Kaum Diskussionen lösten die drei Bundesbeschlüsse im Rahmen des Nachtrags II zum Voranschlag 2018 aus. Diskussionslos bewilligten National- und Ständerat in der Wintersession 2018 die 14 finanzierungswirksamen Kreditnachträge über insgesamt CHF 47.5 Mio., von denen die grössten Anteile auf den Bundesbeitrag an die Ergänzungsleistungen zur IV (CHF 15 Mio.) sowie auf die Revitalisierung von Gewässern (CHF 10.9 Mio.) entfielen. Somit liegen die gesamten Nachtragskredite 2018 mit CHF 87.3 Mio. deutlich unter dem Durchschnitt der Jahre 2011 bis 2017 von CHF 407 Mio. Bei einem voraussichtlichen strukturellen Überschuss von CHF 2.2 Mrd. werden die Vorgaben der Schuldenbremse überdies eingehalten. Auch der haushaltsneutralen Entnahme von CHF 9 Mio. aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds (NAF), die durch einen Mehrbedarf beim Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen notwendig geworden war, stimmten die beiden Räte zu. Schliesslich genehmigten sie auch eine Anpassung der Regelungen zur Kreditverschiebung im Programm GENOVA zur Einführung eines standardisierten GEVER-Produkts. Bereits im ersten Voranschlag 2018 waren hier Verschiebungen nötig geworden und da das Produkt ab dem 1. Quartal 2019 in verschiedenen Departementen eingeführt werden sollte, sollte diesbezüglich eine grössere finanzielle Flexibilität geschaffen werden.

In der Frühjahrssession 2017 gab es bezüglich des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 noch vier Differenzen zu klären. Eine erste bereinigte der Nationalrat, indem er dem Minderheitsantrag Maire (sp, NE) folgte und auf die zusätzliche Kürzung der Beiträge an die Regionalpolitik um CHF 10 Mio. verzichtete. Maire hatte den Nationalrat zuvor aufgefordert, sich mit den wirtschaftlich weniger privilegierten Regionen solidarisch zu zeigen und diese Beiträge nicht zu kürzen. Die neue Regionalpolitik sei für diese Regionen sehr wichtig, da sie ihnen zum Beispiel erlaube, ihre Industrie mithilfe von Innovationsprojekten zu diversifizieren oder die Attraktivität ihrer Region durch Tourismusprojekte zu steigern. Demgegenüber übte zum Beispiel Albert Vitali (fdp, LU) allgemeine Kritik an der Regionalpolitik, da diese – als Anschubfinanzierung für Projekte gedacht – zunehmend zu deren Dauerfinanzierung verwendet würde. Entsprechend sei eine grundsätzliche Überarbeitung notwendig, welche man über die Finanzen steuern könne. Bundesrat Maurer entgegnete, dass es beim Stabilisierungsprogramm lediglich um die Speisung des Fonds und nicht um die Ausgestaltung der Regionalpolitik gehe. Der Fonds sei zwar gut bestückt und würde eine Reduktion verkraften, da es hier jedoch um einen vergleichsweise geringen Betrag gehe, wäre die geplante zusätzliche Reduktion ein unnötiges negatives Signal an die Randregionen. Mit 96 zu 93 Stimmen bei 3 Enthaltungen pflichtete der Nationalrat der Minderheit Maire knapp bei und lehnte die zusätzliche Reduktion ab.

Eine weitere Differenz bereinigte der Ständerat in der nächsten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens. Die FK-SR hatte beantragt, dem Nationalrat bei den Sparanstrengungen im Eigenbereich entgegenzukommen, nachdem noch einmal klar gestellt worden war, dass die Zollstellen in Bargen, Ponte Tresa, Thônex-Vallard, St. Gallen und Buchs erhalten bleiben würden. Zudem hatte der Bundesrat am 22. Februar 2017 seinerseits für den Voranschlag 2018 Einsparungen im Eigenbereich von CHF 150 Mio. beschlossen – bat das Parlament bei dieser Gelegenheit jedoch darum, ihm die Freiheit zu geben, selbst zu entscheiden, wo diese Sparmassnahmen am ehesten möglich sind. Der Ständerat stimmte in der Folge dem Nationalrat in diesem Punkt mit 33 zu 9 Stimmen zu.

Da der Nationalrat in der letzten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens die verbliebenen zwei Differenzen nicht klären konnte, musste eine Einigungskonferenz einberufen werden. Offen geblieben waren die zwei Differenzen, von denen der Ständerat in den vorangegangenen Beratungen befürchtet hatte, dass sich die Sparanstrengungen des Bundes negativ auf die Kantonsfinanzen auswirken könnten. So wollten Bundesrat und Nationalrat Integrationsbeiträge an die Kantone in der Höhe von CHF 23,3 Mio. streichen, die – so die Befürchtung einer Mehrheit des Ständerats – stattdessen durch die Kantone hätten aufgebracht werden müssen. Bundesrat Maurer betonte im Rahmen der Parlamentsdebatte jedoch, dass es sich dabei weniger um eine Ausgabenreduktion als um eine Ausgabenverschiebung handle. So schaffe der Bundesrat zwar Unterstützungsmassnahmen mit schlechtem Kosten-Nutzen-Verhältnis ab, erarbeite gleichzeitig aber auch neue, effizientere Projekte. Diese zielten insbesondere auf eine bessere Integration der neu angekommenen Asylbewerber durch Sprachkurse und eine Integrationsvorlehre ab. Auch die Reduktion des Bundesbeitrags an die Prämienverbilligung von 7,5 auf 7,3 Prozent sei gemäss Bundesrat Maurer keine Lastenverschiebung hin zu den Kantonen, da der Beitrag erst nach Annahme der Änderung des Ergänzungsleistungsgesetzes reduziert werden würde. Diese Änderung würde es den Kantonen erlauben, die dort eingesparten Gelder für die Prämienverbilligung einzusetzen. Als Kompromiss beschloss die Einigungskonferenz, dem Nationalrat bezüglich der Kürzung der Integrationskosten und dem Ständerat bezüglich den Kürzungen der Beiträge an die Prämienverbilligung zu folgen. Entsprechend werden einige bisherige Integrationsprogramme durch neue, effizientere Programme ersetzt. Gleichzeitig wird bezüglich des Bundesanteils an die Prämienverbilligung das Ergebnis der Ergänzungsleistungsreform abgewartet, in deren Rahmen diese Problematik nochmals besprochen werden soll. Die Einigungskonferenz nahm diesen Vorschlag mit 25 zu 1 Stimme an und die beiden Parlamentskammern folgten ihrem Votum: In der Schlussabstimmung sprachen sich der Ständerat mit 36 zu 8 Stimmen bei 1 Enthaltung und der Nationalrat mit 139 zu 55 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die finale Version des Stabilisierungsprogrammes aus.