Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Eine parlamentarische Initiative Robbiani (svp, TI) fordert die Verlängerung der Fristen zur Finanzierung von Institutionen für Behinderte. Mit der Einführung des Bundesgesetzes über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) wurde die Zuständigkeit für die Institutionen der Behindertenbetreuung den Kantonen übergeben. Für die Institutionen, denen vor dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes über den Finanz- und Lastenausgleich Gelder bewilligt worden waren, war in den Übergangsbestimmungen des Gesetzes eine Frist von drei Jahren festgelegt. Laut Robbiani reiche nun diese Frist nicht aus, was dazu führe, dass die betroffenen Institutionen die ihnen zugesicherten Bundesgelder nicht mehr erhielten. Die entstandenen Kosten würden auf die Kantone überwälzt. Der Nationalrat war in der Herbstsession entgegen dem Antrag des Bundesrates auf den von seiner Kommission ausgearbeiteten Erlassentwurf eingetreten und hiess ihn gut. Der Ständerat hingegen befand, dass kein Handlungsbedarf mehr bestehe, da bis zum Verhandlungszeitpunkt die Schlussberichte nur noch in zwei Institutionen ausstehend waren und sich das Dossier somit bereits erledigt hatte. Weiter wurde festgehalten, dass faktisch sechs Jahre Übergangsfrist zur Verfügung gestanden hätten und somit die Spielregeln für alle bekannt gewesen seien.

In der Sommersession befasste sich der Nationalrat als Zweitrat mit der „Neuausgestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgaben zwischen Bund und Kantonen“ (NFA). Die grundsätzlich einen starken Zentralstaat bevorzugende linke Kommissionsminderheit verlangte, auf die Vorlage nicht einzutreten, oder aber sie an den Bundesrat zurückzuweisen mit dem Auftrag, die gesamte Sozialpolitik von der neuen Kompetenzverteilung auszunehmen. Die beiden Anträge wurden nach einer langen Eintretensdebatte mit 114:52 resp. 113:55 Stimmen abgelehnt. In der Detailberatung setzte sich praktisch überall die von der Kommissionsmehrheit unterstützte Ständeratsfassung durch. Insbesondere bestätigte der Rat gegen den Widerstand der SP den Beschluss des Ständerats, das in der Schweiz seit jeher praktizierte Subsidiaritätsprinzip erstmals explizit in die Verfassung aufzunehmen. Trotz staatsrechtlicher Bedenken von linker und bürgerlicher Seite beharrte er mit 94:75 Stimmen darauf, renitente Kantone mit einem Allgemeinverbindlichkeitsbeschluss zu zwingen, sich an der gemeinsamen Aufgabenlösung mit Lastenausgleich zu beteiligen; einzelne Kantone müssen in diesen Fällen Gesetze übernehmen, welche sie selbst in einer Volksabstimmung abgelehnt haben. Bei der neuen Kompetenzverteilung war, wie bereits im Ständerat, der Bereich der Behindertenpolitik am umstrittensten. Konkret kritisierte die Linke, unterstützt von Behindertenorganisationen, den Rückzug des Bundes aus der Mitfinanzierung (über die IV) von Schulen, Werkstätten und Heimen für Behinderte. Sie befürchtete, dass die Kantone nicht Willens oder nicht in der Lage wären, die bisherigen staatlichen Leistungen ohne Einschränkungen fortzuführen. Bei diesem Thema ergab sich im Nationalrat der einzige Abstimmungserfolg für die Linke. Mit Hilfe des Freisinns wurde die Möglichkeit geschaffen, dass gegen kantonale Regelungen, welche als ungenügend erachtet werden, an das Bundesgericht appelliert werden kann. Anders waren die Fronten bei der Festlegung der Beteiligung der reichen Kantone am Lastenausgleich. Hier verlief die Konfliktlinie quer durch das bürgerliche Lager, wo sich die SVP und weitere bürgerliche Abgeordnete aus den wohlhabenderen Kantonen einerseits und CVP- und FDP-Vertreter aus den ärmeren Kantonen sowie die Linke andererseits gegenüber standen. Die zweite Gruppe setzte sich durch und näherte die Obergrenze der Beteiligung der reichen Kantone, welche die kleine Kammer auf 75% der eingesetzten Bundesmittel beschränkt hatte, wieder dem bundesrätlichen Vorschlag einer gleich starken Beteiligung an. Der Rat beschloss, dass dieser Beitrag bis zu 100% ausmachen kann. Gegen den Antrag der Kommissionsmehrheit hielt er an der bisherigen Regelung fest, dass 8 Kantone – und nicht wie vom Ständerat beschlossen lediglich 5 – das fakultative Referendum ergreifen können. In der Gesamtabstimmung verabschiedete der Nationalrat die neuen Verfassungsbestimmungen gegen die Opposition der SP und der GP mit 75:42 Stimmen.

In der Differenzbereinigung lehnte der Ständerat die vom Nationalrat geschaffene Möglichkeit ab, Entscheide der Kantone im Bereich der Massnahmen zur Wiedereingliederung von Behinderten in letzter Instanz bis vor das Bundesgericht ziehen zu können. Obwohl er zugestand, dass es im Hinblick auf die Volksabstimmung taktisch sinnvoll wäre, diesen Passus beizubehalten, lehnte er ihn aus grundsätzlichen Überlegungen ab, da er den Zielen der aktuellen Justizreform widerspreche. Bei der Höhe der Beteiligung der reichen Kantone am Lastenausgleich sprach er sich gegen die Obergrenze von 100% der Bundesbeiträge aus und erhöhte sein Angebot von 75% auf 80%. In beiden Fragen gab die grosse Kammer auf Antrag ihrer Kommissionsmehrheit nach. In der Schlussabstimmung hiess der Nationalrat die NFA gegen den Widerstand der SP und der GP mit 126:54 Stimmen gut; in der kleinen Kammer lautete das Ergebnis 38:2.