Nachdem der Ständerat seine Debatte des Voranschlags 2018 nach vier Stunden beendet hatte, machte sich tags darauf der Nationalrat zu einer schliesslich fast zwölfstündigen Debatte inklusive Nachtsitzung auf, in deren Rahmen er über 80 Minderheitsanträge behandelte. Dies hatte bereits im Vorfeld zu Kommentaren geführt. Finanzminister Maurer hatte den Parlamentarierinnen und Parlamentariern in Bezug auf die Budgetdebatte geraten, ihren Schlafsack einzupacken, Ständerat Comte (fdp, NE) verstand den „Basar“ und die „Quasi-Hysterie“ im Nationalrat als Anzeichen für dessen fehlenden Willen zur Kompromisssuche.
Die grosse Kammer hatte zuerst einen Rückweisungsantrag Meyer (sp, ZH) zu behandeln, gemäss dem der Bundesrat beauftragt werden sollte, den K-Faktor, den Konjunkturfaktor, den wirtschaftlichen Prognosen anzupassen und nach oben zu korrigieren, bei den Teuerungskürzungen die bereits im Rahmen des Stabilisierungsprogramms erfolgte Teuerungskorrektur von 0.7 Prozent in Betracht zu ziehen sowie auf die Kürzungen im Eigenbereich und bei den gezielten Massnahmen zu verzichten. Der K-Faktor erlaube es dem Bund, antizyklisch zu handeln, somit sollen in konjunkturell schlechteren Situationen die Einnahmen auch einmal die Ausgaben übersteigen dürfen. Unter Berücksichtigung des höheren K-Faktors für das Jahr 2018 sei es somit möglich, auf Kürzungen zu verzichten. Mit 134 zu 52 Stimmen (bei einer Enthaltung) sprach sich der Nationalrat jedoch gegen den Widerstand der SP- und der Grünen-Fraktion deutlich gegen eine Rückweisung des Budgets aus.
Die Detailberatung war anschliessend aufgrund der zahlreichen Minderheitsanträge in sechs thematische Blöcke gegliedert. Im Allgemeinen lehnte der Nationalrat die Minderheitsanträge auf (zusätzliche) Kürzungen von der rechten sowie auf eine Reduktion der beantragten Kürzungen von der linken Ratsseite beinahe durchgehend ab und folgte mehrheitlich dem Ständerat. Im ersten Block zu den Querschnittsmassnahmen wurden nur wenige Differenzen zum Ständerat geschaffen. Eine davon betraf die Einlage in die Publica respektive die Lohnmassnahmen beim Bundespersonal, wie sie auch für den Nachtrag II zum Voranschlag 2017 relevant sind. Diesbezüglich wollte Alois Gmür (cvp, SZ) mittels eines Ordnungsantrags, gemäss dem zuerst über die Einlage in die Publica und anschliessend über die Lohnmassnahmen abgestimmt werden sollte, sicherstellen, dass nur einer der beiden Vorschläge angenommen würde, aber nicht beide. Das Bundespersonal solle entsprechend nicht leer ausgehen, jedoch auch nicht übervorteilt werden. Nach Annahme des Ordnungsantrags entschied sich eine aus Mitgliedern der SVP-, FDP- und GLP-Fraktionen bestehende Mehrheit für den anfänglichen Vorschlag des Bundesrates, der Lohnmassnahmen in der Höhe von knapp CHF 33 Mio., dafür keine zusätzliche Einlage in die Publica vorsah, und schuf damit eine gewichtige Differenz zum Ständerat. Eine weitere Differenz kam durch die Zustimmung einer nationalrätlichen Mehrheit aus Mitgliedern der SVP-, FDP- und BDP-Fraktionen zur Änderung des Sollwerts bei der Personalbedarfsplanung zustande: Neu darf diese nicht mehr um maximal 2 Prozent, sondern nur noch um 1 Prozent von den budgetierten Beträgen abweichen.
