Im Mai 2019, also rund einen Monat nachdem das Bundesgericht die Abstimmung über die Volksinitiative «für Ehe und Familie – gegen die Heiratsstrafe» für ungültig erklärt hatte, reichte Jean-Luc Addor (svp, VS) eine Motion ein, um die Abstimmung über die Volksinitiative schnellstmöglich und unter Aufführung der im Bundesgerichtsurteil enthaltenen Argumente im aktualisierten Abstimmungsbüchlein wiederholen zu lassen. Die Lage sei simpel, betonte er: Die Ungültigerklärung setze «das Verfahren zurück auf den Stand von vor der Abstimmung», die Initiative sei somit bereit für die Volksabstimmung. Der Bundesrat pflichtete zwar bei, dass die Volksinitiative den Stimmberechtigten aufgrund des Urteils wieder vorgelegt werden könne, verwies jedoch auf die gesetzlichen Fristen für die Durchführung der Abstimmung, die auch hier anwendbar seien. Demgemäss müsse die Abstimmung bis spätestens am 27. September 2020 wiederholt werden. Dies gäbe einerseits dem Parlament, das seinem Entscheid ebenfalls fehlerhafte Informationen zugrunde gelegt habe, die Möglichkeit, aufgrund der vom Bundesrat in der Zwischenzeit verfassten Zusatzbotschaft im Rahmen der Beratung einer ausgewogenen Paar- und Familienbesteuerung eine alternative Regelung zur Initiative zu entwerfen. Andererseits erhalte so auch das Initiativkomitee Zeit, um die Initiative allenfalls zurückzuziehen. Letzteres trat schliesslich auch ein: Mitte Februar 2020 gab das Initiativkomitee bekannt, die Initiative zurückzuziehen. Ende März 2020 zog Addor seine Motion folglich unbehandelt zurück.

Im März 2020 entschied der Bundesrat aufgrund der ausserordentlichen Situation, rückwirkend auf den 1. März 2020 und geltend bis zum 31. Dezember 2020 keine Verzugszinsen auf verspätete Zahlungen der direkten Bundessteuer zu erheben. Vom 20. März 2020 bis zum 31. Dezember 2020 entfallen überdies die Verzugszinsen auf verspätete Zahlungen der Mehrwertsteuer, besonderen Verbrauchssteuern, Lenkungs- und Zollabgaben. Von diesen Lockerungen nicht betroffen sind die Verrechnungssteuer und die Stempelabgaben, deren Verzugszinsen weiterhin eingefordert werden.

Im März 2020 veröffentlichte der Bundesrat seine Botschaft zur Initiative «Löhne entlasten, Kapital gerecht besteuern», der sogenannten 99 Prozent-Initiative. Er sehe keinen Handlungsbedarf bei den Markteinkommen, erklärte der Bundesrat. Die Einkommen in der Schweiz seien «vergleichsweise gleichmässig verteilt» und das Umverteilungsvolumen sei bedeutend. Die von der Initiative vorgeschlagene Besteuerung des Kapitals sei nicht zielgenau, weil dabei die Art und nicht die Höhe des Einkommens zentral sei. Die Gesamtbelastung auf Kapital sei im internationalen Vergleich wegen der Vermögenssteuer zudem bereits «recht hoch». Die Initiative schade der Standortattraktivität und den Anreizen zur Kapitalbildung und würde das Umverteilungsvolumen erhöhen, wobei dessen Grösse von den Steuervolumen und nicht von Bedarfsüberlegungen abhänge und schwer abzuschätzen sei. Folglich empfahl der Bundesrat die Initiative zur Ablehnung.

In der Frühjahrssession 2020 trat das Parlament an, um das Bundesgesetz über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen zu bereinigen. Im Nationalrat wehrte sich eine Minderheit Birrer-Heimo (sp, LU) noch ein letztes Mal gegen die Schaffung einer Unterscheidung zwischen inländischen und ausländischen Sachverhalten im Steuergesetz und gegen das damit einhergehende Zeichen, das man gemäss der Minderheitensprecherin setze, wonach geschäftsmässig begründete Bussen in Ordnung wären. Auch Finanzminister Maurer kritisierte das Gesetz noch einmal und verwies auf das Konfliktpotenzial mit der Bundesverfassung, dadurch dass inländische und ausländische Bussen nicht gleich behandelt würden, sowie auf die schwierige Aufgabe für die Steuerbehörden der Kantone, die plötzlich zu einem «Richter, der eigentlich auch ein Stück weit internationales Recht beurteilen muss» gemacht würden. Für die Kommission verteidigte Beat Walti (fdp, ZH) die Vorlage: Die Messlatte für einen Abzug von finanziellen Sanktionen als geschäftsmässig begründeten Aufwand liege sehr hoch; die Regelung entspreche einer Härtefallklausel. Zudem könnten die kantonalen Behörden notfalls auch die Gerichte anrufen. Mit 108 zu 86 Stimmen sprach sich der Nationalrat schliesslich für das neue Gesetz aus; die geschlossen stimmenden SP-, Grünen- und GLP-Fraktionen sowie die drei Mitglieder der EVP lehnten es ab. Inhaltlich war das Gesetz somit bereinigt, abgeschlossen werden konnte es jedoch noch nicht: Die für die dritte Sessionswoche geplanten Schlussabstimmungen konnten aufgrund des Sessionsabbruchs nicht stattfinden.

Im November 2018 wollte die FK-NR mit einer parlamentarischen Initiative die Prüf- und Aufsichtskompetenzen im DBG verstärken. Trotz der Verbesserung der Aufsicht im Jahr 2014 bestünden noch immer Lücken bei der Kontrolle der kantonalen Behörden. Fehler gäbe es vor allem bei der Eintragung von Steuerpflichtigen, bei Steuerbefreiungen oder bei der Veranlagung bei besonderen Vorschriften oder besonderem Status, wobei diese Risiken praktisch nicht kontrolliert würden, obwohl die Kantone dazu verpflichtet wären. Relevante Faktoren würden nur alle drei bis fünf Jahre geprüft, was aufgrund der hohen Mobilität natürlicher und juristischer Personen nicht ausreiche – eine jährliche Prüfung sei nötig, betonte die Kommission. Auch die Ausnahme der kantonalen Finanzaufsichtsorgane von der materiellen Prüfung der Veranlagungen sei zu überdenken, zudem bedürfe es einer ergänzenden Regelung zur Ersatzvornahme – also der Prüfung eines Kantons durch die ESTV –, die eine solche auch bei einer nicht ordnungsgemässen Prüfung und nicht nur bei Nichtvornahme der Prüfung ermögliche.
Im März 2019 lehnte die FK-SR die Ausarbeitung einer Kommissionsinitiative «nach eingehender und angeregter Diskussion» mit 5 zu 4 Stimmen ab, weil die Rechtsgrundlagen bereits vorhanden seien und die Probleme durch die Änderung des Schwerpunkts der Aufsicht auf eine Strategie zur Risikoanalyse behoben werden könnten. Die Initiative schwäche zudem die Kantone. Eine Kommissionsminderheit verwies jedoch auf die Ungleichbehandlung der Steuerzahlenden in den verschiedenen Kantonen mit dem aktuellen System. Mit 14 zu 11 Stimmen beantragte die Mehrheit der nationalrätlichen Finanzkommission ein Jahr später dem Nationalrat, der parlamentarischen Initiative Folge zu geben.

