Der Ständerat folgte bei seiner Behandlung des Nachtrags IIa zum Voranschlag 2020 einen Tag später bis auf eine Ausnahme vollständig dem Bundesrat. Zwar waren in der Kommission zahlreiche verschiedene Anträge behandelt worden, im Unterschied zum Nationalrat verzichteten die Kommissionsminderheiten jedoch darauf, ihre Anträge dem Rat zu unterbreiten. Einzig der Antrag der Mehrheit, dem Nationalrat bezüglich seines ergänzten Kredits über CHF 10 Mio. für Kulturvereine im Laienbereich zu folgen, stand im Raum und wurde von der kleinen Kammer stillschweigend gutgeheissen. Eine Differenz zum Erstrat schuf der Ständerat jedoch: Die kleine Kammer sprach sich gegen die Rahmenbedingung für die Kreditvergabe an die Fussball- und Eishockeyligen aus; die Vereine sollten nicht verpflichtet werden, bei allfällig nötigen Gehaltskürzungen progressiv vorzugehen. Die Anspruchsvoraussetzungen für die Darlehen seien bereits sehr einengend und verpflichtend, weshalb man keine weitere Hürde einbauen wolle, erklärte Kommissionspräsident Hegglin (cvp, ZG). In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Nachtrag IIa ohne Gegenstimmen an (42 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen respektive 44 zu 0 Stimmen bei 1 Enthaltung).

Somit stand im Differenzbereinigungsverfahren lediglich die Frage der Anspruchsvoraussetzungen für die Sportligen zur Debatte. Dabei entschied der Nationalrat auf Antrag seiner Finanzkommission, aber entgegen einer Minderheit Feller (fdp, VD), auf Festhalten. Man müsse zwischen weniger gut verdienenden und den hochbezahlten Profisportlern unterscheiden, argumentierte etwa Lars Guggisberg (svp, BE) diesbezüglich. In der Folge lenkten die ständerätliche Kommission und schliesslich auch der Ständerat ein: Man stimme der Bedingung der Kreditvergabe zu, wenn diese nicht als Einzelfallprüfung, sondern als Selbstdeklaration der Liga, diese Pflicht einzuhalten, – wenn auch mit allfälligen Stichprobenkontrollen – verstanden werde. Mit 23 zu 18 (bei 1 Enthaltung) nahm der Ständerat diese Bedingung schliesslich an und hiess damit den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020 gut.

In der Sommersession behandelte der Nationalrat als Erstrat den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020. Fast mehr zu reden als die eigentlichen Nachtragskredite gab jedoch die Frage des Schuldenabbaus. Roland Fischer (gpl, LU) und Daniel Brélaz (gp, VD) erklärten, die Kommission habe lange über dieses Thema diskutiert, zumal gemäss der aktuellen Regelung der Schuldenbremse in den nächsten sechs Jahren CHF 30 Mrd. abgebaut werden müssten. In einer Motion (Mo. 20.3470) habe die Kommission deshalb beantragt, die Corona-bedingten ausserordentlichen Ausgaben nicht auf das Amortisationskonto der Schuldenbremse zu buchen und somit der Verpflichtung des Abbaus innert sechs Jahren zu entgehen.
Inhaltlich bestanden kaum Differenzen zwischen der Kommissionsmehrheit und dem Bundesrat; die Mehrheit der FK-NR hatte sich zuvor bis auf einen Punkt bei allen Nachtragskrediten dem Bundesrat angeschlossen. Hingegen lagen dem Rat zu verschiedenen Kreditposten Minderheitsanträge für Kürzungen vor, nur vereinzelt verlangten Kommissionsminderheiten zudem eine Erhöhung der zu sprechenden Kredite.
Bei den Anträgen des EDA für die Darlehen für das IKRK (CHF 200 Mio.), für die humanitäre Hilfe (CHF 50.5 Mio.) sowie für die multilaterale Zusammenarbeit (CHF 57 Mio.) und des EFD für den Katastrophenfonds des IWF verlangten Minderheiten Guggisberg (svp, BE) und Nicolet (svp, VD) die Streichung der Kredite respektive bei der humanitären Hilfe ihre Reduktion auf CHF 20 Mio. Minderheitensprecher Guggisberg betonte, dass man Prioritäten setzen müsse und sich «auf die Menschen in der Schweiz konzentrieren» solle, zumal während vier Jahren für die Entwicklungshilfe und die humanitäre Hilfe bereits CHF 11 Mrd. «ins Ausland geschickt» würden. Die nachfolgenden Generationen müssten das jetzt gesprochene Geld überdies «erst wieder verdienen». Folglich schlug Guggisberg als Rahmenbedingung für die Kreditverwendung in weiteren Minderheitsanträgen vor, die entsprechenden Beiträge dem Budget der internationalen Entwicklungshilfe anzurechnen. Eine Minderheit II Friedl (sp, SG) verlangte im Gegenzug die Aufstockung des Kredits für humanitäre Hilfe auf CHF 100 Mio. Claudia Friedl betonte, dass es aufgrund der globalisierten Wirtschaftsbeziehungen im Eigeninteresse der Schweiz sei, dass es auch dem Rest der Welt gutgehe. Mit Verweis auf die humanitäre Tradition der Schweiz sei 1 Prozent der Schweizer Ausgaben zur Bewältigung der Corona-Krise als humanitäre Hilfe zu wenig. Vielmehr sollen in Übereinstimmung mit der vom Nationalrat in der ausserordentlichen Session zur Bekämpfung der Corona-Krise angenommenen Motion der APK-NR (Mo. 20.3131) CHF 100 Mio. für die humanitäre Hilfe gesprochen werden. Sämtliche Minderheiten lehnte der Nationalrat deutlich ab.