Im zweiten Block wurden die Ausgaben im Rahmen von Beziehungen zum Ausland behandelt, wo vor allem die Umwandlung der Darlehen an die Sifem, wie sie bereits im Rahmen des Stabilisierungsprogramms angedacht worden war, sowie die Kürzungsanträge beim Seco und der Entwicklungshilfe für Gesprächsstoff sorgten. Differenzen zum Ständerat wurden allerdings keine geschaffen, unter anderem lehnte der Nationalrat einen Vorschlag seiner FK-NR zur Reduktion des Transferaufwands des EDA um CHF 100 Mio. ab. Auch bezüglich der Umwandlung des Darlehens der Sifem in Aktienkapital stimmte der Nationalrat nicht der knappen Mehrheit der FK-NR zu, welche die Ablehnung der Umwandlung beantragt hatte, sondern einem Minderheitsantrag Vitali (fdp, LU), der dem Ständerat folgen und das Aktienkapital der Sifem zusätzlich um CHF 150 Mio. erhöhen wollte. Zuvor waren jedoch erneut Stimmen laut geworden, welche die Umwandlung der Sifem kritisierten – von linker Seite aufgrund der Angst, dass dadurch weniger Geld für die klassische Entwicklungshilfe vorhanden sein könnte, und von rechter Seite, weil der Bund durch eine Umwandlung in Aktienkapital die Hauptlast des Risikos trage.
Der dritte Block beinhaltete die soziale Wohlfahrt und damit die im Vorfeld am stärksten diskutierte Frage, was mit den durch die Ablehnung der Altersvorsorge 2020 freigewordenen CHF 442 Mio. geschehen soll. Eine so genannte unheilige Allianz zwischen der SVP- und der SP-Fraktion, unterstützt von der Grünen-, der GLP- sowie von Teilen der CVP-Fraktion, entschied sich dafür, den zwei Minderheitsanträgen Nordmann (sp, VD) und Aeschi (svp, ZG) zu folgen (130 zu 63 Stimmen, 1 Enthaltung) und diese Gelder der AHV zukommen zu lassen. Dies würde jedoch eine gesetzliche Grundlage erfordern, die im Laufe des Jahres 2018 mittels einer parlamentarischen Initiative geschaffen werden sollte.
Deutlich mehr – wenn auch finanziell weniger gewichtige – Differenzen zum Erstrat wurden im vierten, fünften und sechsten Block geschaffen. Bezüglich der Landwirtschaft stellte sich der Nationalrat wenig überraschend gegen die Kürzungen des Ständerats bei den Direktzahlungen, bei den landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen sowie bei weiteren kleineren Beträgen in der Landwirtschaft. Im Bereich Bildung und Forschung folgte die grosse Kammer nicht allen Korrekturen des Ständerats, der die Sparanstrengungen des Bundesrates vielerorts reduziert hatte, zeigte sich aber in diesem Bereich mehrheitlich doch grosszügiger als der Bundesrat. Dafür beschloss er, verschiedene Einrichtungen (Schweizerisches Institut für Kunstwissenschaft, Schweizerisches Sozialarchiv, Stiftung schweizerischer Theatersammlung, Vitrocentre de Romont und Swisspeace) von der Liste der Forschungseinrichtungen mit nationaler Bedeutung zu streichen, ihre Finanzierung in den Finanzplanjahren laufend zu reduzieren und schliesslich auslaufen zu lassen. Zudem entschied sich der Nationalrat, entgegen den Beschlüssen des Ständerats, bei den Globalbudgets der Steuerverwaltung und der Finanzkontrolle mehr und stattdessen bei der Zollverwaltung weniger zu sparen. Abgelehnt wurde hingegen ein Antrag der Mehrheit der FK-NR zur Aufhebung des Büros für Konsumentenfragen.
Insgesamt schuf der Nationalrat somit 30 Differenzen zum Ständerat und entschied sich, CHF 225 Mio. mehr auszugeben als der Bundesrat und CHF 585 Mio. mehr als die FK-NR vorgeschlagen hatte. Mit 124 zu 66 Stimmen aus der SVP-Fraktion (bei drei Enthaltungen) verabschiedete er seinen Voranschlag, der ein Defizit von CHF 122 Mio., aber einen strukturellen Überschuss von CHF 21 Mio. beinhaltete.

