Die steuerliche Berücksichtigung der Kinderdrittbetreuungskosten und vor allem ihre vom Nationalrat geänderte Form sorgten im Ständerat in der Sommersession 2019 für ausführliche Diskussionen. Bereits in den Kommissionen waren Anträge auf Sistieren und Rückweisung an den Bundesrat abgelehnt worden und auch in der Plenumsdebatte stand ein Rückweisungsantrag Zanetti (sp, SO) im Raum. Durch eine Rückweisung an den Bundesrat könne dieser die Vorlage insofern ändern, als der Abzug nicht mehr bei der Bemessungsgrundlage, sondern beim Steuerbetrag vorgenommen werde, erklärte Zanetti. Dadurch profitierten zwar nicht alle Eltern, aber doch ein grösserer Teil des Mittelstandes als bei der bisherigen Regelung. Dieser Vorschlag traf im Rat nicht auf offene Ohren. Für die Kommission legte Andrea Caroni (fdp, AR) drei Argumente gegen eine solche Regelung dar: Sie sei unpraktikabel; man solle beim steuerbaren Einkommen ansetzen, da dieses durch die Zuschüsse für Kinderbetreuung steige; und ein Abzug auf dem steuerbaren Einkommen könne für Leute mittleren Einkommens interessanter sein, weil davon auch die Kita-Tarife betroffen seien. Erich Ettlin (cvp, OW) wies darauf hin, dass man sich für einen Abzug auf dem Steuerbetrag, bei dem die persönliche Situation berücksichtigt werde, oder für einen fixen Tarif entscheiden müsse, beides gehe nicht. Gemäss Finanzminister Maurer stelle ein Abzug beim Steuerbetrag überdies einen Paradigmenwechsel bei den Steuern dar, der zuerst in die Vernehmlassung geschickt werden müsse. Mit 30 zu 12 Stimmen sprach sich der Rat in der Folge gegen den Rückweisungsantrag aus.
Umstritten blieb die Vorlage auch in der Detailberatung: Hier lag ein Antrag Föhn (svp, SZ) vor, der bezüglich des Kinderabzugs dem Nationalrat folgen und diesen von CHF 6500 auf CHF 10'000 erhöhen wollte. Wie bereits im Erstrat wies Bundesrat Maurer vor allem auf die Ausfälle bei der direkten Bundessteuer in der Höhe von CHF 350 Mio. hin, die eine solche Regelung mit sich bringen würde. Kommissionssprecher Caroni erklärte, dass eine solche Erhöhung keine Erwerbsanreize mit sich bringe und damit die Zielsetzung der Vorlage verfehle. Peter Föhn entgegnete, dass Abzüge aufgrund von Betreuungskosten diskriminierend seien für Eltern, die ihre Kinder selbst betreuten. «Immer und immer wieder rühmen wir die Vorteile des sogenannten traditionellen Familienbildes», betonte er, gleichzeitig schaffe man aber Anreize dafür, dass beide Eltern arbeiteten «und die Kleinen sollen dann das Nachsehen haben». Mit dieser Regelung solle man «Familien mit kleinen und mittleren Einkommen» entgegenkommen. Damit widersprach er dem vorgängigen Hinweis von Roberto Zanetti, wonach Familien erst ab einem steuerbaren Einkommen von CHF 170'000 von der Vorlage profitieren würden. In der Folge sprach sich die Mehrheit des Ständerats mit 25 zu 19 Stimmen für die bundesrätliche Version aus und lehnte eine Erhöhung des allgemeinen Kinderabzugs ab. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat die Vorlage mit 35 zu 5 Stimmen an.

Nachdem der Nationalrat bezüglich des Bundesgesetzes über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen entgegen dem ersten Entscheid des Ständerats einer steuerlichen Abzugsfähigkeit von ausländischen Bussen unter gewissen Bedingungen zugestimmt hatte, präsentierte die WAK-SR Anfang 2019 diesbezüglich einen neuen Vorschlag: Ausländische Bussen sollen nur dann abzugsfähig sein, wenn die Sanktionen gegen den schweizerischen Ordre public verstossen oder die der Sanktion zugrunde liegenden Handlungen auf gutem Glauben beruhten. Martin Schmid (fdp, GR) erklärte für die Kommission, dass man die Meinung des Nationalrats teile, dass für Zahlungen aufgrund von willkürlichen und unfairen ausländischen Gerichts- oder Verwaltungsentscheiden – zum Beispiel wenn elementare Verfahrensgrundsätze der EMRK oder des Uno-Paktes verletzt wurden – die Möglichkeit eines Abzugs von den Steuern geschaffen werden solle. Man habe daher eine «Zwischenvariante» zwischen den Versionen des Bundesrates und des Nationalrates vorgeschlagen, bei der es jedoch an den juristischen oder natürlichen Personen liege, solche Verfahrensmängel oder ein Verhalten nach gutem Glauben gemäss Artikel 3 ZGB nachzuweisen. Anita Fetz (sp, BS) reichte einen Rückweisungsantrag an die Kommission ein. Sie erklärte, dass sich Juristinnen und Juristen ausserhalb der Bundesverwaltung – im Unterschied zu ihren Kolleginnen und Kollegen innerhalb der Verwaltung – nicht einig gewesen seien, wie die Klausel bezüglich des «guten Glaubens» genau zu interpretieren sei, da sie viel Ermessensspielraum lasse. Deshalb solle die Kommission diesen Aspekt nochmals besprechen und falls nötig präzisieren. Zusätzlich wies sie darauf hin, dass diese Regelung für die Kantone einen grossen Mehraufwand mit sich bringen würde und dass diese entsprechend vorgängig angehört werden sollten. Letzteres Argument fand auch bei Finanzminister Maurer Anklang. Trotz zahlreicher Wortmeldungen, in denen sich Kommissionsmitglieder über den Rückweisungsantrag erstaunt zeigten und argumentierten, dass die offene Frage problemlos im Zweitrat diskutiert werden könnte, hiess der Ständerat den Antrag Fetz mit 21 zu 18 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gut.

