Après avoir été rejetée par la première chambre, l'initiative pour les vaches à cornes est débattue au sein de la chambre basse. Le député Leo Müller (pdc, LU) présente la position de la commission de l'économie et des redevances (CER-CN). Il informe les parlementaires qu'après avoir auditionné les initiants, la commission s'est penchée sur deux propositions de contre-projets indirects – tous deux rejetés en commission – ainsi que sur une initiative parlementaire (18.400), acceptée, envoyée dans la commission sœur mais refusée par celle-ci amenant la CER-CN à abandonner cette voie. Une majorité de la commission demande donc aux députées et députés de recommander le rejet de cette initiative. Il y a, en effet, un risque moins grand d'accidents avec des vaches sans cornes et il est délicat de favoriser un mode d'élevage au détriment d'autres, comme argumenté par le rapporteur francophone et paysan de métier Pierre-André Page (udc, FR). Une minorité formée autour de la présidente des verts suisses, Regula Rytz (verts, BE), appelle, quant à elle, les élus et élues à recommander à la population d'accepter l'initiative pour la dignité des animaux de rente agricoles. La députée bernoise s'appuie sur l'argumentaire développé par les initiants, à savoir que la pratique de l'écornage va à l'encontre du bien-être animal et donc de la loi sur la protection des animaux. Les cornes sont, en effet, des organes irrigués par du sang et possédant des nerfs. Les enlever est douloureux et déforme l'apparence visuelle des bêtes à cornes (alors que la loi sur la protection des animaux n'autorise pas de modification en profondeur de l'aspect extérieur), en plus du fait que cet organe possède une fonction sociale.

Lors de la prise de position des différents partis, le PBD de Martin Landolt (pbd, GL) dit ne pas vouloir d'un tel texte dans la Constitution fédérale et incite le Conseil fédéral à agir par le biais d'une ordonnance. Les verts-libéraux sont, quant à eux, divisés sur cette initiative, reconnaissant, d'une part, que cela va à l'encontre du bien-être animal, mais redoutant que cela n'amène à des étables avec moins d'espace pour se déplacer – une solution n'allant pas dans le sens d'une amélioration de la qualité de vie des bêtes. De plus, les produits labellisés «vaches à cornes» profitant sur les marchés d'une plus-value commerciale, certains des membres des verts-libéraux ne voient pas la nécessité de favoriser financièrement ce mode d'élevage. Le PLR est lui plus mitigé et recommande de rejeter ce présent texte pour des raisons de sécurité, de bien-être animal (est-il mieux d'avoir des vaches sans cornes mais en stabulation libre ou des vaches avec cornes mais en stabulation entravée? se demande le député vaudois Olivier Feller (plr, VD)). Au contraire, le groupe socialiste propose d'accepter l'initiative, l'écornage allant à l'encontre de la dignité de ces animaux. Beat Jans (ps, BS) souligne également que c'est l'image de la Suisse à l'extérieur qui pourrait en profiter, faisant référence à cette démocratie dans laquelle on vote même sur le sort des vaches à cornes – un processus participant à cette image idyllique de la Suisse. Pour le groupe des Verts – qui soutient la minorité Rytz – ce n'est pas à l'animal de s'adapter au système de stabulation mais à celui-ci de s'adapter à l'animal. Il ne s'agit donc pas de supprimer les cornes de ces animaux, mais bien d'en tenir compte dans le cadre de leur détention. Pour Adèle Thorens Goumaz (verts, VD), il s'agit d'aller au-delà du pur rendement économique et de s'intéresser bien plus au bien-être des animaux, ceux-ci n'étant pas des marchandises. Pour le PDC, comme expliqué par le président de l'USP, Markus Ritter (pdc, SG), c'est au paysan et à la paysanne de se décider pour une forme d'élevage ou une autre, les deux formes ayant leur place en Suisse. De plus, il n'est pas nécessaire, pour le groupe démocrate-chrétien, d'inscrire un tel texte dans la Constitution fédérale, le groupe proposant plutôt d'en rediscuter dans le cadre de la proche réforme agricole. Pour l'UDC aussi, la liberté d'entreprise que représente le choix de laisser aux vaches leurs cornes ou non doit être garantie. Toni Brunner (udc, SG) fait toutefois part de sa sympathie pour cette initiative qu'il décrit comme étant le combat de David contre Goliath; la population étant certainement du côté de David, à savoir Armin Capaul le lanceur de cette vaste entreprise. Ce constat est également partagé par son collègue de parti, le zurichois Hans Egloff (udc, ZH) qui est convaincu que le corps électoral acceptera cette initiative. Celui-ci dit se réjouir de la publicité faite à l'international pour la démocratie suisse.