In der Herbstsession 2017 beriet der Ständerat als Zweitrat das Bundesgesetz über die Stempelabgaben. Martin Schmid (fdp, GR) im Namen der WAK-SR und Finanzminister Maurer betonten einerseits die Wichtigkeit der Vorlage für den Schweizer und insbesondere den Tessiner Finanzplatz und strichen andererseits die eindeutige Annahme im Erstrat hervor. Diesem Beispiel folgte auch der Ständerat und nahm den Entwurf einstimmig an (43 zu 0). In den Schlussabstimmungen gab es keine Überraschungen mehr, beide Kammern bestätigten ihre vorangegangenen Entscheide einstimmig.

Die Änderung des Bundesgesetzes über die Stempelabgaben beruht auf der Motion Abate (fdp, TI), welche die Anerkennung bestimmter italienischer Finanzintermediäre als Börsenagenten und ihre Befreiung von der Umsatzabgabe forderte. Denn bei der italienischen Steueramnestie 2009 war verlangt worden, dass bisher unversteuerte Vermögenswerte zur Regularisierung nach Italien repatriiert, das heisst von italienischen Finanzintermediären verwaltet werden. Dadurch unterliegen solche Transaktionen jedoch mehrfach der schweizerischen Umsatzabgabe, wodurch insbesondere im Tessin ein Wettbewerbsnachteil des Schweizer Finanzplatzes für italienische Kundinnen und Kunden entstehe. Aufgrund dieses Ursprungs der Gesetzesänderung sind momentan nur italienische Finanzintermediäre von der Neuerung betroffen, durch die neutrale Formulierung des Gesetzestexts können zur Aufrechterhaltung der Rechtsgleichheit in Zukunft aber auch Finanzintermediäre aus anderen Ländern unter den gleichen Voraussetzungen von der Umsatzabgabe befreit werden. Dadurch können gemäss der Botschaft des Bundesrates Steuerausfälle von rund CHF 10 Mio. entstehen, die jedoch mittel- bis langfristig durch die Stärkung der Finanzintermediäre im Kanton Tessin und entsprechenden Mehreinnahmen kompensiert werden können. In der vorparlamentarischen Phase stiess die Vorlage auf viel Zustimmung: 34 der 35 Vernehmlassungsteilnehmer sprachen sich für die Gesetzesänderung aus, einzig Travail.Suisse befürchtete, dass die Steuerausfälle deutlich höher sein könnten als geplant. Die WAK-NR stimmte der Vorlage mit 19 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen deutlich zu.
Entsprechend kurz zeigte sich auch die Debatte im Nationalrat, Céline Amaudruz (svp, GE) und Leo Müller (cvp, LU) für die Kommission und Finanzminister Maurer für den Bundesrat meldeten sich als einzige zu Wort. Übereinstimmend mit ihren Voten sprach sich der Nationalrat einstimmig mit 175 Stimmen (ohne Enthaltung) für die Gesetzesänderung aus.

Im November 2015 gab der Bundesrat bekannt, dass er die auf Ende 2015 versprochene Botschaft zur Revision des Steuerstrafrechts nicht vorlegen werde. Die kritischen Rückmeldungen aus der Vernehmlassung sowie die Einreichung der Volksinitiative „Ja zum Schutz der Privatsphäre“ hätten gezeigt, dass die Erfolgschancen dieser Revision gering seien. Entsprechend werde er die Revision des Steuerstrafrechts zurückstellen.

In der Frühjahrsession hiess der Nationalrat eine schrittweise Abschaffung aller Stempelsteuern gut. Diese Forderung ging auf eine parlamentarische Initiative der FDP-Fraktion aus dem Jahre 2009 zurück, welcher die Kommissionen für Wirtschaft und Abgaben beider Räte (WAK-NR und WAK-SR) Folge gegeben hatten. Die Stempelabgabe auf der Emission von Eigenkapital betrug ein Prozent, während jene auf das Fremdkapital im Rahmen der „Too big to fail“-Vorlage bereits im Vorjahr abgeschafft worden war. Die bürgerliche Mehrheit des Nationalrats vertrat die Ansicht, dass die Stempelabgabe die Aktienemissionen unnötig verteuerte, das Eigenkapital gegenüber Fremdkapital benachteiligte und das Emissions- und Handelsgeschäft ins Ausland drängte. Mit diesem Entscheid widersetzte sich die kleine Kammer dem Sistierungsantrag des Bundesrats. Die Regierung begrüsste zwar das Anliegen im Grundsatz, plädierte jedoch für eine Berücksichtigung dieser Massnahme in der Unternehmenssteuerreform III, was eine Gesamtschau ermöglicht würde. Im Ständerat fand diese Argumentation mehr Gehör: Die Kantonsvertreter beschlossen in der Wintersession oppositionslos dem bundesrätlichen Sistierungsantrag zu folgen.

