Die steuerliche Berücksichtigung der Kinderdrittbetreuungskosten und vor allem ihre vom Nationalrat geänderte Form sorgten im Ständerat in der Sommersession 2019 für ausführliche Diskussionen. Bereits in den Kommissionen waren Anträge auf Sistieren und Rückweisung an den Bundesrat abgelehnt worden und auch in der Plenumsdebatte stand ein Rückweisungsantrag Zanetti (sp, SO) im Raum. Durch eine Rückweisung an den Bundesrat könne dieser die Vorlage insofern ändern, als der Abzug nicht mehr bei der Bemessungsgrundlage, sondern beim Steuerbetrag vorgenommen werde, erklärte Zanetti. Dadurch profitierten zwar nicht alle Eltern, aber doch ein grösserer Teil des Mittelstandes als bei der bisherigen Regelung. Dieser Vorschlag traf im Rat nicht auf offene Ohren. Für die Kommission legte Andrea Caroni (fdp, AR) drei Argumente gegen eine solche Regelung dar: Sie sei unpraktikabel; man solle beim steuerbaren Einkommen ansetzen, da dieses durch die Zuschüsse für Kinderbetreuung steige; und ein Abzug auf dem steuerbaren Einkommen könne für Leute mittleren Einkommens interessanter sein, weil davon auch die Kita-Tarife betroffen seien. Erich Ettlin (cvp, OW) wies darauf hin, dass man sich für einen Abzug auf dem Steuerbetrag, bei dem die persönliche Situation berücksichtigt werde, oder für einen fixen Tarif entscheiden müsse, beides gehe nicht. Gemäss Finanzminister Maurer stelle ein Abzug beim Steuerbetrag überdies einen Paradigmenwechsel bei den Steuern dar, der zuerst in die Vernehmlassung geschickt werden müsse. Mit 30 zu 12 Stimmen sprach sich der Rat in der Folge gegen den Rückweisungsantrag aus.
Umstritten blieb die Vorlage auch in der Detailberatung: Hier lag ein Antrag Föhn (svp, SZ) vor, der bezüglich des Kinderabzugs dem Nationalrat folgen und diesen von CHF 6500 auf CHF 10'000 erhöhen wollte. Wie bereits im Erstrat wies Bundesrat Maurer vor allem auf die Ausfälle bei der direkten Bundessteuer in der Höhe von CHF 350 Mio. hin, die eine solche Regelung mit sich bringen würde. Kommissionssprecher Caroni erklärte, dass eine solche Erhöhung keine Erwerbsanreize mit sich bringe und damit die Zielsetzung der Vorlage verfehle. Peter Föhn entgegnete, dass Abzüge aufgrund von Betreuungskosten diskriminierend seien für Eltern, die ihre Kinder selbst betreuten. «Immer und immer wieder rühmen wir die Vorteile des sogenannten traditionellen Familienbildes», betonte er, gleichzeitig schaffe man aber Anreize dafür, dass beide Eltern arbeiteten «und die Kleinen sollen dann das Nachsehen haben». Mit dieser Regelung solle man «Familien mit kleinen und mittleren Einkommen» entgegenkommen. Damit widersprach er dem vorgängigen Hinweis von Roberto Zanetti, wonach Familien erst ab einem steuerbaren Einkommen von CHF 170'000 von der Vorlage profitieren würden. In der Folge sprach sich die Mehrheit des Ständerats mit 25 zu 19 Stimmen für die bundesrätliche Version aus und lehnte eine Erhöhung des allgemeinen Kinderabzugs ab. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat die Vorlage mit 35 zu 5 Stimmen an.