Johann Schneider-Ammann, avec un soupçon d'ironie, se réjouirait également d'une grande réaction internationale, afin que son record sur Twitter soit enfin battu (pour rappel, le discours prononcé en français par le ministre bernois et diffusé sur internet à l'occasion de la journée des malades en mars 2016 avait fait le tour du monde). Malgré tout, le Conseil fédéral recommande de rejeter l'initiative, la demande des initiants pouvant être mise en place par le biais d'une ordonnance ou d'une loi. De plus, le bien-être animal ne semble pas être plus élevé en cas de renoncement à l'écornage.
Pour clore le débat, le rapporteur de langue allemande de la commission en charge, Leo Müller, rappelle que la seule étude sérieuse sur les effets de l'écornage est actuellement en cours et délivrera peut-être ses résultats avant la votation.
Lors du passage en vote, la proposition de la minorité Rytz est balayée par 107 voix contre 43 et 33 abstentions.

Le Conseil national s'empare de l'initiative populaire «Pour la souveraineté alimentaire. L'agriculture nous concerne toutes et tous», dans un contexte marqué par la publication, quelques semaines plus tôt, de la vue d'ensemble du développement à moyen terme de la politique agricole. Une partie des parlementaires a donc profité de l'occasion fournie par les discussions sur l'initiative déposée par le syndicat Uniterre pour exposer leur point de vue sur ce rapport et sur la politique agricole de manière générale, ce qui a eu pour effet de rallonger considérablement les débats.
Le rapporteur francophone de la CER-CN, le vaudois Olivier Feller (plr, VD), précise que leur commission a siégé lors de trois jours répartis sur l'ensemble de l'année pour débattre de l'initiative en question. Il rappelle brièvement les différents aspects de l'initiative: celle-ci veut augmenter le nombre d'actifs dans l'agriculture, favoriser la détermination de prix équitables, soutenir les échanges directs entre consommateurs et producteurs, harmoniser au niveau fédéral les conditions salariales pour les employés et employées agricoles, prélever des droits de douanes sur les produits importés ne respectant pas les normes sociales et environnementales suisses et finalement interdire définitivement l'utilisation d'OGM dans l'agriculture (pour rappel, un moratoire limité dans le temps mais renouvelé depuis l'initiative populaire "pour des aliments produits sans manipulations génétiques" en 2005 régule actuellement cette question en Suisse). Olivier Feller présente ensuite les réflexions de la commission en charge. Celle-ci se pose la question du respect de l'unité de la matière, une condition pour toute initiative populaire, qui ne semble pas vraiment être respectée dans ce cas-ci, un citoyen pouvant peut-être vouloir une interdiction des OGM mais ne souhaitant pas forcément une harmonisation des conditions de travail au niveau fédéral. De plus, le contre-projet direct sur la sécurité alimentaire approuvé quelques mois plus tôt par la population répond déjà à un certain nombre de points soulevés par la présente initiative. La commission considère donc que pour influer sur la politique agricole, il s'agit plutôt de s'appuyer sur les textes constitutionnels déjà existant concernant l'agriculture et agir au parlement, par exemple, par le biais d'arrêtés fédéraux simples. Ces différents points concernent également le contre-projet direct Jans (ps, CN) qui cible certains des aspects de l'initiative (échanges directs entre consommateurs et paysans, conditions de travail des salariés, échange et commercialisation des semences). La commission recommande donc à la chambre du peuple de rejeter ce contre-projet (par 13 voix contre 4 et 5 abstentions). Quant à l'initiative sur la souveraineté alimentaire, le député Feller précise que 12 membres de la commission se sont abstenus lors du vote (7 recommandent le rejet de l'initiative, tandis qu'aucun des membres de la commission ne propose son acceptation), ce qui est plutôt rare. La raison en est la sortie du rapport sur la vue d'ensemble déjà évoqué ci-dessus. En effet, ce dernier préconise une libéralisation du secteur alors même que la population semble avoir accepté le contre-projet relatif à l'initiative sur la sécurité alimentaire pour des raisons de soutien à une agriculture multifonctionnelle et durable. Olivier Feller précise malgré tout qu'un refus du soutien à l'initiative du syndicat Uniterre ne doit pas être interprété comme une acceptation de la stratégie agricole exposée par le Conseil fédéral.
