Im März 2019 reichte Franz Grüter (svp, LU) eine parlamentarische Initiative gegen die MWST-Belastung auf Steuern und Abgaben bei Treibstoffen ein. Dass die Mehrwertsteuer bei Treibstoffen nicht nur auf den Mehrwert, sondern auch auf Steuern und Abgaben erhoben werde, sei missbräuchlich, widerspreche der Logik der Mehrwertsteuer und koste 7 Rappen pro Liter Treibstoff. Entsprechend sollen Mineralölsteuersatz, Mineralölsteuerzuschlag und Importabgaben auf Treibstoffe zukünftig nicht mehr in die Bemessungsgrundlage einbezogen werden. Im August 2020 gab die WAK-NR dem Anliegen knapp mit 12 zu 12 Stimmen bei 1 Enthaltung und Stichentscheid von Präsident Lüscher (fdp, GE) Folge. Den Argumenten, der Staat solle keine Steuern auf Steuern erheben und tiefere Steuern wirkten sich positiv auf das Wirtschaftswachstum aus, standen Argumente entgegen, wonach die Änderung Mindereinnahmen von CHF 230 Mio. und weitere Forderungen nach Ausnahmen mit sich bringen würde sowie die klimapolitischen Ziele unterlaufe.

Im September 2019 forderte Ruedi Noser (fdp, ZH), dass Green-Finance-Kapitalanlageprodukte, also Anlageprodukte, die eine umweltverträgliche Entwicklung fördern, von der Verrechnungssteuer und der Stempelabgabe befreit werden sollen. Der entsprechende Markt in der Schweiz wachse stark – 2018 zum Beispiel um 83 Prozent auf CHF 717 Mrd. – und solle unterstützt werden, damit sich die Schweiz «zu einem führenden Zentrum» in diesem Bereich entwickeln und damit ein wichtiger «Beitrag an die Herausforderungen des Klimawandels» geleistet werden könne. Es bestünden seit Langem Anstrengungen, die Verrechnungssteuer und die Stempelabgaben abzuschaffen; zumindest für die Green-Finance-Produkte solle dies nun schnellstmöglich geschehen.
Der Bundesrat empfahl die Motion zur Ablehnung und verwies stattdessen auf seine Bemühungen für eine Reform der Verrechnungssteuer sowie auf ein Postulat der UREK-SR (Po. 19.3951). Aufgrund des Postulats sei er dabei, einen Bericht zur steuerlichen Entlastung nachhaltiger Finanzprodukte zu erstellen, der abgewartet werden solle. In der Ständeratsdebatte in der Wintersession 2019 verwies Bundesrat Maurer zudem darauf, dass die Nachfrage nach solchen Produkten in der Schweiz ihr Angebot deutlich übersteige und die Nachfrage somit im Moment nicht zusätzlich gefördert werden müsse. Mit 24 zu 17 Stimmen nahm der Ständerat die Motion dennoch an.

Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.