Ursprünglich im Rahmen des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 geplant, hatten die Büros des National- und Ständerats im Herbst 2016 die Behandlung des Bundesgesetzes über Aufgaben, Organisation und Finanzierung der Eidgenössischen Stiftungsaufsicht (ESAG) sistiert und den Rechtskommissionen zugewiesen. Die Vorlage sollte die Rahmenbedingungen für die Umwandlung der ESA in eine öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit und eigener Rechnung festlegen. Mit der Sistierung sollten jedoch zuerst die Entscheidungen des Parlaments zu konnexen Geschäften abgewartet werden.
Im April 2017 gab die RK-SR bekannt, dass sie mit 9 zu 2 Stimmen (bei einer Enthaltung) keine Auslagerung der Stiftungsaufsicht möchte und somit auf ein Eintreten verzichte. Zuvor hatte sie Vertretungen der Stiftungsverbände Swissfoundations und Profonds angehört und den Evaluationsbericht der EFK zur Wirksamkeit von „klassischen" Stiftungen beraten. Dabei kritisierte die Mehrheit der RK-SR insbesondere, dass sich die Vorlage des Bundesrates ausschliesslich mit der Organisation der Stiftungsaufsicht befasse und die Thematik nicht umfassend behandle.
Für die RK-SR erklärte Fabio Abate (fdp, TI) dem Ständerat in der Sommersession, dass die ESA durch die Umwandlung formell von Weisungen des Bundesrates oder von Verwaltungsbehörden befreit wäre und vollständig eigenfinanziert würde. Dadurch könne der Bundeshaushalt durch eine Reduktion des Personalbestands um CHF 650'000 pro Jahr entlastet werden. Gleichzeitig könne dadurch die Plafonierung des Bundespersonalbestands umgangen werden, welche selbst die Schaffung gebührenfinanzierter neuer Stellen verhindere. Keinen Einfluss hätte dies auf die Bestimmungen des Zivilgesetzbuches zu Inhalt und Umfang der Stiftungsaufsicht oder auf die Kompetenzaufteilung zwischen der eidgenössischen Stiftungsaufsicht und den kantonalen Stiftungsaufsichtsbehörden. Gerade diesen letzten Punkt bestritt jedoch Ständerat Cramer (gp, GE): Zur Auslagerung der Stiftungsaufsicht müsse gemäss EFK zwingend das Zivilgesetzbuch (v.a. Art. 84) angepasst werden, was ausführliche Änderungen sowie ein Vernehmlassungsverfahren mit sich bringen würde. Entsprechend sei die Aufarbeitung dieser Vorlage durch den Bundesrat unvollständig. Roland Eberle (svp, TG) ergänzte zusammenfassend, dass die heutige Stiftungsaufsicht auf Bundes- und Kantonsebene funktioniere und es sich somit lediglich um ein Ressourcenproblem handle. Dies sei aber nicht Grund genug, ein gut funktionierendes System infrage zu stellen. Demgegenüber argumentierten Christian Levrat (sp, FR) und Bundesrat Berset, dass sie bisher kaum Gründe gehört hätten, nicht auf das Geschäft einzutreten. So sei die Tatsache, dass die Vorlage im Rahmen des Stabilisierungsprogramms eingebracht worden war, kaum Grund genug, den Änderungsvorschlag noch nicht einmal zu besprechen. Der Innenminister betonte zudem, dass sich diese Organisationsform in sechzehn Kantonen bereits bewährt habe und dass die EFK gemäss ihrem Bericht eine Umwandlung ausdrücklich unterstütze. Dennoch sprach sich der Ständerat mit 31 zu 8 Stimmen (4 Enthaltungen) relativ deutlich gegen ein Eintreten aus.

In der Herbstsession 2016 behandelte der Ständerat als Erstrat das Stabilisierungsprogramm 2017-2019. Roberto Zanetti (sp, SO) stellte einen Minderheitsantrag auf Rückweisung, der den Auftrag an den Bundesrat beinhaltete, die Berechnung des Konjunkturfaktors an die makroökonomischen Gegebenheiten anzupassen und entsprechend die Handhabung der Schuldenbremse zu überprüfen. Die kleine Kammer lehne diesen Antrag mit 31 zu 13 Stimmen und der Begründung ab, dass die Schuldenbremse nicht in Frage gestellt werden sollte. Bei der Behandlung des Programms reduzierte der Ständerat die Sparanstrengungen des Bundesrates deutlich. Während der Bundesrat Einsparungen von CHF 796 Mio. (2017), CHF 898 Mio. (2018) und CHF 978 Mio. (2019) vorgesehen hatte, verringerte die kleine Kammer diese auf CHF 652 Mio. (2017), 637 Mio. (2018) und 702 Mio. (2019). Insbesondere bezüglich der Landwirtschaft und der Bildung zeigte sich der Ständerat grosszügig: Bei der Landwirtschaft strich er sämtliche Sparmassnahmen bei den Direktzahlungen (CHF 62-69 Mio. jährlich), da die Einkommen der Bauern – wie Peter Hegglin (cvp, ZG) argumentierte – bereits sehr tief wären und sich Letztere gerade erst auf die neuen Zielsetzungen, Grundlagen und Rahmenbedingungen der Agrarpolitik 2014-2017 eingestellt hätten. Unverändert beliess der Ständerat die Vorlage des Bundesrates bezüglich der Investitionskredite und der landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen. Bei den Bildungsausgaben reduzierte er den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um CHF 74-108 Mio. und folgte damit dem Antrag Noser (fdp, ZH) als Sprecher der WBK-SR. Als Kantonsvertreter verzichtete der Ständerat zudem gegen den Willen des Bundesrates darauf, die Integrationsbeiträge an die Kantone sowie die Bundesanteile an den Krankenkassenprämien-Verbilligungen zu reduzieren, da dies zu einer Mehrbelastung der Kantone geführt hätte. Zusätzlich zu den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparanstrengungen wollte die FK-SR hingegen bei der Entwicklungshilfe sparen. Als Befürworter dieser zusätzlichen Reduktion um weitere CHF 100 Mio. argumentierte zum Beispiel Philipp Müller (fdp, AG), dass die diesbezüglichen Ausgaben in den letzten Jahren stetig angestiegen seien, ihre Wirkung hingegen fraglich sei. Werner Hösli (svp, GL) ergänzte, dass die bisherigen Zahlungen offensichtlich die steigenden Asylkosten nicht hatten verhindern können. Christian Levrat (sp, FR) rief dementgegen in Erinnerung, dass das Parlament die APD-Quote – also den prozentualen Anteil der öffentlichen Entwicklungshilfe am Bruttonationaleinkommen – im Februar 2011 auf 0,5 Prozent des Bruttonationaleinkommens (BNE) erhöht hatte. Zudem könne die zusätzliche Reduktion gemäss Bundesrat Burkhalter zur Streichung ganzer Projekte in Nordafrika, dem Mittleren Osten und Afghanistan führen. Knapp entschied sich der Ständerat mit 25 zu 19 Stimmen gegen seine Kommission und erhöhte den Sparbetrag bei der Entwicklungshilfe nicht zusätzlich. In der Wintersession 2016 befasste sich der Nationalrat mit diesem Geschäft.