In der Wintersession 2020 behandelten National- und Ständerat nach dem Nachtrag I, dem Nachtrag IIa und dem Nachtrag IIb schliesslich den zweiten ordentlichen Nachtrag zum Voranschlag 2020. Dabei ging es um ordentlich verbuchte nachträgliche Kosten des Jahres 2020, nicht um die bereits im Nachtrag IIa und IIb abgesegneten ausserordentlichen Corona-bedingten Kosten. Insgesamt lagen zehn Nachtragskredite über CHF 98.2 Mio. vor, wobei 80 Prozent des gesamten beantragten Nachtragskredits auf die Bundesbeiträge an die Ergänzungsleistungen zur AHV (CHF 53 Mio.) und zur IV (CHF 25 Mio.) entfielen. Die Kosten der Ergänzungsleistungen seien in den Kantonen höher ausgefallen als geplant, weshalb auch die diesbezüglichen Kosten für den Bund gestiegen seien, wie Finanzminister Maurer erklärte. Er sah dies als erstes Anzeichen dafür, dass sich die Situation bei den Ergänzungsleistungen verschärfen könnte und Kantone und Gemeinden hier Probleme bekommen könnten. Keiner der Nachträge war umstritten, die FK-NR und die FK-SR hatten sie zuvor einstimmig angenommen – sie fielen denn ob den bereits genehmigten Budgetnachträgen 2020 in der Höhe von CHF 31.9 Mrd. auch kaum ins Gewicht. Zudem konnte die Schuldenbremse 2020 bei einem erlaubten Defizit von CHF 3.4 Mrd. problemlos eingehalten werden, da ein Grossteil der Corona-bedingten Kosten als ausserordentliche Ausgaben verbucht worden waren und somit die Schuldenbremse nicht belasteten. Einstimmig lösten Nationalrat und Ständerat die dafür nötige Ausgabenbremse und nahmen den Bundesbeschluss über den Nachtrag II zum Voranschlag 2020 an (Nationalrat: 183 zu 0 Stimmen; Ständerat: 39 zu 0 Stimmen).

Zwei Wochen, nachdem das Parlament den ausserordentlichen Nachtrag IIb verabschiedet hatte, reichte der Bundesrat im September 2020 den ordentlichen Nachtrag II zum Voranschlag 2020 nach. Dieser beinhaltete zehn Nachtragskredite über CHF 98.2 Mio. und betraf insbesondere die Bundesbeiträge an die Ergänzungsleistungen zur AHV (CHF 53 Mio.) und zur IV (CHF 25 Mio.). So nähmen die Bezüge von Ergänzungsleistungen in den Kantonen im Jahr 2020 voraussichtlich stärker zu als erwartet, wodurch auch die Ausgaben des Bundes, der 5/8 der Kosten übernimmt, anstiegen. Weitere Kreditposten betrafen die Frontex (CHF 7.1 Mio.), deren Budget voraussichtlich erhöht werde; die Hochseeschifffahrt (CHF 4 Mio.), bei der eine weitere Bürgschaft gezogen worden sei; die Zollverwaltung (CHF 3 Mio.), die aufgrund eines Bundesgerichtsentscheids zur Besteuerung von Cannabisblüten die Erträge sowie Zinsen aus der Tabaksteuer zurückerstatten muss.
Neben diesen Nachtragskrediten beantragte der Bundesrat auch einen Verpflichtungskredit für die Beschaffung von Arzneimitteln (CHF 30 Mio.). Da der Bund diese nicht mehr direkt beschaffe, sondern den Lieferfirmen eine Abnahmegarantie gebe, entstünden mehrjährige Verpflichtungen, erklärte der Bundesrat. Weiter wollte er eine Kreditverschiebung von der Armeeapotheke für die Beschaffung von Sanitätsmaterial hin zur Finanzierung der Covid-Testkosten vornehmen. Statt der 8000 Tests täglich, die im Rahmen des Nachtrags IIb finanziert worden waren, führe der Bund derzeit 12'000 Tests täglich durch. Obwohl er die Testkosten gesenkt habe, entstünde dadurch noch immer ein Finanzbedarf. CHF 15.6 Mio. aus nicht ausgeschöpften Voranschlagskrediten 2019 sollten schliesslich in verschiedenen Bundesämtern zur Bildung von zweckgebundenen Reserven eingesetzt werden, wozu aufgrund der verspäteten Behandlung der Staatsrechnung 2019 eine Kreditübertragung nötig wurde.

Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Kaum Diskussionen lösten die drei Bundesbeschlüsse im Rahmen des Nachtrags II zum Voranschlag 2018 aus. Diskussionslos bewilligten National- und Ständerat in der Wintersession 2018 die 14 finanzierungswirksamen Kreditnachträge über insgesamt CHF 47.5 Mio., von denen die grössten Anteile auf den Bundesbeitrag an die Ergänzungsleistungen zur IV (CHF 15 Mio.) sowie auf die Revitalisierung von Gewässern (CHF 10.9 Mio.) entfielen. Somit liegen die gesamten Nachtragskredite 2018 mit CHF 87.3 Mio. deutlich unter dem Durchschnitt der Jahre 2011 bis 2017 von CHF 407 Mio. Bei einem voraussichtlichen strukturellen Überschuss von CHF 2.2 Mrd. werden die Vorgaben der Schuldenbremse überdies eingehalten. Auch der haushaltsneutralen Entnahme von CHF 9 Mio. aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds (NAF), die durch einen Mehrbedarf beim Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen notwendig geworden war, stimmten die beiden Räte zu. Schliesslich genehmigten sie auch eine Anpassung der Regelungen zur Kreditverschiebung im Programm GENOVA zur Einführung eines standardisierten GEVER-Produkts. Bereits im ersten Voranschlag 2018 waren hier Verschiebungen nötig geworden und da das Produkt ab dem 1. Quartal 2019 in verschiedenen Departementen eingeführt werden sollte, sollte diesbezüglich eine grössere finanzielle Flexibilität geschaffen werden.

