Als Zweitrat diskutierte der Ständerat in der Wintersession 2023 den Entwurf für einen zwingenden Einbezug der Finanzkommissionen bei Vorlagen mit erheblichen finanziellen Auswirkungen sowie für eine Änderung der Behandlung des Bundesbeschlusses über die Planungsgrössen des Voranschlags. Die Kommissionssprecherin Johanna Gapany (fdp, FR) empfahl dem Rat, im ersten Teilprojekt zu den Planungsgrössen den Änderungen des Nationalrats zu folgen, was der Ständerat auch stillschweigend tat. Im zweiten Teilprojekt zur Einbeziehung der Finanzkommission empfahl sie ebenfalls dem Nationalrat zu folgen und somit der Streichung der Kompetenzerweiterungen für die Finanzkommission zuzustimmen. Der Ständerat folgte der Empfehlung der Kommissionssprecherin auch hier stillschweigend. Uneinigkeit herrschte jedoch bezüglich des Verfahrens bei Erlassentwürfen von Kommissionen, wobei die FK-SR vorschlug, dem Nationalrat zu folgen, welcher vorsah, die Finanzkommission bei Erlassentwürfen der Kommissionen mit erheblichen finanziellen Auswirkungen stärker einzubeziehen und zeitgleich mit dem Bundesrat zur Stellungnahme einzuladen. Ein Gegenantrag der SPK-SR beantragte hingegen, bei geltendem Recht zu bleiben und den stärkeren Einbezug der Finanzkommission nicht gesetzlich zu verankern. Daniel Fässler (mitte, AI) begründete den Antrag der SPK-SR damit, dass Finanzkommissionen bereits heute das Recht hätten, Mitberichte zu erlassen, und die finanzpolitische Bewertung nicht nur Aufgabe der Finanzkommissionen, sondern auch der Sachbereichskommissionen sei. Ausserdem seien im Ständerat alle Mitglieder der Finanzkommissionen ebenfalls in Sachbereichskommissionen vertreten, womit die finanzpolitische Kompetenz in den Sachbereichskommissionen bereits sichergestellt sei. Peter Hegglin (mitte, ZG) hingegen argumentierte für die Finanzkommission, dass es im Nationalrat selten bis nie vorkomme, dass ein Mitglied sowohl in einer Sachbereichskommission als auch in der Finanzkommission vertreten sei. Daher könne es passieren, dass Vorlagen mit erheblichen finanziellen Auswirkungen, die in Sachbereichskommissionen vorbereitet werden, der Finanzkommission nicht zur Kenntnis gebracht würden. Der Antrag der SPK-SR wurde schliesslich mit 20 zu 17 Stimmen gegenüber dem Antrag der Finanzkommission, dem Nationalrat zu folgen, angenommen. In der Gesamtabstimmung sprach sich der Ständerat mit 36 zu 1 Stimmen deutlich für den veränderten Entwurf aus, womit das Geschäft zurück an den Nationalrat ging.

Ende September 2021 und somit knapp einen Monat nach Präsentation des Voranschlags 2022 gab der Bundesrat eine erste Nachmeldung zum Voranschlag 2022 in der Höhe von CHF 1.6 Mrd. bekannt. CHF 1.5 Mrd. davon sollten für Kosten für Coronatests anfallen und ausserordentlich verbucht werden. CHF 46 Mio. fielen neu beim BAG für die Weiterführung der Krisenorganisation und für die Überwachung von Virus-Varianten, CHF 17 Mio. für ein Recovery-Programm des Schweizer Tourismus an. Damit wurden die Corona-bedingten Kosten für das Jahr 2022 mehr als verdoppelt (Voranschlag: CHF 1.2 Mrd.). Zusätzlich zu den Corona-bedingten Krediten beantragte der Bundesrat CHF 25 Mio. für die Umsetzung der Motion Fässler (mitte, AI; Mo. 20.3745) zur nachhaltigen Pflege des Waldes – hierfür war bereits im Nachtrag IIa des Voranschlags 2021 ein Kredit bewilligt worden. Damit verwandelte sich der Überschuss des Voranschlags in ein Finanzierungsdefizit von CHF 950 Mio., wobei die Schuldenbremse dennoch eingehalten werden könne, wie der Bundesrat betonte.