Der Verein «Mikrosteuer» beantragte im Februar 2020 die Vorprüfung seiner Volksinitiative «Mikrosteuer auf dem bargeldlosen Zahlungsverkehr». Bei Annahme ihres Begehrens soll der Bund «bei jeder Belastung und jeder Gutschrift des bargeldlosen Zahlungsverkehrs eine Mikrosteuer» erheben und dafür die Mehrwertsteuer, die direkte Bundessteuer sowie die Stempelabgabe abschaffen. Im ersten Jahr soll diese Steuer 0.05 Promille auf alle bargeldlosen Belastungen und Gutschriften betragen und anschliessend soweit angehoben werden, dass die wegfallenden Einnahmen der übrigen Steuern kompensiert werden können – maximal jedoch auf 5 Promille. Die Mikrosteuer auf dem Zahlungsverkehr ziele auf das grösstmögliche Steuersubstrat und belaste damit auch die Finanzwirtschaft, so dass die Unternehmen und privaten Haushalte im Vergleich zu bisher entlastet werden könnten, betonte der Ökonom Felix Bolliger, Mitglied des Initiativkomitees, auf dessen Internetseite. Als Hauptakteure des Initiativkomitees machte das St. Galler Tagblatt die pensionierten Zürcher Banker Felix Bolliger und Jacob Zgraggen, den Zürcher Professor für Banking und Finance Marc Chesney sowie Alt-Bundesratssprecher Oswald Sigg aus.
Die Unterschriftensammelfrist startete am 25. Februar 2020 und würde folglich bis August 2021 dauern. Aufgrund des Fristenstillstands bei eidgenössischen Volksbegehren bis zum 31. Mai 2020 wird diese Frist entsprechend verlängert. Bereits beim Start der Unterschriftensammlung stiess die Initiative in den Medien auf einige Aufmerksamkeit: Mit Bezeichnungen wie einem «Sturm auf das Steuersystem» oder «revolutionären Umtrieben» stellte die Presse eine spannende Sammelfrist in Aussicht.

Nach der Annullierung der Volksinitiative «Für Ehe und Familie – gegen die Heiratsstrafe» durch das Bundesgericht im April 2019 stand die CVP vor der Frage, ob sie ihre Initiative zurückziehen soll oder nicht. Als Reaktion auf das Bundesgerichtsurteil hatte der Bundesrat im August 2019 eine Zusatzbotschaft zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer bezüglich einer ausgewogenen Paar- und Familienbesteuerung, dem aktuellen Bundesratsgeschäft zur Abschaffung der Heiratsstrafe, vorgelegt. Auf Letzteres setzte die CVP gemäss Medienberichten ihre Hoffnung: Würde das Bundesratsgeschäft bis Mai 2020 quasi als Gegenvorschlag zur Initiative verabschiedet, könnte die Partei die Initiative ohne Gesichtsverlust zurückziehen und müsste das aufgrund der – gemäss Medien auch innerhalb der CVP – steigenden Zustimmung zur Ehe für alle gestiegene Risiko einer Niederlage in einer erneuten Abstimmung nicht eingehen. Dazu kam es jedoch nicht: Im September und Dezember 2019 entschieden sich Ständerat und Nationalrat dafür, das Geschäft an den Bundesrat zurückzuweisen und diesen mit einer neuen Auslegeordnung zu den Vor- und Nachteilen verschiedener Steuermodelle zu beauftragen. Obwohl im Anschluss daran verschiedene CVP-Mitglieder betonten, an der Initiative festhalten zu wollen, gab CVP-Präsident Pfister im Januar 2020 bekannt, dass das Parteipräsidium dem Initiativkomitee den Rückzug der Initiative unter gleichzeitiger Lancierung einer neuen Initiative mit ähnlichem Anliegen, aber ohne Ehedefinition, beantragen werde. Am 4. Februar 2020 reichte das Initiativkomitee schliesslich die von 14 der 15 Mitgliedern unterzeichnete Rückzugserklärung bei der Bundeskanzlei ein.
Damit war die Geschichte der CVP-Initiative jedoch noch nicht zu Ende: Bereits vor dem offiziellen Rückzug hatte der Verein Human Life, der nach eigenen Angaben 15'000 Unterschriften für die Initiative gesammelt hatte, angekündigt, Beschwerde gegen den Rückzug einzureichen. Ein Rechtsgutachten sei zum Schluss gekommen, dass die Initiative nach der Aufhebung des Abstimmungsergebnisses «direkt zur Wiederholungsabstimmung vorgelegt werden muss, da für ein anderweitiges Vorgehen keine gesetzliche Grundlage besteht». Die Rückzugserklärung verletze die politischen Rechte der Stimmbürgerinnen und Stimmbürger, deren Interesse höher zu gewichten sei als dasjenige des Initiativkomitees.

Wie angekündigt begann die SP kurze Zeit nach der parlamentarischen Schlussberatung mit der Unterschriftensammlung für das Referendum gegen die Erhöhung des Kinderabzugs. Die Partei wehrte sich dagegen, dass zukünftig CHF 10'000 statt wie bisher CHF 6'500 pro Kind von den Steuern abgezogen werden können. Von diesem «Reichenbonus» würden Alleinerziehende respektive Eltern mit zwei Kindern erst ab einem Jahreseinkommen von CHF 100'000 respektive CHF 120'000 profitieren, den Maximalbetrag erreiche man erst ab CHF 200'000 respektive 300'000, betonten Exponentinnen und Exponenten der Partei. Bei einem Jahreseinkommen von CHF 100'000 zahle man jährlich CHF 90 bis 210 weniger Steuern, bei einem Einkommen von CHF 150'000 CHF 168 bis 490 weniger und ab einem Einkommen von CHF 200'000 CHF 910. So kämen entsprechend 70 Prozent der Entlastung den 15 Prozent der Familien mit den höchsten Einkommen zu Gute. «Die, die jetzt entlastet werden, merken nicht einmal, dass sie entlastet werden», kritisierte etwa Anita Fetz (sp, BS) die Massnahme. Stattdessen könnten für dieselben Kosten von CHF 350 Mio. die Prämienverbilligungen um über 10 Prozent aufgestockt werden. Dieser Kritik hatte Finanzminister Maurer in der Parlamentsdebatte beigepflichtet: 85 Prozent aller Familien würden kaum oder gar nicht von der Änderung profitieren. «Das ist eine Steuerentlastung für höhere Einkommen. Das kann man wollen, aber dann darf man das nicht als Familienvorlage verkaufen», betonte er. Diese Kritik liess Beat Walti (fdp, ZH) gegenüber der NZZ nicht gelten: Zwar profitierten die Familien von Gutverdienenden von dieser Änderung, sie bezahlten aber auch den Grossteil der Steuern – 44 Prozent der Familien mit Kindern bezahlen keine Bundessteuer – und trügen dadurch eine erhebliche Abgabenlast mit einer Grenzbelastung gegen 50 Prozent. Wenn man schon die Progression nicht ändern könne, müsse man halt die Abzüge erhöhen.
Mit dem Hauptargument des «Reichenbonus» machte sich die SP Schweiz zusammen mit den Grünen an die Unterschriftensammlung. Unterstützt wurden sie gemäss Medien ab Ende November von einem liberalen Nein-Komitee – hauptsächlich bestehend aus Mitgliedern der GLP und einzelnen Jungfreisinnigen. Dieses kritisierte die Erhöhung des Kinderabzugs als «Herdprämie» oder als «Konkubinatsstrafe». Ursprünglich habe die Vorlage dazu gedient, die Arbeitsanreize für gutverdienende Frauen zu erhöhen. Dadurch dass nun die Kinderabzüge aber für alle Familien erhöht würden, würden die Arbeitsanreize von Frauen mit mehreren Kindern verringert, kritisierte etwa Kathrin Bertschy (glp, BE) die Änderung. Durch die Unterstützung von Einverdiener-Haushalten – neben anderen Haushaltsformen – würde auch ein konservatives Familienbild gestärkt. Unterstützung erhielten die Referendumsführenden dabei auch von Avenir Suisse. Deren Forschungsleiter Marco Salvi betonte gegenüber der Presse, dass ein Zielkonflikt zwischen finanzieller Entlastung der Familien und Verbesserung der Vereinbarkeit von Familie und Beruf bestehe und diese Vorlage nur wenig zur Stärkung der Vereinbarkeit beitrage – und allenfalls sogar kontraproduktiv sei. Die Experten der Steuerverwaltung erwarteten gemäss Medien aufgrund sich gegenseitig aufhebender Effekte auch «keinen nennenswerten Einfluss» auf die Arbeitsanreize von Zweitverdienenden.
Zwar zeigten sich auch die Kantone nicht erfreut über die Vorlage, zumal sie diese CHF 70 Mio. pro Jahr kosten würde, ohne dass sie zuvor in einer Vernehmlassung die Möglichkeit gehabt hätten, ihre Meinung zu der Erhöhung der Kinderabzüge kundzutun. Dennoch wollten sie sich nicht an einem Referendum beteiligen.

