, entre autres, en réaction aux scandales touchant la production de tomates dans le sud de l'Espagne qui se fait dans des conditions sociales et écologiques catastrophiques. Il fait également remarquer qu'une motion (10.3626) demandant au Conseil fédéral d'être autant attentif aux conditions de travail et à la protection de l'environnement qu'au libre-échange lorsqu'il conclut des accords internationaux en lien avec l'agriculture a été acceptée par les deux chambres. Prenant les négociations en cours avec l'Indonésie en exemple, le sénateur genevois estime que cette motion est restée lettre morte auprès du Conseil fédéral. Il pointe également le fait que lors de l'adoption de cette motion en 2011, personne n'a évoqué une quelconque incompatibilité avec les accords commerciaux internationaux. Cependant, Robert Cramer est conscient que l'initiative constitutionnelle n'est certainement pas le meilleur chemin et aurait préféré qu'un contre-projet indirect soit élaboré; une solution que le Conseil national avait à un moment considérée.
Le président de la Confédération, Alain Berset, rappelle la position du Conseil fédéral déjà défendue à la chambre basse quant à l'initiative. Selon lui, les bases légales existent déjà et un nouvel article constitutionnel n'est donc pas nécessaire. Le manque de majorités politiques explique le fait que certains débats dans ce domaine n'avancent pas. Le Conseil fédéral recommande donc de rejeter l'initiative.
Lors de la discussion par article, la commission de rédaction propose une modification du texte italophone; une modification qui permet de clarifier les propos mais qui n'enlève rien à la substance du texte. Cette proposition est adoptée sans discussion. Les sénateurs et sénatrices décident de ne pas entrer en matière en ce qui concerne le contre-projet Zanetti (par 31 voix contre 13 et aucune abstention) et rejettent l'initiative pour des aliments équitables par 32 voix contre 3 et 9 abstentions.

L'initiative pour les vaches à cornes passe devant les sénateurs et sénatrices. Celle-ci prévoit un soutien financier aux paysans et paysannes décidant de ne pas écorner leurs vaches, taureaux reproducteurs, chèvres et boucs reproducteurs, ceci en complétant l'article 104, alinéa 3, lettre b de la Constitution fédérale qui prévoit déjà des incitations financières pour toutes formes de productions proche de la nature et respectueuses de l'environnement et des animaux. Toutefois, les initiants ne souhaitent pas une interdiction de cette pratique. La CER-CE a auditionné deux des défenseurs de cette initiative, Armin Capaul et Regula Imperatori, afin de préparer une réponse pour sa chambre. Ces derniers justifient la nécessité d'une incitation financière, car cela coûte plus cher d'avoir des animaux à cornes, plutôt qu'écornés, les étables devant nécessairement être plus grandes pour assurer une certaine sécurité. Laisser les cornes aux animaux est vital selon les initiants, celles-ci étant des organes essentiels à la communication, hiérarchisation et socialisation. De plus les cornes permettent une meilleure digestion ainsi qu'une régulation thermique du corps. Finalement, ils considèrent que cette pratique va à l'encontre de la loi sur la protection des animaux. Selon Capaul et Imperatori il n'est pas nécessaire d'augmenter le budget alloué à l'agriculture, les dépenses engendrées pouvant être financées par le biais d'une redistribution de celui-ci. La commission en charge a également invité l'USP à présenter sa position vis-à-vis de ce texte. Son président, Markus Ritter (pdc, SG), estime peu sensé d'inscrire dans la Constitution ce genre d'article très spécifique. Il rappelle, de plus, que cette proposition avait été rejetée par les deux chambres lors des discussions sur la politique agricole 2014-2017. Comme alternative, l'Union Suisse des Paysans propose que soit étudiée la possibilité d'augmenter les contributions dédiées au soutien structurel et d'investissement, la possession de bêtes à cornes amenant des frais supplémentaires. De plus, Markus Ritter fait remarquer que les produits labellisés «vaches à cornes» permettent de se démarquer sur le marché agro-alimentaire.
A deux questions que se posait la commission en charge, l'Administration fédérale a été chargée d'apporter des éléments de réponse. Premièrement, la commission souhaitait savoir si l'écornage avait un impact du point de vue du bien-être animal, ce à quoi l'Administration fédérale a répondu qu'aucune étude ne prouvait actuellement l'utilité des cornes. Deuxièmement, la commission était intéressée à savoir s'il était possible de formuler un contre-projet indirect à cette initiative, afin que les initiants la retirent. Ce à quoi l'administration fédérale a répondu que les bases légales existantes le permettraient effectivement. Mais, comme présenté par le rapporteur de la CER-CE, Isidor Baumann (pdc, UR), après avoir discuté avec les initiants, ceux-ci ont confirmé leur volonté d'aller jusqu'à la votation. La commission a donc décidé, par 10 voix contre 3, de proposer le rejet de cette initiative, d'autres voies que constitutionnelle étant possible pour atteindre le but demandé.

Contrairement à la majorité de la commission en charge, le sénateur socialiste Roberto Zanetti (ps, SO) défend l'initiative, argumentant que celle-ci n'est qu'un incitatif et non une obligation. Il reprend également l'article 104, alinéa 3, lettre b de la Constitution fédérale qui prévoit des incitations financières dans ce genre de cas. De plus, s'appuyant sur la loi sur la protection des animaux, il estime que l'écornage ne respecte pas le bien-être animal. La corne étant un organe irrigué et possédant des terminaisons nerveuses, le fait de la couper avec un fer chaud ne peut que créer des douleurs. Il s'appuie également sur les arguments invoqués par les initiants, à savoir que les cornes sont un instrument de communication et de hiérarchisation pour les vaches. Il rappelle en outre qu'Armin Capaul a essayé d'obtenir par d'autres voies (pétitions, objet parlementaire, discussion avec le Conseil fédéral) l'application de ses revendications, échouant à chaque fois. Finalement, le sénateur Zanetti estime que de rajouter un paiement direct aux nombreux déjà existant n'est pas problématique; une incitation qui n'entrave pas plus à la liberté économique que l'incitation visant la préservation des arbres à hautes tiges, pour reprendre l'exemple évoqué par le Soleurois.
Les défenseurs de l'initiative, à l'instar du vert genevois Robert Cramer (verts, GE), considèrent également que les vaches à cornes font partie du paysage suisse recherché par les touristes, cet animal étant fortement rattaché à l'image que l'on se fait généralement de la Confédération.
Le Conseil fédéral recommande, quant à lui, de suivre la commission et de rejeter l'initiative pour la simple raison qu'il est déjà possible, sans modification législative, de mettre en place des incitations financières pour les paysans et paysannes laissant les cornes à leurs bêtes. Aucune étude scientifique n'ayant prouvé un impact négatif de l'écornage sur le bien-être animal, le ministre en charge de l'agriculture, Johann Schneider-Ammann, ne voit pas la nécessité de mettre un tel système en place. De plus, si les animaux gardent leurs cornes, cela se fera majoritairement au détriment d'une liberté de mouvement au sein de l'étable, amenant à un recul du bien-être animal.
La chambre haute suit l'avis de l'exécutif ainsi que de la majorité de la commission en charge et rejette, par 28 voix contre 8 et 8 abstentions, la proposition de la minorité Zanetti.