Nachdem der Vorschlag der WAK-SR bereits ausführlich ausserhalb des Parlaments diskutiert worden war, folgte im Juni 2018 die Ständeratsdebatte zur Steuervorlage 17. Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO) stellte dem Rat den Kommissionsvorschlag detailliert vor und betonte, der Kompromiss sei kein Diktat, auch nicht für die Schwesterkommission, aber er stelle «im Moment die beste Lösung» dar. Um diesen Kompromiss zu erarbeiten, habe die Kommission Vertreterinnen und Vertreter verschiedenster Organisationen und Behörden angehört, darunter Delegierte der FDK, des Kantons Zürich, des Städte- und des Gemeindeverbands, von Economiesuisse oder des Gewerkschaftsbundes. Die ESTV und das BSV hätten zudem auf Verlangen der Kommission 24 Berichte erstellt. Unter anderem war ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zum Schluss gekommen, die Vorlage sei «verfassungsrechtlich vertretbar». Bischof betonte, dass der Kompromiss alle Eckpunkte des Vorschlags der WAK-SR umfasse und nur in seiner Gesamtheit in dieser Breite getragen werde. Würden Teile davon verändert, sei diese Unterstützung nicht mehr vollständig gegeben. Abschliessend betonte Bischof, dass die Kommission offen sei für Alternativvorschläge.
Im Ratsplenum rief die Vorlage ebenfalls gemischte Gefühle hervor. Die in «Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung» (STAF) umgetaufte Vorlage sei eine «Sternstunde der parlamentarischen Arbeit», lobte Roberto Zanetti (sp, SO). Viele Ratsmitglieder betonten hingegen ihre Skepsis, einige wurden sogar richtig deutlich: Thomas Minder (parteilos, SH) sprach von einer «Birchermüesli-Politik», Alex Kuprecht (svp, SZ) von einem «Sündenfall» und Werner Luginbühl (bdp, BE) von einem Kauf von Mehrheiten mit Geschenken. Mehrfach wurde das Gutachten des BJ als politische Gefälligkeit anstelle einer juristischen Einschätzung bezeichnet. Finanzminister Maurer wurde nicht müde, die Wichtigkeit der SV17, respektive dem STAF, zu betonen und den Kompromiss zu loben.
Inhaltlich gab es kaum Streitpunkte, was die NZZ darauf zurückführte, dass die Vorlage ein politischer Balanceakt sei: Man könne kein Element ändern, ohne das alles auseinanderbreche. Dennoch wurden drei Änderungsanträge eingebracht. Eine Minderheit I Zanetti forderte, die minimale Dividendenbesteuerung der Kantone gemäss dem Vorschlag des Bundesrates auf 70 Prozent zu erhöhen, da die Kantone diese Regelung erarbeitet hätten und diese bevorzugen würden. Finanzminister Maurer pflichtete ihm bei und bat den Rat darum, der Minderheit I zu folgen. Gleichzeitig beantragte eine Minderheit II Föhn dem Ständerat, darauf zu verzichten, den Kantonen bezüglich Dividendenbesteuerung Vorgaben zu machen, da die Unternehmen gemäss dem Vorschlag der WAK-SR bereits genügend zur Kasse gebeten würden. Mit 25 zu 14 Stimmen (5 Enthaltungen) und 26 zu 12 Stimmen (6 Enthaltungen) setzte sich der Kommissionvorschlag gegen die zwei Minderheitsvorschläge durch. Eine Minderheit Fetz wollte erreichen, dass die Regeln zum Kapitaleinlageprinzip (KEP) auch auf Nennwertsenkungen angewendet werden und dass Gratisaktien und Gratisnennwerterhöhungen unterbunden werden. Anita Fetz (sp, BS) bat um Zustimmung zu ihrem Minderheitsantrag, damit die bei der Unternehmenssteuerreform II gemachten Fehler korrigiert werden könnten. Mit 30 zu 11 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat gegen eine solche Änderung aus. Unverändert wurde der Kommissionsvorschlag somit an den Zweitrat weitergereicht.