Am 14. Januar 2020 reichte die SP nach eigenen Angaben 60'000 beglaubigte Unterschriften ein, was die NZZ als «Machtdemonstration» der Partei verstand, die «scheinbar mühelos» ein Referendum zustandegebracht habe. Parteipräsiedent Levrat (sp, FR) betonte denn auch gegenüber dem Blick, dass man das Referendum aus eigener Kraft zustande gebracht habe. Ende Januar bestätigte die Bundeskanzlei das Zustandekommen des Referendums mit 53'088 gültigen Unterschriften.

Im Januar 2020 sprach sich die WAK-SR gegen die parlamentarische Initiative Derder (fdp, VD) aus, die in der Zwischenzeit von Olivier Feller (fdp, VD) übernommen worden war und eine Anpassung der Vermögenssteuer und die Aufhebung der Besteuerung des Arbeitsinstruments forderte. Sie unterstütze zwar das Anliegen der Initiative, sei aber bereits an der Umsetzung der parlamentarischen Initiative Noser (fdp, ZH; Pa.Iv. 17.456) mit ähnlichem Inhalt, erklärte die Kommission. Parallele Arbeiten durch ihre Schwesterkommission seien nicht effizient.

Da eine parallele Behandlung der parlamentarischen Initiative Chiesa (svp, TI) für eine Verdoppelung des Maximalabzugs für Krankenkassenprämien bei der direkten Bundessteuer mit der bundesrätlichen Vorlage zur Motion Grin (svp, VD; Mo. 17.3171), die dasselbe Anliegen verfolgte, nicht sinnvoll sei, sprach sich die SGK-SR mit 9 zu 3 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gegen die parlamentarische Initiative aus.

Obwohl die Schweiz 2015 das Protokoll zur Änderung des Doppelbesteuerungsabkommens mit Italien in Kraft gesetzt habe, stehe sie noch immer auf der italienischen schwarzen Liste für die Besteuerung natürlicher Personen, wodurch für Personen, die von Italien in die Schweiz ziehen wollten, eine Umkehr der Beweislast hinsichtlich des Steuerdomizils vorliege, kritisierte Roberta Pantani (lega, TI). Dies erhöhe den administrativen Aufwand für die Direktbetroffenen und stelle einen Wettbewerbsnachteil für die in der Schweiz tätigen Banken und Unternehmen dar. Deshalb wollte Pantani den Bundesrat im September 2019 mit einer Motion beauftragen, diesbezüglich Abhilfe zu schaffen. Dieser verneinte zwar die Auswirkungen auf die Schweizer Banken, beantragte die Motion aber aufgrund des Mehraufwands für die Betroffenen zur Annahme. In der Wintersession 2019 sprach sich der Nationalrat stillschweigend für das Anliegen aus, nachdem es nach dem Ausscheiden von Pantani aus dem Nationalrat von Lorenzo Quadri (lega, TI) übernommen worden war.

Im Oktober 2019 entschied sich die WAK-NR äusserst knapp mit 13 zu 12 Stimmen, ihrem Rat die Rückweisung des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer bezüglich einer ausgewogenen Paar- und Familienbesteuerung an den Bundesrat zu empfehlen. Die Vorlage trage den gesellschaftlichen Entwicklungen nicht Rechnung und zementiere das geltende System, kritisierte die Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Ritter (cvp, SG) erachtete jedoch die Lösung des Problems als Verantwortung des Parlaments und betonte, dieses könne die nötigen Änderungen ja im Rahmen der Beratung vornehmen; eine Rückweisung nach 35-jähriger Vorarbeitszeit hingegen «grenze an Arbeitsverweigerung», kritisierte Ritter in der Ratsdebatte. Nach einer neuerlichen Grundsatzdebatte zu den Fragen, welches Familienmodell gefördert werde respektive gefördert werden solle, ob sozialpolitische Überlegungen in einem steuerpolitischen Geschäft überhaupt relevant seien und ob solche Überlegungen eine neuerliche Verzögerung rechtfertigten, folgte der Nationalrat mit 113 zu 80 Stimmen (bei 1 Enthaltung) dem Antrag der Kommissionsmehrheit und wies das Geschäft an den Bundesrat zurück. Grösstenteils stimmten die Fraktionen geschlossen: Die SP-, die FDP.Liberalen-, die Grünen- und die Grünliberale-Fraktion sprachen sich geschlossen für die Rückweisung aus, die SVP-Fraktion geschlossen dagegen. Einzig in der Mitte-Fraktion scherten die drei BDP-Nationalräte Lorenz Hess (bdp, BE), Martin Landolt (bdp, GL) und Heinz Siegenthaler (bdp, BE) aus und sprachen sich ebenfalls für die Rückweisung aus.

Nachdem der Ständerat die Vorlage für eine ausgewogene Paar- und Familienbesteuerung im September 2019 gegen ihren Willen an den Bundesrat zurückgewiesen hatte, reichte die WAK-SR im Oktober 2019 eine Motion ein, mit der sie vom Bundesrat eine Übergangslösung zur Beseitigung der Heiratsstrafe forderte. Die Regierung solle Verheiratete übergangsmässig durch eine Erhöhung des Sozialabzuges für Ehepaare oder durch eine Erhöhung des Zweitverdienerabzuges für Ehepaare im Umfang von CHF 1.4 Mrd. jährlich entlasten. Eine Minderheit Caroni (fdp, AR) sprach sich gegen die Motion aus und auch der Bundesrat empfahl sie zur Ablehnung. Dieselbe Kritik, die zur Rückweisung des bundesrätlichen Vorschlags geführt habe, nämlich dass dies keine zivilstandsunabhängige Besteuerung bewirke und zu substanziellen Mindereinnahmen führe, sei auch bei dieser Motion gegeben, kritisierte der Bundesrat. Entsprechend erachtete er die Erfolgsaussichten des Vorstosses als gering. Diese Einschätzung bestätigte der Ständerat in der Wintersession 2019: Mit 26 zu 15 Stimmen lehnte er die Motion ab.

Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.