In der Herbstsession 2018 beschäftigte sich der Ständerat mit der Revision des Verrechnungssteuergesetzes, insbesondere mit den drei vom Nationalrat gegenüber der bundesrätlichen Botschaft geschaffenen Änderungen. Beim «Kernstück der Revision», wie es Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) ausdrückte, hatte sich die WAK-SR mit 9 zu 3 Stimmen auf die Seite des Nationalrats geschlagen: Nachmeldungen sollen nicht nur bis zum Ende der Einsprachefrist zur Veranlagung möglich sein, sondern auch, solange Veranlagungs- oder Nachsteuerverfahren noch nicht rechtskräftig abgeschlossen sind, die Veranlagung also noch hängig ist. Diese Möglichkeit gelte aber nicht endlos, erklärte Bischof dem Rat: Bereits mit der bisherigen Rechtsetzung sei eine Rahmenfrist von 3 Jahren im Regelfall vorgesehen. Finanzminister Maurer erachtete diese Änderung als problematisch: Die Steuerpflichtigen hätten die Pflicht, die Veranlagung zu prüfen, wodurch fahrlässig verursachte falsche Angaben bereits entdeckt werden sollten. Liesse man den Steuerpflichtigen aber so viel Spielraum, wie es der Nationalrat und die Kommission beabsichtigten, würden es einige Personen womöglich «darauf ankommen lassen». Dann könnten sie die Rückerstattungen der Verrechnungssteuer bei einer allfälligen Verfahrenseröffnung «in letzter Minute» noch geltend machen und dies als Fehler oder Unterlassung deklarieren. Auch eine Minderheit Levrat (sp, FR) sprach sich für die Regierungsvorlage aus. Das Argument der Befürworter der nationalrätlichen Lösung, wonach die Regelung nur für Fahrlässigkeit, nicht aber für Betrugsabsichten gelte, liess Levrat nicht gelten: Solche Betrugsabsicht könnten kaum je nachgewiesen werden, argumentierte er. Trotz dieser Einwände folgte der Ständerat der Mehrheit seiner Kommission mit 30 zu 13 Stimmen.
Ein weiterer Streitpunkt betraf das Inkrafttreten des neuen Gesetzes. Aufgrund verfassungsrechtlicher Bedenken und Unsicherheit darüber, ob eine generelle Rückwirkung bis zum 1. Januar 2014 – wie sie der Nationalrat beschlossen hatte – auch für rechtskräftig abgeschlossene Fälle gelten würde, reichte eine Minderheit um Martin Schmid (fdp, GR) einen Alternativvorschlag ein: Eine Rückwirkung soll dann möglich sein, wenn «über den Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer noch nicht rechtskräftig entschieden worden ist.» Diesem Minderheitsantrag folgte der Ständerat mit 24 zu 18 Stimmen (bei 1 Enthaltung). Zudem nahm die kleine Kammer einen Änderungsantrag der Kommission bezüglich der Meldefrist für Gewinne aus Geldspielen an, da diesbezüglich eine Inkongruenz zum Geldspielgesetz bestanden hatte. In der Gesamtabstimmung stimmte die Ständekammer der Revision des Verrechnungssteuergesetzes mit 30 Stimmen bei 11 Enthaltungen zu.

Noch in der Herbstsession 2018 bereinigten die Räte die Verrechnungssteuerrevision. Ohne grosse Diskussionen folgte der Nationalrat der kleinen Kammer in allen restlichen Differenzen und stimmte der Vorlage stillschweigend zu. Mit 38 zu 1 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) und 137 zu 55 Stimmen (bei 1 Enthaltung) nahmen die beiden Räte die Revision in den Schlussabstimmungen an, im Nationalrat sprachen sich die Fraktionen der SP und der Grünen geschlossen gegen die Vorlage aus.