Ein Minderheitsantrag lag auch bezüglich der indirekten Presseförderung vor. Eine Minderheit Strupler (svp, TG) verlangte die Streichung der CHF 17.5 Mio. für die Zustellungshilfe für die Presse, um eine unzulässige Abhängigkeit der Presse vom Staat zu verhindern. Die Mehrheit des Nationalrats stimmte dem Kredit jedoch in Übereinstimmung mit der Forderung aus zwei zuvor von beiden Räten angenommenen Motionen (Mo. 20.3145, Mo. 20.3154) zu.
Diskussionen gab es wie schon beim ersten Nachtrag auch bei den Sport- und Kulturkrediten. Bei den Darlehen für die Fussball- und Eishockeyligen verlangte die Kommissionsmehrheit, dass die Senkung des durchschnittlichen Einkommens aller am Ligabetrieb teilnehmenden Spieler, welche gemäss der auf den 1. Juni 2020 geänderten Sportförderungsverordnung nötig wird, wenn die Darlehen nicht innert drei Jahren zurückbezahlt werden, durch eine progressive Senkung der einzelnen Einkommen erreicht wird, dass also höhere Einkommen stärker gesenkt würden. Während eine Minderheit Feller (fdp, VD) diese Bedingung ablehnte, wollte eine weitere Minderheit Strupler den Betrag des Darlehens um CHF 50 Mio. reduzieren. Die Kommissionsmehrheit setzte sich jedoch gegen beide Minderheiten durch.
Auch bei den Ausfallentschädigungen für Kulturunternehmen und Kulturschaffende verlangte eine Minderheit Guggisberg die Streichung, zumal ab dem 6. Juni Kulturanlässe mit 300 Personen wieder möglich seien und die Betroffenen andere Möglichkeiten hätten. Auch hier setzte sich die Kommission durch, genauso wie bei ihrem Antrag auf zusätzliche CHF 10 Mio. für Kulturvereine im Laienbereich. Sämtliche Kulturbeträge sollten durch eine Umlagerung des Kredits «Soforthilfe für Kulturunternehmen» finanziert werden.
Eine Minderheit Widmer setzte sich schliesslich erfolglos für einen Kredit über CHF 10 Mio. als Nothilfe für Armutsbetroffene ein; verschiedene Sprechende verwiesen diesbezüglich auf die Bilder von auf Essenshilfe wartenden Menschen in Genf. Kommissionssprecher Fischer erläuterte jedoch für die Kommission, dass die entsprechende Hilfe von den Kantonen und Gemeinden geleistet werden solle, zumal diese mit der jeweiligen Situation besser vertraut seien als der Bund.
Der grösste Kreditposten schliesslich, die CHF 14.2 Mrd. für die ALV, wurde gar ohne Minderheitsantrag stillschweigend verabschiedet. Der Rat war sich einig, dass man nun nicht durch eine Erhöhung der Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge die konjunkturelle Erholung ausbremsen dürfe. Zuvor hatte Lars Guggisberg als Bedingungen für die Zustimmung der SVP-Fraktion eine gesetzliche Grundlage für die Ausgabe gefordert. Finanzminister Maurer versprach dem Rat auf Anfang Juli eine entsprechende Botschaft, die das Parlament in der Herbstsession beschliessen könne, und betonte, ohne die entsprechende Botschaft könne der Kredit nicht verwendet werden. Des Weiteren versprach er eine Gesamtschau zur Kurzarbeit, die gemeinsam mit dem Budget 2021 und den Finanzplänen behandelt werden sollte, und liess durchblicken, dass die CHF 40 Mrd. kaum vollständig aufgebraucht werden würden.
In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020 mit 150 zu 23 Stimmen (bei 22 Enthaltungen) an. Sämtliche ablehnenden Stimmen und Enthaltungen stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion.

