In der Wintersession 2020 behandelten National- und Ständerat nach dem Nachtrag I, dem Nachtrag IIa und dem Nachtrag IIb schliesslich den zweiten ordentlichen Nachtrag zum Voranschlag 2020. Dabei ging es um ordentlich verbuchte nachträgliche Kosten des Jahres 2020, nicht um die bereits im Nachtrag IIa und IIb abgesegneten ausserordentlichen Corona-bedingten Kosten. Insgesamt lagen zehn Nachtragskredite über CHF 98.2 Mio. vor, wobei 80 Prozent des gesamten beantragten Nachtragskredits auf die Bundesbeiträge an die Ergänzungsleistungen zur AHV (CHF 53 Mio.) und zur IV (CHF 25 Mio.) entfielen. Die Kosten der Ergänzungsleistungen seien in den Kantonen höher ausgefallen als geplant, weshalb auch die diesbezüglichen Kosten für den Bund gestiegen seien, wie Finanzminister Maurer erklärte. Er sah dies als erstes Anzeichen dafür, dass sich die Situation bei den Ergänzungsleistungen verschärfen könnte und Kantone und Gemeinden hier Probleme bekommen könnten. Keiner der Nachträge war umstritten, die FK-NR und die FK-SR hatten sie zuvor einstimmig angenommen – sie fielen denn ob den bereits genehmigten Budgetnachträgen 2020 in der Höhe von CHF 31.9 Mrd. auch kaum ins Gewicht. Zudem konnte die Schuldenbremse 2020 bei einem erlaubten Defizit von CHF 3.4 Mrd. problemlos eingehalten werden, da ein Grossteil der Corona-bedingten Kosten als ausserordentliche Ausgaben verbucht worden waren und somit die Schuldenbremse nicht belasteten. Einstimmig lösten Nationalrat und Ständerat die dafür nötige Ausgabenbremse und nahmen den Bundesbeschluss über den Nachtrag II zum Voranschlag 2020 an (Nationalrat: 183 zu 0 Stimmen; Ständerat: 39 zu 0 Stimmen).

Zwei Wochen, nachdem das Parlament den ausserordentlichen Nachtrag IIb verabschiedet hatte, reichte der Bundesrat im September 2020 den ordentlichen Nachtrag II zum Voranschlag 2020 nach. Dieser beinhaltete zehn Nachtragskredite über CHF 98.2 Mio. und betraf insbesondere die Bundesbeiträge an die Ergänzungsleistungen zur AHV (CHF 53 Mio.) und zur IV (CHF 25 Mio.). So nähmen die Bezüge von Ergänzungsleistungen in den Kantonen im Jahr 2020 voraussichtlich stärker zu als erwartet, wodurch auch die Ausgaben des Bundes, der 5/8 der Kosten übernimmt, anstiegen. Weitere Kreditposten betrafen die Frontex (CHF 7.1 Mio.), deren Budget voraussichtlich erhöht werde; die Hochseeschifffahrt (CHF 4 Mio.), bei der eine weitere Bürgschaft gezogen worden sei; die Zollverwaltung (CHF 3 Mio.), die aufgrund eines Bundesgerichtsentscheids zur Besteuerung von Cannabisblüten die Erträge sowie Zinsen aus der Tabaksteuer zurückerstatten muss.
Neben diesen Nachtragskrediten beantragte der Bundesrat auch einen Verpflichtungskredit für die Beschaffung von Arzneimitteln (CHF 30 Mio.). Da der Bund diese nicht mehr direkt beschaffe, sondern den Lieferfirmen eine Abnahmegarantie gebe, entstünden mehrjährige Verpflichtungen, erklärte der Bundesrat. Weiter wollte er eine Kreditverschiebung von der Armeeapotheke für die Beschaffung von Sanitätsmaterial hin zur Finanzierung der Covid-Testkosten vornehmen. Statt der 8000 Tests täglich, die im Rahmen des Nachtrags IIb finanziert worden waren, führe der Bund derzeit 12'000 Tests täglich durch. Obwohl er die Testkosten gesenkt habe, entstünde dadurch noch immer ein Finanzbedarf. CHF 15.6 Mio. aus nicht ausgeschöpften Voranschlagskrediten 2019 sollten schliesslich in verschiedenen Bundesämtern zur Bildung von zweckgebundenen Reserven eingesetzt werden, wozu aufgrund der verspäteten Behandlung der Staatsrechnung 2019 eine Kreditübertragung nötig wurde.