Nur einen Tag später ging die Debatte um den Voranschlag 2020 im Nationalrat weiter. Auch dieses Jahr drehte sich die Eintretensdebatte vor allem um die Frage, wie gut die wirtschaftliche Lage des Bundes wirklich sei und wie grosszügig das Parlament folglich mit dessen finanziellen Ressourcen umgehen könne. Eintreten war nicht umstritten, ganz im Gegensatz zur Detailberatung: Neben den Mehrheitsanträgen standen zahlreiche Minderheitsanträge der SP- und der SVP-Fraktion auf dem Programm. Doch obwohl der Nationalrat den Voranschlag während über 9 Stunden diskutierte, schuf er – verglichen mit der Anzahl Minderheitsanträge – nur wenige Differenzen zum Ständerat.
Die meisten dieser Differenzen waren im Nationalrat unumstritten, etwa die Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts um CHF 709’300 CHF. In verschiedenen Fällen verband die Kommission zudem Aufstockungen mit der Definition neuer Grenz- und Sollwerte oder der Neudefinitionen der Rahmenbedingungen der Kreditverwendung, Instrumenten des Neuen Führungsmodells des Bundes für die Bundesverwaltung. Mit diesen können Bedingungen zur Verwendung der Gelder mit Budgetpositionen verbunden werden. Die Aufstockung des Globalbudgets der Landwirtschaft um CHF 500'300 begründete der Nationalrat mit der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden und definierte dessen Finanzierung als Rahmenbedingung für den Kredit. Auch die Forschungsbeiträge für die Landwirtschaft erhöhte er zugunsten des Forschungsinstituts für biologischen Landbau um CHF 2.5 Mio. im Voranschlagsjahr sowie in den Finanzplanjahren. Gegen die Aufstockung der Direktzahlungen für die Landwirtschaft stellte sich eine Minderheit Schneider Schüttel (sp, FR), die diesbezüglich dem Ständerat folgen wollte, jedoch mit 63 zu 127 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) unterlag. Abgelehnt hatten die Änderung die einstimmig stimmenden SP- und GLP-Fraktionen sowie Minderheiten der FDP- und der Grünen-Fraktion. Auf Antrag Mattea Meyer (sp, ZH) stockte der Nationalrat mit 112 zu 81 Stimmen (bei 1 Enthaltung) auch das Globalbudget des Fedpol im Voranschlagsjahr sowie in den Finanzplanjahren um CHF 600'000 auf. Damit sollte eine Reduktion aus den Finanzplanjahren 2017 bis 2019 korrigiert werden, um damit eine Stellenaufstockung um vier Stellen zur Erfüllung der Zentralstellenaufgaben des Fedpol im Bereich Internetkriminalität, insbesondere der Pädokriminalität, zu ermöglichen. Die SVP- und die FDP-Fraktionen hatten sich dagegen gewehrt, weil diese Stellen intern über das Globalbudget finanziert werden sollten, wie Albert Vitali (fdp, LU) betonte.
Sparsamer als der Ständerat zeigte sich die grosse Kammer bezüglich der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten beim Bundesamt für Justiz: Hier sperrte sie sich stillschweigend gegen die vom Ständerat beschlossene Ausgabenerhöhung auf CHF 2 Mio. Ohne Minderheit akzeptiert wurden auch die Anträge zum SEM: Die Betriebsausgaben zu den Bundesasylzentren senkte der Rat nach Absprache der Kommission mit dem SEM um CHF 27 Mio. und die Beiträge für die Sozialhilfe Asylsuchender und vorläufig Aufgenommener reduzierte er aufgrund aktualisierter Zahlen um 12.8 Mio. Dies obwohl Finanzminister Maurer darauf hingewiesen hatte, dass man damit an den Leistungen des Bundes «überhaupt nichts» ändere, denn diese seien gesetzlich vorgegeben. Ein solcher Beschluss führe später aber allenfalls zu Nachtragskrediten, wenn sich die Flüchtlingssituation ändern sollte.
Umstritten waren auch im Nationalrat vor allem die Bildungsausgaben. Diesbezüglich lagen neben dem Mehrheitsantrag drei Minderheitsanträge vor. Die Mehrheit wollte in den meisten Bildungsfragen dem Bundesrat folgen und die Bildungsausgaben nicht um die ehemaligen Teuerungsbeiträge erhöhen. Einzig bezüglich der Berufsbildung befürwortete sie eine zusätzliche Erhöhung. Eine Minderheit I Schneider Schüttel forderte, dem Ständerat folgend, die im Rahmen der BFI-Botschaft 2017-2020 beschlossenen Beträge, eine Minderheit II Bourgeois (fdp, FR) bevorzugte hingegen mehrheitlich einen Mittelweg zwischen Ständerat und Bundesrat. Dieser basierte auf den Aufstockungen des Budgets im Bildungsbereich, welche das Parlament bereits 2019 vorgenommen hatte, abzüglich der Teuerungskorrektur nach Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) um -0.1 Prozent. Mit 132 zu 60 Stimmen (bei 1 Enthaltung) und 139 zu 52 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) setzte sich die Minderheit II gegen die Minderheit I und die Mehrheit durch. Zudem sprach sich der Nationalrat beim Bildungsbudget zusätzlich für eine Minderheit III Schneider Schüttel aus, welche bei den Institutionen der Forschungsförderung eine zusätzliche Erhöhung um CHF 1.1 Mio. forderte, die zugunsten der Akademien der Wissenschaften Schweiz eingesetzt werden sollte.
Schliesslich nahm der Nationalrat verglichen mit dem Ständerat einige Änderungen bei den Sollwerten vor, insbesondere im Gesundheitsbereich. Der Messwert für den Anteil Rauchender in der Bevölkerung, gemäss dem nicht mehr als 25 Prozent der Bevölkerung rauchen sollen, wurde gestrichen, da dessen Messung gemäss Kommission keine Aufgabe des Staates sei. Dies obwohl Finanzminister Maurer vor der Streichung gewarnt und diese als falsches Signal bezeichnet hatte. Gesteigert werden sollte hingegen der Anteil Arztpraxen mit elektronischer Krankengeschichte der Patientinnen und Patienten. Heute liegt dieser bei 76 Prozent, im Jahr 2020 soll er bei 80 Prozent zu liegen kommen und für die Finanzplanjahre weiter gesteigert werden. Bei der Militärversicherung soll der Anteil der Verwaltungskosten an den Gesamtkosten von 10.7 Prozent auf 10 Prozent gesenkt werden. Diese Änderungen waren nicht umstritten, genauso wenig wie die Reduktion des Grenzwertes zum Auftreten von gentechnisch verändertem Raps entlang von Bahngeleisen (von 0.5 Prozent auf 0.25 Prozent aller untersuchten Proben). Schliesslich erhöhte der Nationalrat auch die Messgrösse bei den Besucherinnen und Besuchern der bundeseigenen Museen von 60'000 auf 65'000 Personen – obwohl dies gemäss Bundesrat Maurer «nicht mehr Leute in die Museen» locken werde.
Die übrigen Änderungen, meistens beantragt von Mitgliedern der SP- oder der SVP-Fraktion, lehnte die Ratsmehrheit jeweils deutlich ab. Verschiedene linke Minderheiten setzten sich für Budgeterhöhungen im Bereich des Umweltschutzes ein. So versuchte eine Minderheit Schneider Schüttel unter anderem die Überprüfung von Wirkstoffen zur Senkung des Risikos von Pflanzenschutzmitteln für aquatische Organismen für das Jahr 2020 von 20 auf 30 Wirkstoffe zu erhöhen sowie die dazu nötigen acht zusätzlichen Stellen bei vier verschiedenen Bundesämtern zu schaffen. Mit 105 zu 84 Stimmen (bei 1 Enthaltung) lehnte der Rat den Antrag gegen den Willen der SP-, GPS- und GLP-Fraktionen sowie der Mitglieder der EVP ab. Da sich der Überprüfungsrhythmus an jenen der EU anlehne, sei eine Aufstockung hier nicht angebracht, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) für die Kommission. Eine weitere Minderheit Schneider Schüttel wollte CHF 20 Mio. mehr für die Revitalisierung von Gewässern einsetzen, weil die Nachfrage nach Bundesmittel in diesem Bereich stark angestiegen sei und im kommenden Jahr zahlreiche Projekte realisiert werden sollten. Mit 96 zu 95 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) lehnte der Rat jedoch auch diesen Antrag ab, wobei Kommissionssprecher Gmür darauf hinwies, dass bei tatsächlichem Fehlen von Mitteln Nachtragskredite eingereicht werden könnten. Zudem setzte sich eine Minderheit Masshardt (sp, BE) für eine Verdoppelung des Betrags für den Technologietransfer beim Bundesamt für Energie von CHF 20 Mio. auf CHF 40 Mio. ein. Dieses Geld diene dazu, dass neue, noch nicht marktreife Technologien erprobt werden könnten. Eine Erhöhung sei nicht nötig, weil die Privatwirtschaft solche Ideen kostensparend entwickeln könne, argumentierte Sandra Sollberger (svp, BL) und begründete damit auch ihre Minderheit II Sollberger, die den Betrag auf CHF 10 Mio. reduzieren wollte. Mit 142 zu 52 Stimmen respektive 107 zu 86 Stimmen (bei 1 Enthaltung) setzte sich der Mehrheitsantrag gegen die Anträge der Minderheit II respektive der Minderheit I durch.
Doch nicht nur im Umweltbereich, auch zu anderen Themen reichte die SP-Fraktion erfolglos Vorstösse ein. So wollten linke Minderheiten etwa das Globalbudget des Eidgenössischen Büros für die Gleichstellung von Frau und Mann aufstocken, die Kulturabgeltung an die Stadt Bern in den Finanzplanjahren fortsetzen, dem BIT eine grössere Konstanz in der Personalentwicklung als neues Ziel vorschreiben sowie eine Aufstockung beim Eidgenössischen Personalamt vornehmen, das in der Folge Lehrstellen und Hochschulpraktika zur Integration von Menschen, die aus dem Arbeitsmarkt ausgeschlossen sind, anbieten soll.
Die SVP hingegen versuchte vor allem, dem Stellenzuwachs beim Bund – im Voranschlag 2020 beträgt dieser gemäss Franz Grüter (svp, LU) 267 zusätzliche Stellen – Einhalt zu gebieten. Dazu wollte Grüter allgemein die Ausgaben für den Personalaufwand im Voranschlag 2020 sowie in den Finanzplanjahren bei CHF 6 Mrd. plafonieren – zum ersten Mal überhaupt überstiegen die geplanten Ausgaben für das Personal die Grenze von CHF 6 Mrd. Mit 134 zu 51 Stimmen lehnte der Rat den Minderheitsantrag Grüter gegen den Willen der geschlossen stimmenden SVP ab. Zudem wollte eine weitere Minderheit Grüter den Betrag für die Lohnmassnahmen halbieren; 0.5 Prozent der Lohnsumme reichten für Lohnverhandlungen, erklärte der Minderheitensprecher. Mit 140 zu 52 Stimmen lehnte der Rat auch diesen Antrag ab. Auch die weiteren Minderheitsanträge, die vorsahen, die Ausgaben des Büros für Konsumentenfragen auf dem Stand der Rechnung von 2018 zu plafonieren, auf die Budgeterhöhung der Parlamentsdienste zur Schaffung von drei neuen Vollzeitstellen sowie auf Erhöhungen in den Personalbereichen des EDA, des BAG und des BFS zu verzichten, lehnte der Nationalrat ab.
Zu reden gaben schliesslich auch die Bereiche Entwicklungszusammenarbeit und Sicherheit. Während eine Minderheit I Keller (svp, NW) die Ausgaben für multilaterale Entwicklungszusammenarbeit deutlich kürzen wollte, schlug eine Minderheit II Gysi (sp, SG) in diesem Bereich eine Erhöhung des Budgets vor, um erneut auf die in der Botschaft 2017-2020 vereinbarten Ausgaben zu kommen und um im Jahr 2023 eine APD-Quote von 0.5 Prozent des Bruttonationaleinkommens zu erreichen. Finanzminister Maurer wehrte sich gegen eine weitere Kürzung in diesem Bereich – die Schweiz habe hier in den letzten Jahren die grössten Kürzungen vorgenommen, obwohl sie weiterhin ihren Verpflichtungen nachkommen müsse, erklärte er. Kommissionssprecher Gmür betonte hingegen, dass es sich bei der APD-Quote weder um ein finanzpolitisches Steuerungsinstrument, noch um einen Zielwert handle, sondern um einen Richtwert. Mit 140 zu 51 Stimmen und 106 zu 84 Stimmen (1 Enthaltung) sprach sich die grosse Kammer für den Mittelweg, den Mehrheitsantrag, aus und beliess die entsprechenden Ausgaben auf ihrer ursprünglichen Höhe.
Mit 135 zu 54 Stimmen nahm der Nationalrat schliesslich den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020, der verglichen mit dem bundesrätlichen Budgetvorschlag Mehrausgaben von CHF 245 Mio. mit sich bringe, wie die beiden Kommissionssprecher Gmür und Nicolet (svp, VD) erklärten, in der Gesamtabstimmung an. Abgelehnt wurde er einstimmig von der SVP und von Stefania Prezioso Batou (gps, GE). Kaum bis gar nicht umstritten waren der Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020, der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023, der Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie der Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020.