In der Sommersession 2017 behandelte der Ständerat den Nachtrag I zum Voranschlag 2017, der neun Nachtragskredite im Wert von insgesamt CHF 37 Mio. umfasste, sowie den Nachtrag Ia zum Voranschlag 2017, der einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 215 Mio. beinhaltete. Der Nachtrag I enthielt einen zusätzlichen Kredit für die Bundesanwaltschaft, die gemäss Philipp Müller (fdp, AG) bereits grosse Anstrengungen zur Stabilisierung ihrer Lohnentwicklung unternommen hatte, durch die im Voranschlag 2017 beschlossenen Querschnittskürzungen nun aber Probleme bekam, die Löhne zu zahlen (CHF 700'000). Weitere Kredite wurden durch die Beitragspflicht und den Anstieg der Betragssätze an die Organisation des Vertrages über das umfassende Verbot von Nuklearversuchen (CHF 40'000), an die Internationale Organisation für Migration (CHF 97'673) sowie an das Europäische Unterstützungsbüro für Asylfragen (CHF 2.5 Mio.) nötig. Zudem beantragte das VBS einen Nachtragskredit für 30 befristete Vollzeitäquivalentstellen beim Generalsekretariat, deren Finanzierung zur Zeit des Voranschlags 2017 noch nicht geklärt war (CHF 4.9 Mio.). Als eher ungewöhnlich bezeichnete Bundesrat Maurer schliesslich die beantragten CHF 18 Mio. für das Projekt FISCAL-IT. Für das Nachfolgeprojekt von INSIEME waren zunächst CHF 85.2 Mio. bewilligt worden, um 29 Teilprojekte zu den verschiedenen Steuerarten (Verrechnungssteuer, Mehrwertsteuer, direkte Bundessteuer usw.) umzusetzen. Gemäss Finanzminister Maurer sind bereits ein Grossteil dieser Teilprojekte in Betrieb, es seien jedoch einige Teilprojekte hinzugekommen und es habe teilweise Verzögerungen gegeben, weswegen nun dieser Nachtragskredit nötig wurde. Die FK-SR beantragte die Annahme aller Nachtragskredite und der Ständerat stimmte ihr einstimmig mit 40 Stimmen (bei einer Enthaltung) zu.
Deutlich mehr Beachtung fand sowohl in den Medien als auch im Ständerat der Nachtrag Ia zum Voranschlag 2017. Der Bundesrat beantragte CHF 215 Mio. für einen fälligen Bürgschaftskredit des Bundes für die Schweizer Hochseeflotte. Die Bundesräte Maurer und Schneider-Ammann erklärten den Ständerätinnen und Ständeräten ausführlich, dass zwei Reedereien, denen der Bund durch Bürgschaften bei der Finanzierung ihrer Flotte half, kurz vor dem Bankrott gestanden hätten. Die Bürgschaften war der Bund eingegangen, damit die Schiffe im Gegenzug die Schweiz im Krisenfall mit wichtigen Gütern und Ressourcen versorgen würden. Um den Bankrott der Reedereien zu verhindern, mussten dreizehn Schiffe zu relativ tiefen Preisen verkauft werden, wodurch dem Bund als Bürge nun Kosten entstünden. Entsprechend hätten weder Bundesrat noch Parlament wirklich eine Wahl, die Bürgschaft sei zu zahlen; das Parlament könne entsprechend entweder dem Nachtragskredit zustimmen oder Ende Jahr eine Kreditüberschreitung zur Kenntnis nehmen. Der Nachtragskredit erlaube es aber, Zinsen gegenüber den Banken in der Höhe von monatlich CHF 1 bis 2 Mio. zu sparen. Dieses Argument überzeugte den Ständerat, stillschweigend nahm er den Nachtragskredit Ia an.