Nachdem der Vorschlag der WAK-SR bereits ausführlich ausserhalb des Parlaments diskutiert worden war, folgte im Juni 2018 die Ständeratsdebatte zur Steuervorlage 17. Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO) stellte dem Rat den Kommissionsvorschlag detailliert vor und betonte, der Kompromiss sei kein Diktat, auch nicht für die Schwesterkommission, aber er stelle «im Moment die beste Lösung» dar. Um diesen Kompromiss zu erarbeiten, habe die Kommission Vertreterinnen und Vertreter verschiedenster Organisationen und Behörden angehört, darunter Delegierte der FDK, des Kantons Zürich, des Städte- und des Gemeindeverbands, von Economiesuisse oder des Gewerkschaftsbundes. Die ESTV und das BSV hätten zudem auf Verlangen der Kommission 24 Berichte erstellt. Unter anderem war ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zum Schluss gekommen, die Vorlage sei «verfassungsrechtlich vertretbar». Bischof betonte, dass der Kompromiss alle Eckpunkte des Vorschlags der WAK-SR umfasse und nur in seiner Gesamtheit in dieser Breite getragen werde. Würden Teile davon verändert, sei diese Unterstützung nicht mehr vollständig gegeben. Abschliessend betonte Bischof, dass die Kommission offen sei für Alternativvorschläge.
Im Ratsplenum rief die Vorlage ebenfalls gemischte Gefühle hervor. Die in «Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung» (STAF) umgetaufte Vorlage sei eine «Sternstunde der parlamentarischen Arbeit», lobte Roberto Zanetti (sp, SO). Viele Ratsmitglieder betonten hingegen ihre Skepsis, einige wurden sogar richtig deutlich: Thomas Minder (parteilos, SH) sprach von einer «Birchermüesli-Politik», Alex Kuprecht (svp, SZ) von einem «Sündenfall» und Werner Luginbühl (bdp, BE) von einem Kauf von Mehrheiten mit Geschenken. Mehrfach wurde das Gutachten des BJ als politische Gefälligkeit anstelle einer juristischen Einschätzung bezeichnet. Finanzminister Maurer wurde nicht müde, die Wichtigkeit der SV17, respektive dem STAF, zu betonen und den Kompromiss zu loben.
Inhaltlich gab es kaum Streitpunkte, was die NZZ darauf zurückführte, dass die Vorlage ein politischer Balanceakt sei: Man könne kein Element ändern, ohne das alles auseinanderbreche. Dennoch wurden drei Änderungsanträge eingebracht. Eine Minderheit I Zanetti forderte, die minimale Dividendenbesteuerung der Kantone gemäss dem Vorschlag des Bundesrates auf 70 Prozent zu erhöhen, da die Kantone diese Regelung erarbeitet hätten und diese bevorzugen würden. Finanzminister Maurer pflichtete ihm bei und bat den Rat darum, der Minderheit I zu folgen. Gleichzeitig beantragte eine Minderheit II Föhn dem Ständerat, darauf zu verzichten, den Kantonen bezüglich Dividendenbesteuerung Vorgaben zu machen, da die Unternehmen gemäss dem Vorschlag der WAK-SR bereits genügend zur Kasse gebeten würden. Mit 25 zu 14 Stimmen (5 Enthaltungen) und 26 zu 12 Stimmen (6 Enthaltungen) setzte sich der Kommissionvorschlag gegen die zwei Minderheitsvorschläge durch. Eine Minderheit Fetz wollte erreichen, dass die Regeln zum Kapitaleinlageprinzip (KEP) auch auf Nennwertsenkungen angewendet werden und dass Gratisaktien und Gratisnennwerterhöhungen unterbunden werden. Anita Fetz (sp, BS) bat um Zustimmung zu ihrem Minderheitsantrag, damit die bei der Unternehmenssteuerreform II gemachten Fehler korrigiert werden könnten. Mit 30 zu 11 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat gegen eine solche Änderung aus. Unverändert wurde der Kommissionsvorschlag somit an den Zweitrat weitergereicht.

Im Januar 2018 empfahl die WAK-NR die Motion Schmid (fdp, GR) zur Streichung der Pflicht, die Steuererklärung zu unterzeichnen, einstimmig mit einer Enthaltung zur Annahme. Die Kommission befürwortete den Vorstoss, da er eine rein elektronische Einreichung der Unterlagen erlaube, die Prozesse vereinfache, mit der Digitalisierung einhergehe und in einigen Kantonen bereits Tatsache sei. In der Frühjahrssession folgte der Nationalrat ohne Gegenantrag dem Bundesrat, dem Ständerat und seiner Kommission. Somit liegt es nun am Bundesrat, die dafür notwendigen Gesetzesänderungen zu erlassen, dabei aber auch die Beweissicherung und die Haftungsfrage zu regeln – wie die WAK-NR betont hatte.

