Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Im Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2019 gelang es den beiden Räten, bis auf eine Position alle Differenzen zu bereinigen. Der Nationalrat kam bis zum Schluss des Differenzbereinigungsverfahrens dem Ständerat bei den Differenzen zur Landwirtschaft, zum Eidgenössischen Hochschulinstitut für Berufsbildung, beim Zivildienst und beim Sach- und Betriebsaufwand in den Finanzplanjahren entgegen – bezüglich des Sach- und Betriebsaufwands im budgetierten Jahr hatte zuvor der Ständerat eingelenkt. Auch sämtliche beabsichtigten Änderungen der Sollwerte gab der Nationalrat auf. Der Ständerat folgte seinerseits dem Nationalrat bei den von der grossen Kammer vorgeschlagenen Kürzungen bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge und bei der Erhöhung der Beiträge an Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung. Beim BAG wollte der Nationalrat den Funktionsaufwand, mit dem der Beizug von externen Sachverständigen finanziert wird, um CHF 1.4 Mio. oder 9 Prozent des gesamten Funktionsaufwandes kürzen. Trotz verschiedenster Wortmeldungen gegen diese Änderung – unter anderem auch durch den Finanzminister, der die Aufstockung der Position durch den Bundesrat als «Quittung für Hunderte von Vorstössen und Programmen zur Überwachung, die Sie fordern» bezeichnet hatte –, lenkte der Ständerat diesbezüglich ein. Das BAG erhielt folglich CHF 1.4 Mio. weniger, als vom Bundesrat veranschlagt.
Nicht einig wurden sich die Räte einzig bezüglich der beantragten Aufstockung des Globalbudgets der Finanzkontrolle. Während der Ständerat mit Verweis auf ihre ausgewiesene Notwendigkeit einstimmig auf der Aufstockung beharrte, wurde das Thema im Nationalrat mehrfach diskutiert. Insbesondere Barbara Kiener Nellen (sp, BE) und Heinz Siegenthaler (bdp, BE) machten sich im Namen der Minderheit für eine Aufstockung stark: Der Mehraufwand der EFK sei erwiesen, die EFK reduziere gleichzeitig ihren Sach- und Betriebsaufwand um CHF 240'400 und die Stellenaufstockung werde sich selber finanzieren, argumentierten sie. Als wahren Grund für die Ablehnung der Aufstockung vermuteten sie jedoch eine «Trötzelei» (Siegenthaler), «Retourkutsche» (Kiener Nellen) oder «Strafaktion» (beide) gegen unliebsame Botschaften der EFK. Dem widersprachen verschiedene Mitglieder der SVP- und der FDP-Fraktion: Franz Grüter (svp, LU) erklärte für die SVP, die 108 Vollzeitstellen reichten für die EFK aus. Albert Vitali (fdp, LU) hingegen schloss eine Aufstockung nicht gänzlich aus. Er argumentierte, dass die FDP Aufstockungen erst zustimmen würde, nachdem das Rollenverständnis der EFK geklärt sei.
In der Folge wurde für diese letzte Differenz eine Einigungskonferenz einberufen. Darin setzte sich der Ständerat mit seiner Absicht durch, den Aufwand wie vom Bundesrat beantragt um CHF 1.97 Mio. zu erhöhen. Im Nationalrat wies Hans-Ulrich Bigler (fdp, ZH) noch einmal darauf hin, dass seine Minderheit keinen Ausbau wolle, es aber in erster Linie nicht um den Betrag gehe, sondern um die «Grundsatzfrage, welche Art von Finanzkontrolle wir wollen und welche Art von Finanzkontrolle wir nicht wollen».
Mit 113 zu 64 Stimmen (9 Enthaltungen) liess sich die grosse Kammer auch in der Abstimmung zum Vorschlag der Einigungskonferenz nicht von ihrer ursprünglichen Meinung abbringen und lehnte den Vorschlag ab. Die ablehnenden Stimmen stammten von der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion sowie von den fast geschlossen stimmenden FDP- und CVP/EVP-Fraktionen. Der Ständerat nahm den Vorschlag der Einigungskonferenz mit 33 zu 2 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) an. Damit erhielten die von beiden Räten vor der Einigungskonferenz gefundenen Kompromisse Gültigkeit; da bei den in der Einigungskonferenz abgelehnten Positionen aber der tiefere Wert verwendet wird, wurde das Globalbudget der EFK zumindest vorläufig nicht aufgestockt.