Nach seiner Rückweisung des Bundesgesetzes über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen an die Kommission in der Frühjahrssession 2019 behandelte der Ständerat das entsprechende Gesetz in der Wintersession desselben Jahres erneut. Offen sei nur noch eine – jedoch eine gewichtige – Differenz, betonte Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO). Diesbezüglich habe die Kommissionsmehrheit entschieden, die zuvor vom Ständerat als unklar kritisierte Klausel zum guten Glauben zu präzisieren. So wolle die Kommissionsmehrheit Bussen weiterhin in zwei Ausnahmefällen für abzugsfähig erklären, nämlich wenn der Ordre-public-Vorbehalt verletzt sei oder wenn das Unternehmen glaubhaft darlegen könne, dass es «alles Zumutbare unternommen hat, um sich [nach ausländischem Recht] rechtskonform zu verhalten». Ob dies der Fall gewesen sei, müsse das Unternehmen in einem Steuerverfahren und, wenn die Steuerbehörde dies bestreite, in einem Nachverfahren darlegen. Die Beweislast läge somit beim steuerpflichtigen Unternehmen, sie müsse aber keinen Vollbeweis erbringen; eine Glaubhaftmachung genüge. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) hielt eine Präzisierung des Begriffs für unnötig und beantragte die vorherige Formulierung zur Annahme. Kurz vor der Abstimmung zog Thomas Hefti jedoch seinen Antrag zurück. Die zweite Minderheit Levrat (sp, FR) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf eine Abzugsfähigkeit zu verzichten. Letzterem Antrag pflichtete auch Finanzminister Maurer bei, der auf eine grössere Rechtssicherheit beim bundesrätlichen Vorschlag und auf mögliche Vollzugsprobleme beim Mehrheitsantrag hinwies.
Mit 26 zu 14 Stimmen sprach sich der Ständerat für den Mehrheitsantrag und die neue Formulierung der Kommission aus.

