Zwei Tage nach dem Erstrat setzte sich der Ständerat mit dem Nachtrag Ia zum Voranschlag 2022 auseinander, wobei Johanna Gapany (fdp, FR) die Vorlage im Namen der Kommission darlegte. Auf keinen Widerstand in der FK-SR waren die drei ausserordentlichen Covid-19-Kredite für den Erwerbsersatz (CHF 1.7 Mrd.), für die kantonalen Härtefallmassnahmen (CHF 900 Mio.) und für die ALV (CHF 800 Mio.) gestossen. Stillschweigend hiess auch der Ständerat diese in der Folge gut. Auch die CHF 11 Mio. für die Fertigstellung eines ETH-Gebäudes genehmigte der Ständerat ohne Minderheitsantrag, auch wenn sich die Kommission mit der Situation unzufrieden zeigte: «Des questions ont été posées concernant la procédure d'adjudication des travaux», betonte die Kommissionssprecherin.
Neu lag dem Rat nun aber auch ein Antrag der Kommission auf zwei zusätzliche Kredite über insgesamt CHF 100 Mio. vor, mit denen der Bundesrat Abnahmegarantien für Medikamente für immunsupprimierte Personen abschliessen und diese Medikamente in der Folge beschaffen wollte. Dies war in drei Motionen (Mo. 21.4632, Mo. 22.3005, Mo. 22.3018) gefordert worden, wobei eine davon bisher vom Nationalrat angenommen worden war. Kommissionssprecherin Gapany betonte, dass zur Verwendung der entsprechenden Kredite zuerst die nötige gesetzliche Grundlage geschaffen werden müsse. Finanzminister Maurer beantragte die zwei Kredite zur Ablehnung. Mit deren Annahme würde man den Nationalrat überrumpeln – die FK-NR könne diese vor der Ratssitzung nicht mehr debattieren –, zudem lege der Bundesrat in der Sommersession einen zusätzlichen Nachtragskredit für Impfungen vor, wobei man eine Gesamtbeurteilung vornehmen werde. Mit 36 zu 5 Stimmen (bei 1 Enthaltung) nahm der Ständerat die entsprechenden Kredite dennoch an, nachdem verschiedene Sprechende deren Dringlichkeit unterstrichen hatten.
Abschliessend diskutierte auch der Ständerat über die Krediterhöhung für Notschutzmassnahmen gegen den Wolf. Die Kommission hatte diesen vom Nationalrat ergänzten Kredit nicht vorberaten, ein Einzelantrag Engler (mitte, GR) verlangte jedoch Zustimmung. Wie bereits Mike Egger (svp, SG) im Nationalrat betonte auch Stefan Engler die Relevanz dieser zusätzlichen Gelder und unterstrich die bestehende gesetzliche Grundlage. Nach verschiedenen unterstützenden Wortmeldungen sprach sich der Ständerat mit 41 zu 0 Stimmen bei einer Enthaltung für die temporären Notschutzmassnahmen gegen den Wolf aus. Mit einer Differenz bezüglich der Kredite für die Medikamente für immunsupprimierte Personen musste der Nachtrag Ia somit ins Differenzbereinigungsverfahren.

Im August 2020 legte der Bundesrat dem Parlament das dritte Massnahmenpaket zur Bewältigung der Corona-Pandemie als Nachtrag IIb zum Voranschlag 2020 vor. Dieses weitere Massnahmenpaket beinhaltete 13 Nachtragskredite über insgesamt CHF 770 Mio. und war zur weiteren Abfederung der wirtschaftlichen Folgen der Corona-Krise nötig geworden. Die entsprechenden Kosten sollten ausserordentlich verbucht werden, zumal Corona eine «aussergewöhnliche und vom Bund nicht steuerbare Entwicklung» darstelle, die Hälfte der Ausgaben sollten überdies aus früheren Krediten kompensiert werden.
Der grösste Kreditposten stellten die Coronatests (CHF 288.5 Mio.) dar. Da der Bund so viel, wie möglich und sinnvoll ist, testen wollte, übernahm er ab Ende Juni 2020 die Kosten der Coronatests, die zuvor uneinheitlich durch die OKP oder die Kantone bezahlt worden waren. Die dadurch anfallenden Kosten sollten durch den bereits bewilligten Kredit für die Beschaffung von Sanitätsmaterial kompensiert werden. Der Kredit sollte bis zum Ende des Jahres 2020 durchschnittlich 8000 Tests pro Tag ermöglichen.