Im Vergleich zum Nationalrat bereinigte der Ständerat den Voranschlag 2019 in deutlich kürzerer Zeit und deutlich einhelliger: In den meisten Kommissionsanträgen folgte der Ständerat stillschweigend ohne Gegenantrag dem Entwurf des Bundesrates und schuf so einige Differenzen zum Erstrat. Diskussionslos und stillschweigend sprach sich der Ständerat auch für die vom Bundesrat beantragte und vom Nationalrat abgelehnte Aufstockung des Funktionsaufwands der EFK aus.
Länger diskutiert wurde hingegen über die Berufungskammer des Bundesstrafgerichts. Hier hatte die FK-SR keine Änderung zum bundesrätlichen Vorschlag vorgesehen. Beat Rieder (cvp, VS) erklärte jedoch dem Rat im Rahmen seines Antrags die Problematik des Bundesstrafgerichts ausführlich: Mitte 2017 hatte man eine neue Berufungskammer für das Bundesstrafgericht geschaffen, die sowohl den Sachverhalt als auch die Rechtsanwendung mit voller Kognition von Urteilen überprüfen soll. Aus der geringen Anzahl Fälle, mit denen gerechnet worden war, wurden alleine im Jahr 2017 über 70 Urteile, wofür die auf 300 Stellenprozente erhöhte Personalausstattung nicht ausreichte. Deshalb entschied der Nationalrat stillschweigend, für die Berufungskammer eine eigene Budgetposition zu schaffen und diese um CHF 1 Mio. auf CHF 2.9 Mio. aufzustocken. Mit seinem Einzelantrag beabsichtigte Rieder, diesbezüglich dem Nationalrat zu folgen. Ulrich Meyer, Präsident des Bundesgerichtes, begrüsste im Namen des Bundesgerichts die Änderung des Nationalrats. In der Folge beantragte Hannes Germann (svp, SH) als Präsident der FK-SR den Rückzug des Mehrheitsantrags, wogegen die übrigen Kommissionsmitglieder keine Einwände äusserten und wodurch der Antrag Rieder angenommen wurde.
Die andere grössere Debatte drehte sich um die Frage, welche Beträge zu den verschiedenen WBF-Positionen genau «Dittli-konform» (Anita Fetz, sp, BS) sind, also mit der Motion von Josef Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) übereinstimmen, gemäss der die Teuerung nur ausgeglichen werden soll, wenn sie anfällt. Finanzminister Maurer bat den Rat diesbezüglich, auf die vorgeschlagenen Erhöhungen der Beträge – die FK-SR schlug in zwei Fällen einen Mittelweg zwischen Bundesrat und Nationalrat vor und sprach sich ansonsten für die von der grossen Kammer vorgenommenen Korrekturen aus – zu verzichten. Man habe die Teuerung bei der ganzen Verwaltung entsprechend der Motion Dittli herausgerechnet; es sei daher nicht fair, hier die Beträge wieder um die Teuerung zu erhöhen. Dem widersprach jedoch Anita Fetz: Ein rückwirkender Teuerungsausgleich, wie ihn der Bundesrat vorgenommen habe, sei nicht Teil der Motion Dittli. Jedoch habe man im Vergleich zum Nationalrat die aktuelle Teuerung herausgerechnet, wodurch die teilweise unterschiedlichen Anträge zur grossen Kammer zu erklären seien. Trotz der Beteuerungen des Finanzministers, dass die Teuerung bei allen Budgetpositionen gleichermassen berücksichtigt worden sei, nahm der Ständerat sämtliche Mehrheitsanträge der Finanzkommission zum WBF an und schuf dadurch auch einige Differenzen zum Nationalrat.
Kurios mutete schliesslich ein Antrag Hösli (svp, GL) an: Ebenso wie ein im Nationalrat unterlegener Minderheitsantrag Gmür (cvp, SZ) forderte dieser den Verzicht auf die Aufstockung des Grenzwachtkorps, obwohl die SVP-Fraktion im Nationalrat die von der FK-NR vorgeschlagene Aufstockung klar befürwortet hatte. Werner Hösli begründete den Antrag damit, dass die Standesinitiativen mit Forderung einer Aufstockung des Grenzwachtkorps aus dem Jahr 2015 stammten, «als sich unsere Grenzbevölkerung zu Recht in ihrer Sicherheit gefährdet sah». Dies sei jetzt aber nicht mehr der Fall und da durch die Zusammenlegung der operativen Einheiten von Grenzwachtkorps und Zoll und der Einführung von DAZIT im administrativen Bereich Personal gespart werden könne, brauche es diese Aufstockung nicht. Dem stimmte auch Finanzminister Maurer zu und staunte über die «verkehrte Welt»: «Normalerweise wollen Sie uns Stellen, die wir Ihnen beantragen, streichen. Hier wollen Sie uns Stellen geben, die wir eigentlich nicht brauchen.» Der Ständerat sprach sich jedoch in Übereinstimmung mit dem Nationalrat ebenfalls für die Finanzierung der 44 neuen Stellen aus, tat dies mit 21 zu 20 Stimmen bei 1 Enthaltung jedoch deutlich knapper als die grosse Kammer.