Im Oktober 2021 erhöhte der Bundesrat die benötigten Corona-bedingten Kredite zusammen mit der vierten Änderung des Covid-19-Gesetzes – dem Entwurf für die Verlängerung einiger Massnahmen des Gesetzes – erneut: Durch die Verlängerung würden neu zusätzlich CHF 490 Mio. für den Corona-Erwerbsersatz sowie CHF 134 Mio. für die Bundesfinanzierung der Covid-Tests anfallen, die ausserordentlich verbucht würden. Ordentlich verbucht werden sollten hingegen die Weiterführung der Unterstützungsmassnahmen für die Kultur (CHF 130 Mio.) und für den Sport (CHF 100 Mio.), die Bundesfinanzierung für neue ambulante Therapien (CHF 50 Mio.) und ein zusätzlicher Funktionsaufwand des BAG (CHF 10.8 Mio.). Insgesamt sollten mit der zweiten Nachmeldung somit CHF 915 Mio. zum bisherigen Budget hinzukommen.
In einer dritten Nachmeldung Anfang November 2021 veranschlagte der Bundesrat schliesslich die Kosten eines erneuten Unterstützungspakets für den öffentlichen Verkehr in der Höhe von CHF 215 Mio. – die entsprechenden Kosten für den Güterverkehr hatte er bereits im Nachtrag II nachgefordert.

Geradezu bescheiden wirkte der Nachtrag IIa zum Voranschlag 2021 im Vergleich zu den bisherigen Nachtragskrediten der Jahre 2020 und 2021 in Milliardenhöhe: 9 Nachtragskredite in der Höhe von insgesamt CHF 411.3 Mio. beantragte der Bundesrat dem Parlament Ende August 2021.
CHF 233.1 Mio. sollten in den Bahninfrastrukturfonds (BIF) einbezahlt werden, weil die Ausbauschritte 2025 und NEAT früher realisiert werden konnten und die Kosten daher früher anfielen. Zudem sollten damit Corona-bedingte Betriebsabgeltungen vorgenommen werden. Auch weitere Nachtragskredite ohne Corona-Bezug lagen vor: CHF 5.8 Mio. beantragte der Bundesrat zur Vergleichszahlung an den Flughafen Dübendorf für die Auflösung des Vertrags bezüglich Umnutzung in ein ziviles Flugfeld, CHF 800'000 für auf der Änderung des Jagdgesetzes beruhende Massnahmen zum Herdenschutz, CHF 25 Mio. sowie einen Verpflichtungskredit über CHF 100 Mio. zur Umsetzung der Motion Fässler (mitte, AI; Mo. 20.3745) zur Pflege des Waldes.
Zudem sah die Regierung weitere CHF 164 Mio. für Corona-Massnahmen vor, nämlich für einen grösseren Funktionsaufwand des BAG (CHF 37 Mio.) und des BFS (CHF 7 Mio.) für Informatiklösungen, für Mehrkosten bei den Bundesasylzentren durch Abstands- und Hygienevorschriften (CHF 12 Mio.) sowie für die Überwachung von neuen Virusvarianten (CHF 5 Mio.). Damit stiegen die beantragten Corona-bedingten Kredite für das Jahr 2021 auf CHF 24.46 Mrd.
Schliesslich zeichnete sich ein Ertragsverlust gegenüber dem Voranschlag 2021 bei den Negativzinsen ab (CHF 85 Mio.): Weil der Bund einen tieferen kurzfristigen Finanzierungsbedarf hatte als erwartet und somit tiefere offene Geldmarkt-Buchforderungen verzeichnete, verringerte sich die Aufwandminderung durch die Negativzinsen. Somit stiegen also die Ausgaben des Bundes, weil er weniger Geld ausgeliehen hatte – diese zusätzlichen Ausgaben beantragte er nun per Nachtragskredit.