La motion Müller (centre, LU) visant à réduire la charge administrative des exploitations paysannes a été tacitement acceptée par la chambre basse. Le Conseil fédéral avait donné son blanc-seing dans sa réponse à la motion, estimant toutefois impossible, en raison de processus en cours, de mettre en œuvre l'ensemble des mesures d'ici à fin 2027, comme l'avait demandé le député lucernois. Il proposera donc à la seconde chambre de lui octroyer un délai afin de pouvoir traiter de ce sujet dans le cadre du mandat élaboré dans «l'orientation future de la politique agricole» à partir de 2030 (PA 30+). Quatre axes de travail sont proposés par le député Leo Müller : supprimer les réglementations anciennes et inutiles, réduire au maximum le nombre de trains d'ordonnances, prolonger les intervalles entre les modifications d'ordonnance et finalement, harmoniser les intervalles de contrôle pour toutes les lois qui touchent à l'agriculture.

Contrairement au Conseil des États, la majorité de la CER-CN ne veut pas d'une indemnisation des établissements d'abattage, de découpe, de transformation et d'élimination lorsque des fermetures sont ordonnées par les autorités en cas de peste porcine africaine. Olivier Feller (plr, VD), représentant cette majorité lors des débats au sein de l'hémicycle, a soulevé quatre points pour défendre cette position. Premièrement, des indemnités sont d'ores et déjà prévues dans la Loi sur les épizooties (LFE). Deuxièmement, ces établissements peuvent souscrire à des assurances privées pour se prémunir d'éventuelles pertes financières. Troisièmement, indemniser ces entreprises reviendrait à les privilégier, alors que d'autres secteurs ne seraient pas soutenus. Et finalement, la majorité de la commission ne juge pas opportun que l'argent des contribuables soit mis à disposition, alors que ces établissements sont détenus en grande partie par Coop et Migros. À l'inverse, la minorité de la commission, représentée par Leo Müller (centre, LU), redoute qu'en cas de fermeture de ces établissements, il y ait un impact sur le bien-être animal, certains des abattoirs ayant vu passé des bêtes contaminées devant fermer – pour désinfection – retardant l'abattage d'autres animaux. Une indemnité pourrait aider à éviter ce genre de problèmes. Cela n'aura pas suffi à convaincre une majorité de la chambre basse qui, par 101 voix contre 86 et 1 abstention, a décidé de rejeter cette motion. Les socialistes, vert'libéraux, vert.e.s et une majorité des membres du PLR ont voté contre, tandis que les soutiens sont majoritairement venus de l'UDC et du Centre.