L'initiative genevoise visant un abaissement des quotas d'importation de vin n'a pas trouvé les faveurs du Conseil national qui l'a rejetée par 114 voix contre 55 et 18 abstentions. Christian Lüscher (plr, GE), pour la majorité de la commission, a déploré les faiblesses de ce texte tant sur le fond que sur la forme. D'un côté, l'initiative demande à soutenir une motion 19.4410 – qui n'a pas encore été traitée par les chambres – et non d'élaborer un projet d'acte, ce qui va à l'encontre de la bonne pratique. Et sur le fond, une diminution de ces contingents négociés à l'OMC il y a trente ans impliquerait probablement que d'autres secteurs économiques doivent faire des concessions, ce qui n'est pas du goût de la majorité de la commission. Cet avis n'était pas partagé par la minorité de la commission, Esther Friedli (udc, SG) et Céline Amaudruz (udc, GE) voyant dans l'abaissement des contingents un moyen efficace de protéger les vins suisses. Depuis leur introduction, la consommation totale de vin a fortement baissé en Suisse, de l'ordre de 22 pour cent, affectant en particulier les vins indigènes. Des membres de tous les partis ont donné leur voix à l'initiative genevoise, sans pour autant que cela ne suffise à faire passer le texte.

Le Conseil national ne veut pas d'un plan de sortie du glyphosate comme proposé par les initiatives cantonales déposées par les parlements genevois et jurassien. Une courte majorité de 101 parlementaires contre 89 (4 abstentions) a donc suivi l'avis de la CER-CN, exposé par Christian Lüscher (plr, GE): la recherche scientifique semblent confirmer que le glyphosate ne présente pas de danger pour l'humain, comme établi par plusieurs institutions. De plus, ce produit est soumis à des conditions strictes d'utilisation. Les positions de la minorité de la commission, défendues par Sophie Michaud Gigon (verts, VD), n'auront pas suffi à convaincre une majorité de parlementaires.

Les débats sur l'initiative parlementaire pour une réduction des risques liés aux pesticides se sont étalés sur deux journées au Conseil national, signe que les passes d'armes entre parlementaires ont été pour le moins sportives. Pourtant, un certain consensus semblait régner quant à la nécessité de ficeler un projet crédible afin de pouvoir se rendre plus sereinement aux urnes face à l'initiative pour une eau potable propre et l'initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse, comme l'a fait remarquer le libéral-radical genevois Christian Lüscher. Pour le rapporteur francophone de la CER-CN, Fabio Regazzi (pdc, TI), cette initiative parlementaire couvre un spectre plus large – touchant tant la loi sur l'agriculture (LAgr) que la loi sur les produits chimiques (LChim) et la loi sur la protection des eaux (LEaux) – et est plus ciblée que les deux initiatives populaires. Elle permet également d'éviter les nombreux désavantages qui découleraient d'une acceptation de ces deux textes.
La question centrale des débats était de déterminer l'ampleur et le niveau d'ambition de ce projet. Ainsi, les parlementaires des différents bords politiques se sont écharpés sur le rôle que devront jouer les pesticides dans l'agriculture suisse dans le futur, sur les efforts qu'a fourni et que devra encore fournir le monde agricole, sur la pollution des nappes phréatiques, sur l'auto-approvisionnement alimentaire, etc. Guy Parmelin, ministre en charge des questions agricoles, s'est montré favorable à ce projet législatif, soulignant qu'il allait dans le même sens que ce qu'a entrepris le Conseil fédéral notamment au travers de son Plan d'action produits phytosanitaires.