Ende März 2017 wurde der Bericht des Bundesrats bezüglich der Umwandlung von Bundesdarlehen an die SIFEM AG in Aktienkapital in Erfüllung eines gleichlautenden Postulats der FK-NR publiziert. Darin wird unter anderem aufgezeigt, dass die SIFEM AG die Kontrolle, Aufsicht und Transparenz der Investitionsförderung des Bundes erhöht, insgesamt eine breite Entwicklungswirkung bezüglich der Schaffung und Erhaltung von Arbeitsplätzen erzielt und allgemein vom Bundesrat, der beratenden Kommission für internationale Zusammenarbeit sowie der OECD positiv beurteilt wird. Die von Bundesrat und Parlament definierten Anforderungen von Gouvernanz, Effizienz, Wirtschaftlichkeit, Mobilisierung von Privatkapital und Risikominderung bedürfen die Form einer Entwicklungsfinanzierungsgesellschaft. Entsprechend seien solche Organisationen weit verbreitet, ihre Bedeutung nehme zudem international zu. Die Umwandlung der Bundesdarlehen in Aktienkapital beseitige schliesslich negative Auswirkungen der Rechnungslegung, reduziere das Wechselkursrisiko, mache die SIFEM AG für private Investoren attraktiver und stärke ihre Zukunftsfähigkeit. Dadurch dass die Umwandlung haushaltsneutral sei, ergäben sich zudem keine Nachteile für den Bund.
Die Finanzkommission des Nationalrats pflichtete nach Kenntnisnahme des Berichts dem Bundesrat bei und sprach sich in einer Konsultivabstimmung mit 14 zu 4 Stimmen bei 2 Enthaltungen für die Umwandlung aus. In der Sommersession lag es am Parlament, den Bericht zur Kenntnis zu nehmen, was zu weiteren Diskussionen über den Nutzen der SIFEM AG sowie ihrer Umwandlung Anlass gab. Kritisch zeigte sich in der Ständeratsdebatte Thomas Minder (parteilos, SH). Dabei beanstandete er nicht die Umwandlung der Bundesdarlehen, sondern stellte den Nutzen der SIFEM AG selbst in Frage. Einerseits sei eine AG dazu da, Gewinn zu erzielen, was bei der Entwicklungshilfe nicht sinnvoll sei. Andererseits sei die SIFEM AG ein „komplizierte[s], kostspielige[s], verschachtelte[s] Konstrukt", dessen hohe Betriebskosten im Jahr 2016 nochmals angestiegen seien. Mit Investitionen in fast 500 Firmen in 72 Ländern sei sie verzettelt und die Übertragung des Portfoliomanagements an die Obviam AG erlaube es dieser, „ihre teuren Portfoliomanager [zu füttern]". Kostengünstiger wäre es stattdessen, diese Gelder der Deza zu geben. Zudem zog Minder Parallelen zur lange Zeit unkritischen Haltung von Bundesrat und Parlament gegenüber den Bürgschaften für Hochseeschiffe. Im Gegenzug betonte Wirtschaftsminister Schneider-Ammann, dass die SIFEM AG mindestens 70 Prozent ihrer Gelder in KMU investiere und somit vor allem unternehmerische Projekte, keine Projekte mit Hilfscharakter, unterstütze. Sie stelle daher ein komplementäres Instrument zur Deza dar. Die Spezialisten der Obviam AG verfügen über Fachkenntnisse und übernehmen die Verwaltung der Portfolios entsprechend den von der SIFEM AG vorgegebenen Richtlinien. Die SIFEM AG kontrolliere die Tätigkeiten der Obviam AG sorgfältig. Die Betriebskosten seien „nicht weit weg" von den Werten der Deza oder vergleichbarer Organisationen anderer Staaten. Die Parallelen zur Hochseeschifffahrt liess der Wirtschaftsminister nur bedingt gelten. So gehe es bei der Schifffahrt um deutlich höhere Beträge pro Unternehmen, da es nur wenige Reeder mit jeweils grossen Anteilen gebe. Wenn hingegen ein von der SIFEM AG unterstütztes Projekt nicht erfolgreich ist, seien die Verluste deutlich geringer und würden die SIFEM AG nicht gefährden.