Ansonsten stimmte der Ständerat dem Erstrat bei zahlreichen Budgetpositionen zu. Unter anderem stimmte er für die Aufstockung der Budgets des Alpinen Museums Schweiz, der internationalen Sportanlässe zur Durchführung der Rad-WM in Aigle sowie der Sicherheitsuntersuchungsstelle, deren Erhöhung der Bundesrat in einer Nachmeldung aufgrund des Unfalls der Ju-Air beantragt hatte. Differenzen schuf er unter anderem bezüglich des BAG, der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge, des Zivildienstes und des Sach- und Betriebsaufwands, bei denen der Ständerat entsprechend dem bundesrätlichen Vorschlag mehr Geld sprechen wollte als der Nationalrat. Bei der Landwirtschaft und diversen Bildungspositionen hatte sich der Nationalrat grosszügiger gezeigt als die Ständekammer.
Einstimmig mit 42 zu 0 respektive 43 zu 0 Stimmen nahm der Ständerat sämtliche zum Budget gehörigen Bundesbeschlüsse an.

Der Nationalrat behandelte den Voranschlag 2019 in der Wintersession 2018 als Erstrat. Die Mehrheit der FK-NR hatte entschieden, die Ausgaben im Voranschlag gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag um 60 Mio. zu reduzieren. Den grössten Teil dieser Differenz wollte die Kommission durch Kürzungen in der Höhe von CHF 45 Mio. bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge erzielen; diese Einsparungen könnten erreicht werden, wenn die aktuelle, sinkende Zahl an Asylgesuchen berücksichtigt werde, erklärte die Kommission. Zusätzliche Finanzierung sah die Kommission für das Grenzwachtkorps vor, das mit CHF 2.8 Mio. 44 neue Stellen finanzieren sollte; dieser Betrag sollte jedoch departementsübergreifend beim Personal kompensiert werden.
Daneben lagen 54 Minderheitsanträge vor, von denen die meisten von der SVP- und der SP-Fraktion stammten und nur vereinzelte erfolgreich waren. Die Stossrichtung dieser Anträge widerspiegelt sich deutlich in den Voten der Fraktionssprechenden in der allgemeinen Debatte: Während Franz Grüter (svp, LU) für die SVP «zur Vorsicht im Umgang mit den Staatsfinanzen» mahnte und wie zahlreiche weitere Votantinnen und Votanten der bürgerlichen Parteien den begrenzten finanziellen Handlungsspielraum des Bundes hervorhob, erachtete Samuel Bendahan (sp, VD) als Vertreter der SP-Fraktion die aktuelle Situation als Chance für Investitionen in die Zukunft.
Der Nationalrat behandelte den Voranschlag 2019 in sechs Blöcken. Die SVP bemühte sich mit ihren Minderheitsanträgen zum Beispiel um Kürzungen oder zumindest um einen Verzicht auf Erhöhungen bei den Personalkosten, bei Beratung und Auftragsforschung über alle Departemente hinweg, beim Bundesamt für Energie, beim Generalsekretariat des VBS, beim Bundesamt für Kultur oder beim BFS. Nach dem starken Anstieg in den letzten Jahren brauche es zudem eine «massvolle Dämpfung» durch eine Plafonierung der Ausgaben für die internationale Zusammenarbeit, beim EDA und bei der Entwicklungshilfe, erklärte Peter Keller (svp, NW). Zudem wurde eine vollständige Streichung des Aufwands des Eidgenössischen Büros für die Gleichstellung von Frau und Mann gefordert. Alle aufgezählten Anträge wurden abgelehnt.