Gegen den Antrag des Bundesrats stimmte der Nationalrat in der Herbstsession einer von der SVP-Fraktion eingereichten Motion zu, welche die Abschaffung der Stempelabgabe auf Sach- und Vermögensversicherungen forderte. Der Entscheid des Ständerats zu diesem Geschäft war am Jahresende noch hängig.

Eine Motion der SVP-Fraktion, welche die Abschaffung der Stempelabgabe auf rückkauffähigen Lebensversicherungen zum Ziel hatte, passierte die Hürde des Nationalrats. Der Bundesrat hatte diesen Vorstoss zur Ablehnung empfohlen.

Im Vorjahr hatte der Ständerat bereits eine parlamentarische Initiative der Kommission für Wirtschaft und Abgaben überwiesen, die ausländischen Mitglieder der elektronischen Börse SWX Europe (vormals virt-x) von der Stempelabgabe befreien will. Diese Änderung war nötig geworden, nachdem die SIX Group entschieden hatte, den Schweizer Blue-Chips-Handel von London zurück nach Zürich zu verlegen. Die Transaktionen von nicht schweizerischen Teilnehmern dieses Handels waren in London nicht abgabepflichtig, wären es aber nach der Repatriierung geworden, da diese als Effektenhändler gelten. Um diese „Remote Members“ nicht plötzlich durch Abgaben zu belasten und damit den Börsenplatz Schweiz zu gefährden, soll nun eine Rechtsgrundlage geschaffen werden, um diese Teilnehmer weiterhin von der Stempelabgabepflicht zu befreien. Laut Kommission sind dadurch Steuermehreinnahmen von 25 Mio Fr. zu erwarten, bei Mindereinnahmen von rund 6 Mio Fr. pro Jahr an Stempelabgabeverlusten. Im Nationalrat beantragte eine Minderheit der Kommission Nichteintreten, da von dieser Seite befürchtet wurde, dass dieser Vorstoss ein erster Schritt zur kompletten Abschaffung der Stempelabgabe sei. Ausserdem wurde die fehlende Einbettung in die gesamte Steuerpolitik des Bundes kritisiert. Im Nationalrat fanden diese Argumente kein Gehör und die Initiative wurde nach kurzer Diskussion angenommen. Die Änderung im Bundesgesetz wurde von beiden Kammern in der Schlussabstimmung angenommen .

Eine parlamentarische Initiative der Kommission für Wirtschaft und Abgaben regt an, die ausländischen Mitglieder der elektronischen Börse SWX Europe (vormals virt-x) von der Stempelabgabe zu befreien. Dies sei nötig geworden, nachdem der Verwaltungsrat der SIX Group entschieden hatte, den Schweizer Blue-Chips-Handel von London zurück nach Zürich zu verlegen. Die Transaktionen von nicht schweizerischen Teilnehmern dieses Handels waren in London nicht abgabepflichtig, wären es aber nach der Repatriierung geworden, da diese als Effektenhändler gelten. Um diese „Remote Members“ nicht plötzlich durch Abgaben zu belasten und damit den Börsenplatz Schweiz zu gefährden, soll nun eine Rechtsgrundlage geschaffen werden, um diese Teilnehmer weiterhin von der Stempelabgabepflicht zu befreien. Der Ständerat stimmte dem Entwurf seiner Kommission im Dezember ohne Diskussion zu.

