Le Conseil fédéral a entériné les plans de restructuration d'Agroscope, avec, toutefois, des modifications substantielles en comparaison aux premières propositions émises par les autorités. Alors qu'il était initialement prévu de centraliser l'entier du centre de recherche agricole à Posieux, dans le canton de Fribourg, les nombreuses interventions déposées au Parlement ainsi que les véhémences exprimées par les cantons concernés ont finalement dissuadé le Conseil fédéral d'abandonner le fonctionnement décentralisé qui prévaut actuellement.
Posieux sera la colonne vertébrale du nouveau fonctionnement, alors que deux centres régionaux – à Changins (Vaud) et à Reckenholz (Zurich) – ainsi que plusieurs stations d'essai décentralisées – dont huit seront nouvellement créées – compléteront le réseau. Ces dernières permettront de poursuivre la recherche appliquée à des contextes locaux. Le Conseil fédéral veut ainsi réduire les coûts liés aux infrastructures et à l'exploitation des sites actuels, afin de pouvoir utiliser cet argent pour la recherche. A terme, 25 à 30 emplois liés au infrastructures seront supprimés.
Malgré tout, quelques critiques ont émergé dans les médias, les autorités n'ayant pas prévu de réaffecter l'ensemble des gains d'efficacité à la recherche agricole, préférant en économiser une partie. L'USP a déploré cette décision, estimant que l'argent dégagé devrait être pleinement réinvesti dans la recherche agricole afin de préparer au mieux l'agriculture aux défis qui l'attendent (réchauffement climatique, etc.). De plus, une partie des emplois actuellement situés en Suisse orientale seront relocalisés en Romandie, certains redoutant donc une perte de «Know how», à l'instar de la conseillère nationale saint-galloise Barbara Gysi (PS) et du conseiller d'Etat thurgovien Walter Schönholzer (TG, plr).

Le Conseil fédéral a pris la décision de restructurer une nouvelle fois Agroscope. Le centre de recherche agricole avait, déjà en 2014, subi des transformations dans son fonctionnement. Cette fois-ci, les autorités ont souhaité rapprocher la conduite et la recherche au sein d'Agroscope en supprimant un niveau hiérarchique. 24 postes de cadres sont concernés, alors que dix postes seront créés pour assurer la tête des unités nouvellement conçues. Ce modèle de direction entrera en vigueur le 1er janvier 2017.
L'annonce a déclenché une avalanche de réactions au Parlement, poussant de nombreux et nombreuses élu.e.s à déposer des interpellations, à l'instar de Jacques Bourgeois (plr, FR) (Ip. 16.3285) et Barbara Gysi (ps, SG) (Ip. 16.3303). Tous deux ont attendu du Conseil fédéral de plus amples explications sur les raisons de cette restructuration, cela deux ans après une transformation en profondeur du fonctionnement des centres de recherche agricole suisses. L'exécutif a donc précisé que ce plan intervient après une analyse annuelle des objectifs de prestation et en réactions aux plaintes répétées des employé.e.s d'Agroscope quant à la lenteur des processus décisionnels. De plus, le Conseil fédéral souhaite poursuivre les plans d'économie amorcés en 2014, planifiant une réduction des coûts de l'ordre de CHF 8 millions par années (pour un budget total de CHF 140 millions).
Les cantons concernés par cette restructuration ont également manifesté leur mécontentement, à l'image des canton de Vaud et de Genève, dont les député.e.s ont demandé au Conseil fédéral de renoncer à la réorganisation d'Agroscope.