Die Mitglieder der SP-Fraktion beantragten in ihren Minderheitsanträgen, auf die Querschnittskürzungen beim Sach- und Betriebsaufwand, welche die Mehrheit der FK-NR vorgeschlagen hatte, zu verzichten. Weitere Anträge auf zusätzliche Finanzierung oder auf einen Verzicht auf Reduktion wurden unter anderem im Bereich der Entwicklungszusammenarbeit, beim Funktionsaufwand des Gleichstellungsbüros, beim BSV-Globalbudget oder beim Verteidigungsbudget gestellt. Philipp Hadorn (sp, SO) beantragte, die Zahlen für die Sozialhilfe für Asylsuchende und vorläufig Aufgenommene auf die neue Formel des SEM zu stützten, anstatt die aktuellen Zahlen des laufenden Jahres zu verwenden. Bereits in der Debatte zum Voranschlag 2017 hatte die FK-NR darauf verzichtet, die neu entwickelten Kennzahlen zu verwenden. Schliesslich beantragte eine Minderheit Meyer (sp, ZH), die zusätzlichen Stellen für das Grenzwachtkorps ohne Kürzungen bei anderen Departementen zu verwirklichen. Auch diese Anträge scheiterten allesamt. Erfolgreich waren die Anträge der SP hingegen bezüglich Bildung und Forschung. Hier reichte die SP-Fraktion acht Anträge ein, mit denen das Budget in Übereinstimmung mit dem Mitbericht der WBK-NR wieder dem Niveau der BFI-Botschaft 2017-2020 angepasst werden sollte. Umstritten war dabei vor allem die Frage, ob diese neuen Beträge in Übereinstimmung mit der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) teuerungsbereinigt seien, wie Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) argumentierte, oder ob dadurch die Teuerungsbereinigung, die departementsübergreifend vorgenommen worden war, im Bildungsbereich wieder rückgängig gemacht werde, wie Finanzminister Maurer beteuerte. Bis auf einen wurden alle Anträge betreffend das WBF angenommen.
Anträge erfolgten auch durch Mitglieder der übrigen Fraktionen, auch sie waren jedoch grösstenteils erfolglos. Angenommen wurde jedoch ein Minderheitsantrag Bigler (fdp, ZH), der den Funktionsaufwand der Eidgenössischen Finanzkontrolle (EFK) verglichen mit dem bundesrätlichen Vorschlag um CHF 1.97 Mio. kürzen wollte. Der Bundesrat hatte den Funktionsaufwand um 10 Prozent aufgestockt, damit die EFK ihren Personalbestand um 10 Vollzeitstellen ausbauen kann. Die EFK ist laut Finanzkontrollgesetz das oberste Aufsichtsorgan des Bundes und überwacht unter anderem die finanzielle Führung der Bundesverwaltung. Sie sei mit den Untersuchungen und Prüfungen unter anderem bezüglich der Bürgschaften für Hochseeschiffe, der Ruag und dem Mandat der Finanzdelegation zur Governance der Arbeitslosenversicherung überlastet, hatte die EFK erklärt. Der Antragssteller warf diesbezüglich jedoch die Frage auf, ob man wirklich eine «eigentliche Überwachungsbehörde» wolle. Mit dem bisherigen Personalbestand sei ein «priorisiertes Controlling» durchaus möglich, zumal es der EFK – mit Verweis auf die Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III und zur Debatte zu den Waffenexporten – bereits jetzt möglich sei, «kaum gesetzeskonforme Stellungnahmen zu politischen Geschäften abzugeben». Albert Vitali (fdp, LU) betonte als Vizepräsident der Finanzdelegation (FinDel) die einstimmige Unterstützung Letzterer für den Antrag der Eidgenössischen Finanzkontrolle auf mehr Ressourcen für ihre Kontrolltätigkeit. Diskussionen zum Rollenverständnis und zur Kommunikation der EFK seien nicht im Rahmen der Budgetdebatte vorzunehmen; die FinDel werde dies mit der EFK in Kürze diskutieren. Mit 111 zu 77 Stimmen setzten sich die SVP-Fraktion, Mehrheiten der FDP- und der CVP-Fraktion sowie ein Mitglied der BDP-Fraktion durch und verwarfen die Erhöhung.
Erfolgreich war auch ein Antrag Gschwind (cvp, JU) für eine Erhöhung des Bundesbeitrags für das Alpine Museum Schweiz 2019 sowie in den Finanzplanjahren. In der Antwort auf die Interpellation Engler (cvp, GR; Ip. 18.3543) habe der Bundesrat die Bedeutung des Museums anerkannt, argumentierte Gschwind. Nun solle die Vernetzungsarbeit nicht nur mit CHF 250'000, sondern zusätzlich mit CHF 530'000 unterstützt werden.

