In jeweils vier Sitzungen bereinigten National- und Ständerat das Bundesratsgeschäft über die steuerliche Berücksichtigung der Kinderdrittbetreuungskosten. Die beiden Räte konnten sich in der Frage, ob der Kinderabzug bei den direkten Bundessteuern pro minderjährigem oder in schulischer Ausbildung stehendem Kind von CHF 6'500 auf CHF 10'000 erhöht werden soll, bis zum Ende des Differenzbereinigungsverfahrens nicht einigen: Der Nationalrat befürwortete die entsprechende Erhöhung, wobei die Zustimmung zwischen den Behandlungen von 98 zu 90 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auf 126 zu 67 Stimmen (bei 1 Enthaltung) stieg. Die FDP-Liberale-Fraktion hatte dazwischen vom gegnerischen ins Befürworterlager des erhöhten Abzugs gewechselt. Beat Walti (fdp, ZH) erklärte, man könne zu diesem Punkt stehen, da er als Konter gegen einen Abzug von CHF 25'000 für alle Familien ohne Erwerbserfordernis ins Gesetz aufgenommen worden sei. Im Grundsatz sei es auch nicht falsch, die Familien steuerlich zu entlasten. Die SP-, die Grüne und die GLP-Fraktion lehnten die Änderungen bis zum Schluss ab. Sie komme vor allem Familien mit hohen Einkommen zugute, kritisierte zum Beispiel Prisca Birrer-Heimo (sp, LU). Zudem schränke sie den Handlungsspielraum für Massnahmen ein, die wirkungsvoller und effizienter wären, legte Kathrin Bertschy (glp, BE) das Hauptargument für die grünliberale Ablehnung dar.
Diese Argumente dominierten auch das Differenzbereinigungsverfahren im Ständerat. Kurz vor dessen erster Behandlung des Geschäfts hatte die WAK-SR gemäss ihrem Sprecher Pirmin Bischof (cvp, SO) ihre Position geändert: Da das Bundesratsgeschäft zur Abschaffung der Heiratsstrafe kurz zuvor an die Kommission zurückgewiesen worden sei, wodurch man zwar einerseits Geld spare, aber andererseits die Ehepaare vorerst nicht unterstützen könne, wolle man wenigstens die Kinderzulagen erhöhen. Der Ständerat sprach sich jedoch mit 22 zu 21 Stimmen und mit 23 zu 20 Stimmen zweimal für Minderheitsanträge auf Festhalten aus. Die folglich notwendig gewordene Einigungskonferenz empfahl die Position des Nationalrats mit 19 zu 7 Stimmen zur Annahme, eine Minderheit Birrer-Heimo sprach sich für die Abschreibung der gesamten Vorlage in dieser Form aus. Ihr Antrag war jedoch im Nationalrat wie erwartet chancenlos: Mit 124 zu 55 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) stimmte die grosse Kammer der Vorlage erneut zu. Im Ständerat stellte Paul Rechsteiner (sp, SG) einen Ordnungsantrag auf Rückweisung an die Kommission als Alternative zum Abschreibungsantrag. Die Kommission solle die «finanziellen und verteilungspolitischen Folgen auch im Quervergleich der Steuervorlagen unter Einbezug der Kantone» abklären; Finanzminister Maurer versprach eine Auslegeordnung bis zur Wintersession. Der Ständerat lehnte jedoch den Ordnungsantrag mit 23 zu 15 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) ab und stimmte schliesslich dem Antrag der Einigungskonferenz mit 21 zu 20 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) äusserst knapp zu. Somit setzte sich der Nationalrat mit seiner Version durch. Die Schlussabstimmungen waren nur noch Formsache, mit denselben Allianzen wie zuvor nahmen der Nationalrat die Vorlage mit 132 zu 62 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) und der Ständerat mit 25 zu 17 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an. Damit war das Geschäft jedoch noch nicht vom Tisch: SP-Fraktionschef Nordmann (sp, VD) kündigte noch vor der Schlussabstimmung an, dass seine Partei ein weiteres Mal das Referendum «gegen eine verfehlte steuerpolitische Vorlage» ergreifen werde.