Le député socialiste Beat Jans expose à son tour son point de vue et les raisons du lancement d'un contre-projet direct à l'initiative pour la souveraineté alimentaire. Celui-ci considère que certains des points posés par l'initiative ne sont pas réalisables (tel que l'obligation faite à la Confédération de veiller à ce que le nombre d'emplois augmente dans ce secteur) ou ne vont pas dans la bonne direction. Selon lui, un soutien à l'agriculture ne devrait pas passer par une augmentation des droits de douane sur certains produits, car cela serait soutenir une politique agricole non-sociale. En effet, Beat Jans rappelle que chaque ménage paie en moyenne CHF 1000 par année à cause de ces mesures protectionnistes. Pour lui, au contraire, une politique agricole sociale doit passer par les paiements directs, car ceux-ci sont payés via l'impôt – qui est, lui, couplé au revenu. Pour le socialiste, un contre-projet est malgré tout nécessaire afin de protéger les agriculteurs de la libéralisation du secteur et qu'ils profitent de bonnes conditions en Suisse. Dans celui-ci est contenu la garantie d'un droit des paysans sur les semences qu'ils produisent, un renforcement de la place des producteurs vis-à-vis des intermédiaires ainsi qu'un soutien à la vente directe. Les conditions de travail doivent également être chapeautées par la Confédération, afin d'éviter des situations inacceptables qui surgissent ici et là. Finalement, le contre-projet reprend l'interdiction des OGM contenue dans l'initiative, permettant ainsi de garantir la stratégie de qualité, qui, comme argumenté par Beat Jans, permettrait aux produits agricoles suisses de se distinguer sur le marché européen de par leur qualité écologique.
Lors de la présentation de la position des différents groupes parlementaires, l'UDC, représentée par Pierre-André Page (udc, FR) estime que cette initiative est superflue depuis l'acceptation du texte sur la sécurité alimentaire, même si une minorité s'abstiendra et une autre la soutiendra, cette-dernière ayant de la peine à croire en la bonne volonté du Conseil fédéral. C'est notamment le cas du député vaudois Jean-Pierre Grin (udc, VD) qui considère que l'initiative contrecarre les projets du Conseil fédéral et permettrait de mettre l'agriculture suisse sur de bons rails, en plus d'avoir un impact positif sur la production des produits importés. Quant au contre-projet Jans, le groupe agrarien le rejette également.
Le groupe socialiste estime, de son côté, que l'article 104 de la Constitution (l'article sur l'agriculture) est déjà suffisamment étoffé. L'initiative est donc, sur certains points, redondante alors que d'autres points sont très discutables. Prisca Birrer-Heimo (ps, LU) prend pour exemple le possible retour à une politique agricole du passé, une politique agricole régie par un contrôle des quantités et des prix. De plus, l'initiative veut utiliser l'outil de la protection douanière qui, aujourd'hui déjà, coûte CHF 3.5 milliards aux consommateurs et consommatrices suisses, alors que cela ne profite que très peu aux paysans, comme exposé par le député vaudois Samuel Bendahan (ps, VD) qui souligne que ce sont surtout les grands groupes de distribution qui ressortent gagnants. Une augmentation de cette protection douanière signifierait un coût plus élevé pour les ménages et, en conséquence, un tourisme d'achat plus important. Malgré tout, le groupe socialiste propose de soutenir le contre-projet qu'il a formulé, car il reprend les aspects intéressants de l'initiative, sans être redondant avec l'actuelle Constitution.