In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.

Rund zwei Monate nachdem das Bundesgericht die Abstimmung über die Initiative der CVP gegen die Heiratsstrafe annulliert hatte, reichten CVP-Präsident Gerhard Pfister (cvp, ZG) im Nationalrat und Pirmin Bischof (cvp, SO) im Ständerat zwei gleichlautende Motionen für eine Neubehandlung der Volksinitiative «für Ehe und Familie – gegen die Heiratsstrafe» im Parlament ein. Darin forderten sie den Bundesrat auf, dem Parlament die Möglichkeit zu geben, sich noch einmal unter Vorlage der korrekten Zahlen eine Meinung zur Initiative bilden zu können, und entsprechend den Bundesbeschluss über die Entscheidung des Parlaments vom Juni 2015 per sofort aufzuheben. Denn nicht nur das Schweizer Volk, auch das Schweizer Parlament habe auf der Basis von falschen Zahlen entschieden. Der Bundesrat solle dem Parlament nun eine neue Botschaft zur Volksinitiative oder eine Zusatzbotschaft zu einem relevanten, im Parlament hängigen Geschäft unterbreiten.
Der Bundesrat erklärte, dass der entsprechende Bundesbeschluss nicht Teil des Bundesgerichtsurteils gewesen und somit weiterhin gültig sei und er – oder auch das Bundesgericht – nicht die Kompetenz hätten, diesen Beschluss zu ändern oder aufzuheben. Durch eine Zusatzbotschaft zum im Parlament hängigen «Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer für eine (ausgewogene Paar- und Familienbesteuerung)» erhalte das Parlament aber die Möglichkeit, das Anliegen der Volksinitiative nochmals inhaltlich zu beraten.
Da er sein Anliegen durch die Zusatzbotschaft erfüllt sah, zog Pirmin Bischof seine Motion Anfang September 2019 zurück. Diskussionslos lehnte der Nationalrat in der Herbstsession 2019 auch die Motion Pfister ab.

In jeweils vier Sitzungen bereinigten National- und Ständerat das Bundesratsgeschäft über die steuerliche Berücksichtigung der Kinderdrittbetreuungskosten. Die beiden Räte konnten sich in der Frage, ob der Kinderabzug bei den direkten Bundessteuern pro minderjährigem oder in schulischer Ausbildung stehendem Kind von CHF 6'500 auf CHF 10'000 erhöht werden soll, bis zum Ende des Differenzbereinigungsverfahrens nicht einigen: Der Nationalrat befürwortete die entsprechende Erhöhung, wobei die Zustimmung zwischen den Behandlungen von 98 zu 90 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auf 126 zu 67 Stimmen (bei 1 Enthaltung) stieg. Die FDP-Liberale-Fraktion hatte dazwischen vom gegnerischen ins Befürworterlager des erhöhten Abzugs gewechselt. Beat Walti (fdp, ZH) erklärte, man könne zu diesem Punkt stehen, da er als Konter gegen einen Abzug von CHF 25'000 für alle Familien ohne Erwerbserfordernis ins Gesetz aufgenommen worden sei. Im Grundsatz sei es auch nicht falsch, die Familien steuerlich zu entlasten. Die SP-, die Grüne und die GLP-Fraktion lehnten die Änderungen bis zum Schluss ab. Sie komme vor allem Familien mit hohen Einkommen zugute, kritisierte zum Beispiel Prisca Birrer-Heimo (sp, LU). Zudem schränke sie den Handlungsspielraum für Massnahmen ein, die wirkungsvoller und effizienter wären, legte Kathrin Bertschy (glp, BE) das Hauptargument für die grünliberale Ablehnung dar.
Diese Argumente dominierten auch das Differenzbereinigungsverfahren im Ständerat. Kurz vor dessen erster Behandlung des Geschäfts hatte die WAK-SR gemäss ihrem Sprecher Pirmin Bischof (cvp, SO) ihre Position geändert: Da das Bundesratsgeschäft zur Abschaffung der Heiratsstrafe kurz zuvor an die Kommission zurückgewiesen worden sei, wodurch man zwar einerseits Geld spare, aber andererseits die Ehepaare vorerst nicht unterstützen könne, wolle man wenigstens die Kinderzulagen erhöhen. Der Ständerat sprach sich jedoch mit 22 zu 21 Stimmen und mit 23 zu 20 Stimmen zweimal für Minderheitsanträge auf Festhalten aus. Die folglich notwendig gewordene Einigungskonferenz empfahl die Position des Nationalrats mit 19 zu 7 Stimmen zur Annahme, eine Minderheit Birrer-Heimo sprach sich für die Abschreibung der gesamten Vorlage in dieser Form aus. Ihr Antrag war jedoch im Nationalrat wie erwartet chancenlos: Mit 124 zu 55 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) stimmte die grosse Kammer der Vorlage erneut zu. Im Ständerat stellte Paul Rechsteiner (sp, SG) einen Ordnungsantrag auf Rückweisung an die Kommission als Alternative zum Abschreibungsantrag. Die Kommission solle die «finanziellen und verteilungspolitischen Folgen auch im Quervergleich der Steuervorlagen unter Einbezug der Kantone» abklären; Finanzminister Maurer versprach eine Auslegeordnung bis zur Wintersession. Der Ständerat lehnte jedoch den Ordnungsantrag mit 23 zu 15 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) ab und stimmte schliesslich dem Antrag der Einigungskonferenz mit 21 zu 20 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) äusserst knapp zu. Somit setzte sich der Nationalrat mit seiner Version durch. Die Schlussabstimmungen waren nur noch Formsache, mit denselben Allianzen wie zuvor nahmen der Nationalrat die Vorlage mit 132 zu 62 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) und der Ständerat mit 25 zu 17 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an. Damit war das Geschäft jedoch noch nicht vom Tisch: SP-Fraktionschef Nordmann (sp, VD) kündigte noch vor der Schlussabstimmung an, dass seine Partei ein weiteres Mal das Referendum «gegen eine verfehlte steuerpolitische Vorlage» ergreifen werde.

Im August 2019 setzte sich die WAK-SR mit dem Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer bezüglich einer ausgewogenen Paar- und Familienbesteuerung auseinander und zeigte sich mit der bundesrätlichen Botschaft mehrheitlich einverstanden: Eintreten war unbestritten und die Kommission nahm die Vorlage mit nur einer Änderung – die Kommission will den Elterntarif nicht abschaffen – mit 8 zu 4 Stimmen (bei 1 Enthaltung) an. Dennoch war die Behandlung der Vorlage keinesfalls so einhellig, wie diese Resultate vermuten lassen: Die Kommission lehnte äusserst knapp, mit 6:6 Stimmen und Stichentscheid des Präsidenten, zwei Rückweisungsanträge an den Bundesrat zur Schaffung von alternativen Besteuerungsmodellen respektive einer zivilstandsneutralen Ausgestaltung des Gesetzes ab. Ähnlich knapp sprach sie sich auch gegen Minderheitsanträge auf die Streichung des Zweiverdienerabzugs, des Einverdienerabzugs sowie des Verheiratetenabzugs aus.