Im Oktober 2018 beriet die WAK-NR die Motion Engler (cvp, GR) mit der Forderung nach einer Mehrwertsteuer-Vereinfachung bei Packages. Konkret ging es darum, die 70/30-Regel durch eine 55/45-Prozent-Regel zu ersetzen: Neu sollte also ein ganzes Package zum reduzierten Mehrwertsteuertarif verkauft werden können, wenn 55 Prozent der Leistungen dem reduzierten Satz unterliegen. Die Kommission beantragte ihrem Rat mit 11 zu 9 Stimmen bei 2 Enthaltungen eine Änderung der Motion: Um zu verhindern, dass solche Packages zum Beispiel im Onlinehandel durch ausländische Firmen Verwendung finden, sollen für die Mehrwertsteuer-Vereinfachung nur Leistungen berücksichtigt werden können, die in der Schweiz erbracht werden. Eine Kommissionsminderheit Birrer-Heimo (sp, LU) lehnte die Motion jedoch trotz dieser Änderung ab und stellte einen entsprechenden Minderheitsantrag, da sie befürchtete, dass eine Erleichterung der Möglichkeiten für Packages zu Wettbewerbsverzerrungen führen könnte.
Der Einschätzung der Minderheit pflichtete auch Finanzminister Maurer bei, als er hinter dem Mehrheitsantrag eine «versteckte Subventionierung, insbesondere der Tourismusbranche» vermutete. Er betonte noch einmal, dass der Bundesrat die Motion ablehne, da dadurch verschiedene Personen für dieselbe Leistung unterschiedliche Preise bezahlen müssten. Dennoch nahm die grosse Kammer die abgeänderte Motion mit 126 zu 54 Stimmen (bei 1 Enthaltung) an.

Lisa Mazzone (gp, GE) beantragte in einem Postulat, dass der Bundesrat Umsetzungsmöglichkeiten und Folgen einer Roboter-Steuer in der Wirtschaft in einem Bericht erläutere. Durch die erwiesenen Auswirkungen der Robotisierung auf die Beschäftigung würden die Sozialversicherungen austrocknen, weshalb das Ausgleichssystem angepasst werden müsse. Ihre Forderung ergänze das Postulat Reynard insofern, als der Bundesrat zusätzliche Rahmenbedingungen der Besteuerung vorschlagen sollte.
Der Bundesrat pflichtete der Motionärin zwar bei, dass der Fortschritt der künstlichen Intelligenz zu strukturellen Veränderungen führen und die Funktionsweise des Steuersystems beeinträchtigen könne. Gemäss einem Bericht vom Januar 2017 erwarte er aber kaum negative Auswirkungen des technischen Fortschritts auf die Gesamtbeschäftigung – und somit auch nicht auf die Sozialwerke. Zudem lehne der Bundesrat eine Robotersteuer, die eine neue Kapitalsteuer darstellen würde, ab, da sie die Innovations- und Produktivitätsentwicklung beeinträchtigen würde. Allgemein werde der Bundesrat aber die Besteuerung von Maschinen im Rahmen seiner Antwort auf das Postulat Reynard ansprechen. Folglich empfehle er das Postulat Mazzone zur Ablehnung. In der Frühjahrssession folgte der Nationalrat dem bundesrätlichen Vorschlag auf Ablehnung deutlich mit 134 zu 51 Stimmen. Sympathien fand der Vorstoss bei den Grünen und der SP, deren Fraktionen ihm geschlossen zustimmten, sowie bei zwei Mitgliedern der CVP.

In der Herbstsession behandelte auch der Nationalrat die Standesinitiative zur Vereinfachung des Steuersystems bei den direkten Steuern, die vom Kanton Basel-Landschaft eingereicht worden war. Im Namen einer Minderheit der WAK-NR erklärte Daniela Schneeberger (fdp, BL), dass die Initiative nicht als ausformulierter Entwurf, sondern als Aufforderung aufzufassen sei, dieses Thema endlich anzugehen. Entsprechend bat sie die Räte, die Standesinitiative anzunehmen, auch wenn einzelne Forderungen der Initiative vielen in der WAK-NR zu weit gingen. Prisca Birrer-Heimo (sp, LU) pflichtete ihrer Vorrednerin bei, dass das Schweizer Steuersystem zu vereinfachen sei. Da jedoch bezüglich der konkreten Umsetzung keine Einigkeit bestehe, Folgegeben der Initiative einen grossen administrativen Aufwand mit sich bringen würde und bei der Wohneigentumsbesteuerung bereits konkrete Beschlüsse gefasst worden seien, beantragte Birrer-Heimo die Ablehnung der Initiative. Diesem Votum folgte die Mehrheit des Nationalrats und sprach sich mit 136 zu 44 Stimmen (0 Enthaltungen) gegen Folgegeben aus. Mit diesem Nein ist die Standesinitiative und damit ein weiterer Versuch der Vereinfachung des Steuersystems vom Tisch.