Der Kanton Freiburg reichte im Sommer 2016 eine Standesinitiative für eine allgemeine Steueramnestie ein. Mittels der angeregten Gesetzesänderung sollen hinterzogene Vermögenswerte auf einfache Weise nachträglich deklariert werden können. Die Vorteile einer Steueramnestie seien vielfältig: Allen voran profitiere die öffentliche Hand von nicht unerheblichen Mehreinnahmen – bei der letzten Steueramnestie im Kanton Freiburg 1969 waren rund CHF 334 Mio. nachträglich besteuert worden. Zudem würden zahlreiche Bürger mit nicht deklarierten Vermögenswerten aufgrund der Entwicklungen auf internationaler Ebene sowie dem „bröckelnden Bankgeheimnis“ gerne ihre Vermögenswerte regularisieren. Folglich befürworteten der Staatsrat und der Grosse Rat des Kantons Freiburg eine Ausweitung solcher Möglichkeiten, seien in ihren Bestrebungen aber durch ein Urteil des Bundesgerichts gegen eine Steueramnestieregelung des Kantons Tessin zurückgebunden worden. Ein Rechtsgutachten habe zudem gezeigt, dass die Pläne des Kantons Freiburg mit der Bundesverfassung und dem StHG unvereinbar seien. Dies erhoffte sich der Kanton Freiburg mithilfe der Standesinitiative zu ändern.

Sowohl in der WAK-SR als auch anschliessend in der kleinen Kammer fand die Initiative keinen Anklang, da es bereits die Möglichkeit zur einmaligen straflosen Selbstanzeige von Steuersündern gebe. Martin Schmid (fdp, GR) erklärte in der Ständeratsdebatte zudem für die WAK-SR, dass eine Steueramnestie eines grundlegenden Systemwechsels beim Verrechnungssteuerrecht bedürfe. Zudem schade es der Steuermoral, wenn die geschuldeten Steuern nicht vollständig nachgezahlt werden müssten. Als Vertreter des Kantons Freiburg plädierte Beat Vonlanthen (cvp, FR) dennoch für eine Annahme der Initiative. Er wagte sich an heikle ethische Fragen, wie "Ist eine generelle Steueramnestie ethisch vertretbar?". Um solche Fragen diskutieren zu können und folglich eine generelle Steueramnestie nicht grundsätzlich auszuschliessen, bat er den Ständerat, der Initiative Folge zu geben. Vom zweiten Freiburger Vertreter im Ständerat, Christian Levrat (sp, FR), erfuhr Vonlanthen keine Unterstützung: Dieser störte sich daran, dass der Ständerat zwei Stunden zuvor auf eine Revision des Steuerstrafrechts verzichtet hatte, weil in der Schweiz so eine ausserordentlich grosse Fiskalmoral herrsche, jetzt aber dennoch eine Steueramnestie nötig sei. Stattdessen schloss sich Beat Rieder (cvp, VS) dem Freiburger Anliegen mit einem Plädoyer für die Steuerhoheit der Kantone an. Diese sei mit der Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden beschnitten worden, nun müsse man den Mut haben, sie den Kantonen in dieser spezifischen Frage zurückzugeben. Der Ständerat entschied sich jedoch mit 34 zu 7 Stimmen (1 Enthaltung) gegen eine solche Änderung und gab der Initiative keine Folge.

In der Herbstsession 2017 beriet der Ständerat als Zweitrat das Bundesgesetz über die Stempelabgaben. Martin Schmid (fdp, GR) im Namen der WAK-SR und Finanzminister Maurer betonten einerseits die Wichtigkeit der Vorlage für den Schweizer und insbesondere den Tessiner Finanzplatz und strichen andererseits die eindeutige Annahme im Erstrat hervor. Diesem Beispiel folgte auch der Ständerat und nahm den Entwurf einstimmig an (43 zu 0). In den Schlussabstimmungen gab es keine Überraschungen mehr, beide Kammern bestätigten ihre vorangegangenen Entscheide einstimmig.

Martin Schmid (fdp, GR) reichte im Mai 2017 eine Motion zur Streichung der Pflicht, die Steuererklärung zu unterzeichnen, ein, was eine Änderung des DBG, des StHG sowie des Verrechnungssteuergesetzes mit sich bringen würde. Dies sollte die Erstellung einer elektronischen Steuererklärung, wie sie vielerorts bereits möglich ist, vereinfachen. Bisher müssen die Steuerpflichtigen auch bei elektronischer Übermittlung der Steuererklärung ihre Angaben über das steuerbare Einkommen und Vermögen sowie über die beantragte Rückerstattung der Verrechnungssteuer unterzeichnen. Dennoch verzichteten bereits heute mehrere Kantone auf die Unterschrift. Dies solle nun mit einer Gesetzesänderung legalisiert werden. Diese Forderung unterstützte auch der Bundesrat, nicht zuletzt, da dieser gemäss Bundesrat Maurer die Digitalisierung erst vor Kurzem zur Chefsache erklärt habe. Der Finanzminister verwies zudem auf die Aktivitäten des Bundesrates bezüglich der elektronischen Identität, die dem Parlament vermutlich noch im Jahr 2017 vorgelegt würden. Stillschweigend nahm der Ständerat die Motion an.