«Mit dem Budget werden die Finanzen gesteuert», betonte Heinz Siegenthaler (bdp, BE) im Rahmen der Budgetdebatte. Dass dies nicht ausschliesslich der Fall ist, liegt am neuen Führungsmodell für die Bundesverwaltung (NFB), das die Steuerung der Verwaltungseinheiten durch eine Kombination aus Globalbudgets und Leistungsinformationen im Rahmen des Voranschlags und des Finanzplans erlaubt. So erfreuten sich die Sollwerte, die im Rahmen der Planungsgrössen im Voranschlag festgelegt werden können, in betreffendem Jahr grosser Beliebtheit. Die Mehrheit der Finanzkommission schlug vor, als neues Ziel für die Bundeskanzlei eine Überprüfung der ausserparlamentarischen Kommissionen festzulegen. Die Bundeskanzlei solle diese Kommissionen anhand der Kriterien «ausgewiesene Notwendigkeit» und «effektiv nachgewiesene Subsidiarität» beurteilen und ihre Anzahl im nächsten Jahr um mindestens 10 Prozent reduzieren. Allgemein kritisierte Heinz Siegenthaler dieses Vorgehen deutlich: Verwaltungsakte seien nicht Aufgabe der Finanzpolitik, erklärte er. In diesem Falle komme hinzu, dass die Bundeskanzlei – wie auch Finanzminister Maurer betonte – diesbezüglich gar keine Entscheidungskompetenz habe und dieses Ziel daher gar nicht erreichen könne. Dennoch folgte der Nationalrat dem Mehrheitsantrag und stimmte der Sollgrösse mit 106 zu 88 Stimmen gegen den Widerstand von SP, Grünen, BDP und der Mehrheit der CVP zu.
Ebenso umstritten war die Frage, ob die durchgeführten Personalbeurteilungen in der Bundesverwaltung zukünftig als Sollwert einer Normalverteilung folgen müssen, wie es die FK-NR forderte. Thomas Weibel (glp, ZH) erklärte das Anliegen zwar für unterstützungswürdig, kritisierte aber die «Hauruck-Übung» der Kommission. Barbara Gysi (sp, SG) kritisierte die «komische Forderung», gemäss der man gleich viele schlechte wie gute Mitarbeitende haben müsse. Auch hier waren die Proteste jedoch nicht von Erfolg gekrönt, mit 118 zu 76 Stimmen stimmte der Nationalrat dem Mehrheitsantrag der Kommission zu.
Schliesslich schlug die Finanzkommission mit 16 zu 8 Stimmen (bei 1 Enthaltung) vor, es dem SEM als Ziel aufzuerlegen, bis zum 31. Dezember 2020 ein Rückübernahmeabkommen mit Eritrea abzuschliessen. Während Kommissionssprecher Thomas Müller (svp, SG) die Meinung vertrat, man müsse – wie im Fussball – mit einer «klaren Zielsetzung in den Match gehen», um zu gewinnen, hielt Alois Gmür (cvp, SZ) im Namen der Minderheit fest, dass dieses Ziel «völlig aus der Luft gegriffen» sei. Eritrea habe noch mit keinem Land ein solches Abkommen abgeschlossen. Zudem sei nicht klar, welche Konsequenzen ein Nichterreichen des Ziels habe. Mit 99 zu 92 Stimmen setzten sich die geschlossen stimmenden SVP- und FDP-Fraktionen mit Unterstützung je eines Mitglieds der CVP und der BDP auch hier durch.
Doch nicht nur die bürgerliche Mehrheit der FK-NR, auch Mitglieder der SP-Fraktion beabsichtigten die Nutzung des Instruments der Sollwerte: Eine Minderheit Kiener Nellen (sp, BE) wollte die eidgenössische Steuerverwaltung über die Planungsgrössen in zwei Anträgen dazu verpflichten, sowohl für die Verrechnungssteuer als auch für die Mehrwertsteuer mehr Steuerinspektionen vor Ort vorzunehmen. Beide Anträge fanden jedoch nur bei den Mitgliedern der SP, der Grünen und der EVP Unterstützung.

Nach dreitägiger Debatte verabschiedete die grosse Kammer den Voranschlag 2019 mit 126 zu 60 Stimmen (bei 7 Enthaltungen). Wie bereits im Jahr zuvor lehnte die Mehrheit der SVP-Fraktion das Budget ab. Der Voranschlag beinhaltete in dieser Version einen Überschuss von CHF 1.209 Mrd. und einen strukturellen Überschuss von 915 Mio., wies also um CHF 54 Mio. höhere Ausgaben auf als die Version des Bundesrates und um CHF 121 Mio. höhere als die Version der FK-NR.