Ähnlich hoch fielen die Kosten für die Einlage in den Bahninfrastrukturfonds aus (CHF 221.3 Mio.), die aufgrund des dringlichen Bundesgesetzes über die Unterstützung des öffentlichen Verkehrs in der Covid-19-Krise möglich geworden war. Da der Bundesrat für das Jahr 2020 Corona-bedingt mit einem Einbruch der Einlagen aus dem allgemeinen Bundeshaushalt sowie der zweckgebundenen Einnahmen in den Bahninfrastrukturfonds rechnete, wollte er dem Fonds zusätzlich den Maximalbetrag von zwei Dritteln des Reinertrag der LSVA zukommen lassen. Ursprünglich hätten CHF 221 Mio. der LSVA-Einnahmen für den allgemeinen Bundeshaushalt eingesetzt werden sollen. Zudem sollte die Rückzahlung der Bevorschussung des Fonds für 2020 sistiert werden.
Der dritte grosse Kreditposten stellte die Rekapitalisierung von Skyguide (CHF 150 Mio.) dar. Wegen des Zusammenbruchs des Flugverkehrs habe Skyguide grosse Umsatzeinbussen zu beklagen – für das Jahr 2020 rechnete das Unternehmen mit Verlusten bis CHF 246 Mio. Der Bund sei gemäss Luftfahrtgesetz verpflichtet, für eine genügende Kapitalaustattung von Skyguide zu sorgen, entsprechend wollte der Bundesrat den Betrag in das Eigenkapital von Skyguide einschiessen.
Die übrigen Nachtragskredite waren deutlich kleiner: Die Parlamentsdienste benötigten CHF 3 Mio. für die Sommersession 2020 in der Bernexpo sowie für die baulichen Massnahmen im Bundeshaus für die Herbstsession 2020. Das Bundesamt für Kultur beantragte CHF 3.5 Mio. für die Abfederung der Auswirkungen der Schliessungen der 18 Schweizerschulen im Ausland, CHF 1 Mio. für Kulturvereine im Laienbereich zur Deckung finanzieller Schäden durch die reduzierte Durchführung von Veranstaltungen sowie CHF 34 Mio. für die Finanzierung von Leistungsvereinbarungen der Kantone zur Unterstützung der Kulturunternehmen. Letztere beiden Kredite wurden vollständig aus der Soforthilfe für Kulturunternehmen kompensiert.
Das BAG benötigte neben dem Kredit für die Covid-Tests CHF 28.2 Mio. zur Finanzierung des Aufbaus ihrer Krisenorganisation und zur Entwicklung des Proximity-Tracing-Systems sowie CHF 3.4 Mio. für Subventionen an nationale Referenzzentren etwa für zusätzliche Testkapazitäten oder an Organisationen für die psychologische Beratung.
Aufgrund des Lockdowns konnten bauliche Massnahmen an der ETH Zürich schneller realisiert werden als geplant, wodurch deren zusätzliche Kosten über CHF 24 Mio. aus dem Finanzierungsbeitrag der ETH kompensiert werden sollten. Das WBF beantragte CHF 10 Mio. als ausserordentliche Kapitalerhöhung der SIFEM, der Entwicklungsfinanzierungsgesellschaft des Bundes, wobei der Nachtragskredit aus den Voranschlagskrediten für wirtschaftliche Entwicklungszusammenarbeit und für wirtschaftliche Entwicklungszusammenarbeit der Länder des Ostens kompensiert werden sollte. CHF 95'000 beantragte das BWL für die Lagerhaltung von Ethanol für eine allfällig zukünftig erneut nötige Herstellung von Desinfektionsmitteln. Schliesslich verlangte das Bakom CHF 2.92 Mio. für den Ausbau der indirekten Presseförderung, konkret für die Tageszustellung für abonnierte Tages- und Wochenzeitungen der Regional- und Lokalpresse sowie für einen Teil der Kosten grösserer Medien. Bei einer Annahme des Covid-19-Gesetzes würden die entsprechenden Massnahmen verlängert, wodurch der Nachtragskredit nötig werden würde.