Die WAK-SR hatte noch vor dem Entscheid des Nationalrats zugunsten einer unbefristeten Festlegung des Mehrwertsteuersondersatzes für Beherbergungsleistungen beschlossen, sich in Übereinstimmung mit der WAK-NR für eine zeitlich auf zehn Jahre begrenzte Festsetzung des Sondersatzes auszusprechen. Kommissionssprecher Schmid (fdp, GR) erläuterte in der ständerätlichen Beratung die turbulente bisherige Geschichte des Sondersatzes und erklärte, dass der Bundesrat 2003 bereits einmal versucht hatte, den Sondersatz fürs Gastgewerbe aufzuheben. Der Entschluss des Parlaments, diesen erneut zu verlängern, sei jedoch anschliessend durch das Volk bestätigt worden, was ihm eine besondere Legitimation verleihe. Wie bereits bei der Diskussion im Nationalrat wurde der Kompromissvorschlag auch im Ständerat von beiden Seiten angegriffen: Eine Minderheit Caroni (fdp, AR) beantragte die Aufhebung des Sondersatzes, während ein Antrag Engler (cvp, GR) die Zustimmung zum nationalrätlichen Beschluss und somit zu einer unbeschränkten Festlegung des Sondersatzes forderte. Der Ständerat entschied sich aber dafür, dem Kompromissvorschlag der beiden WAK zuzustimmen, und lehnte die Aufhebung des Sondersatzes mit 36 zu 8 Stimmen (keine Enthaltungen) und seine dauerhafte Verankerung mit 32 zu 12 Stimmen (keine Enthaltungen) ab.
Einen Tag später, die WAK-NR hatte in der Zwischenzeit Zustimmung zum Beschluss des Ständerats empfohlen, stimmte auch der Nationalrat der zehnjährigen Verlängerung des Mehrwertsteuersondersatzes für Beherbergungsleistungen zu. Zuvor hatte eine Minderheit de Buman (cvp, FR) ihren Antrag auf Festhalten am nationalrätlichen Entscheid zurückgezogen.

Im März 2015 reichte Thomas de Courten (svp, BL) ein Postulat zum Abbau von Regulierungskosten durch die formelle Harmonisierung von Verfahren, Fristen und Zahlungsintervallen im Unternehmenssteuerbereich ein. Dieses hatte zum Ziel, Unterschiede bei der Gewinn-, Grundstückgewinn- und Lohnquellensteuer zwischen den Kantonen zu reduzieren, da diese den Unternehmen, insbesondere den Mikro- und Kleinunternehmen, hohe Zusatzregulierungskosten bereiteten. Durch eine Harmonisierung zwischen den Kantonen könnten diese Kosten reduziert werden, ohne dass den Kantonen Steuereinbussen entstünden. Dazu müssten die Kantone aber eng in die Überarbeitung miteinbezogen werden. Der Bundesrat pflichtete dem Anliegen des Postulanten bei, da ein Regulierungskostenbericht vom Dezember 2013 eine Harmonisierung von Fristen und Zahlungsintervallen ebenfalls als prüfenswert taxiert hatte. Weil im Anschluss an diesen Bericht jedoch das EFD in Zusammenarbeit mit den Kantonen mit der diesbezüglichen Prüfung und Berichterstattung bis 2016 beauftragt worden war, empfahl der Bundesrat das Postulat zur Ablehnung.

In der Frühjahrssession 2017 wurde das Postulat im Nationalrat behandelt. De Courten wies darauf hin, dass der vom Bundesrat auf 2016 in Aussicht gestellte Bericht noch nicht erschienen und allgemein seit dem Bericht 2013 „nicht viel Spürbares tatsächlich passiert" sei. So hatten bereits 2015 ein Postulat Föhn (svp, SZ) und ein Postulat (15.3720) Gössi (fdp, SZ) sowie die Motion Fournier (cvp, VS) eine beschleunigte Umsetzung der im Regulierungskostenbericht präsentierten Verbesserungsmassnahmen verlangt – bisher ohne zählbare Erfolge. Bundesrat Maurer kündigte die Veröffentlichung des zuvor auf das Jahr 2016 angesetzten Berichts, der in Zusammenarbeit mit den Kantonen und der Schweizerischen Steuerkonferenz entwickelt werde, auf die zweite Hälfte des Jahres 2017 an. Entsprechend bat er den Nationalrat darum, diesen Bericht abzuwarten, das Postulat abzulehnen und anschliessend noch offene Forderungen durch einen neuen Vorstoss einzubringen. Diesem Vorschlag folgte der Nationalrat jedoch nicht und stimmte mit 133 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die Annahme des Postulats. Die ablehnenden Stimmen und die Enthaltungen stammten allesamt aus der SP- und Grünen-Fraktion, die das Postulat einstimmig ablehnten, sowie vereinzelt aus der CVP/EVP-Fraktion.