Im März 2017 nahm der Bundesrat ein Projekt für strukturelle Reformen in der Bundesverwaltung an die Hand, mit dem der Spielraum im Bundeshaushalt mittel- und langfristig erhöht werden sollte. Damit könne das Vorhaben gemäss EFD als Fortsetzung des Konsolidierungs- und Aufgabenüberprüfungspakets 2014 und des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 erachtet werden und trage den Forderungen des Parlaments nach einer Aufgabenüberprüfung Rechnung. Der Bundesrat definierte drei Reformstossrichtungen, nämlich die Effizienzsteigerungen im Hoch- und Tiefbau, in der Informatik und bei den Publikationen, eine Überprüfung der Bagatellsubventionen sowie Aufgabenverzichte, Leistungsreduktionen, Auslagerungen und strukturelle Reformen bei den gebundenen Ausgaben. Im November 2017 verabschiedete der Bundesrat ein ausführlicheres Vorgehenskonzept, das konkrete Massnahmen beinhaltete. So sollten unter anderem Ausgabenbindungen, zum Beispiel durch die Reduktion der Indexierung der Einlage in den Bahninfrastrukturfonds (BIF), gelockert werden; organisatorische Anpassungen in der Bundesverwaltung, zum Beispiel die Neupositionierung von Agroscope, vorgenommen werden; und Effizienzsteigerungen, zum Beispiel im Hochbau oder bei den Publikationen, angestrebt werden. Im September 2019 berichtete der Bundesrat, dass er den letzten Aspekt, die Effizienzsteigerungen, umgesetzt habe und dabei Einsparungen von rund CHF 50 Mio. erzielt werden konnten.

Im August 2018 präsentierte der Bundesrat den zweiten Schritt des Reformprojekts, bestehend aus 36 Reformen – verteilt über alle Departemente. Diese hatten eine Lockerung der Ausgabenbindungen oder im weiteren Sinne eine Optimierung von Verwaltungsstrukturen und den Bürokratieabbau zum Ziel. Diese Reformen würden nun von den Departementen weiterverfolgt, wobei Letztere ihrerseits Vertiefungsaufträge erteilen könnten, erklärte der Bundesrat. Die meisten dieser Massnahmen zogen keinen Rechtsetzungsbedarf nach sich; lediglich sechs Vorhaben erforderten Gesetzesanpassungen. Zu diesen präsentierte die Regierung im September 2019 einen Mantelerlass mit dem Titel «Bundesgesetz über administrative Erleichterungen und die Entlastung des Bundeshaushalts». Damit sollten eine Reduktion der Indexierung der Einlage in den Bahninfrastrukturfonds (BIF) und ihre Anbindung an das Wachstum der Bundeseinnahmen (Eisenbahngesetz und Bahninfrastrukturfondsgesetz), eine Neuregelung der Finanzierung der amtlichen Vermessung (Geoinformationsgesetz), die Schaffung einer Verpflichtung subventionssprechender Bundesämter zu schriftlichen Prüfkonzepten (Subventionsgesetz), eine Berechtigung für die EZV, die Tabaksteuer bei nicht fristgerechter Einreichung der Steuerdeklaration nach Ermessen veranlagen zu können (Tabaksteuergesetz), sowie eine Vereinfachung der Finanzierung der Fernmeldeüberwachung (Bundesgesetz betreffend die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs) vorgenommen werden.

Ziel der Vorlage war es, den Bundeshaushalt administrativ und finanziell zu entlasten, wobei das Entlastungspotenzial gemäss Bundesrat von der Entwicklung der Teuerung abhängig sei. Denkbar sei aber eine Entlastung um mehr als CHF 100 Mio. in 10 Jahren, erklärte der Bundesrat. Allgemein verzichtete er jedoch auf die Formulierung eines Sparziels, da nicht die kurzfristige, sondern eine mittel- oder langfristige Entlastung im Vordergrund stehe.
In der Folge gab der Bundesrat seine Vorlage in die Vernehmlassung, diese dauert bis Mitte Dezember 2019.