Anders als noch beim ersten Nachtrag konnte der Bundesrat seine Kreditanträge allesamt in den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020 integrieren, Nachmeldungen waren nicht nötig. Der zweite Nachtrag beinhaltete Corona-bedingt wiederum aussergewöhnlich hohe Nachtrags- und Verpflichtungskredite in der Höhe von CHF 14.9 Mrd. respektive CHF 307.5 Mio. (Nachtrag I: CHF 16 Mrd. respektive CHF 40 Mrd.). Im Unterschied zum ersten Nachtrag entfiel jedoch der Grossteil dieses Betrags (CHF 14.2 Mrd.) auf einen einzigen Posten: die Arbeitslosenversicherung. Erneut sollte damit verhindert werden, dass der ALV-Fonds seine Schuldenobergrenze von CHF 8 Mrd. erreicht, wodurch eine Erhöhung der Lohnbeiträge und eine Revision des Arbeitslosenversicherungsgesetzes nötig werden würde. Die übrigen CHF 700 Mio. verteilten sich auf weitere 10 Nachtragskredite: CHF 307.5 Mio. beantragte der Bundesrat für die Entwicklungshilfe; diese Mittel sollten für verschiedene internationale Bemühungen zur Bewältigung der Corona-Epidemie eingesetzt werden. CHF 200 Mio. sollten etwa als zinsloses Darlehen an das IKRK gehen und bis zum Jahr 2027 vollständig zurückbezahlt werden. Weitere CHF 50.5 Millionen sollten der Internationalen Rotkreuz- und Rothalbmond-Bewegung, den Vereinten Nationen sowie einzelnen, von Covid-19 besonders stark betroffenen Ländern zugute kommen. CHF 20 Mio. davon konnten durch das EDA-Globalbudget kompensiert werden.
Erneut sollten der Sport- und der Kulturbereich unterstützt werden, so beantragte der Bundesrat A-fonds-perdu-Beiträge über CHF 50 Mio. für die Sportvereine und -organisationen (Breitensport) sowie CHF 175 Mio. als rückzahlbare Darlehen für die Fussball- und Hockeyligen. Dies sollte Letzteren ermöglichen, den Betrieb bis Ende der Saison 2020/2021 sicherzustellen. Allenfalls sei im Budget 2021 ein weiteres Darlehen in derselben Höhe nötig, kündigte der Bundesrat an.
Im Kulturbereich hatte der Bundesrat festgestellt, dass zinslose Darlehen und Soforthilfen selten genutzt wurden, aber stattdessen weit mehr Gesuche für Ausfallentschädigungen eingegangen seien als erwartet. Folglich erhöhte er letzteren Kredit um CHF 50 Mio. und kompensierte dies vollumfänglich durch eine Reduktion der im Nachtrag I genehmigten Kredite zur Soforthilfe für Kulturunternehmen (CHF -35 Mio.) und zur Soforthilfe für Kulturschaffende (CHF -15 Mio.).
Auch die Aufstockung des Kredites zur Impfstoffbeschaffung um CHF 100 Mio. wurde durch Reduktionen der Kredite aus dem ersten Nachtrag finanziert. Bei den Impfungen rechnete der Bundesrat mit einem Bestellvolumen für etwa 60 Prozent der Schweizer Bevölkerung, was Kosten von CHF 200 Mio. mit sich bringen würde. Da er bezüglich des Arzneimittelbedarfs von deutlich höheren Fallzahlen ausgegangen war, konnten CHF 100 Mio. dort kompensiert werden.

Neben diesen als ausserordentlicher Zahlungsbedarf verbuchten Krediten – eine solche Ausnahme ist in der Schuldenbremse für eine «aussergewöhnliche und vom Bund nicht steuerbare Entwicklung» vorgesehen –, standen auch Kredite an, die der Schuldenbremse unterstellt waren. Dazu gehörten die zwei Verpflichtungskredite für die Entwicklungshilfe sowie ein Nachtragskredit für die Produktion und den Absatz von Wein um CHF 7 Mio. Um einen Preiszusammenbruch aufgrund einer Weinschwemme, die ihrerseits vor allem durch die Schliessung von Restaurants bedingt war, zu verhindern, wollte der Bundesrat Betriebe, die ihre Lagerbestände an inländischem Wein mit kontrollierter Ursprungsbezeichnung (AOC-Wein) zu Tafelwein deklassierten, mit insgesamt CHF 8.5 Mio. unterstützen. CHF 1.5 Mio. sollten durch einen früheren Kredit kompensiert werden.
CHF 17.5 Mio. sah der Bundesrat schliesslich für die indirekte Presseförderung vor und wollte damit den Tages- und Wochenzeitungen der Regional- und Lokalpresse während sechs Monaten die Tageszustellung bezahlen und sich an den Zustellkosten von Tages- und Wochenzeitungen mit einer Auflage über 40'000 Exemplaren beteiligen. Weitere, im Rahmen verschiedener Motionen (Mo. 20.3145, Mo. 20.3154, Mo. 20.3146, Mo. 20.3155) geforderte Unterstützungsmassnahmen sollten durch die Radio- und Fernsehabgabe finanziert werden.