Der Kanton Basel-Landschaft hatte am 28. September 2015 eine Standesinitiative zur Vereinfachung des Steuersystems bei den direkten Steuern eingereicht, die in der Wintersession 2016 vom Ständerat behandelt wurde. Diese sah vor, das Bundesgesetz über direkte Bundessteuer (DBG) sowie das Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG) so zu vereinfachen, dass die gesetzlichen Grundlagen leichter verständlich werden und das Ausfüllen der Steuererklärung sowie ihre Überprüfung weniger Zeit in Anspruch nehmen würden. Ausdrücklich erwähnt wurden dabei drei Aspekte: Der Eigenmietwert sowie der Hypothekarzinsenabzug sollten abgeschafft, die allgemeinen (anorganischen) Abzüge aufgehoben und die Ausscheidungs- und Bewertungsregeln bei der interkantonalen Besteuerung sollten so weit wie möglich einheitlich festgelegt werden. Mehrerträge aus diesen Vereinfachungsmassnahmen sollten durch eine entsprechende Anpassung des Steuertarifs verhindert werden. Gegenüber den Kantonen seien hingegen keine Vorschriften zu erlassen, damit die Vereinfachung die kantonale Tarifhoheit nicht gefährde. Martin Schmid (fdp, GR) empfahl für die WAK-SR die Ablehnung der Standesinitiative, unter anderem weil die Kommission die vollständige Aufhebung der (anorganischen) Abzüge ablehne und die Frage der Wohneigentumsbesteuerung bereits in der Motion Egloff und einer Motion der RL-Fraktion beraten werde. Er wies des Weiteren darauf hin, dass seit 2005 18 Vorstösse zur Vereinfachung der Steuererhebung eingereicht worden seien. Zwar wünschten sich gemäss Schmid alle Parlamentarierinnen und Parlamentarier eine Vereinfachung, in der Realität sorge aber das Parlament selbst für eine weitere Verkomplizierung, so dass die Kommission nicht mit einer konsensfähigen Lösung rechne. In der Folge sprach sich der Ständerat mit 22 zu 4 Stimmen bei einer Enthaltung gegen die Standesinitiative aus. Als nächstes wird sich der Nationalrat mit dem neusten Vorschlag zur Vereinfachung des Steuersystems befassen.

Der Kanton Neuenburg hatte am 1. Oktober 2014 die Standesinitiative „Familienbesteuerung. Anpassung der Gesetzgebung an die neuen Familienformen“ eingereicht, die der Ständerat in der Wintersession 2016 beriet. Der Kanton Neuenburg hatte beantragt, dass die gesetzlichen Grundlagen für die Familienbesteuerung den veränderten Familienmodellen angepasst werden sollten. Insbesondere die Ungleichheiten in der Besteuerung der Alimente an minderjährige und volljährige Kinder sowie in den Abzugsregelungen für verheiratete, unverheiratete und geschiedene Paare sollten harmonisiert werden. Für die WAK-SR erläuterte Martin Schmid (fdp, GR) die Stellungnahme des Bundesrates zur Motion Maire (sp, NE) vom 18. Juni 2014 (Mo. 14.3468), die sich weitgehend mit der Standesinitiative des Kantons Neuenburg deckt (genauso wie das Postulat 14.3292). Der Bundesrat hatte argumentiert, dass die Alimentenleistungen an volljährige Kinder von diesen versteuert werden müssten, wenn sie von den Alimentengebern als Steuerabzüge geltend gemacht werden könnten. Dies würde jedoch keiner sachgerechten Besteuerung entsprechen. Bezüglich der ungleichen Kinderabzüge zwischen verheirateten, unverheirateten und geschiedenen Eltern verweist der Bundesrat auf einen früher geltenden Bundesratsbeschluss über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt), gemäss dem die Unterhaltszahlungen an Kinder nicht abgezogen werden konnten, die bezogenen Leistungen aber entsprechend auch nicht versteuert werden mussten. Diese Regelung war aber als ungerecht empfunden worden, weil ohne Abzug der Unterhaltszahlungen Einkommen versteuert werden musste, das in der Realität gar nicht zur Verfügung stand. Schliesslich würde eine solche Regelung eine Vielzahl an Anpassungen in den Scheidungskonventionen und Unterhaltsverpflichtungen nach sich ziehen, was ebenfalls für eine Ablehnung des Vorschlags spreche. Aufgrund der Mehrheitsverhältnisse im Rat verzichtete Didier Berberat (sp, NE) als Vertreter des Kantons Neuenburg auf einen Minderheitsantrag auf Folgegeben, der Ständerat lehnte die Standesinitiative entsprechend stillschweigend ab.