Weil das Steuerpaket 2004 in der Volksabstimmung gescheitert war, konnten auch die unbestrittenen Massnahmen im Bereich der Stempelabgaben nicht in Kraft treten. Da deren Geltungsdauer bis Ende 2005 befristet ist, verabschiedete das Parlament im Frühling eine gegenüber dem abgelehnten Steuerpaket inhaltlich unveränderte Revisionsvorlage. Das Geschäft passierte die Schlussabstimmung im Ständerat mit 41 Stimmen und einer Enthaltung und im Nationalrat mit 142:25 Stimmen bei 13 Enthaltungen; die Vorbehalte stammten von den Grünen und der SP. Um zu verhindern, dass dem Bund ab 2006 Steuereinnahmen in der Höhe von 310 Mio Fr. entgehen, ergriff ein linkes Komitee (PdA, SolidaritéS, Juso, Mediengewerkschaft Comedia, Tessiner Lehrlings- und StudentInnengewerkschaft) das Referendum, welches jedoch aufgrund fehlender Unterschriften nicht zustande kam.

Weil das Steuerpaket in der Volksabstimmung gescheitert war, konnten auch die unbestrittenen Massnahmen im Bereich der Stempelabgaben nicht in Kraft treten. Da deren Geltungsdauer bis Ende 2005 befristet ist, unterbreitete der Bundesrat dem Parlament im August eine gegenüber dem abgelehnten Steuerpaket inhaltlich unveränderte Revisionsvorlage. Diskussionslos und ohne Gegenstimme hiess der Ständerat in der Wintersession diese Neuauflage gut.

Als bekannt wurde, dass das Referendum gegen das Steuerpaket zustande gekommen war, die Volksabstimmung darüber aber voraussichtlich erst im Frühjahr 2004 stattfinden wird, beschloss das Parlament auf Antrag des Bundesrates, die Änderungen im Bereich der Ehe- und Familienbesteuerung sowie der Stempelabgaben nicht am 1. Januar 2004, sondern erst am 1. Januar 2005 in Kraft zu setzen (die Wohneigentumsbesteuerung ist davon nicht betroffen, da die neuen Regelungen erst ab 2008 rechtskräftig werden). Eine rückwirkende Inkraftsetzung im Falle einer Annahme der Vorlage in der Abstimmung hätte erhebliche praktische Probleme für Steuerzahler und Steuerbehörden geschaffen.

Der Entwurf eines Bundesgesetzes über die Stempelabgaben folgte Anfang Oktober. Der Bundesrat beschränkte sich ausschliesslich auf Transaktionen durch die öffentliche Hand, durch Anlagefonds, Lebensversicherer und Vorsorgeträger. Zudem sollen inländische Banken keiner fiskalischen Belastungen mehr ausgesetzt werden, wenn sie an einer ausländischen Börse mit inländischen Aktien handeln. Die Einnahmeausfälle schätzte der Bundesrat auf jährlich 490 Mio Fr..

Der Ständerat beriet in seiner Frühjahressession als Erstrat den im Vorjahr vom Bundesrat vorgeschlagenen Dringlichen Bundesbeschluss im Bereich der Umsatzabgabe im Finanzmarkt. Eintreten und Anträge der Kommission waren unbestritten. Da im Nationalrat auch SP und GP mit der Vorlage einverstanden waren – mit dem Vorbehalt, dass sie eine weitere Steuerbefreiung der Börsengeschäfte nicht gutheissen werden – wurde der Entwurf auch im Nationalrat deutlich verabschiedet.

Beide Räte überwiesen noch in der Frühjahressession Motionen ihrer WA-Kommissionen (Mo. 99.3012 / Mo. 99.3008) mit deutlichem Mehr. Der Bundesrat wurde damit beauftragt, eine Anschlusslösung an die dringlichen Massnahmen im Bereich der Umsatzabgabe vorzubereiten und einen Entwurf für die Änderung des Stempelsteuergesetzes vorzulegen. Mit einem möglichst geringen Einnahmenausfall soll die Wettbewerbsfähigkeit des Schweizer Finanzplatzes im Bereich des Umsatzstempels sichergestellt werden.