Le groupe vert-libéral propose de rejeter l'initiative et le contre-projet, car il estime que les questions qui y sont abordées sont de l'ordre de la responsabilité individuelle. De plus, le groupe ne veut pas d'une agriculture étatique.
Les démocrates-chrétiens rejettent eux aussi tant l'initiative que le contre-projet, estimant que la votation de septembre 2017 répond à la plupart des préoccupations des initiants, même si, comme présenté par Markus Ritter (pdc, SG), la plupart des abstentions au sein de la commission compétente ainsi qu'au sein du PDC sont un signe de protestation à l'encontre de la vue d'ensemble sur la politique agricole publiée par le Conseil fédéral.
Pour le PLR, le texte d'initiative a le défaut de ne pas respecter l'unité de la matière, abordant trop de thématiques différentes. Mais la raison principale pour laquelle le groupe libéral-radical propose de rejeter tant l'initiative que le contre-projet est le fait qu'ils sont superflus au vu de l'article 104 de la Constitution. De plus, Regine Sauter (plr, ZH) considère que l'acceptation de cette initiative pourrait mener à l'abandon de futurs accords de libre-échange, les pays partenaires ne souhaitant certainement pas devoir se restreindre aux impératifs posés par le présent texte.
Le groupe des verts est le seul à soutenir, au sein du Parlement, l'initiative du syndicat Uniterre, estimant que la plupart des points abordés par le texte sont en accord avec la vision du parti. Adèle Thorens Goumaz (verts, VD) souligne que, malgré une réorientation écologique de la politique agricole, cette dernière ne respecte pas les objectifs environnementaux fixés en 2008 par le Conseil fédéral, comme dévoilé dans un rapport publié en 2016. L'initiative serait donc l'occasion de réclamer de nouvelles mesures, tout comme elle permettrait de clarifier une fois pour toute la question des OGM. Le groupe des verts propose, de plus, de soutenir le contre-projet Jans qui se concentre sur les points les moins contestés de l'initiative.
Finalement, après de longs débats, le conseiller fédéral en charge des questions agricoles, Johann Schneider-Ammann, prend la parole. Il commence, avant tout, par revenir sur les nombreux griefs que les parlementaires ont formulés à l'encontre de la vue d'ensemble sur la politique agricole. Il estime non-justifié de déclarer que le Conseil fédéral souhaite la mort des paysans et des paysannes du pays et considère qu'il faut, non pas s'attaquer les uns les autres, mais discuter sereinement de ces questions, invitant à manger une soupe au lait de Kappel, faisant référence au symbole de neutralité et de discussion émanant de la résolution de la guerre de Kappel am Albis entre catholiques et protestants en 1529. Il tient également à rappeler qu'en tant que ministre de l'économie, il se doit de considérer l'économie dans sa globalité, ce que fait la vue d'ensemble publiée au mois de novembre. Quant à l'initiative pour la souveraineté alimentaire, le Conseil fédéral considère que ses revendications sont, soit déjà remplies aujourd'hui, ou alors contraires à la politique agricole actuelle ainsi qu'au droit international sur le commerce. C'est pour cela qu'il appelle à voter contre l'initiative ainsi que contre le contre-projet Jans.
Le député vert Balthasar Glättli (verts, ZH) a décidé de retirer sa proposition d'accepter l'initiative avant le débat en chambre. Ceci pour des raisons stratégiques, car il considère que cela permet ainsi aux membres du Conseil national de cacher leur jeu – ceux-ci étant amené à s'exprimer sur ce texte que lors du vote final durant la prochaine session; le Conseil des Etats, ne sachant pas le taux de refus de l'initiative, peut donc pleinement exposer son point de vue sur la présente initiative ainsi que sur la politique agricole prévue par le Conseil fédéral. Le Conseil national ne vote donc que sur l'entrée en matière du contre-projet Jans. Celle-ci est rejetée par 126 voix contre 49 et 6 abstentions.