Die entsprechenden Minderheitsanträge versprachen Spannung in die Behandlung durch den Ständerat in der Herbstsession 2019 zu bringen. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) wollte den Bundesrat beauftragen, auf die Individualbesteuerung oder andere alternative Steuermodelle zu setzen, während eine Minderheit Caroni (fdp, AR) auch Paaren im qualifizierten Konkubinat die Möglichkeit geben wollte, die Steuern alternativ berechnen zu lassen. Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) fasste die neuere Vorgeschichte dieses Geschäfts zusammen und verwies darauf, dass diese Vorlage allenfalls als faktischer Gegenvorschlag zur Volksinitiative der CVP, nicht aber als tatsächlicher, indirekter Gegenvorschlag verstanden werden könne. Die Frist für eine allfällige erneute Abstimmung, die der Bundesrat auf den 27. September 2020 gesetzt habe, könne bei einer Verbindung der Initiative mit dieser aktuellen Vorlage und im Falle der Rückweisung Letzterer an den Bundesrat nicht eingehalten werden.
In der Folge legte Thomas Hefti seinen Minderheitsantrag dar. Er erklärte, dass der administrative Mehraufwand durch den sogenannten «Mehrfachtarif mit alternativer Steuerberechnung» vermutlich deutlich grösser sei, als der Bundesrat jetzt anerkenne, und dass die Zuordnung der Einkommen, zum Beispiel bei Ehepartnern mit einem gemeinsamen Geschäft, vermutlich nicht immer so einfach sei. Zudem habe dieser Vorschlag zahlreiche Probleme zur Folge, die ihrerseits neue Lösungen und Probleme nach sich zögen. Dies alles könne umgangen werden, wenn man stattdessen auf die im Kanton Waadt bereits bewährte Individualbesteuerung setze. Andrea Caroni verwies in der Folge und in Bezug zu seinem Minderheitsantrag darauf, dass es eben nicht nur die Heiratsstrafe gebe, sondern diese auf Kantonsebene durch verschiedene Boni aufgehoben würde und es auch einen Heiratsbonus sowie eine Konkubinatsstrafe gebe. Die aktuelle Vorlage wolle nun wieder eine Bevorzugung eines Zivilstandes schaffen – Ehepaare würden neu im schlimmsten Fall gleich behandelt wie Konkubinatspaare, aber allenfalls besser gestellt. Zudem würden diejenigen Instrumente, die zur Milderung der Heiratsstrafe geschaffen worden seien, konkret also der Verheiratetentarif, der Zweiverdienerabzug, und neu auch der Einverdienerabzug, beibehalten und die Verheirateten so sogar noch stärker bevorzugt. «Das wären dann also ein Fünfer, ein Weggli und ungefähr drei Bäckersfrauen dazu», kritisierte er. Man solle es daher den Konkubinatspaaren ermöglichen, dieselben Vorteile zu geniessen wie die Verheirateten.
Die folgenden Wortmeldungen verdeutlichten den Graben im Rat: Unterstützung erhielt der Antrag Hefti von linker Seite; Anita Fetz (sp, BS), Christian Levrat (sp, FR) und Paul Rechsteiner (sp, SG) meldeten sich unterstützend zu Wort. Konrad Graber (cvp, LU) hingegen nannte den Minderheitsantrag Hefti aufgrund seiner Wirkung «ein Spielen auf Zeit», da es im Rat zwei ungefähr gleich starke Lager für die Individualbesteuerung und für ein Splitting gebe, wie es Hans-Rudolf Merz in seiner Zeit als Finanzminister einmal formuliert habe. Eine Rückweisung an den Bundesrat habe folglich eine Verzögerung um zwei bis drei Jahre zur Folge, anschliessend sei man aber noch immer nicht klüger. Deshalb solle man diese mit der Verfassung konforme Vorlage, wie sie heute auf dem Tisch liege, beraten und ihr zustimmen. Mit diesem Fazit zeigten sich Mitglieder der CVP, der SVP und teilweise der FDP sowie Finanzminister Maurer einverstanden.
Nach zahlreichen Hinweisen verschiedener Sprecher darauf, dass dieses Problem seit 35 Jahren auf eine Lösung warte, sprach sich der Rat ohne Gegenantrag für Eintreten aus. Mit 25 zu 18 Stimmen stimmte der Ständerat in der Folge jedoch für den Minderheitsantrag Hefti und somit für eine Rückweisung an den Bundesrat sowie für eine umfassende Neubehandlung durch Letzteren, worauf Andrea Caroni seinen Minderheitsantrag zurückzog.

Der vom Bundesrat im August 2019 präsentierte Voranschlag 2020 mit integriertem Aufgaben- und Finanzplan 2021-2022 stand vor allem im Zeichen der STAF, die im Voranschlagsjahr in Kraft treten wird. So sei die STAF durch die Erhöhung des Kantonsanteils und der Zusatzfinanzierung für die AHV mit Kosten von CHF 1 Mrd. respektive CHF 0.8 Mrd. zu einem grossen Teil für das starke Ausgabenwachstum im Jahr 2020 von 3.8 Prozent verantwortlich. Folglich stiegen auch die Gesamtausgaben für die soziale Wohlfahrt (CHF 1.2 Mrd.) sowie für Steuern (CHF 1.3 Mrd.) insgesamt deutlich an. Weitere Anstiege seien im BIF und im NAF (+ CHF 253 Mio.) und bei der Sicherheit (+ CHF 139 Mio.) zu verzeichnen, während in allen anderen Bereichen insgesamt Einsparungen von CHF 100 Mio. vorgenommen würden. Doch nicht nur bei den Bundesausgaben, auch bei den Einnahmen im Voranschlag 2020 stand die STAF im Mittelpunkt. Neben den steigenden Ausgaben rechnete der Bund nämlich auch mit einem Einnahmenwachstum von 2.1 Prozent, das somit nur leicht unter dem Wachstum des BIP liegen würde (2.3%). Die grössten Wachstumsbeiträge seien aufgrund der STAF bei den direkten Bundessteuern sowie bei den Verrechnungssteuern zu erwarten, erklärte der Bundesrat. In beiden Bereichen hatten die tatsächlichen Einnahmen 2018 die Prognosen deutlich übertroffen, was nun in die Kalkulation des Voranschlags eingeflossen sei. Insgesamt resultiert daraus im Voranschlag ein Überschuss von CHF 0.6 Mrd. oder ein struktureller Überschuss von CHF 0.7 Mrd.
Als weniger rosig prognostizierte der Bundesrat die Finanzlage in den Finanzplanjahren 2022 und 2023. Aufgrund der sinkenden Einnahmen durch die Abschaffung der Heiratsstrafe (- CHF 1.2 Mrd.) sowie die Aufhebung der Industriezölle (- CHF 0.5 Mrd.) sei für diese Jahre ein «kleines strukturelles Defizit» zu erwarten, erklärte er. Zudem stünden weitere Reformvorhaben auf Einnahmeseite, wie die Erhöhung der Steuerabzüge für Kinderdrittbetreuungskosten oder Krankenkassenprämien oder die Abschaffung des Eigenmietwerts, im Raum, die das Defizit allenfalls noch vergrössern würden.