In der Frühjahrssession 2017 gab es bezüglich des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 noch vier Differenzen zu klären. Eine erste bereinigte der Nationalrat, indem er dem Minderheitsantrag Maire (sp, NE) folgte und auf die zusätzliche Kürzung der Beiträge an die Regionalpolitik um CHF 10 Mio. verzichtete. Maire hatte den Nationalrat zuvor aufgefordert, sich mit den wirtschaftlich weniger privilegierten Regionen solidarisch zu zeigen und diese Beiträge nicht zu kürzen. Die neue Regionalpolitik sei für diese Regionen sehr wichtig, da sie ihnen zum Beispiel erlaube, ihre Industrie mithilfe von Innovationsprojekten zu diversifizieren oder die Attraktivität ihrer Region durch Tourismusprojekte zu steigern. Demgegenüber übte zum Beispiel Albert Vitali (fdp, LU) allgemeine Kritik an der Regionalpolitik, da diese – als Anschubfinanzierung für Projekte gedacht – zunehmend zu deren Dauerfinanzierung verwendet würde. Entsprechend sei eine grundsätzliche Überarbeitung notwendig, welche man über die Finanzen steuern könne. Bundesrat Maurer entgegnete, dass es beim Stabilisierungsprogramm lediglich um die Speisung des Fonds und nicht um die Ausgestaltung der Regionalpolitik gehe. Der Fonds sei zwar gut bestückt und würde eine Reduktion verkraften, da es hier jedoch um einen vergleichsweise geringen Betrag gehe, wäre die geplante zusätzliche Reduktion ein unnötiges negatives Signal an die Randregionen. Mit 96 zu 93 Stimmen bei 3 Enthaltungen pflichtete der Nationalrat der Minderheit Maire knapp bei und lehnte die zusätzliche Reduktion ab.

Eine weitere Differenz bereinigte der Ständerat in der nächsten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens. Die FK-SR hatte beantragt, dem Nationalrat bei den Sparanstrengungen im Eigenbereich entgegenzukommen, nachdem noch einmal klar gestellt worden war, dass die Zollstellen in Bargen, Ponte Tresa, Thônex-Vallard, St. Gallen und Buchs erhalten bleiben würden. Zudem hatte der Bundesrat am 22. Februar 2017 seinerseits für den Voranschlag 2018 Einsparungen im Eigenbereich von CHF 150 Mio. beschlossen – bat das Parlament bei dieser Gelegenheit jedoch darum, ihm die Freiheit zu geben, selbst zu entscheiden, wo diese Sparmassnahmen am ehesten möglich sind. Der Ständerat stimmte in der Folge dem Nationalrat in diesem Punkt mit 33 zu 9 Stimmen zu.

Da der Nationalrat in der letzten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens die verbliebenen zwei Differenzen nicht klären konnte, musste eine Einigungskonferenz einberufen werden. Offen geblieben waren die zwei Differenzen, von denen der Ständerat in den vorangegangenen Beratungen befürchtet hatte, dass sich die Sparanstrengungen des Bundes negativ auf die Kantonsfinanzen auswirken könnten. So wollten Bundesrat und Nationalrat Integrationsbeiträge an die Kantone in der Höhe von CHF 23,3 Mio. streichen, die – so die Befürchtung einer Mehrheit des Ständerats – stattdessen durch die Kantone hätten aufgebracht werden müssen. Bundesrat Maurer betonte im Rahmen der Parlamentsdebatte jedoch, dass es sich dabei weniger um eine Ausgabenreduktion als um eine Ausgabenverschiebung handle. So schaffe der Bundesrat zwar Unterstützungsmassnahmen mit schlechtem Kosten-Nutzen-Verhältnis ab, erarbeite gleichzeitig aber auch neue, effizientere Projekte. Diese zielten insbesondere auf eine bessere Integration der neu angekommenen Asylbewerber durch Sprachkurse und eine Integrationsvorlehre ab. Auch die Reduktion des Bundesbeitrags an die Prämienverbilligung von 7,5 auf 7,3 Prozent sei gemäss Bundesrat Maurer keine Lastenverschiebung hin zu den Kantonen, da der Beitrag erst nach Annahme der Änderung des Ergänzungsleistungsgesetzes reduziert werden würde. Diese Änderung würde es den Kantonen erlauben, die dort eingesparten Gelder für die Prämienverbilligung einzusetzen. Als Kompromiss beschloss die Einigungskonferenz, dem Nationalrat bezüglich der Kürzung der Integrationskosten und dem Ständerat bezüglich den Kürzungen der Beiträge an die Prämienverbilligung zu folgen. Entsprechend werden einige bisherige Integrationsprogramme durch neue, effizientere Programme ersetzt. Gleichzeitig wird bezüglich des Bundesanteils an die Prämienverbilligung das Ergebnis der Ergänzungsleistungsreform abgewartet, in deren Rahmen diese Problematik nochmals besprochen werden soll. Die Einigungskonferenz nahm diesen Vorschlag mit 25 zu 1 Stimme an und die beiden Parlamentskammern folgten ihrem Votum: In der Schlussabstimmung sprachen sich der Ständerat mit 36 zu 8 Stimmen bei 1 Enthaltung und der Nationalrat mit 139 zu 55 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die finale Version des Stabilisierungsprogrammes aus.