Le débat a été séparé en deux blocs. Les aspects relevant de la LAgr ainsi que de la LChim ont d'abord été discutés. Ainsi, une majorité de député.e.s ont refusé (par 104 voix contre 85) d'inscrire des objectifs chiffrés de réduction des pertes d'éléments fertilisants. Elle a toutefois décidé d'inclure la proposition de la CER-CN de prendre en compte un remplacement des engrais chimiques importés par l'utilisation d'engrais de ferme organiques. Toutes les propositions de minorité ont été rejetées.
Dans le deuxième bloc, les modifications touchant la LEaux ont été débattues. Les parlementaires se sont écharpés sur les valeurs limites de la présence de certains éléments dans les eaux. Parmi les éléments pris en compte dans la législation, les parlementaires ont notamment décidé par 103 voix contre 88 et 2 abstentions, de prendre en considération, en ce qui concerne les métabolites (issus de la dégradation de certains produits), tant les éléments dits «pertinents» (qui représentent un danger pour la santé) que les métabolites dits «non-pertinents» provenant de la dégradation des pesticides et biocides. Cette décision va à l'encontre de la proposition de la majorité de la commission qui aurait souhaité que seuls les éléments «pertinents» soient pris en considération, mais rejoint la position du Conseil fédéral en la matière. Cette proposition de la minorité Baumann (vert, BE) d'inclure l'ensemble des métabolites pourrait permettre d'éviter un nouveau cas «chlorothalonil» selon Guy Parmelin (les métabolites issus du chlorothalonil n'étaient, jusqu'à récemment, pas considérés comme «pertinents» par les autorités). Finalement, les parlementaires ont également accepté par 105 voix contre 89 et une abstention une proposition Jauslin (plr, AG) sur les aires d'alimentation des captages d'eau, reprenant une proposition de minorité Badran (ps, ZH) retirée ainsi qu'une préoccupation exprimée dans la motion Zanetti (ps, SO) 20.3625 acceptée par le Conseil des Etats. Pour ces deux propositions de minorité, la gauche a fait bloc et a pu compter sur les voix de l'ensemble du groupe vert-libéral ainsi que d'une majorité des membres du groupe libéral-radical.
Au vote sur l'ensemble, l'initiative parlementaire modifiée a passé la rampe par 122 voix contre 57 et 16 abstentions. Aucun.e membre de l'UDC ne l'a acceptée, alors que le groupe du Centre s'est montré polarisé (9 abstentions, 18 votes en faveurs et 4 votes contre). La gauche ainsi que les verts-libéraux ont accepté le projet à l'unanimité. Le groupe libéral-radical s'est également exprimé en faveur du texte, comptant toutefois 7 abstentionnistes dans ses rangs. Ce soutien a été remarqué dans les médias, la NZZ allant jusqu'à titrer «Und die FDP stimmt Grün». Le projet retourne ainsi au Conseil des Etats pour résoudre les divergences restantes.

Le Conseil national soutient l'initiative cantonale jurassienne sur la gestion des quantités de lait préalablement rejetée par sa chambre sœur. Par 91 voix contre 70 et 21 abstentions, la chambre du peuple souhaite ainsi que la gestion des quantités de lait produites en Suisse soit réorganisée est redéfinie avec force obligatoire entre les interprofessions, comme rapporté par le représentant de la majorité de la CER-CN, Christian Lüscher (plr, GE). Deux autres initiatives cantonales similaires – provenant de Genève et de Fribourg – étaient débattues en même temps.

Bien que rejetée par la chambre haute, l'initiative cantonale genevoise sur la gestion des quantités de lait trouve les faveurs du Conseil national, tout comme les initiatives – très similaires dans leur contenu – des cantons du Jura et de Fribourg. Une majorité de la CER-CN était pourtant opposée aux trois textes, considérant, comme expliqué par le rapport francophone Christian Lüscher (plr, GE) lors des débats en chambre, que la résolution de la crise laitière passera par la valorisation des produits laitiers, en mettant en place une stratégie en matière de qualité. La commission a, de ce fait, élaboré une motion permettant d’accroître la valeur ajoutée des fromages. Un retour des contingentements laitiers – tels que connus avant leur abandon en 2009 – ne permettrait pas de résoudre le problème. C'est ce que défendent également les représentants du secteur laitier d'après le rapporteur germanophone de la commission, Beat Jans (ps, BS). Une minorité de la commission n'est pas de cet avis, comme défendu par Toni Brunner (udc, SG). Il estime, en effet, que sans mesures dans ce sens, la disparition des exploitations laitières particulièrement dans les régions préalpines et alpines sera irrémédiable, les productrices et producteurs ne pouvant pas couvrir l'ensemble de leurs frais, au vu des prix appliqués. Ainsi, une majorité de la chambre du peuple souhaite agir dans ce sens et soutient les trois initiatives (initiative genevoise: 89 voix contre 72 et 22 abstentions). La minorité réussit à convaincre des député.e.s de l'ensemble des partis, à l'exception des verts libéraux.