Eine neue Kostenschätzung der ESTV zum Informatikprogramm FISCAL-IT ergab einen zusätzlichen Mittelbedarf von CHF 26 Mio. Die Gründe dafür sind vielfältig: Zum einen werden zur Umsetzung des Projekts aufgrund des technologischen Fortschritts heute andere Technologien verwendet, als zum Zeitpunkt der ursprünglichen Kostenschätzung im Jahr 2012 angenommen worden war. Die durch die Verwendung neuer Technologien entstehenden Innovationskosten müssen vollumfänglich durch das FISCAL-IT-Projekt getragen werden. Des Weiteren ist der Aufwand für die Integration einzelner Applikationen in den Betrieb beim BIT höher als vermutet. Schliesslich wurden neue Teilprojekte – zum Beispiel aufgrund der Teilrevision des Mehrwertsteuergesetzes und den Revisionen des RTVG oder des Bundesgesetzes über den internationalen automatischen Informationsaustausch in Steuersachen – hinzugefügt, was die Komplexität von FISCAL-IT zusätzlich erhöht hat. Diese Verzögerungen bringen allesamt Mehrkosten bei Planung, Steuerung und Controlling mit sich. Entsprechend beantragte der Bundesrat im Rahmen des Nachtrags I zum Voranschlag 2017 einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 18 Mio. Bundesrat Maurer begründete diesen damit, dass beim Projektbeginn zu optimistisch gerechnet worden sei, dass neue Teilprojekte hinzugekommen seien und es in einigen Projekten zu Verzögerungen gekommen sei. Er betonte aber auch, dass bei Vollendung des Projekts bis zu 100 Stellen gespart werden können.
Dieser Nachtragskredit führte zu einigen Diskussionen im Parlament. Während ihn der Ständerat immer wieder guthiess, lehnte ihn der Nationalrat in allen Etappen des Differenzbereinigungsverfahrens ab. In der Einigungskonferenz setzte sich zwar der Ständerat durch, der Nationalrat lehnte jedoch den Vorschlag der Einigungskonferenz und mit ihm die beiden noch offenen Punkte des Nachtrags I ab. Bereits zuvor hatte Finanzminister Maurer angetönt, dass er bei einer Ablehnung dieselbe Forderung zum FISCAL-IT-Projekt im Nachtrag II noch einmal stellen werde.

Bei der dritten Prüfung des INSIEME-Nachfolgers FISCAL-IT anfangs 2016 machte die EFK erste Indizien aus, dass die im Jahr 2014 veranschlagten CHF 85.2 Mio. nicht ausreichen könnten. So kam es „aufgrund der neuen Technologien im Rahmen der serviceorientierten Architektur", mit denen das BIT in dieser Komplexität wenig Erfahrung hatte, zu Mehrkosten. Bisher konnten diese vom BIT selbst getragen oder über die Reserven verbucht werden. Da diese Reserven aber beinahe aufgebraucht sind, können Budgetüberschreitungen nicht ausgeschlossen werden – so der Bericht der EFK. Zudem sorgten die Beschaffungen (v.a. die Personalrekrutierung) noch immer für Verzögerungen, gemäss der ESTV sollte der Endtermin Ende 2018 jedoch eingehalten werden können. Der Bericht dokumentierte aber auch erste Erfolge des Projekts, erste Anwendungen konnten bereits in Betrieb genommen werden: Zum Beispiel erlaubt die Applikation zur Mehrwertsteuer-Einreichung (MOE) den Steuerpflichtigen neu, ihre Mehrwertsteuer-Abrechnung online selbst zu erfassen.

Bei der zweiten Prüfung des Projekts FISCAL-IT durch die EFK Ende 2014 standen die Planung und das Controlling im Mittelpunkt. Zu diesem Zeitpunkt waren 14 der 29 Projekte gestartet. Die EFK attestierte dem Projekt wiederum eine positive Entwicklung, ebenfalls positiv erwähnt wurden die Aufmerksamkeit, die das Projekt in der ESTV und im BIT geniesst, die Kompetenz der Akteure sowie die Führungstätigkeit in Übereinstimmung mit den Richtlinien der Bundesverwaltung. Dennoch schlägt die EFK Verbesserungsmassnahmen vor: Unter anderem sei der Erfolg des Programms zu stark von einem externen Mitarbeiter, dem Fachprogrammleiter, abhängig. Dessen allfälliger Ausfall könne kaum innert nützlicher Frist korrigiert werden. Kritisiert wurde auch die hohe Fluktuationsrate, insbesondere auf der Ebene Projektleitung. Die Hälfte der Mitarbeitenden der Projektleitung wurde 2014 ausgetauscht. Die bei der Prüfung 2013 empfohlenen Massnahmen seien hingegen zufriedenstellend umgesetzt worden und hätten sich bewährt, jedoch seien noch nicht alle festgestellten Probleme behoben. So komme es aufgrund von Beschaffungen noch immer zu Projektverzögerungen. Bei zwei Projekten musste entsprechend der Einführungstermin verschoben werden.