Die Finanzrechnung des Bundes wies für das Jahr 1998 einen Überschuss von CHF 484 Mio. aus, womit der Bund erstmals seit 1990 wieder schwarze Zahlen schrieb. Dieses positive Ergebnis war überraschend, nachdem die Staatsrechnung vor einem Jahr mit einem Defizit von CHF 5.3 Mrd. abgeschlossen hatte und für das Berichtsjahr ein Ausgabenüberschuss von CHF 7.6 Mrd. budgetiert worden war. Während in den Vorjahren verschiedene Sonderfaktoren die Staatsrechnung ungünstig beeinflussten hatten, kumulierten sich 1998 positive Sonderfaktoren. Am auffälligsten war der Erlös aus dem Börsengang der Swisscom, der der Bundeskasse einen einmaligen Zustupf von CHF 2.9 Mrd. brachte. Hinzu kam die gute Konjunkturlage, die zu einem starken Rückgang der Arbeitslosigkeit sowie zu unerwartet hohen Fiskaleinnahmen führte. Unter Ausklammerung der Swisscom-Transaktion erwirtschaftete der Bund ein Defizit von CHF 2.45 Mrd. Bei den Ausgaben konnten die bewilligten Nachtragskredite von CHF 0.8 Mrd. durch Kreditreste von CHF 1.8 Mrd. mehr als kompensiert werden, so dass die Ausgaben insgesamt um CHF 1 Mrd. oder 2,1% unter dem Voranschlag lagen (Nachtrag I: Kreditbegehren von CHF 309 Mio., wobei die gewichtigsten Zusatzkredite für Kommissionen, Abgaben und Spesen der Bundestresorie (90 Mio.), für die Wohnbau- und Eigentumsförderung (80 Mio.), für die Entwicklungszusammenarbeit (40 Mio.) sowie für die ALV (30 Mio.) erforderlich wurden. Nachtrag II: Weitere Kredite von CHF 454 Mio. Davon entfielen 194 Mio. auf den Asylbereich, 49 Mio. auf die Infrastrukturleistung der SBB und 43 Mio. auf die Landwirtschaft). Hauptursache der nicht beanspruchten Budgetkredite bildeten einerseits der Verkehrsbereich (Belastung des Fonds für Eisenbahngrossprojekte anstelle der Finanzrechnung, weniger Darlehen an die SBB), andererseits die Soziale Wohlfahrt mit der Arbeitslosen- und Krankenversicherung. Gegenüber dem Vorjahr nahmen die Gesamtausgaben von CHF 46.59 Mrd. um CHF 2.5 Mrd. oder 5,6% zu. Ausgabensteigerungen verzeichneten insbesondere die Bereiche Verkehr, Bildung/Grundlagenforschung, Soziale Wohlfahrt, Landwirtschaft sowie Finanzen und Steuern. Die Einnahmen übertrafen den Voranschlag um gut CHF 7 Mrd. oder 17,8%. Bei den Fiskaleinnahmen wurde das Budgetziel um 10,5% übertroffen. Die höchsten Zusatzeinnahmen gegenüber dem Voranschlag brachten die Verrechnungssteuer (CHF 1.8 Mrd.), die Stempelabgaben (CHF 0.9 Mrd.) sowie die direkte Bundessteuer (CHF 0.8 Mrd.) ein. Im Vergleich zum letzten Jahr stiegen die Gesamteinnahmen um CHF 8.2 auf 47.07 Mrd., was einer Zunahme von 21,2% entspricht. Zu den Mehreinnahmen trugen auf seiten der Fiskaleinnahmen insbesondere die Verrechnungssteuer bei, welche um fast CHF 3.1 Mrd. (+132,2%) mehr einbrachte als vor einem Jahr. Grund dafür war die unerwartet grosse Zunahme bei den ausgeschütteten Dividenden der Unternehmungen. Auch die Stempelabgaben (+743 Mio.) übertrafen das Rekordergebnis des Vorjahres trotz dem Kurseinbruch auf den Aktienmärkten im zweiten Halbjahr 1998 noch einmal klar. Ferner brachte die Mehrwertsteuer dank der erholten Konjunkturlage CHF 780 Mio. mehr ein als im Jahr zuvor.

Der Nationalrat überwies eine Motion der FDP-Fraktion zur Förderung von Unternehmensgründungen im KMU-Bereich durch eine steuerliche Begünstigung von Risikokapital als Postulat. Im Zentrum stand dabei die Befreiung von Venture-capital-Beteiligungsgesellschaften vom Emissionsstempel sowie von jeglicher Ertrags- und Kapitalsteuer sowie eine steuerliche Begünstigung von Privaten, die sich an Risikokapitalgesellschaften direkt beteiligen.