«Historischer Kompromiss» (Hannes Germann; svp, SH), «gelebte Solidarität» (Werner Hösli; svp, GL), «Garant für einen funktionierenden Föderalismus und auch für den nationalen Zusammenhalt» (Peter Hegglin; cvp, ZG). Mit diesen, grossen Enthusiasmus demonstrierenden Worten begann die Debatte zum Bundesgesetz über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) in der Wintersession 2018 im Ständerat. Auch die FK-SR hatte zuvor in ihrer Medienmitteilung vom Oktober 2018 betont, die Vorlage sei «ausgewogen» und trage den Interessen der Geber- und Nehmerkantone sowie des Bundes Rechnung. Entsprechend eindeutig nahm sie diese mit 10 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen an. Ganz so einhellig wie es zu Beginn der Debatte den Anschein machte, war die Stimmung im Rat dann aber doch nicht. Raphaël Comte (fdp, NE) kritisierte die allgemeine Haltung, den Antrag der KdK als heiligen Text und somit als unabänderlich darzustellen. Der Bundesrat hatte dem Parlament nämlich eine im Vergleich zum Vernehmlassungsentwurf unveränderte Version vorgelegt, obwohl eine Minderheit der Kantone Vorbehalte angemeldet hatte – darunter auch Neuenburg – oder den Entwurf als Ganzes gar ablehnte. Beat Rieder (cvp, VS) ergänzte diese Kritik durch die Sicht eines Vertreters eines der beiden Kantone, die sich in der Vernehmlassung gegen die Vorlage ausgesprochen hatten: Die Reduktion der Finanzierung des Fonds um CHF 400 Mio. komme einer Schwächung des Finanzausgleichs gleich, zudem seien die Auswirkungen der Revision einseitig zulasten der Nehmerkantone verteilt, bemängelte er. Denn während die Geberkantone dadurch jährlich zwischen CHF 6 Mio. und CHF 43 Mio. einsparen könnten, müssten die Nehmerkantone jährlich Verluste zwischen CHF 6 Mio. und CHF 146 Mio. tragen. «Die Vorlage taugt nur, wenn die fiskalpolitischen Disparitäten zwischen den reichen und den armen Kantonen kleiner und nicht grösser werden», rief er den Zweck der NFA in Erinnerung. Er bat den Rat deshalb um die Unterstützung zweier Minderheitsanträge, welche den Verwendungszweck der frei werdenden Mittel des Bundes ändern und so die Verluste der ressourcenschwächsten Kantone stärker abfedern sollten.
Der erste Minderheitsantrag Fournier (cvp, VS) verlangte, den über die Jahre abnehmenden Betrag für die Abfederungsmassnahmen durch einen gleich bleibenden Durchschnittswert zu ersetzen. Die Beteuerungen von Hannes Germann, verschiedenen anderen Ständerätinnen und Ständeräten sowie von Finanzminister Maurer, wonach die Bestimmung bezüglich des über die Jahre abnehmenden Betrags den Kompromiss erst ermöglicht hätte und dieser durch diesen Minderheitsantrag gefährdet sei, bestritt Christian Levrat (sp, FR) vehement. Mit 34 zu 8 Stimmen entschied sich der Ständerat dennoch für den bundesrätlichen Vorschlag. Auch der zweite Minderheitsantrag Fournier mit der Forderung, die Abfederungsmassnahmen nicht pro Kopf, sondern entsprechend den Verlusten durch die Neuregelung zu verteilen, wurde mit 33 zu 10 Stimmen bei 1 Enthaltung abgelehnt. Alle übrigen Punkte passierten die grosse Kammer diskussionslos und auch in der Gesamtabstimmung stellte sich der Ständerat deutlich hinter die Vorlage: Mit 37 zu 3 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) nahm er die Vorlage an. Die ablehnenden Voten stammten – wie bereits in der Vernehmlassung – von der Vertreterin und dem Vertreter des Kantons Jura und des Kantons Wallis, wobei der zweite Walliser Vertreter Jean-René Fournier (cvp, VS) als Ratspräsident keine Stimme abgab.

Im März 2015 reichte Thomas de Courten (svp, BL) ein Postulat zum Abbau von Regulierungskosten durch die formelle Harmonisierung von Verfahren, Fristen und Zahlungsintervallen im Unternehmenssteuerbereich ein. Dieses hatte zum Ziel, Unterschiede bei der Gewinn-, Grundstückgewinn- und Lohnquellensteuer zwischen den Kantonen zu reduzieren, da diese den Unternehmen, insbesondere den Mikro- und Kleinunternehmen, hohe Zusatzregulierungskosten bereiteten. Durch eine Harmonisierung zwischen den Kantonen könnten diese Kosten reduziert werden, ohne dass den Kantonen Steuereinbussen entstünden. Dazu müssten die Kantone aber eng in die Überarbeitung miteinbezogen werden. Der Bundesrat pflichtete dem Anliegen des Postulanten bei, da ein Regulierungskostenbericht vom Dezember 2013 eine Harmonisierung von Fristen und Zahlungsintervallen ebenfalls als prüfenswert taxiert hatte. Weil im Anschluss an diesen Bericht jedoch das EFD in Zusammenarbeit mit den Kantonen mit der diesbezüglichen Prüfung und Berichterstattung bis 2016 beauftragt worden war, empfahl der Bundesrat das Postulat zur Ablehnung.

In der Frühjahrssession 2017 wurde das Postulat im Nationalrat behandelt. De Courten wies darauf hin, dass der vom Bundesrat auf 2016 in Aussicht gestellte Bericht noch nicht erschienen und allgemein seit dem Bericht 2013 „nicht viel Spürbares tatsächlich passiert" sei. So hatten bereits 2015 ein Postulat Föhn (svp, SZ) und ein Postulat (15.3720) Gössi (fdp, SZ) sowie die Motion Fournier (cvp, VS) eine beschleunigte Umsetzung der im Regulierungskostenbericht präsentierten Verbesserungsmassnahmen verlangt – bisher ohne zählbare Erfolge. Bundesrat Maurer kündigte die Veröffentlichung des zuvor auf das Jahr 2016 angesetzten Berichts, der in Zusammenarbeit mit den Kantonen und der Schweizerischen Steuerkonferenz entwickelt werde, auf die zweite Hälfte des Jahres 2017 an. Entsprechend bat er den Nationalrat darum, diesen Bericht abzuwarten, das Postulat abzulehnen und anschliessend noch offene Forderungen durch einen neuen Vorstoss einzubringen. Diesem Vorschlag folgte der Nationalrat jedoch nicht und stimmte mit 133 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die Annahme des Postulats. Die ablehnenden Stimmen und die Enthaltungen stammten allesamt aus der SP- und Grünen-Fraktion, die das Postulat einstimmig ablehnten, sowie vereinzelt aus der CVP/EVP-Fraktion.

In der Frühjahrssession überwies der Ständerat ein Postulat Fournier (cvp, VS), das den Bundesrat damit beauftragte, einen Bericht über die steuerlichen Privilegien von juristischen Personen vorzulegen, die jene Länder gewährten, mit denen die Schweiz Verhandlungen in Sachen Unternehmenssteuern aufgenommen hatte.