2013 startete der Bund offiziell das Projekt FISCAL-IT, das die Erneuerung der elektronischen Systeme der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) zum Ziel hat und voraussichtlich bis Ende 2018 abgeschlossen sein soll. Das Vorgängerprojekt INSIEME war 2012 mit einem Verlust von über CHF 100 Mio. ohne Umsetzung abgebrochen worden. FISCAL-IT sollte nun auf die beim Projekt INSIEME gemachten Erfahrungen aufbauen, das heisst dessen Fehler vermeiden, aber seine bereits erarbeiteten Ergebnisse übernehmen. Dazu wurde das Projekt in 29 Informatikprojekte, unter anderem zu den verschiedenen Steuerarten – Verrechnungssteuer, Mehrwertsteuer, direkte Bundessteuer, Stempelsteuer, Emissionsabgaben usw. –, mit einheitlichem Programm-Management und Architekturkonzept unterteilt. Für das gemeinsam von der ESTV und dem Bundesamt für Informatik und Telekommunikation (BIT) getragenen Projekt bewilligte das Parlament im Voranschlag 2014 einen Verpflichtungskredit von CHF 85.2 Mio.
Als Nachfolgeprojekt von INSIEME war dem Projekt grosse Aufmerksamkeit gewiss. Durch seinen Status als IKT-Schlüsselprojekt unterliegt es einer jährlichen Prüfung durch die eidgenössische Finanzkontrolle (EFK), wodurch allfällige Probleme diesmal früh erkannt werden sollen. Bei der ersten solchen Überprüfung Ende 2013 hinterliess das Projekt bei der EFK einen guten Eindruck, dennoch wies diese auch auf einige Probleme und erschwerende Rahmenbedingungen hin, wie sie in ihrem Bericht festhielt. Unter anderem beschäftige die Aufarbeitung von INSIEME die Mitarbeitenden nach wie vor stark und bringe enormen Aufwand für diese mit sich. Der Druck auf das Projekt FISCAL-IT sei entsprechend überall spürbar. Zudem seien bereits in dieser Anfangsphase bei verschiedenen Projekten Verzögerungen aufgrund von Beschaffungsproblemen und wegen eines unvollständigen Architekturkonzepts feststellbar.

Der Nationalrat befasste sich als Erstrat mit der Revision des Finanzkontrollgesetzes. Umstritten war in der Finanzkommission die Erweiterung der Aufsicht auf Anstalten und Unternehmungen, an denen der Bund mit mehr als 50% beteiligt ist. Der Rat wies einen entsprechenden Antrag einer Kommissionsminderheit um Steiner (fdp, SO) zurück. Den Antrag Weyeneth (svp, BE), welcher eine Übertragung der Wahl des EFK-Direktors auf die Bundesversammlung forderte – wobei dem Bundesrat ein Vorschlagsrecht eingeräumt würde, lehnte er ebenfalls ab, um die nötige Diskretion bei der Rekrutierung möglicher Kandidaten zu gewährleisten sowie eine Verpolitisierung der Wahl zu verhindern. In der Gesamtabstimmung wurde das Finanzkontrollgesetz mit 130 zu 0 Stimmen genehmigt.

Auch als Folge der Missstände bei der Pensionskasse des Bundes (PKB) suchten die Finanzkommissionen beider Räte nach Massnahmen, um die Stellung und Unabhängigkeit der Eidgenössischen Finanzkontrolle (EFK) zu stärken. In der Herbstsession gab der Nationalrat einer parlamentarischen Initiative Bührer (fdp, SH) Folge, die eine Revision des Bundesgesetzes über die Eidgenössische Finanzkontrolle (FKG) fordert. Konkret beantragte der Initiant, dass die EFK der Finanzdelegation beider Räte (und nicht mehr dem Finanzdepartement) unterstellt wird, damit sie nicht den selben Leuten unterstellt ist, die sie kontrollieren muss. Weiter soll die Wahl des Vorstehers der EFK durch das Parlament (anstatt durch den Bundesrat mit Bestätigung durch die Finanzdelegation) erfolgen, die departementale Aufsicht durch eine wirksame, dem Departementschef unterstellte Revisionsstelle unterstützt werden und die mitschreitende Finanzkontrolle des Parlamentes, einschliesslich des Controllings bei hängigen Geschäften, verstärkt werden. Der Bundesrat stellte seinerseits Reformvorschläge bezüglich der EFK für 1998 in Aussicht, diese gehen allerdings weniger weit.