In der Nationalratsdebatte zeigte sich vor allem Pirmin Schwander (svp, SZ) kritisch gegenüber dem Bericht des Bundesrates. So seien die zentralen Fragen des Postulats nicht beantwortet worden. Zwar erkläre der Bericht die Ziele der SIFEM AG als erreicht, es würden aber keine substanziellen Angaben dazu gemacht, wie viele Arbeitsplätze auch nach dem Rückzug der SIFEM AG erhalten bleiben würden. Zudem sei noch immer nicht klar, ob diese Ziele nicht auch mit Instrumenten der klassischen Entwicklungshilfe erreicht werden könnten. Insgesamt vermutete Schwander, dass dem Bund durch die Umwandlung ein grösseres Risiko entstehen würde als zuvor. Trotz dieser Einwände nahmen beide Räte den Bericht zur Kenntnis.

Im März 2015 reichte Thomas de Courten (svp, BL) ein Postulat zum Abbau von Regulierungskosten durch die formelle Harmonisierung von Verfahren, Fristen und Zahlungsintervallen im Unternehmenssteuerbereich ein. Dieses hatte zum Ziel, Unterschiede bei der Gewinn-, Grundstückgewinn- und Lohnquellensteuer zwischen den Kantonen zu reduzieren, da diese den Unternehmen, insbesondere den Mikro- und Kleinunternehmen, hohe Zusatzregulierungskosten bereiteten. Durch eine Harmonisierung zwischen den Kantonen könnten diese Kosten reduziert werden, ohne dass den Kantonen Steuereinbussen entstünden. Dazu müssten die Kantone aber eng in die Überarbeitung miteinbezogen werden. Der Bundesrat pflichtete dem Anliegen des Postulanten bei, da ein Regulierungskostenbericht vom Dezember 2013 eine Harmonisierung von Fristen und Zahlungsintervallen ebenfalls als prüfenswert taxiert hatte. Weil im Anschluss an diesen Bericht jedoch das EFD in Zusammenarbeit mit den Kantonen mit der diesbezüglichen Prüfung und Berichterstattung bis 2016 beauftragt worden war, empfahl der Bundesrat das Postulat zur Ablehnung.

In der Frühjahrssession 2017 wurde das Postulat im Nationalrat behandelt. De Courten wies darauf hin, dass der vom Bundesrat auf 2016 in Aussicht gestellte Bericht noch nicht erschienen und allgemein seit dem Bericht 2013 „nicht viel Spürbares tatsächlich passiert" sei. So hatten bereits 2015 ein Postulat Föhn (svp, SZ) und ein Postulat (15.3720) Gössi (fdp, SZ) sowie die Motion Fournier (cvp, VS) eine beschleunigte Umsetzung der im Regulierungskostenbericht präsentierten Verbesserungsmassnahmen verlangt – bisher ohne zählbare Erfolge. Bundesrat Maurer kündigte die Veröffentlichung des zuvor auf das Jahr 2016 angesetzten Berichts, der in Zusammenarbeit mit den Kantonen und der Schweizerischen Steuerkonferenz entwickelt werde, auf die zweite Hälfte des Jahres 2017 an. Entsprechend bat er den Nationalrat darum, diesen Bericht abzuwarten, das Postulat abzulehnen und anschliessend noch offene Forderungen durch einen neuen Vorstoss einzubringen. Diesem Vorschlag folgte der Nationalrat jedoch nicht und stimmte mit 133 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die Annahme des Postulats. Die ablehnenden Stimmen und die Enthaltungen stammten allesamt aus der SP- und Grünen-Fraktion, die das Postulat einstimmig ablehnten, sowie vereinzelt aus der CVP/EVP-Fraktion.