Die Neue Finanzordnung 2021 soll es dem Bundesrat ermöglichen, die direkten Bundessteuern (DBST) und die Mehrwertsteuer (MWST) befristet bis zum 31. Dezember 2035 auch weiterhin erheben zu können. Die geltende Finanzordnung erlaubt ihm dies lediglich bis 2020. In der Wintersession beriet der Nationalrat als Erstrat den entsprechenden Bundesbeschluss. Aufgrund der Wichtigkeit dieser Steuern – sie machen gemeinsam mit CHF 42 Mrd. pro Jahr mehr als 60 Prozent des Bundeshaushaltes aus – war die Verlängerung an sich unbestritten. Diskutiert wurde stattdessen über die Frage, ob die Regelung wie bis anhin befristet werden soll oder nicht – und allenfalls auf wie viele Jahre. Im Vernehmlassungsentwurf hatte der Bundesrat wie bereits im Bundesbeschluss zur Neuen Finanzordnung im Jahr 2002 eine Aufhebung der Befristung vorgeschlagen. Die Kantone hatten eine solche Änderung grösstenteils befürwortet, die Verbände waren ungefähr zur Hälfte dafür, die Parteien lehnten sie jedoch mehrheitlich ab. Der Bundesrat strich entsprechend den Vorschlag aus dem Bundesbeschluss, was die Nationalräte jedoch nicht von dessen Diskussion abhielt. Die sozialdemokratische und die grüne Fraktion beantragten durch einen Antrag Birrer-Heimo (sp, LU) eine Aufhebung der Befristung mit der Begründung, dass die Erhebung dieser Steuer aufgrund ihrer Relevanz sowie mangels Alternativen nicht in Frage gestellt werden könne und daher die regelmässig wiederkehrenden Abstimmungen darüber keinen Demokratiegewinn, sondern lediglich unnötige Kosten mit sich bringen würden. Eine erneute Befristung sei zudem nicht zentral für die kritische Diskussion des Steuersystems des Bundes sowie dessen Ausgaben und Einnahmen, da eine solche kaum im Rahmen der Neuen Finanzordnung, sondern im Rahmen von Sachabstimmungen stattfinde. Auf der anderen Seite bevorzugte die SVP-Fraktion, in Form eines Antrags Amaudruz (svp, GE), eine Befristung der Steuern auf 10 anstelle von 15 Jahren, was dem Volk eine häufigere Überprüfung der Angemessenheit dieser Steuern erlauben würde. Für den bundesrätlichen Vorschlag argumentierte Leo Müller (cvp, LU), dass eine erneute Befristung auf 15 Jahre einerseits der Tatsache Rechnung trage, dass die Aufhebung der Befristung der Bundessteuern bereits 1977, 1979 sowie 1991 an der Urne abgelehnt worden war, dass sie andererseits aber das Volk nicht bereits in kürzester Zeit wieder an die Urne rufe – wie es bei einer Befristung auf 10 Jahre der Fall wäre. Diese Meinung teilte die Mehrheit des Nationalrats und nahm den Entwurf des Bundesrates mit 178 zu 9 Stimmen an. Bestätigt wurde damit auch die Streichung einer mit dem Inkrafttreten des Biersteuergesetzes vom 6. Oktober 2006 hinfällig gewordenen Übergangsbestimmung zur Erhebung der Biersteuer (Art. 196 Ziff. 15 BV). Die Vorlage geht nun an den Ständerat, abschliessend werden Volk und Stände über die Verlängerung der Erhebung der Bundessteuern entscheiden.

Die Beratungen zur Teilrevision des Mehrwertsteuergesetzes (MWSTG), die der Bundesrat den beiden Räten im Vorjahr vorgelegt hatte, gipfelten in der Herbstsession 2016 in einer Einigungskonferenz. Zwar waren sich National- und Ständerat bereits in der ersten Lesung einig geworden, dass die Stossrichtung der Teilrevision, die im Kern eine Beseitigung des herrschenden Wettbewerbsnachteils von Schweizer Unternehmen bei der Mehrwertsteuer gegenüber ausländischen Konkurrenten enthält, stimmt. Bei der Frage, wie weit beim Bauen die Möglichkeit für einen Vorsteuerabzug offen sein soll, konnten sie sich jedoch in drei Beratungsrunden nicht einigen. Ständerat und Bundesrat wollten die gängige Praxis, nach der beim Bau von Wohnimmobilien keine Vorsteuer geltend gemacht werden kann, im Gesetz festschreiben. Der Nationalrat hielt seinerseits in der dritten Beratungsrunde mit 98 zu 92 Stimmen an seiner Version fest, einen Vorsteuerabzug bei Wohnraum ermöglichen zu wollen, auch wenn dieser nach Abschluss des Baus an die Steuerverwaltung zurückbezahlt werden muss. Die knappe Mehrheit setzte sich aus SVP, FDP und BDP zusammen. Finanzminister Maurer hatte auch in der dritten nationalrätlichen Beratungsrunde vergebens darauf hingewiesen, dass dies zu Ausfällen von gegen CHF 1 Mrd. im Jahr 2018 führen würde. Die unterlegene Minderheit Birrer-Heimo (sp, LU) sprach ihrerseits von "Baufinanzierung" durch den Bund. Die Einigungskonferenz schlug ihrerseits dann wenig überraschend die Version von Bundes- und Ständerat vor, welcher der Nationalrat dann doch noch oppositionslos folgte, um die Teilrevision des Mehrwertsteuergesetzes nicht zu gefährden. Damit war die MWSTG-Teilrevision nach etwas mehr als eineinhalb Jahren unter Dach und Fach.