In der Sommersession 2016 ging die Beratung der Teilrevision des Mehrwertsteuergesetzes in die zweite Parlamentsrunde. In der ersten Lesung hatten National- und Ständerat die Stossrichtung der Teilrevision gutgeheissen, waren sich aber nicht in allen Punkten einig geworden. Dies änderte sich auch in der zweiten Lesung nicht. Grund dafür war die knappe Annahme (93 zu 90 Stimmen bei 5 Enthaltungen) zweier gleichlautender Einzelanträge Aeschi (svp, ZG) und Bigler (fdp, ZH) im Nationalrat, die eine Praxisänderung beim Vorsteuerabzug forderten und diesen auch bei Leistungen gewähren wollten, die von der Mehrwertsteuer ausgenommen sind. Dadurch könnten beispielsweise Bauherren die Vorsteuer geltend machen und müssten diese erst beim Verkauf oder der Vermietung des Wohnhauses wieder zurückzahlen. Finanzminister Maurer fand wenig Gefallen an diesem Vorschlag, da der Staat dadurch "eine Art Bank" spielen müsse. Die einmaligen Mindereinnahmen schätzte Maurer auf rund CHF 1 Mrd. Für den Antrag hatten im Nationalrat SVP, FDP und BDP gestimmt. Ohne Chance blieb dieser Anpassungsvorschlag dafür im Ständerat. Auf Anraten ihrer Wirtschaftskommission (WAK-SR) stellte sich die kleine Kammer oppositionslos auf die Seite des Bundesrates. Dafür schloss sich die kleine Kammer bei der Frage über die Besteuerung von Subventionen und Leistungen zwischen Gemeinwesen und im Bereich der steuerfreien Grundstückkäufe dem Nationalrat an. Erstere sei, so Kommissionssprecher Schmid (fdp, GR), noch nicht entscheidungsreif und bei Letzterem könne die bisherige Praxis bestätigt werden, auch wenn man sie nicht festschreibe.

Ende 2015 reichte Erich Ettlin (cvp, OW) eine Motion zur „ungerechtfertigten Kostenüberwälzung auf den Kunden im Zollwesen" ein. Der Motionär beanstandete, dass die Post die Revisionskosten, die durch zufallsmässige Überprüfungen am Schweizer Zoll entstehen, auf den jeweiligen Endverbraucher abwälze und die betroffenen Endverbraucher somit trotz korrektem Verhalten eine Gebühr von CHF 13 bezahlen müssten. Entsprechend solle das Zollgesetz so geändert werden, dass diejenigen Personen, denen durch die Beschau von Waren mit vereinfachter Zollanmeldung (105a ZV) – die also unter anderem einen Mehrwertsteuerwert von CHF 1000 und ein Gesamtgewicht von 1000 kg nicht überschreiten – Mehrkosten entstehen, für ihre Auslagen vom Bund einen Pauschalbetrag zurückfordern können. Diese Forderung unterstützte gemäss seinem Blog-Beitrag vom November 2016 auch Preisüberwacher Stefan Meierhans.

In seiner Stellungnahme wies der Bundesrat darauf hin, dass durch das Prinzip der Selbstanmeldung im Zollrecht der Zollanmelder, also der Spediteur oder Paketdienstleister, bei der Überprüfung der Pakete am Zoll mitwirken müsse. Diese Beschau ist für den Zollanmelder zwar kostenlos, aber dennoch mit Aufwand verbunden. Diesen Aufwand verrechnen die Zollanmelder unterschiedlich: Während die Schweizerische Post von den betroffenen Auftraggebern (also den Absendern oder Warenempfängern) für die Beschau CHF 13 verlangt, integrieren viele Kurierunternehmen die Beschaukosten in ihre allgemeinen Transport- und Verzollungskosten und verteilen sie somit auf alle Kunden. Eine Vergütung dieser Kosten durch den Bund würde zu einer Ungleichbehandlung von Kleinsendungen gegenüber anderen Sendungen führen und den „Grundprinzipien einer behördlichen Kontrolle im Allgemeinen und auch der Systematik der Zollveranlagung im Besonderen" widersprechen – so die Argumentation des Bundesrates. Entsprechend empfahl dieser die Motion zur Ablehnung.