Die nationalrätliche Finanzkommission reichte ein Postulat mit der Forderung an den Bundesrat ein, zu erklären, weshalb er die Umwandlung von Bundesdarlehen in der Höhe von CHF 374,4 Mio. an die SIFEM AG in Aktienkapital beantragt hatte. Die SIFEM AG (Swiss Investment Fund for Emerging Markets) stellt eine durch den Bund kontrollierte und kapitalisierte Entwicklungsfinanzierungsgesellschaft dar. Mit ihrem Postulat verfolgte die FK-NR eine Anfrage der Finanzdelegation weiter, welcher die parlamentarische Oberaufsicht über den Aufbau der SIFEM AG zukommt. Die Finanzdelegation war bereits im Mai 2016 mit der Bitte an den Bundesrat gelangt, vor der geplanten Umwandlung zu prüfen, inwiefern die SIFEM AG ihre bei der Gründung festgelegten Ziele erreicht habe und ob diese auch mithilfe von Instrumenten der klassischen Entwicklungszusammenarbeit hätten erreicht werden können. Da die Umwandlung im Rahmen des Voranschlags zu erfolgen habe, die Diskussion über Ziel und Nutzen der SIFEM AG jedoch nicht Teil der Budgetdebatte sein solle, wünschte sich die Finanzdelegation eine Beantwortung dieser Frage noch vor deren Diskussion im Parlament. Der Bundesrat bekräftigte in einem Schreiben vom August 2016 seine Überzeugung, dass die SIFEM AG auch in Zukunft ein nützliches Instrument in der wirtschaftlichen Entwicklungszusammenarbeit sein werde. Er betonte zudem, dass die Umwandlung des Darlehens die Zukunftsfähigkeit der SIFEM AG stärke, da deren Fremdkapitalfinanzierung für private Investoren ein Hindernis darstelle. Unbeantwortet liess der Bundesrat gemäss der Finanzdelegation hingegen die Frage, ob die vor der Gründung der SIFEM AG definierten Ziele nicht auch durch Instrumente der klassischen Entwicklungszusammenarbeit erreicht werden könnten. Folglich nahm die FK-NR diese Frage in ihrem Postulat erneut auf, um innert nützlicher Frist eine breite Diskussion zur SIFEM AG zu ermöglichen. Da die Frage der Relevanz des Instruments der Entwicklungsfinanzierungsgesellschaft bis zur Beratung des Voranschlags 2017 im Parlament nicht debattiert werden konnte, beantragten beide Finanzkommissionen ihren Räten erfolgreich, die Umwandlung des Darlehens in Aktienkapital aus dem Voranschlag 2017 zu streichen und allenfalls zu einem späteren Zeitpunkt nachzuholen.

In der Frühjahrssession 2017 beriet der Nationalrat das Postulat seiner Finanzkommission. Bundesrat Schneider-Ammann erläuterte dabei den Auftrag und den Nutzen der SIFEM AG. So liege ihre Hauptaufgabe im Bereich der Arbeitsplatzbeschaffung, wobei sie auch auf gute Arbeitsbedingungen, Weiterbildung des Personals und die Einhaltung internationaler Nachhaltigkeitsstandards bedacht sei. Bisher habe sie „die Erwartung des Bundesrates eingelöst" und könne trotz ihrer Investitionen in schwierigen Märkten positive Betriebsergebnisse und solide Finanzzahlen präsentieren. Zur Sicherung ihrer Leistungsfähigkeit plane der Bundesrat eine weitere Kapitalaufstockung, was jedoch ohne die Umwandlung in Aktienkapital zu Fehlinterpretationen in Bezug auf die Finanzkraft der SIFEM AG führen könne. Dennoch erachtete der Bundesrat das Postulat als gute Möglichkeit, die offen gebliebenen Fragen zu beantworten und empfahl es zur Annahme. Stillschweigend akzeptierte der Nationalrat in der Folge das Postulat.