Als Reaktion auf die Aufhebung der Volksabstimmung durch das Bundesgericht und als Ergänzung zur Botschaft vom März 2019 erliess der Bundesrat im August 2019 eine Zusatzbotschaft zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer bezüglich einer ausgewogenen Paar- und Familienbesteuerung. Darin aktualisierte er die Schätzungen bezüglich der von der Heiratsstrafe – also von einer verfassungswidrigen Mehrbelastung – betroffenen Personen und der Auswirkungen der Vorlage. Da die direkte Bundessteuer von den Kantonen erhoben werde, kenne der Bundesrat die tatsächliche Zahl der Betroffenen nicht und müsse diese schätzen, schickte er voraus. Nun stütze er sich auf die neue Schätzung vom Juni 2018, gemäss der 450'000 Zweiverdienerehepaare und 250'000 Rentnerehepaare betroffen seien. Die Reform würde daher – ebenfalls schätzungsweise – Mindereinnahmen von CHF 1.5 Mrd., CHF 1.2 Mrd. beim Bund und CHF 300 Mio. bei den Kantonen, nach sich ziehen. Auch zur Situation von Ehepaaren in den Sozialversicherungen machte er Angaben: Zwar seien diese gegenüber Konkubinatspaaren aufgrund der Plafonierung der AHV-Maximalrente auf 150 Prozent schlechter gestellt, bei den übrigen Leistungen und Beiträgen der AHV seien sie hingegen bevorteilt. Insgesamt ergebe sich daher ein ausgewogenes Bild, weshalb er diesbezüglich keinen Handlungsbedarf sehe, erklärte der Bundesrat weiter.

Stillschweigend stimmten National- und Ständerat in der Sommersession 2019 nach Erscheinen des Berichts zu den Auswirkungen der Robotisierung in der Wirtschaft auf das Steuerwesen und auf die Finanzierung der Sozialversicherungen der Abschreibung des entsprechenden Postulats Schwaab (sp, VD) zu.

Im April 2019 veröffentlichte der Bundesrat die Staatsrechnung 2018. Wie immer seit dem Jahr 2009 schrieb der Bund schwarze Zahlen – im Schnitt beträgt der jährliche Haushaltsüberschuss seit 2009 CHF 2.8 Mrd. Das Finanzierungsergebnis 2018 ergab einen Überschuss in der Höhe von CHF 3.029 Mrd.; prognostiziert worden war ein Überschuss von CHF 295 Mio. Wie bereits im Vorjahr war der hohe Überschuss auf die hohen ordentlichen Einnahmen zurückzuführen; diese übertrafen die veranschlagten Einnahmen um CHF 2.2 Mrd. und kamen insgesamt auf CHF 73.5 Mrd. zu liegen. Auch dieses Jahr wurden vor allem Mehreinnahmen bei der Verrechnungssteuer (+CHF 1.6 Mrd.) und bei der direkten Bundessteuer (+CHF 0.9 Mrd.) verzeichnet. Hinzu kamen ausserordentliche Einnahmen in der Höhe von CHF 90 Mio., die von der Rückzahlung der unrechtmässig erhaltenen Subventionen der Postauto AG stammten. Die ordentlichen Ausgaben beliefen sich auf CHF 70.6 Mrd. und unterschritten den Voranschlag um CHF 450 Mio.; ungefähr CHF 300 Mio. weniger wurden bei der Sicherheit, etwa CHF 400 Mio. weniger bei der sozialen Wohlfahrt ausgegeben. Einige Bereiche verzeichneten jedoch auch höhere Ausgaben als geplant.
Erstmals seit 1997 fielen die Bruttoschulden unter CHF 100 Mrd.; sie wurden um CHF 5.8 Mrd. auf CHF 99.4 Mrd. reduziert. Die Erfolgsrechnung schloss mit einem Ertragsüberschuss von CHF 5.7 Mrd., die Investitionsrechnung mit einem Minus von CHF 9.7 Mrd. Begründet wurde Letzteres durch den Ausgabenanstieg um 30.1 Prozent auf Ausgaben in der Höhe von 10.9 Mrd., die der Bundesrat insbesondere durch die erstmaligen Einlagen im Netzzuschlagsfonds (CHF 1.3 Mrd) und im Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds (CHF 1.1 Mrd.) erklärte. Im Rahmen der Staatsrechnung 2018 publizierte der Bundesrat auch die im letzten Jahr geforderten Korrekturen an der Staatsrechnung 2017.
Die Medien schwankten in ihrer Beurteilung des Ergebnisses wie schon im Jahr zuvor zwischen Freude über den Überschuss und Kritik an der Differenz zum Voranschlag. Der Tagesanzeiger sprach von einem «Rekordergebnis» und zitierte Philipp Müller (fdp, AG), der die Überschüsse als «Konjunkturpuffer» befürwortete. Er liess aber auch Erich Ettlin (cvp, OW) und Mattea Meyer (sp, ZH) mit eher bis sehr kritischen Stimmen zu Wort kommen. Letztere vermutete eine Systematik hinter den pessimistischen Schätzungen und kritisierte insbesondere die Schuldenbremse.

Kaum zu Diskussion, jedoch zu ausführlichen Berichten der Kommissionssprecherinnen und -sprecher kam es im Ständerat, der die Staatsrechnung, die Rechnung des Bahninfrastrukturfonds sowie die Rechnung des Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2018 in der Sommersession 2019 einstimmig annahm. Im Nationalrat wurde zwar etwas länger über die Staatsrechnung diskutiert – einmal mehr warnten die Bürgerlichen, darunter auch Finanzminister Maurer, vor kritischeren Aussichten für die Zukunft und mahnten folglich zu Sparsamkeit, während die Linken eben genau dieses Vorgehen des Mahnens, Sparens und Überschüsse-Schreibens kritisierten. Dennoch nahm auch der Nationalrat alle drei Rechnungen einstimmig an.

Die aufgrund des Auslaufens der Möglichkeit zur Selbstanzeige obsolet gewordenen Gesetzesartikel zur straflosen Selbstanzeige im DBG und im StHG seien abzuschaffen, verlangte Margret Kiener Nellen (sp, BE) mit einer parlamentarischen Initiative. Damit würde auch die Ungerechtigkeit gegenüber den ehrlichen Steuerzahlenden aufgehoben, die durch Steueramnestien schlechter «wegkämen» als unehrliche Bürgerinnen und Bürger, erklärte sie. Diese Meinung teilte eine Mehrheit der WAK-NR nicht und empfahl mit 19 zu 5 Stimmen, der Initiative keine Folge zu geben. Zwar seien die Regelungen für Personen mit Schwarzgeldkonten im Ausland aufgrund des AIA nicht mehr nötig, sie seien jedoch «durchaus zweckdienlich» bei Personen, die Schwarzgeld auf Schweizer Konten besitzen, erklärte die Kommissionsmehrheit. Dadurch könne Steuersubstrat zurückgewonnen werden, das sonst nicht abgeliefert würde. Zudem müssten die Steuerpflichtigen Nachsteuern und Verzugszinsen für die letzten 10 Jahre bezahlen, betonte die Kommissionsmehrheit.
In der Sommersession 2019 behandelte der Nationalrat die Initiative. Für die Kommission erläuterte Daniela Schneeberger (fdp, BL) die bisherige Praxis: Seit Anfang 2010 könnten sich juristische oder natürliche Personen wegen Steuerhinterziehung und zum Zweck der Steuerhinterziehung begangenen Delikten selbst anzeigen und würden für diese nicht verfolgt. Hingegen würden Nachsteuern inklusive Verzugszinsen für die letzten zehn Jahre fällig. Sie betonte, dass aufgrund dieser Nachsteuern und Verzugszinsen durch die Selbstanzeige «keinerlei Besserstellung gegenüber den übrigen Steuerpflichtigen» erfolge. Es ginge dabei insbesondere um Personen, die etwas vergessen hätten zu deklarieren, oder um Konten, die bei Erbfällen aufgetaucht seien, nicht um «Schwerverbrecher». Mit 118 zu 51 Stimmen lehnte der Nationalrat die parlamentarische Initiative gegen den Willen der geschlossen stimmenden Grünen- und SP-Fraktionen sowie der EVP-Vertretenden ab.