Trotz dieser Einwände sprach sich der Ständerat als Erstrat in der Frühjahrssession 2016 mit 20 zu 14 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) für die Annahme der Motion aus. In der Folge beantragte die WAK-NR ihrem Rat jedoch, die Motion dahingehend zu ändern, dass nicht der Bund für die entstehenden Kosten aufkommen, sondern alle Zollanmelder die Beschaukosten in die übrigen Speditionskosten integrieren sollen. Auf diese Weise könne auch verhindert werden, dass nicht nur die Post, sondern alle Zollanmelder die entsprechenden Beträge vom Bund zurückforderten. In der Herbstsession 2016 sprachen sich sowohl Bundesrat Maurer als auch das Nationalratsplenum für diese Änderung aus. Somit lag der Ball wieder beim erstberatenden Ständerat, der den Vorschlag der WAK-NR in der Frühjahrssession 2017 behandelte. Martin Schmid (fdp, GR) erklärte sich im Namen der Kommission mit der Änderung einverstanden, vermutete jedoch, dass der Preisüberwacher die durch diese Lösung entstehende generelle Preiserhöhung der Post um etwa 45 Rappen pro Sendung nicht akzeptieren würde. Die WAK-SR ging hingegen davon aus, dass der Preisüberwacher mit dieser Lösung einverstanden sein werde, und Olivier Français (fdp, VD) wies darauf hin, dass der Preisüberwacher lediglich für die Umsetzung des vom Parlament verabschiedeten Gesetzes zuständig sei und folglich keinen Einfluss auf den Gesetzgebungsprozess habe. Der Ständerat nahm den Vorschlag der WAK-NR und mit ihm die geänderte Motion stillschweigend an. In der Folge liegt es nun am Bundesrat, eine Lösung auszuarbeiten, welche gemäss Bundesrat Maurer die Behörden, die Post sowie den Zoll in Zukunft vor Dutzenden von Bürgerbriefen verschonen wird.

Im Dezember 2015 befasste sich der Ständerat erstmals mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III), das der Bundesrat im Juni präsentiert hatte und mit dem er den Unternehmensstandort Schweiz zu stärken beabsichtigte. Der Vorschlag des Bundesrats verfolgte zwei Stossrichtungen: Zum einen sollten die international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften abgeschafft werden, zum andern plante der Bundesrat, die Kantone bei der Senkung der Gewinnsteuersätze, die formell kein Bestandteil der USR III waren, finanziell zu unterstützen. Die Stossrichtungen der Vorlage waren in ihren Grundzügen in der kleinen Kammer unbestritten. In den Detailfragen beschlossen die Ständerätinnen und Ständeräte indes einige Differenzen zum Bundesrat. Mit 26 zu 19 Stimmen folgten sie dem Antrag der vorberatenden Wirtschaftskommission (WAK-SR), die sich mit 7 zu 4 Stimmen für die Beibehaltung der Emissionsabgaben auf Eigenkapital ausgesprochen hatte. Dies sei kein zentraler Punkt der Reform. Zudem liessen sich so jährlich rund CHF 230 Mio. sparen, argumentierte Ständerat Zanetti (sp, SO) im Namen der Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Keller-Sutter (fdp, SG) hatte für den Vorschlag des Bundesrats Partei ergriffen – erfolglos. Auch bei der Frage, wie hoch Dividenden künftig besteuert werden sollten, schuf der Ständerat eine Differenz zur Regierung. Der Antrag der WAK-SR, dem Vorschlag des Bundesrates zu folgen und die Teilbesteuerung von Dividenden auf 70% zu vereinheitlichen, scheiterte mit 19 zu 26 Stimmen an einem Minderheitsantrag Schmid (fdp, GR), der den Kantonen in dieser Frage weiterhin die Federführung überlassen wollte. Die Erhöhung hätte dem Bund CHF 100 Mio. und den Kantonen rund CHF 330 Mio. Mehreinnahmen pro Jahr beschert. Eine Minderheit Fetz (sp, BS), die Dividenden zu 100% besteuern wollte, war in der kleinen Kammer indes chancenlos. Wenig überraschend stimmten die Standesvertreter mit 35 zu 6 Stimmen bei 4 Enthaltungen einem Kommissionsantrag, die Kantonsanteile an der direkten Bundessteuer statt nur auf 20,5 direkt auf 21,2% zu erhöhen, zu. Dadurch sollten die Kantone zusätzlichen Spielraum zur Senkung der kantonalen Gewinnsteuersätze erhalten. Dem Bund gingen dadurch rund CHF 150 Mio. jährlich verloren. Eine weitere Differenz schuf der Ständerat im Bereich des Steuerabzugs von Aufwendungen für Forschung und Entwicklung. Mit 25 zu 19 Stimmen hiess er einen Antrag seiner WAK-SR gut, die sogenannte Inputförderung auf 150% der F&E-Mittel zu begrenzen. Die Kommission wollte damit der Gefahr einer Nullbesteuerung und eines zu starken kantonalen Steuerwettbewerbs begegnen. Ohne Erfolg blieb indes der Antrag einer Minderheit Germann (svp, SH), die eine zinsbereinigte Gewinnsteuer in die Vorlage aufnehmen wollte. Die Bedenken der Kommissionsmehrheit zur internationalen Akzeptanz einer solchen Massnahme und zu den drohenden Mindereinnahmen bei Bund (CHF 270 Mio.) und Kantonen (CHF 350 Mio.) teilten in der ersten Beratungsrunde 30 der 44 abstimmenden Ständeräte. Dies passte zum Grundtenor der ersten ständerätlichen Beratungsrunde, das "Fuder nicht überladen" zu wollen.